View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17681_low_23 (Length: 264)

Name: NF17681_low_23
Description: NF17681
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17681_low_23
NF17681_low_23
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (14-248)||(478937-479171)
chr8 (5-248)||(7126284-7126527)
chr8 (11-248)||(43318910-43319132)
chr8 (5-248)||(8451931-8452174)
chr8 (10-248)||(40589580-40589818)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (10-249)||(28425261-28425500)
chr4 (5-248)||(26423045-26423288)
chr4 (10-248)||(55734076-55734314)
chr4 (10-249)||(49950389-49950628)
chr4 (10-233)||(56063068-56063291)
chr4 (10-248)||(28538666-28538905)
chr4 (10-233)||(51260427-51260650)
chr4 (75-233)||(40360594-40360753)
chr4 (14-195)||(2063842-2064023)
chr4 (114-248)||(2064026-2064159)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (31-248)||(3746337-3746554)
chr7 (10-248)||(16096405-16096643)
chr7 (147-248)||(9329484-9329585)
chr7 (172-233)||(1580837-1580898)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (10-247)||(15606885-15607122)
chr6 (5-248)||(19364819-19365063)
chr6 (10-248)||(11732528-11732766)
chr6 (74-229)||(29368937-29369092)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-249)||(5608387-5608626)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (10-232)||(87423-87645)
chr2 (111-248)||(39826738-39826875)
chr2 (10-116)||(39828942-39829048)
chr2 (132-232)||(87747-87847)
chr2 (171-248)||(20514749-20514826)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (10-248)||(20204026-20204265)
chr5 (5-217)||(8387142-8387354)
chr5 (156-233)||(30223696-30223773)
chr5 (177-248)||(25730074-25730145)
chr5 (189-243)||(26295603-26295657)
chr5 (206-248)||(22768140-22768182)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 479171 - 478937
Alignment:
14 aatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgagg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
479171 aatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatatctaacgagg 479072  T
114 aacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
479071 aacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgtggaagttcagaatgatag 478972  T
214 aataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
478971 aatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtata 478937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Original strand, 7126284 - 7126527
Alignment:
5 agtgagatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatag 104  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
7126284 agtgtgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccaagatgtacatagtttgcgtgggtctgatttgatag 7126383  T
105 ctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttca 204  Q
    || |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
7126384 ctgacgatgaacgagtttggaacattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgcggaagttta 7126483  T
205 gaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||    
7126484 gaatgatagaatagcgtggatgatggaacgtaacgggaggtata 7126527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 43319132 - 43318910
Alignment:
11 atgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43319132 atgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggcagctggattcaatccc-acaaagccaaggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacg 43319034  T
111 aggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
43319033 aggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctatttt--------------caagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcataatga 43318948  T
211 tagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
43318947 tagaatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtata 43318910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8452174 - 8451931
Alignment:
5 agtgagatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatag 104  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
8452174 agtgtgatgaatgattcatggattcgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatag 8452075  T
105 ctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttca 204  Q
    || | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
8452074 ctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttacagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgttttcggaagttca 8451975  T
205 gaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||    
8451974 gaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacggaaggtata 8451931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 40589818 - 40589580
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||    
40589818 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtctgatttgatagatgac 40589719  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||  | ||||   |   |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
40589718 gagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgacgagaatcaagctattctcgacacaccactgtttatggaagttcataatg 40589619  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
40589618 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtata 40589580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 28425261 - 28425500
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
28425261 gatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggccaagatgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgac 28425360  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28425361 gaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttccgatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 28425460  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtatat 249  Q
    ||| ||||  |||||||||| |||  ||||||||||||||    
28425461 atataatagcgtggatgatgaaacgtaacgggaggtatat 28425500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26423288 - 26423045
Alignment:
5 agtgagatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatag 104  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||    
26423288 agtgtgatgaatgatccgtgagttcgaggtgttcacggtagttggattcaatccccacaaggccaatacgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatag 26423189  T
105 ctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttca 204  Q
     | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
26423188 ttgacgaggaaagagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaaactattctcgatacaccactgtttgcggaagttca 26423089  T
205 gaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||    
26423088 gaatgatagaataacgtggatgatgaaacgtaacgggaggtata 26423045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 55734076 - 55734314
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||| |  |    
55734076 gatgaatgatccatgggtacgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtacatagtttaagtgtgtccgatttgatagttgtc 55734175  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
55734176 gtggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatg 55734275  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||   |||||||||||||  |||||||||||||    
55734276 atagaatagcatggatgatggaacgtaacgggaggtata 55734314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 49950389 - 49950628
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||  ||||||||||||||||| || |    
49950389 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagcaaagatgtgcatagtttgaatgtgtctgatttgatagttacc 49950488  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    || ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||    
49950489 gacgaacgggtttgggatattaataagattgaatctttgtttcctgatgatatggtgcaaactattctcgacacaccactgtttagggaagtccataatg 49950588  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtatat 249  Q
    |||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||    
49950589 atagaatagtgtggatgatggaacgtagcgggaggtatat 49950628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Original strand, 56063068 - 56063291
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||  || | |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||| | ||    
56063068 gatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtggaaactggattcaatccccacaaagccaaggtgtctatagtttgcgtgtgtctgatttgatagttgac 56063167  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||| ||||    
56063168 gaggaacgagtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatctgtggaagttcataatg 56063267  T
210 atagaataatgtggatgatggaac 233  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
56063268 atagaatagcgtggatgatggaac 56063291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28538905 - 28538666
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  ||  ||| |||||||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  |    
28538905 gatgaatgatccatgggttcgaggtgtccgtggatgctagattcaatccccacaaagtcaagatgtgtatagtttgagtgtgtctgatttaatagctgtc 28538806  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaa-atgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaat 208  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28538805 gaggaacgggtttgggatattgataagattgaatttttgttttttagatgatatggtgcaagctactctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaat 28538706  T
209 gatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||| ||||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
28538705 gatataatagcatggatgatggaacataacgagaggtata 28538666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 51260650 - 51260427
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||  ||||| ||||||||||| | ||    
51260650 gatgaatgatccatgggttcgaggtactcatggaaactggattcaatccccacaaagcgaaggtgtccatagtttgcatgtgtttgatttgatagttgac 51260551  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    |||||||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||    
51260550 gaggaacgagtttgagatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacaggccactatttgcggaagttcataatg 51260451  T
210 atagaataatgtggatgatggaac 233  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
51260450 atagaatagcgtggatgatggaac 51260427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 75 - 233
Target Start/End: Original strand, 40360594 - 40360753
Alignment:
75 tgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctat 174  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||    
40360594 tgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaagaacgagtttgggacattgataagattgcatctttgttttcagatgatatggtgcaagctat 40360693  T
175 tctcgacacaccactgtttgcggaa-gttcagaatgatagaataatgtggatgatggaac 233  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||||    
40360694 tctcgacacaccattgtttgcggaaggttcataatgatagaatatcatggatgatggaac 40360753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 195
Target Start/End: Original strand, 2063842 - 2064023
Alignment:
14 aatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgagg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||  ||||||||    || |    
2063842 aatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagttggatccaatccccacaaagccaaggtttgcctagttttagtgtgtctgccttgatagcatctgatg 2063941  T
114 aacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgc 195  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
2063942 aacgggtttgggatattaataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttgc 2064023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 114 - 248
Target Start/End: Original strand, 2064026 - 2064159
Alignment:
114 aacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatag 213  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
2064026 aacgggtttgggatattgataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaggctattctcgacacaccactatttgcagaagttcagaa-gatag 2064124  T
214 aataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||   ||||| ||||||||   ||||||||||||    
2064125 aatcgcgtggacgatggaacgtgacgggaggtata 2064159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 31 - 248
Target Start/End: Original strand, 3746337 - 3746554
Alignment:
31 aggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgaggaacgagtttgggacatt 130  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
3746337 aggtgtccacggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaggaacgagtttgagacatt 3746436  T
131 aataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatgg 230  Q
     |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
3746437 gataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgtggaagttcagaatgatagaatatcatggatgatgg 3746536  T
231 aacacaacgggaggtata 248  Q
    |||  |||||||||||||    
3746537 aacgtaacgggaggtata 3746554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 16096405 - 16096643
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||  |    
16096405 gatgaaagatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgaattcaatctccacaaagccaaggtgtgcaaagtttgaatgtatctgatttgatagctgcc 16096504  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
16096505 gaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttacgaaagttcagaatg 16096604  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
16096605 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtata 16096643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 147 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 9329585 - 9329484
Alignment:
147 tgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggta 246  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
9329585 tgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacactactttatgcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggta 9329486  T
247 ta 248  Q
    ||    
9329485 ta 9329484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 172 - 233
Target Start/End: Original strand, 1580837 - 1580898
Alignment:
172 tattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaac 233  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
1580837 tattcttgacacacctctgtttgtggaagttcagaatgaaagaataacgtggatgatggaac 1580898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15607122 - 15606885
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
15607122 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcatggtagctggattcaatccccacaaatccaagttttgcatagtttgtgtgtgtcttatttgatagttgac 15607023  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
15607022 gaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaacctattctcgacaccccactgtttgcggaagttcagaatg 15606923  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtat 247  Q
    ||| |||| |||||||||||||||  || |||||||||    
15606922 ataaaatagtgtggatgatggaacgtaatgggaggtat 15606885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19365063 - 19364819
Alignment:
5 agtgagatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatcccc-acaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgata 103  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
19365063 agtgtgatgaatgatccattggttcgaggtgttcaaggtagttggattcaatcccccacaaagccaaggtgtgcataatttgagtgtgtctgatttgata 19364964  T
104 gctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttc 203  Q
    |||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19364963 gctgtcgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctggttgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttc 19364864  T
204 agaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    | |||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||    
19364863 aaaatgatagaataacatgaatgatggaacataacgggaggtata 19364819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11732766 - 11732528
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||| || | |||||||| |||   ||||||||||||||||| |       
11732766 gatgaatgattaatgggttcgaggtgttctaggttgctggattcaatccccataaaggcaagttgtgcataatttaattgtgtctgatttgatagttgtt 11732667  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    |||||||| |||||||  |||  ||||||| ||| | |  |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
11732666 gaggaacgggtttggggtattgctaagattaaatattttctttcaaataatatggttcaagctattcccgacacatcacggtttgcggaaggtcagaatg 11732567  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||  ||||| |||||||    
11732566 atataatagcgtggatgatggaacgtaacggtaggtata 11732528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 74 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29369092 - 29368937
Alignment:
74 gtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagcta 173  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||| ||   |||||||||||||| || | | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
29369092 gtgcatagtttgagcgtatctgatttgataactgttgaggaacgagtttgagataatgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagcta 29368993  T
174 ttctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatg 229  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||    
29368992 ttctcgacacaccattgtttgcggatgttcagaatgataaaatagcgtggatgatg 29368937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 5608387 - 5608626
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||| |||||||||| || ||    
5608387 gatgaatgacccatgggttcgtggagttcaaggtagctagattcaatccccacaaagtcagggtgtgcatagcctaagtgtgtttgatttgataactgac 5608486  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||||| ||||||||| |  || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5608487 gaggatcgagtttggaatgttgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagttattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 5608586  T
210 atagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtatat 249  Q
    |||||||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||    
5608587 atagaataacatggatgatggaacggaacaggaggtatat 5608626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 232
Target Start/End: Original strand, 87423 - 87645
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||    
87423 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgtattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatatcttgagtgtgtctgatttgatagctgac 87522  T
110 gaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 209  Q
    ||||| || ||||||||  |  |||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
87523 gaggatcgtgtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatg 87622  T
210 atagaataatgtggatgatggaa 232  Q
    |||||||||  |||||| |||||    
87623 atagaataacatggatggtggaa 87645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 111 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 39826875 - 39826738
Alignment:
111 aggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatga 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
39826875 aggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatga 39826776  T
211 tagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
39826775 tagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtata 39826738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 39829048 - 39828942
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaac 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||    
39829048 gatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggtcaagatgtgcatagtttacctgtgtctgatttgatagctgac 39828949  T
110 gaggaac 116  Q
    |||||||    
39828948 gaggaac 39828942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Original strand, 87747 - 87847
Alignment:
132 ataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatgga 231  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||    
87747 ataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatgatagaataacatggatggtgga 87846  T
232 a 232  Q
    |    
87847 a 87847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 171 - 248
Target Start/End: Original strand, 20514749 - 20514826
Alignment:
171 ctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||| |||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||  || ||||||||||    
20514749 ctattatcgatacatcattgtttgcggaagttcaaaatgatagaatagcatggatgatggaacgtaatgggaggtata 20514826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 20204026 - 20204265
Alignment:
10 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatcccc-acaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaa 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||| || |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||      
20204026 gatgaatgatccatgggttagaggtgttgaaggtagttggatttaatcccccacaaagtcaaggtgcgcatagcttgagtgtgtctgatttgatagctgc 20204125  T
109 cgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaat 208  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||    
20204126 cgaggaacaagtttgggatattgataagattgaatctctatttccagatgatatggtgtaagctattctcggcacactattgtttgcggaagttcaaaat 20204225  T
209 gatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||||    
20204226 gatagaatcgcgtggatgatggaacgtaatgggaggtata 20204265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 8387142 - 8387354
Alignment:
5 agtgagatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatag 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  ||  |  |  ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
8387142 agtgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtgaaaagtggattcaatccccacaaagccaaggtgttcgtagtttgcgtgtgtctgatttgatag 8387241  T
105 ctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttca 204  Q
     | |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
8387242 ttgacgaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatttgcggaagttca 8387341  T
205 gaatgatagaata 217  Q
     ||||||||||||    
8387342 taatgatagaata 8387354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 156 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 30223773 - 30223696
Alignment:
156 atgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaac 233  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
30223773 atgagatggtgcaagctattctcaacacaccattgtttgcggaagttcagaatgaaagaatagagtggatgatggaac 30223696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 177 - 248
Target Start/End: Original strand, 25730074 - 25730145
Alignment:
177 tcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||    
25730074 tcgacacactactttttgcggaagttcagcatgatagaataacatggatgatggaacgtaacgggaggtata 25730145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 189 - 243
Target Start/End: Original strand, 26295603 - 26295657
Alignment:
189 tgtttgcggaagttcagaatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggag 243  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| ||||||||    
26295603 tgtttgcggaagttcagaatgataaaatggcgtggatgatggaacataacgggag 26295657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 22768182 - 22768140
Alignment:
206 aatgatagaataatgtggatgatggaacacaacgggaggtata 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
22768182 aatgatagaataatgtggatgatggaacgtaatgggaggtata 22768140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University