View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17682_low_1 (Length: 669)

Name: NF17682_low_1
Description: NF17682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17682_low_1
NF17682_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-645)||(49754965-49755592)
chr3 (18-638)||(54448689-54449309)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-607)||(26208235-26208824)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 645
Target Start/End: Original strand, 49754965 - 49755592
Alignment:
Q  18 caacttcccctaagttatggtccaaagaaaaagctgaatcacttcctttttcatcaaaccaactctcatatcttctcaaattcttctctttctctcaaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49754965 caacttcccctaagttatggtccaaacaaaaagctgaatcacttcctttttcatcaaaccaactctcatatcttctcaaattcttctctttctctcaaga 49755064  T
Q  118 ttcacctcaagcaatggccatgaaaaacactttaagagaatgtgagagtaaacccatcaaaggagaggtaaagttatgtgctacctcttttgaatctatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755065 ttcacctcaagcaatggccatgaaaaacactttaagagaatgtgagagtaaacccatcaaaggagaggtaaagttatgtgctacctcttttgaatctatg 49755164  T
Q  218 cttgaatttacacaaaacgttcttggttcaaaatatgaaatccaaggttatgcaactttgcacaaaaccaagtcaagtgttactctccaaaattatacta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755165 cttgaatttacacaaaacgttcttggttcaaaatatgaaatccaaggttatgcaactttgcacaaaaccaagtcaagtgttactctccaaaattatacta 49755264  T
Q  318 tagtagaaattctaaaggaaattctagctcccaaaatggtggcttgtcacgctgtgccttacccttatgctgttttttattgtcatggccaagaaagtga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755265 tagtagaaattctaaaggaaattctagctcccaaaatggtggcttgtcacactgtgccttacccttatgctgttttttattgtcatggccaagaaagtga 49755364  T
Q  418 taatagggtgtatagagcttcattggttggtgagaatggagataaggtggaagctatggcggtttgtcatatggatacatcacaatgggcaccaagtcat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755365 taatagggtgtatagagcttcattggttggtgagaatggagataaggtggaagctatggcggtttgtcatatggatacatcacaatgggcaccaagtcat 49755464  T
Q  518 gtttcatttcaagttcttgaggttacaccaggaacctcttctgtgtgtcactttttcccagcggataattacatctgggtccctaaattgaaatcacaag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755465 gtttcatttcaagttcttgaggttacaccaggaacctcttctgtgtgtcactttttcccagcggataattacatctgggtccctaaattgaaatcacaag 49755564  T
Q  618 gttcttctaggatgtgatttcaagctat 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49755565 gttcttctaggatgtgatttcaagctat 49755592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 54449309 - 54448689
Alignment:
Q  18 caacttcccctaagttatggtccaaagaaaaagctgaatcacttcctttttcatcaaaccaactctcatatcttctcaaattcttctctttctctcaaga 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||     
T  54449309 caacttcccctaagttatggcccaaagaagaagctgaatcacttcctttctcatcaaaccaactctcatatcttctaaaattcttctctttctctcgagg 54449210  T
Q  118 ttcacctcaagcaatggccatgaaaaacactttaagagaatgtgagagtaaacccatcaaaggagaggtaaagttatgtgctacctcttttgaatctatg 217  Q
    |||||||||||  || || ||| ||| ||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  54449209 ttcacctcaaggcatagcaatggaaagcaccttaaaagaatgtgaaagcaaacccatcaaaggagaggttaagttttgtgctacctctttagaatctatg 54449110  T
Q  218 cttgaatttacacaaaacgttcttggttcaaaatatgaaatccaaggttatgcaactttgcacaaaaccaagtcaagtgttactctccaaaattatacta 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || |    
T  54449109 cttgaatttacacaaaacattcttggttcagaatccgatatccaagtttatgcaactttgcacaaaaccaaatcaagtgttacttttcaaaattacacaa 54449010  T
Q  318 tagtagaaattctaaaggaaattctagctcccaaaatggtggcttgtcacgctgtgccttacccttatgctgttttttattgtcatggccaagaaagtga 417  Q
    ||||||||||| | | |||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  54449009 tagtagaaattatgatggaaattcgagctccaaagatggtggcttgtcacactgtgccttatccttatgctgttttttattgtcatagtcaagaaagtga 54448910  T
Q  418 taatagggtgtatagagcttcattggttggtgagaatggagataaggtggaagctatggcggtttgtcatatggatacatcacaatgggcaccaagtcat 517  Q
     ||||||||||||| || || |||||  |||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  54448909 gaatagggtgtataaagttttattggggggtgagaatggagataaggttgaggccatggtggtttgtcacttagatacatcacaatgggcacctagtcat 54448810  T
Q  518 gtttcatttcaagttcttgaggttacaccaggaacctcttctgtgtgtcactttttcccagcggataattacatctgggtccctaaattgaaatcacaag 617  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  54448809 gtttcatttcaagttcttggtgttacaccaggaagctcttctgtgtgtcattttttcccagcggacaattacatttgggtccctaaagtgaaatcacaag 54448710  T
Q  618 gttcttctaggatgtgatttc 638  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  54448709 gttcttctagcatgtgatttc 54448689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 607
Target Start/End: Original strand, 26208235 - 26208824
Alignment:
Q  18 caacttcccctaagttatggtccaaagaaaaagctgaatcacttcctttttcatcaaaccaactctcatatcttctcaaattcttctctttctctcaaga 117  Q
    |||||||||||||||| ||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||  ||  |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  26208235 caacttcccctaagttttggccaagagacaaagctgattcacttcctttttcattgaacaaacttccaactcttctcaaaatcttctctttatctcaaga 26208334  T
Q  118 ttcacctcaagcaatggccatgaaaaacactttaagagaatgtgagagtaaacccatcaaaggagaggtaaagttatgtgctacctcttttgaatctatg 217  Q
     || || ||||| |  || |||  | | ||  | | |||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| |||||||||    
T  26208335 ctctccacaagccaaagcaatggtagatacccttacagaatgtgagagcaaacccatcaaaggagaagtgaaattctgtgccacttctttagaatctatg 26208434  T
Q  218 cttgaatttacacaaaacgttcttggttcaaaatatgaaatccaaggttatgcaactttgcacaaaaccaagtcaagtgttactctccaaaattatacta 317  Q
    ||||| || || ||||   ||||||||   ||| ||||  || ||| |||||||||||  ||   |||||| |||||||| ||| | || || |||||||    
T  26208435 cttgatttcactcaaagtattcttggtattaaaaatgatctcaaagtttatgcaacttcacatttaaccaaatcaagtgtcacttttcagaactatacta 26208534  T
Q  318 tagtagaaattctaaaggaaattctagctcccaaaatggtggcttgtcacgctgtgccttacccttatgctgttttttattgtcatggccaagaaagtga 417  Q
    || ||||||   | | |   |||  |||||| || |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  26208535 tattagaaaaaattatgaggatttcagctccaaagatggtggcatgtcacactatgccttacccttatgctgtattctattgccatagccaagaaagtga 26208634  T
Q  418 taatagggtgtatagagcttcattggttggtgagaatggagataaggtggaagctatggcggtttgtcatatggatacatcacaatgggcaccaagtcat 517  Q
     |||||| | ||||||| |||| | || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || |||| ||   |||||    
T  26208635 aaataggatatatagagtttcacttgtcggtgataatggggatatggtggaagctatggttgtttgtcatatggatacttctcattggggacatggtcat 26208734  T
Q  518 gtttcatttcaagttcttgaggttacaccaggaacctcttctgtgtgtcactttttcccagcggataattacatctgggtccctaaattg 607  Q
    ||||||||||| |||||||  |||   |||||||  |||  ||| ||||||||||| || || ||||||| ||| ||||| || ||||||    
T  26208735 gtttcatttcaggttcttggtgttgtgccaggaagttctaatgtctgtcacttttttcctgctgataatttcatatgggttccaaaattg 26208824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University