View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17688_high_11 (Length: 361)

Name: NF17688_high_11
Description: NF17688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17688_high_11
NF17688_high_11
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (1-332)||(60299-60633)
scaffold0040 (1-325)||(67775-68102)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (2-300)||(45677726-45678026)
chr3 (1-324)||(50158175-50158491)
chr3 (2-341)||(32285522-32285855)
chr3 (2-323)||(31112381-31112698)
chr3 (2-194)||(39032682-39032882)
chr3 (2-194)||(39039695-39039894)
chr3 (2-216)||(3469853-3470065)
chr3 (2-216)||(19240439-19240653)
chr3 (2-207)||(32280704-32280911)
chr3 (2-186)||(29960875-29961060)
chr3 (2-186)||(30010080-30010265)
chr3 (2-148)||(38445647-38445794)
chr3 (2-138)||(41272966-41273103)
chr3 (100-307)||(39350959-39351164)
chr3 (7-137)||(11458138-11458269)
chr3 (2-138)||(46611819-46611956)
chr3 (2-118)||(10626311-10626428)
chr3 (2-67)||(11172085-11172150)
chr3 (232-325)||(30006644-30006737)
chr3 (269-349)||(11458386-11458465)
chr3 (244-324)||(32280568-32280646)
chr3 (268-327)||(38445914-38445973)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (1-300)||(24138385-24138686)
chr2 (2-325)||(15144087-15144402)
chr2 (1-197)||(23888338-23888535)
chr2 (1-197)||(23892414-23892611)
chr2 (2-195)||(40113412-40113609)
chr2 (15-201)||(14661277-14661464)
chr2 (2-199)||(41826565-41826754)
chr2 (2-201)||(670014-670209)
chr2 (2-183)||(662782-662959)
chr2 (2-189)||(3950002-3950190)
chr2 (2-128)||(39190110-39190237)
chr2 (2-137)||(18341573-18341709)
chr2 (2-137)||(17530028-17530167)
chr2 (2-207)||(25336181-25336389)
chr2 (2-138)||(17527311-17527448)
chr2 (273-357)||(18341360-18341444)
chr2 (276-349)||(25336420-25336493)
chr2 (277-349)||(23888189-23888261)
chr2 (277-349)||(23892265-23892337)
[»] scaffold0502 (2 HSPs)
scaffold0502 (2-325)||(8938-9253)
scaffold0502 (2-325)||(4238-4553)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (2-325)||(18338114-18338429)
chr6 (8-324)||(7553236-7553548)
chr6 (1-196)||(9972774-9972972)
chr6 (2-194)||(23848515-23848707)
chr6 (29-199)||(27101530-27101700)
chr6 (29-199)||(27143352-27143522)
chr6 (2-189)||(32932265-32932452)
chr6 (30-184)||(19543490-19543650)
chr6 (2-149)||(22958072-22958221)
chr6 (2-149)||(23830171-23830320)
chr6 (2-76)||(15121587-15121661)
chr6 (271-349)||(19543678-19543756)
chr6 (269-325)||(9973028-9973084)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (1-346)||(32037898-32038245)
chr8 (8-324)||(17497332-17497643)
chr8 (19-349)||(38143896-38144241)
chr8 (2-200)||(44626124-44626322)
chr8 (1-217)||(26005458-26005677)
chr8 (93-307)||(38151021-38151258)
chr8 (2-147)||(1262321-1262465)
chr8 (23-196)||(34548032-34548210)
chr8 (2-137)||(39517343-39517480)
chr8 (71-149)||(45266122-45266201)
chr8 (233-324)||(45265965-45266054)
chr8 (93-138)||(18324942-18324987)
chr8 (231-324)||(34547926-34548018)
chr8 (233-349)||(45272658-45272773)
chr8 (269-334)||(44626385-44626450)
chr8 (269-327)||(18325119-18325177)
chr8 (2-68)||(18324795-18324861)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-201)||(48853600-48853801)
chr7 (2-207)||(32517119-32517327)
chr7 (2-187)||(267696-267881)
chr7 (39-324)||(26450742-26451020)
chr7 (2-138)||(29148716-29148852)
chr7 (2-74)||(278876-278948)
chr7 (11-131)||(40771648-40771769)
chr7 (2-132)||(5172871-5173002)
chr7 (269-349)||(278616-278697)
chr7 (2-60)||(40771239-40771297)
chr7 (101-137)||(40771313-40771349)
chr7 (269-324)||(267558-267613)
chr7 (271-326)||(32517389-32517444)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (2-324)||(22729834-22730150)
chr5 (2-306)||(35940962-35941256)
chr5 (2-222)||(36950045-36950270)
chr5 (3-138)||(43097448-43097584)
chr5 (2-197)||(11339826-11340020)
chr5 (100-324)||(10491258-10491471)
chr5 (2-68)||(10491197-10491263)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (1-357)||(18890901-18891244)
chr4 (2-189)||(42567598-42567784)
chr4 (2-201)||(33366759-33366958)
chr4 (8-189)||(24423155-24423337)
chr4 (76-325)||(54256333-54256572)
chr4 (2-149)||(35904979-35905127)
chr4 (2-137)||(36048891-36049027)
chr4 (2-138)||(13393677-13393814)
chr4 (2-138)||(13396816-13396953)
chr4 (2-137)||(2228858-2228994)
chr4 (2-134)||(44160724-44160856)
chr4 (2-139)||(6262206-6262344)
chr4 (269-357)||(42570673-42570761)
chr4 (1-88)||(33361639-33361726)
chr4 (2-88)||(54256245-54256329)
chr4 (191-324)||(18888033-18888167)
chr4 (155-201)||(33361761-33361807)
chr4 (269-327)||(42567455-42567513)
chr4 (269-331)||(33361882-33361944)
chr4 (269-321)||(44160532-44160584)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-184)||(9758314-9758500)
chr1 (1-184)||(9764930-9765115)
chr1 (1-196)||(47858108-47858304)
chr1 (2-349)||(39574496-39574833)
chr1 (2-136)||(41140875-41141010)
chr1 (2-138)||(24515355-24515492)
chr1 (21-264)||(39581064-39581301)
chr1 (2-137)||(12017733-12017868)
chr1 (2-68)||(24523176-24523242)
chr1 (268-357)||(24522929-24523018)
chr1 (102-138)||(24523143-24523179)
chr1 (268-325)||(24515179-24515236)
chr1 (269-325)||(47858378-47858434)
[»] scaffold1634 (1 HSPs)
scaffold1634 (1-166)||(1-167)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (2-137)||(40145-40281)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (2-137)||(30084-30220)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (2-137)||(134550-134686)
[»] scaffold1074 (1 HSPs)
scaffold1074 (134-201)||(1-67)


Alignment Details
Target: scaffold0040 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 60299 - 60633
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  60299 cattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 60398  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacac--gtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  60399 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggtactcatccctctcatccttct 60498  T
Q  198 gacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatc 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  60499 gacagctatcctttatgaacgaatccttaatccttaaaggtacacaatctcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatctaatgatc 60598  T
Q  298 catagctaaatccttaaacttttatcaattggtat 332  Q
    ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  60599 catggctaaattctaaaacttttatcaattggtat 60633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Original strand, 67775 - 68102
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  67775 cattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 67874  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacac--gtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  67875 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggtactcatccctctcatccttct 67974  T
Q  198 gacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatc 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  67975 gacagctatcctttatgaacgaatccttaatccttaaaggtacacaatctcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatctaatgatc 68074  T
Q  298 catagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  68075 catggctaaattctaaaacttttatcaa 68102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 45678026 - 45677726
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || |||||| |    
T  45678026 attagttgatgaaaatgtatgattgaactattctttttaaatagaccgtgatgggttggaccatttacctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 45677927  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtca-tcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  45677926 gtttagctatttaaacgtcaatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttgtga 45677827  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  45677826 cagttatcctttatgaacgaatccttaatccttaaaggtacataatctcttatcccttctttgttgtcttgatatactataatttgtatctaatgatcca 45677727  T
Q  300 t 300  Q
    |    
T  45677726 t 45677726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 50158175 - 50158491
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagagg-tcatgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||     
T  50158175 cattagttgatgaatatgtatgattgtgctattatttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttaactaagttcaatgaaaggttcatgccctcagc 50158274  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||       || | ||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  50158275 cgtttggctatttaaatgtgatcacatcagacggttaaactattctgaactcttct-------cagggaatgagggtagtcattccgctcatccttctga 50158367  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  50158368 cagctattttttatgaacgaatccttaatccttaaaggtacacaatctcttatcccttctttattgtcttgatatgctataacttgtatctaatgatcca 50158467  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    | ||||||| || ||||||||||||    
T  50158468 t-gctaaattctaaaacttttatca 50158491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 32285855 - 32285522
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||  || |||||| |    
T  32285855 attagttgatgaatatgtgtgattgaattatttttcttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctaatgagaggtctctgccctcagcc 32285756  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctg-gtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | | | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  32285755 gtttaacaatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaacattccggtgtgctaaacggaatgagggtagtcatctctctcatccttctga 32285656  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    ||||||||||| || ||      | |||||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  32285655 cagctatcattcatcaa-----acctaattc-taaagatacacaatctcttgttccttctttgttgtcatgatatgctataatttgtatcta--gatcca 32285564  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaa 341  Q
    |   ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32285563 tgattaaattctaaaacttttatcaattggtatcagagccaa 32285522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 323
Target Start/End: Original strand, 31112381 - 31112698
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||| || |    
T  31112381 attagttgatgaataagtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccatgcccttagcc 31112480  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31112481 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaa-----ctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcctccttctgac 31112575  T
Q  201 agctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatc-------ccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataat 293  Q
    ||||||| || ||    |||||||  | |||||||| | |||||| |||||||       ||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||| ||||    
T  31112576 agctatccttcat----gaatcct--aatcttaaaggt-cacaatctcttatctcttattccttctttactgtattgaaatgctgtaatttgtatctaat 31112668  T
Q  294 gatccatagctaaatccttaaacttttatc 323  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  31112669 gatccatagttaaatctttaaatttttatc 31112698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39032882 - 39032682
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  39032882 attagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 39032783  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaactc------ttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcc 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||      ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||    
T  39032782 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtagtcatccctctcatcc 39032683  T
Q  194 t 194  Q
    |    
T  39032682 t 39032682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39039894 - 39039695
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcctcagtcg 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  39039894 attagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtcctgccctcagtcg 39039795  T
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaactc------ttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcct 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||      ||| ||||||| | | |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  39039794 tttagctatttaaacgtcatcgcatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattcaggtgctaaagggaatgagggtagttatccctctcatcct 39039695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 216
Target Start/End: Original strand, 3469853 - 3470065
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| | ||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  3469853 attaattgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatggtttggaccatttagcgaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 3469952  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||    
T  3469953 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtaatcatccctctcatcct--tgac 3470049  T
Q  201 agctatcatttatgaa 216  Q
    | ||||| ||||||||    
T  3470050 aactatcctttatgaa 3470065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 19240653 - 19240439
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| | |||||||||| | || |||||  |    
T  19240653 attagttgatgaatatgtgtgattgagatattctttctaaatggaccgtgatggattggaccatttagctaagcctaatgagaggtccctgccctcatcc 19240554  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  19240553 gtttaactatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattatgaa-tattctggtgctaaatggaatgagggtagtcatctctctcatccttgtgac 19240455  T
Q  201 agctatcatttatgaa 216  Q
    ||||||| || |||||    
T  19240454 agctatccttgatgaa 19240439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 32280911 - 32280704
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||||   ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |  |||||| |    
T  32280911 attagttgatgaacatgtgtgatttgactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctaccctcagcc 32280812  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctg--gtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctg 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||  |||||| ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32280811 gtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattctgaac-attctggtgtgctaaacagaacgagggtagtcatccctctcatccttctg 32280713  T
Q  199 acagctatc 207  Q
    ||| |||||    
T  32280712 acaactatc 32280704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 29961060 - 29960875
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||  || |||||| |    
T  29961060 attagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtctctgccctcagcc 29960961  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccct 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  29960960 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaac-attctgatactagacggaatgagggtagtcatccct 29960875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 30010265 - 30010080
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||  || |||||| |    
T  30010265 attagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtctctgccctcagcc 30010166  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccct 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  30010165 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaac-attctgatactagacggaatgagggtagtcatccct 30010080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 148
Target Start/End: Original strand, 38445647 - 38445794
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  || |||| |||    
T  38445647 attagttgatgaatatgtgtgattgaactattttttctaaatgaaccgtgatgggttgaaccatttagctaagtccaattagaggtctctgccctcggtc 38445746  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaa 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  38445747 gtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaactattctgaa 38445794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Original strand, 41272966 - 41273103
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||| | || |||||| |    
T  41272966 attagttgatgaatatgtatgattgtgctattctttctaaatggaccatgataggttgaaccatttagctaagtttaatgagaggtccctgccctcagcc 41273065  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41273066 gtttatctatttaaacgtcatcccattagacggttaaa 41273103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 100 - 307
Target Start/End: Original strand, 39350959 - 39351164
Alignment:
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgc-----tacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcct 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||    ||||||     || | | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  39350959 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaatt-ttctta-ctgacatggtgcaaacctaaatggaatgagggtagtcatccctctcatcct 39351056  T
Q  195 tctgacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatg 294  Q
    |||||||||||||||| |||||  |     ||| |||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  39351057 tctgacagctatcattcatgaatca-----taaatcttaaaggtacacaatctcttatttcttctttgttgtcttgatatactataatttatatctaatg 39351151  T
Q  295 atccatagctaaa 307  Q
    |||||| ||||||    
T  39351152 atccatggctaaa 39351164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 137
Target Start/End: Original strand, 11458138 - 11458269
Alignment:
Q  7 ttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcgttta 105  Q
    ||||||||||||| | | ||  ||||| ||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| || ||||||    
T  11458138 ttgatgaatatgtgtaactggactattgtttctaaatggaccgtgatggatttgaccatttaactaagcccaatgagaggtccatgcccttagccgttta 11458237  T
Q  106 gctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11458238 gctatttaaacgtcataccatcagacggttaa 11458269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Original strand, 46611819 - 46611956
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||| || ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||| |    
T  46611819 attagatgataaatatgtgtgattgaactattctttctagatggatcgtgatgagttggaccatttagctaagcccaataagaggtcactgccctcagcc 46611918  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46611919 gtttagttatttaaacgtcatgccatcagacggttaaa 46611956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10626428 - 10626311
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||| |||| |||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | || |||||| |    
T  10626428 attagtagatggatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagtggtccctgccctcagcc 10626329  T
Q  101 gtttagctatttaaacgt 118  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10626328 gtttagctatttaaacgt 10626311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 11172150 - 11172085
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccattt 67  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  11172150 attagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacattt 11172085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 232 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 30006737 - 30006644
Alignment:
Q  232 taaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  || |||||||||    
T  30006737 taaaggtacacaatctcttgttccttctttattgtcatgatatgttataatttgtatctaataatccatggctaaatcctataatttttatcaa 30006644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 269 - 349
Target Start/End: Original strand, 11458386 - 11458465
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||||| |||||||||||| || ||||| || ||||| |  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11458386 tgatatgttataatttgtatcta-tgatctatggctaagtgttaaaacttttatcaattggtatcagagccaaatagatac 11458465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 244 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 32280646 - 32280568
Alignment:
Q  244 atatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||   ||||| || ||||||||||||    
T  32280646 atatcttgttccttctttgttgtcatgatatgctataatttgtatcta--gatccatgattaaattctaaaacttttatca 32280568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 268 - 327
Target Start/End: Original strand, 38445914 - 38445973
Alignment:
Q  268 ttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaatt 327  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| |||| | |||||||||||||||    
T  38445914 ttgatatgctataacttgtatctactgatccatggctgaatcataaaacttttatcaatt 38445973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 24138385 - 24138686
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||||     
T  24138385 cattagttgatgaatatgtatgattgagttattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagttaagtccaatgagaggtccctgccctcagc 24138484  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  24138485 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatctctctcatccttctga 24138584  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgtt-gtcttgatatgctataatttgtatataatgatcc 298  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| | ||| |||||  |  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  24138585 caactatcctttatgaacgaatccttaatccttaaaggtacacaatctcttattctttccttgttactgatgatatgctataatttgtatctagtgatcc 24138684  T
Q  299 at 300  Q
    ||    
T  24138685 at 24138686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 15144402 - 15144087
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | | || |||||| |    
T  15144402 attagttgatgaatatgtgtgattgtgctattctttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttaactaagcccaatgagagatccctgccctcagcc 15144303  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||    |    
T  15144302 gtttagctatttaaatgtcatcccatcagatggttaaactattctaaac-attctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccgtctcatcctt----c 15144208  T
Q  201 agctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatctta-tcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    ||||||| || |||||      ||||| || ||||  |||||||| ||||| ||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  15144207 agctatccttcatgaa-----tcttaactcctaaaaatacacaatctcttattcctttttttgttgtattgctatgctataatttgtatctaataatcca 15144113  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||    
T  15144112 tggctaaactcttaaacttttatcaa 15144087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23888535 - 23888338
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||  || ||||||     
T  23888535 cattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaatgagaggtccctgccctcagc 23888436  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  23888435 cgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtagtcatctctctcatccttct 23888338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23892611 - 23892414
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||  || ||||||     
T  23892611 cattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaatgagaggtccctgccctcagc 23892512  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  23892511 cgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtagtcatctctctcatccttct 23892414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 195
Target Start/End: Original strand, 40113412 - 40113609
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||||      
T  40113412 attagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagct 40113511  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcc----catcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcctt 195  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  40113512 gtttagctatttaaacgtcatcccatgcatcaaacggttaaactattctgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatcctt 40113609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 201
Target Start/End: Original strand, 14661277 - 14661464
Alignment:
Q  15 tatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttagctattta 113  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||| ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||    
T  14661277 tatgtatgattggactattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatgggaggtccctgctctcagccgtttagctattta 14661376  T
Q  114 aacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgaca 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  14661377 aacgtcatcccatcagacggttaaattattgtgaattcttctagtactacacggaatgagggtagttatccctctcatccttctgaca 14661464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 199
Target Start/End: Original strand, 41826565 - 41826754
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcctcagtcg 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    ||     ||    
T  41826565 attagttgatgaatatgtttgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgcc-----cg 41826659  T
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41826660 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaac-attc--gtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctga 41826754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 201
Target Start/End: Original strand, 670014 - 670209
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagagg-tcatgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |    
T  670014 attacttgatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaatgagaggttcatgccctcagcc 670113  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  670114 gttcagctatttaaacgtcatcccatca----gttaaattattctgaa-tattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccgtctgac 670208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 183
Target Start/End: Original strand, 662782 - 662959
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  662782 attacttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatgagaggtcactgccctcagtc 662881  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatc 183  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  662882 gttcagctatttaaacgtcatccca----acggttaaactattctgaa-tagtctggtgctaaacggaatgagggtaatcatc 662959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 3950002 - 3950190
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  3950002 attaattgataaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaatgagaggtccttgccctcagcc 3950101  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctc 189  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| || | | |||  || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  3950102 gtttaactatttaaacgtcatcccatgagacggataaactactataaacatttatggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctc 3950190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Original strand, 39190110 - 39190237
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||| |    
T  39190110 attagttgatgaatatgagtgattgggctattgttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatgagaggtccctgccctcagcc 39190209  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatca 128  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  39190210 gtttagctatgtaaacgtcatcccatca 39190237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 18341709 - 18341573
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||| | || | |||       
T  18341709 attagatgatgaatatgtgtgattgagctattctttctatatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatgagaggtccctgccttcaact 18341610  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18341609 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 18341573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 17530167 - 17530028
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggacc---gtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctca 97  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||  ||||    
T  17530167 attagttgatgaatatgtgtgattgtgtcattctttttaaatggaccaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtcactgcgctca 17530068  T
Q  98 gtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17530067 gccgtttagctatttcaacgtcatcccatcagacggttaa 17530028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 25336181 - 25336389
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcctcagtcg 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||  || | ||||       
T  25336181 attagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagtctaatgagaggttctgccatcagcta 25336280  T
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcag-acggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagt---catccctctcgtccttct 197  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||   |||| |||||  | ||||||||| |||  |||||||||||   |||||||||| ||||| |    
T  25336281 tttagctatttaaacgtcatttcatcagaacggttattctattatgaac-atactggtgctaaacgatatgagggtagtagccatccctctcatcctttt 25336379  T
Q  198 gacagctatc 207  Q
    ||||| ||||    
T  25336380 gacagttatc 25336389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 17527448 - 17527311
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||  ||||       
T  17527448 attagttgatgaatatgtgtgattgggccattctttctaaatggaccgtgatgggttggactatttagctaagcccaatgagaggtccctgctctcaaca 17527349  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  17527348 gtttagctatttaaacgttatcgcgtcagacggttaaa 17527311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 273 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 18341444 - 18341360
Alignment:
Q  273 atgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatactttttatg 357  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  18341444 atgctataatctgtatctaatgatctataactaaatccttaaactattgtcaattgatatcagagccaaatcgatacattttatg 18341360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 276 - 349
Target Start/End: Original strand, 25336420 - 25336493
Alignment:
Q  276 ctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    |||||| |||||| || |||||||| ||| ||  || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  25336420 ctataacttgtatctagtgatccatggcttaacactaaaacttttatcaattggtatcagagtcaaatagatac 25336493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 277 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 23888261 - 23888189
Alignment:
Q  277 tataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| ||||||   | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23888261 tataatttgtatatggtgattcatggctaaacagtaaaatttttatcaattggtatcagagccaaatagatac 23888189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 277 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 23892337 - 23892265
Alignment:
Q  277 tataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| ||||||   | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23892337 tataatttgtatatggtgattcatggctaaacagtaaaatttttatcaattggtatcagagccaaatagatac 23892265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 2)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Original strand, 8938 - 9253
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  8938 attagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 9037  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctg-aactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  9038 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcat-cttctta 9136  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    || |||||||||||||||||||||||         || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9137 catctatcatttatgaacgaatcctt---------aggtacacaatctcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatctgtatctaatgatcca 9227  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    | ||||||  || |||||||||||||    
T  9228 tggctaaacactaaaacttttatcaa 9253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Original strand, 4238 - 4553
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||  |    
T  4238 attagtttatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcaacc 4337  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctg-aactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  4338 gttcagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcat-cttctta 4436  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    || |||||||||||||||||||||||         || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  4437 catctatcatttatgaacgaatcctt---------aggtacacaatctcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatctgtatctaatgatcca 4527  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    | ||||||  || |||||||||||||    
T  4528 tggctaaacactaaaacttttatcaa 4553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Original strand, 18338114 - 18338429
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  18338114 attagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 18338213  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctg-aactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  18338214 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcat-cttctta 18338312  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatcca 299  Q
    || |||||||||||||||||||||||         || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  18338313 catctatcatttatgaacgaatcctt---------aggtacacaatctcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatctgtatctaatgatcca 18338403  T
Q  300 tagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    | ||||||  || |||||||||||||    
T  18338404 tggctaaacactaaaacttttatcaa 18338429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 7553548 - 7553236
Alignment:
Q  8 tgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttag 106  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||| |||  || |||| | |||||||    
T  7553548 tgatgaatatgtgcgattgggctattctttttaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaaacccagtgagaagtccctgccctcggccgtttag 7553449  T
Q  107 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaac--tcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgacagct 204  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  7553448 ttatttaaacatcatcccatcagacggttaaactattctgaacatttttcaggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatcctttagacagct 7553349  T
Q  205 atcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagct 304  Q
    ||| ||  |||| |||||       ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7553348 atctttcgtgaatgaatc-------cttaaaggtacacaatctcttattccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatggct 7553256  T
Q  305 aaatccttaaacttttatca 324  Q
    |||  || ||| ||||||||    
T  7553255 aaacactaaaatttttatca 7553236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 9972774 - 9972972
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  9972774 cattagttgatgaatatgtatgattgggctattctaactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 9972873  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattct---gaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttc 196  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||   ||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9972874 cgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattcttctgaaca-ttctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttc 9972972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23848707 - 23848515
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | || ||| || |    
T  23848707 attaattgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgcccttagcc 23848608  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcct 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||| | | |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  23848607 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattctgaac-attctggtgctaaagggaatgagcgcagtcatccctctcatcct 23848515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 199
Target Start/End: Original strand, 27101530 - 27101700
Alignment:
Q  29 ctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatc 127  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27101530 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27101629  T
Q  128 agacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||| || |||||||  |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27101630 agacggttaaactactctgaac-attctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctga 27101700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 199
Target Start/End: Original strand, 27143352 - 27143522
Alignment:
Q  29 ctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatc 127  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27143352 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27143451  T
Q  128 agacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||| || |||||||  |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27143452 agacggttaaactactctgaac-attctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctga 27143522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 32932452 - 32932265
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| | |||||  |||||||||||||  | || |||||||||| ||  || ||||||||    
T  32932452 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatgggctgtgatgtgttggaccatttagttgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 32932353  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctc 189  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  || |||||||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  32932352 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctc 32932265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 184
Target Start/End: Original strand, 19543490 - 19543650
Alignment:
Q  30 tattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatca 128  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19543490 tattctttttaaatgggccgtgatgggttggaccatttaactaagccgaatgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcctatca 19543589  T
Q  129 gacggttaaaa-tattctgaact----cttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatcc 184  Q
    ||||||||||| ||| |||||||     ||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  19543590 gacggttaaaactatgctgaacttaacattctggtgctaaagggaatgagggtagtcatcc 19543650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 22958221 - 22958072
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    |||| |||||||| |||| |||||  | |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||| |||  || |||||| |    
T  22958221 attaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccctcagcc 22958122  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaac 149  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22958121 gattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaactattctgaac 22958072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 149
Target Start/End: Original strand, 23830171 - 23830320
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||| |||||||| |||| |||||  | |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||| || | || |||||| |    
T  23830171 attaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccctcagcc 23830270  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaac 149  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23830271 gattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaactattctgaac 23830320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 15121661 - 15121587
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtc 76  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  15121661 attagttgatgaatatgtgtgattgagttattgtttataaatggactgtgatcggttggacgatttaactaagtc 15121587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 349
Target Start/End: Original strand, 19543678 - 19543756
Alignment:
Q  271 atatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  19543678 atatgctataacttgtatctactgatccatagctgaatcataaaacttttatcaattggtatcagagccagttagatac 19543756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 325
Target Start/End: Original strand, 9973028 - 9973084
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  9973028 tgatatgctataacttgtatctactgatccatggctgaatcctaaaacttttatcaa 9973084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 32038245 - 32037898
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  32038245 cattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 32038146  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctg- 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32038145 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgttacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctga 32038046  T
Q  199 --acagctatcatttatgaacgaatccttaattctta-aagctacacaatatcttatcccttctttgttgtct-----tgatatgctataatttgtatat 290  Q
      |||||| || || |||||     ||| ||  | || ||| |||||||| |||||| |||||||||||  ||     | |||||||||||||||||| |    
T  32038045 caacagctgtccttcatgaa-----cctaaa--catacaaggtacacaatttcttattccttctttgtt-actaccgataatatgctataatttgtatct 32037954  T
Q  291 aatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaataga 346  Q
    | |||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  32037953 agtgatccatggctaaacactaaaacttttatcaattggtatcatagccaaataga 32037898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 17497643 - 17497332
Alignment:
Q  8 tgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttag 106  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||  |||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  17497643 tgatgaatatgtgtgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagccaaacccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttag 17497544  T
Q  107 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgacagctat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||  || |||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  17497543 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttattctattttgaac-attatggtgctaaacggaatgagggtagtcattcttctcatccttctgacagctat 17497445  T
Q  207 catttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaa 306  Q
    | || ||    |||||| ||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  17497444 ccttcat----gaatcc-taaatcttaaaggtacacaatctcttattccttctttactgtattgatatgctataatttgtatctaatgatccatgactaa 17497350  T
Q  307 atccttaaacttttatca 324  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17497349 atccttaaacttttatca 17497332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 38143896 - 38144241
Alignment:
Q  19 tatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcc--tcagtcgtttagctatttaaa 115  Q
    |||||||| | |||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||  || ||  |||| ||||||||||||||||    
T  38143896 tatgattgggatattctttttaaatgaaccatgatgggttggaccatttatccaagcccaatgagaggtccctgccccctcagccgtttagctatttaaa 38143995  T
Q  116 cgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgacagctatcatttatga 215  Q
    | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  38143996 cctcatcccatcatacggttaaactattctgaac-attccggtgctagacggaatgacggtagtcatccctctcatccttctgacagctatccttcatga 38144094  T
Q  216 acgaatc-------ctta---attcttaaagctacacaatatcttatcccttct--ttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagc 303  Q
    | |||||       ||||   |||||  ||| |||||||| |||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  38144095 atgaatcacaatctcttattcattctctaaggtacacaatctcttattccttcttgttgttgtcctgatatgctataatttgtatctaatgatccatggc 38144194  T
Q  304 taaatccttaaa-cttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||  || ||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  38144195 taaacactaaaatcttttattaattggtatcaaagccaaatagatac 38144241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 200
Target Start/End: Original strand, 44626124 - 44626322
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || | |||| |    
T  44626124 attagttgatgaatatgtctaattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtctctgccttcagcc 44626223  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44626224 gtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaactattctgaa-tattccagtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctgac 44626322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26005677 - 26005458
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagt 99  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |  ||||||     
T  26005677 cattaattgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctaccctcagc 26005578  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattc---tgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttc 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||   |||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| |     
T  26005577 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattcttatgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtagtcatctctctcatccctg 26005479  T
Q  197 tgacagctatcatttatgaac 217  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  26005478 tgacagctatcatttatgaac 26005458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 307
Target Start/End: Original strand, 38151021 - 38151258
Alignment:
Q  93 cctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaac--tcttct---------ggtgctacacgtaatgagggtagtca 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||         ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  38151021 cctcagtcgtttagctatttaaacgtcaccccatcagacggttaaactattatgaacattcttctgaacattccggtgctagacggaatgagggtagtca 38151120  T
Q  182 tccctctcgtccttctgacagctatcatttatgaacgaatc-------ctta---attcttaaagctacacaatatcttatcccttct--ttgttgtctt 269  Q
    | | |||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||       ||||    ||||  ||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||    
T  38151121 ttcatctcatccttctgacagctatccttcatgaatgaatcacaatctcttattccttctctaaggtacacaatctcttattccttcttgttgttgtctt 38151220  T
Q  270 gatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38151221 gatatgctataatttgtatctaatgatccatggctaaa 38151258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 147
Target Start/End: Original strand, 1262321 - 1262465
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| | |||||||| | |||| |||||| |    
T  1262321 attagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgagtttgaccatttagctaagcctaatgagagatccatgccctcagcc 1262420  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctga 147  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||    
T  1262421 gtttagccatttaaacgtcatcc--tcccacggttaaagtattctga 1262465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 23 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 34548210 - 34548032
Alignment:
Q  23 attgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtc-- 119  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||  ||||||||||| | || |||||| |||||||||| |||||||||      
T  34548210 attgagctattctttctaaatggaccgtgatggattagaccatttagctaagctcaatgagaggtccttgccctcagccgtttagcta-ttaaacgtcat 34548112  T
Q  120 atcccatcagacggttaaaatattctgaac--tc-ttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttc 196  Q
    ||| |||||||||||||||  |||||||||  || ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  34548111 atcgcatcagacggttaaacaattctgaacattcattctggtgctaaacggaatgaaggtagacatccctctcatccttc 34548032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 39517343 - 39517480
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| || || |||| ||| ||||| || ||| ||||||||||||  ||   ||||||    
T  39517343 attagtcgatgaatatgtgtgattgaactattgttattaaatggactgtaatgggtttgacaatttagctgagttcaatgagaggtctctgctttcagtc 39517442  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtca-tcccatcagacggttaa 137  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39517443 gtttagctatttaaacatcattcccatcagacggttaa 39517480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 71 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 45266201 - 45266122
Alignment:
Q  71 taagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaac 149  Q
    |||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  45266201 taagcccaatgagagatcactgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaaactattttgaac 45266122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 233 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 45266054 - 45265965
Alignment:
Q  233 aaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  45266054 aaaggtacacaatctcttattccttctttgtttt--tgatatgctgtaatttgtatctaatgatccatggctaaatactaaaacttttatca 45265965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Original strand, 18324942 - 18324987
Alignment:
Q  93 cctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18324942 cctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 18324987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 231 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 34548018 - 34547926
Alignment:
Q  231 ttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    |||||| | |||||| |||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||    
T  34548018 ttaaagatgcacaatctcttgttccttctttgttg-catgatatgctataatttgtatctaatgatccatgtcaaaatcctaaaacttttatca 34547926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 233 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 45272773 - 45272658
Alignment:
Q  233 aaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataattt-gtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggta 331  Q
    |||| |||||||| |||||| |||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  |  ||| |||||||||||||||    
T  45272773 aaaggtacacaatctcttattccttttttgtt--cttaatatgctataattttgtatctaatgatccatggctaaacaccaaaatttttatcaattggta 45272676  T
Q  332 tcagggccaaatagatac 349  Q
    | || ||||||| |||||    
T  45272675 ttagagccaaatggatac 45272658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 334
Target Start/End: Original strand, 44626385 - 44626450
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatca 334  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  44626385 tgatatgctataatttgtatctagtgattcatggctaaaaactaaaacttttatcaattggtatca 44626450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 327
Target Start/End: Original strand, 18325119 - 18325177
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaatt 327  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  18325119 tgatatgctataacttgtatctaataatccatggctaaatcctaaatcttttatcaatt 18325177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Original strand, 18324795 - 18324861
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccattta 68  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  18324795 attagttgatgaataagtgcgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaatcattta 18324861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 48853600 - 48853801
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  48853600 cattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 48853699  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48853700 cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattgtgaattcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctga 48853799  T
Q  200 ca 201  Q
    ||    
T  48853800 ca 48853801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 32517119 - 32517327
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |    
T  32517119 attagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaattgaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccatgccctcagcc 32517218  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattct---gaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32517219 gtttagctatttaaacgtcatcccattagacggttaaagtattcttctgaaca-ttctggtgctaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 32517317  T
Q  198 gacagctatc 207  Q
    |||| |||||    
T  32517318 gacaactatc 32517327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 267881 - 267696
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  267881 attagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggtttgaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 267782  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctc 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  267781 gtttagctatttaaacgtcatcccatcaaacggttaaactattctgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtagtcattcctc 267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 26451020 - 26450742
Alignment:
Q  39 taaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcc-tcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26451020 taaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtcccttccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 26450921  T
Q  138 aatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagc 237  Q
       ||||||||| || ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||| || || ||      | ||||||  ||||     
T  26450920 gc-attctgaacact-ctactgctaaacggaatgagggtagtcatccctcttatccttttgacagttatccttcatcaa------cctaattc--aaagg 26450831  T
Q  238 tacacaatatc-ttatcccttctttgtt-gtcttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    |||||||| || |||| | |||||| ||  |  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  26450830 tacacaatttctttattcattctttattattgatgatatgctataatttgtatatagtgatccatggctaaatccttaaactcttatca 26450742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 29148852 - 29148716
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcctcagtcg 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    |||| ||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  29148852 attagttgatgaatatgtatgtttcgattattctttctaaatggacggtgattggttggaacatttagctaagtccaatgagaggtcctgccctcagccg 29148753  T
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29148752 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacgtttaaa 29148716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 278948 - 278876
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaag 74  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  278948 attagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaag 278876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 40771769 - 40771648
Alignment:
Q  11 tgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcgtttagcta 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||   |||   |||||| |||||  ||||||||||| | || |||||| ||||||||||    
T  40771769 tgaatatgtgtgattgagctattgtttctaaatggaccgtgatgaattgactcatttagctaagctcaatgagaggtccttgccctcagccgtttagcta 40771670  T
Q  110 tttaaacgtcatcccatcagac 131  Q
    ||||||| |||| |||||||||    
T  40771669 tttaaacatcattccatcagac 40771648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 132
Target Start/End: Original strand, 5172871 - 5173002
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||   |||| ||| ||||| |||| |||| ||||| || ||||| |||||  ||||||||||| | || |||||  |    
T  5172871 attagttgatgaatatatgtgattggattattgtttctaaattgaccatgatgggttgaactatttacctaagcacaatgagaggttcttgccctcaacc 5172970  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacg 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5172971 gtttagctatttaaacgtcatcccattagacg 5173002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 269 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 278697 - 278616
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatt-tgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
    ||||||||||||||| | ||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  278697 tgatatgctataattatatatctagtgatccatggctaaacccttaaacttttatcaattggtatcacagccagatagatac 278616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Original strand, 40771239 - 40771297
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttgg 60  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  40771239 attagttgatgaatatgtgtgattgggctattgtttctaaatggaacgtgataggttgg 40771297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 101 - 137
Target Start/End: Original strand, 40771313 - 40771349
Alignment:
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40771313 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 40771349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 267613 - 267558
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  267613 tgatatgctataatctgtatctagtgatccatggctaaacccttaaacttttatca 267558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 271 - 326
Target Start/End: Original strand, 32517389 - 32517444
Alignment:
Q  271 atatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaat 326  Q
    ||||||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  32517389 atatgctataacttgtatctattgatccatggctgaatcctaaaacttttatcaat 32517444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Original strand, 22729834 - 22730150
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||| |    
T  22729834 attagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatgagaggtccctgccctcagcc 22729933  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  22729934 gtttagctatttaaacgtcatcccatcggaaggttaaactattctgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtaatcatccctctcatccttgtgac 22730032  T
Q  201 agctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccat 300  Q
    | ||||| || || ||      |||||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  22730033 aactatccttcatcaa-----acttaattc-taaatatacacaatctcttattccttctttgttatcatgatatgctataatttgtatctaatcatctat 22730126  T
Q  301 agctaaatccttaaacttttatca 324  Q
      |||||||||  |||||||||||    
T  22730127 gactaaatcctataacttttatca 22730150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 35941256 - 35940962
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  35941256 attagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttcgctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 35941157  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||    |    
T  35941156 gtttagctatttaaacgtcat-tcatcagacggttaaactattctgaac-attctgatgctaaacggaatgagggtagtcatccctatcatcctt----c 35941063  T
Q  201 agctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccat 300  Q
    ||||||| || ||    |||||| ||| || ||||| |||||||| |||||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35941062 agctatccttcat----gaatcc-taaatcctaaaggtacacaatctcttattccttctttattgtgttaatatgctataatttgtatctaatgatccat 35940968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 36950270 - 36950045
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  36950270 attagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 36950171  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatccc-atcagacggtt----aaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtcctt 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | |   ||    | | ||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  36950170 gtttagctatttaaacgtcatccctgttaaattattctgaacattattctgaac-attctggtgctagacgaaatgagggtagtcatccctctcatcctt 36950072  T
Q  196 ctgacagctatcatttatgaacgaatc 222  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||    
T  36950071 ctgacagctatccttcatgaatgaatc 36950045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 138
Target Start/End: Original strand, 43097448 - 43097584
Alignment:
Q  3 ttagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcg 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| |||| | || |||||| ||    
T  43097448 ttagttgatgaatatgtgtgattggactattctttttaaatgaaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaatgaaaggtccctgccctcagccg 43097547  T
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43097548 tttagctatttaaatgtcatcccatcagacggttaaa 43097584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 197
Target Start/End: Original strand, 11339826 - 11340020
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||| | || |||||| |    
T  11339826 attagttaatgaatatatgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtccctgccctcagcc 11339925  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||   ||| | |||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  11339926 gtttagctatttaaacatcatcgcatcagaaggttaaactattgcaaacac-tctgctgctaaacggaatga-ggtagtcatccctctcatccttct 11340020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 100 - 324
Target Start/End: Original strand, 10491258 - 10491471
Alignment:
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||  || || ||||| ||| ||||||||     ||||||||| |||||||||    
T  10491258 cgtttagctatttaaacatcatcccatcagacggtt-aatcattctgaac-attttgctgctaaacggaatgaggg-----atccctctcatccttctga 10491350  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtc-ttgatatgctataatttgtatataatgatcc 298  Q
    |||||||| || ||    |||||| ||| || || || || ||||| |||||| |||||||||||  |  |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10491351 cagctatccttcat----gaatcc-taaatcctacaggtatacaatttcttattccttctttgttaccgatgatatactataatttgtatctaatgatcc 10491445  T
Q  299 atagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    || || ||||  | ||||||||||||    
T  10491446 atggcgaaatattaaaacttttatca 10491471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Original strand, 10491197 - 10491263
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccattta 68  Q
    ||||||| |||||||||  |||||| |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10491197 attagttaatgaatatgagtgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccgttta 10491263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 18891244 - 18890901
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||  |||| |||||||||||| | || ||||||     
T  18891244 cattagttgatgaatatgtatgattggactattctttttgaatggactgtgatgggttagaccatttagttaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 18891145  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||              |||| |||||||||    
T  18891144 cgtttagctatttaaacgtcatcccatca-acagttaaactattatgaactcttctggtgctacactgaatg--------------tctcatccttctga 18891060  T
Q  200 cagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgtt-gtcttgatatgctataatttgtatataatgatcc 298  Q
    |||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| | ||  |||||  |  |||||||||||||||||||| || ||||      
T  18891059 cagctatcctttatgaaagaatccataatccttaaaggtacacaacctcttattctttgcttgttattgatgatatgctataatttgtatctagtgatta 18890960  T
Q  299 atagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatactttttatg 357  Q
    ||  || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  18890959 atgactgaatcctaaaacttttatcaattggtatcagagccaaatagatacgttttatg 18890901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 42567784 - 42567598
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||||      
T  42567784 attagttgatgaatatgtctgattgggctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagct 42567685  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctc 189  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  42567684 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattatgaac-attctggtgctaaacg-aatgagggtagtcatccctctc 42567598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 201
Target Start/End: Original strand, 33366759 - 33366958
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||| |    
T  33366759 attagttgatgaatatgtatgattgggttattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 33366858  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa---aatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||   | |||| |||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  33366859 gtttagctatttaaacgtcatcccat----cggttaaattattattgtgaattcttctggtgctacatggaatgaaggtagtcatccctctcatccttct 33366954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 24423337 - 24423155
Alignment:
Q  8 tgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtcgtttag 106  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||||||||    
T  24423337 tgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtaatgggttggaccatttaactaagcccaatgagaggtcccttccctcagtcgtttag 24423238  T
Q  107 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa-tattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctc 189  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||    
T  24423237 ctatttaaatgtcatctcatcagacggttaaaactattctgaac-attctggtgctaaacggaatgagggtagttattcctctc 24423155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 76 - 325
Target Start/End: Original strand, 54256333 - 54256572
Alignment:
Q  76 ccaatgagaggtc-atgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa--tattctgaactcttctggtgctacacgtaatga 172  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||  ||||||||        |||||    
T  54256333 ccaatgagaggtccatgccctcagcagtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaaactatcctgaaca-ttctggtg--------aatga 54256423  T
Q  173 gggtagtc-atccctctcgtccttctgacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttga 271  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||    |||| ||| | ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  54256424 gggtagtctatccctctcatccttctgacaactatcctgcatgaa----tcctaaat-cataaaggtacacaatctcttattccttttttgttgtcttga 54256518  T
Q  272 tatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||    
T  54256519 tatgctataatttgtatctaatgatccacggctaaatacttaaatttttatcaa 54256572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 35905127 - 35904979
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  || ||| || |    
T  35905127 attagttgatgaatatgggtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaatgagaggtctctgcccttagcc 35905028  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  35905027 gtttagctatttaaacgtcatctcatcagacagttaaactattctgaac 35904979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 36048891 - 36049027
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || |||||| |    
T  36048891 attagatgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtctctgccctcagcc 36048990  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  36048991 gtttagctatttaaacgtcatcccatcatacgattaa 36049027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 13393814 - 13393677
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgt-cctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||| |    
T  13393814 attagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaatgagaggtcctttccctcagcc 13393715  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
     ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13393714 atttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaa 13393677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 13396953 - 13396816
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgt-cctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||| |    
T  13396953 attagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaatgagaggtcctttccctcagcc 13396854  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
     ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13396853 atttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaa 13396816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 2228858 - 2228994
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||   | |||||  |    
T  2228858 attagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttaactaagcccaattagaggtctcagccctcaacc 2228957  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2228958 gtttaactatttaaacgtcatctcatcagacggttaa 2228994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 44160856 - 44160724
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||| |||| ||||| | | || |||| | |    
T  44160856 attagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatgga-cgtggtgggttgaaccatttagctaagcccaacgagagatccttgccctcggcc 44160758  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggt 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44160757 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggt 44160724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 139
Target Start/End: Original strand, 6262206 - 6262344
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||  ||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||   || ||| || |    
T  6262206 attaattgacgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtgtctgcccttagcc 6262305  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa 139  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6262306 gtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaaa 6262344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 269 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 42570761 - 42570673
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatactttttatg 357  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  42570761 tgatatgctataatctgtatctagtgatccatggctaaacccttaaacttttatcaattggtatcagagccaattagatacattttatg 42570673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 88
Target Start/End: Original strand, 33361639 - 33361726
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc 88  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  33361639 cattagttgataaatatgtatgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtctaatgagaggtc 33361726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 88
Target Start/End: Original strand, 54256245 - 54256329
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc 88  Q
    |||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||    
T  54256245 attaattgatgaatatgt--gattgaactattctttctaaatggaccgtgatcggttgaaccatttagctaagctcaatgagaggtc 54256329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 191 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18888167 - 18888033
Alignment:
Q  191 tccttctgacagctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgtt-gtcttgatatgctataatttgtata 289  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| | ||  |||||  |  |||||||||||||||| |||     
T  18888167 tccttctgacagctatcctttatgaacaaatccataatccttaaaggtacacaacctcttattctttgcttgttactgatgatatgctataatttatatt 18888068  T
Q  290 taatgatccatagctaaatccttaaacttttatca 324  Q
    || ||||  || ||| |||||| ||||||||||||    
T  18888067 tagtgattaatggctgaatcctaaaacttttatca 18888033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 201
Target Start/End: Original strand, 33361761 - 33361807
Alignment:
Q  155 tggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgaca 201  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33361761 tggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttctgaca 33361807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 42567513 - 42567455
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaatt 327  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  42567513 tgatatgctataatctgtatctagtgatccatggctaaacccttaaacttttatcaatt 42567455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 331
Target Start/End: Original strand, 33361882 - 33361944
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggta 331  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  33361882 tgatatgctataatttgtatctagtgatcgatggctaaacatttaaacttttatcaattggta 33361944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 44160584 - 44160532
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaactttta 321  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| || |||||||||    
T  44160584 tgatatgctataatttgtatctaatgatccctgactaaatactaaaactttta 44160532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 9758500 - 9758314
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || | ||||     
T  9758500 cattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacatttagctaagcccaatgagaggtcactgccttcagc 9758401  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa--tattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatcc 184  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9758400 catttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaaattattatgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatcc 9758314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 9765115 - 9764930
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||||     
T  9765115 cattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 9765016  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaa--tattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatcc 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  9765015 cgtttagctatttaaacgtcatcccatc-gacggttaaaaattattatgaactcttctggtgttacacggaatgagggtagtcatcc 9764930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 47858108 - 47858304
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||     
T  47858108 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattctttctaaattgatcgtaatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagc 47858207  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttc 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  47858208 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattgtgaattcttctagtgctataccgaatgagggtggtcatccctctcatccttc 47858304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Original strand, 39574496 - 39574833
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||| || |    
T  39574496 attagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgcccttagcc 39574595  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||   | |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  39574596 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactc-gaac-aatatggtgctaaacggaatgaggataatcatccctctcatccttctgac 39574693  T
Q  201 agctatcatttatgaacgaatccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgttgtcttgatatgctataatttgtatataatgatccat 300  Q
    || |||| || ||    |||||| ||  |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||     ||| ||| | |||||| || | ||| |     
T  39574694 agttatccttcat----gaatcc-tacatcttaaaggtacacaatttcttattccttctttgttatc----gatgatatgacttgtatctactaatctag 39574784  T
Q  301 agctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatac 349  Q
     ||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  39574785 ggctaaattctaaaacttttatcaattggtatcagagtcaagtagatac 39574833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 136
Target Start/End: Original strand, 41140875 - 41141010
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||||| | || |||||| |    
T  41140875 attagttgatgaatatgtatgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctgatgagaggtccctgccctcagcc 41140974  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggtta 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41140975 gtttagctatttaaacgtcatcccattagacggtta 41141010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 24515492 - 24515355
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| |    
T  24515492 attagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatgagaggtctctgccctcagcc 24515393  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  24515392 atttagctatttaaacgtcatcccataatacggttaaa 24515355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 21 - 264
Target Start/End: Original strand, 39581064 - 39581301
Alignment:
Q  21 tgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtcgtttagctatttaaacgtc 119  Q
    |||||||  |||| ||| |||||||||||||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  39581064 tgattgaaatattctttctaaatggaccgtgatgagttgaacaatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtc 39581163  T
Q  120 atcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgacagctatcatttatgaacga 219  Q
    |||| |||| ||||||||| || || ||||  || |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||    ||    
T  39581164 atccaatcaaacggttaaactactc-gaac-attatggtgctaaacagaatgagggaagtcatccctctcatccttgtgacagttatccttcat----ga 39581257  T
Q  220 atccttaattcttaaagctacacaatatcttatcccttctttgtt 264  Q
    |||||  | |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  39581258 atcctgca-tcttaaaggtacacaatttcttattccttctttgtt 39581301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 12017868 - 12017733
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttt-taaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtcatgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || |  | || |||||| |    
T  12017868 attagttgatgaatatgtctgattgaattattcttttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagtccaataag-gtccctgccctcagcc 12017770  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12017769 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacagttaa 12017733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 24523242 - 24523176
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccattta 68  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24523242 attaattgatgaatatgtgtgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccattta 24523176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 268 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 24523018 - 24522929
Alignment:
Q  268 ttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaattggtatcagggccaaatagatactttttatg 357  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  |||||||    
T  24523018 ttgatatgctataacttgtatctagtgatccatggctgaatactaaaacttttatcaattggtatcagagtcaattagatatattttatg 24522929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 24523179 - 24523143
Alignment:
Q  102 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24523179 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 24523143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 24515236 - 24515179
Alignment:
Q  268 ttgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| ||| || |||||||||||||    
T  24515236 ttgatatgctataacttgtatctagtgatccatggctgaatactaaaacttttatcaa 24515179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 325
Target Start/End: Original strand, 47858378 - 47858434
Alignment:
Q  269 tgatatgctataatttgtatataatgatccatagctaaatccttaaacttttatcaa 325  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||  || |||||||||||||    
T  47858378 tgatatgttataatttgtatctaatgatccatgcctaaacactaaaacttttatcaa 47858434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1634 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1634
Description:

Target: scaffold1634; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 167 - 1
Alignment:
Q  1 cattagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggt-catgtcctcagt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| | || ||||||     
T  167 cattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagccaaatgagaggtccctgccctcagc 68  T
Q  100 cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacg 166  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  67 cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacgattaaactattgtgaattcttctggtgctacacg 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 40281 - 40145
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||| |    
T  40281 attagttgatgaatatgtgtgattgagttattctttttaaatggaccgtgctgagttggaccatttagctaagcccgatgagaggtcattgccctcagcc 40182  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40181 gttaagctatttaaccgtcatcccatcagacggttaa 40145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 30084 - 30220
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtc-atgtcctcagtc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||  |  | |||| |    
T  30084 attagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattgaaccatttagctaagtccaatgagaggtctctaccttcagcc 30183  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30184 gtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 30220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 134686 - 134550
Alignment:
Q  2 attagttgatgaatatgtatgattgagctattatttttaaatggaccgtgataggttggaccatttaactaagtccaatgagaggtca-tgtcctcagtc 100  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||  ||||| ||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  |  ||||||||    
T  134686 attagttgatgaatacgagtgattggactattgttactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagataagcccaatgagaggtccctagcctcagtc 134587  T
Q  101 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  134586 gtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 134550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1074 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold1074
Description:

Target: scaffold1074; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 201
Target Start/End: Original strand, 1 - 67
Alignment:
Q  134 ttaaaatattctgaactcttctggtgctacacgtaatgagggtagtcatccctctcgtccttctgaca 201  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||    
T  1 ttaaactattgtgaattcttctggtgctacacggaatgaggttagtcat-cctctcatccttccgaca 67  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University