View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17693_high_2 (Length: 342)

Name: NF17693_high_2
Description: NF17693
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17693_high_2
NF17693_high_2
[»] chr1 (28 HSPs)
chr1 (83-257)||(526907-527081)
chr1 (83-255)||(46845666-46845838)
chr1 (83-258)||(39858347-39858522)
chr1 (79-256)||(13276473-13276650)
chr1 (86-256)||(40314095-40314265)
chr1 (83-260)||(49430479-49430646)
chr1 (83-258)||(1994953-1995137)
chr1 (89-254)||(48489455-48489630)
chr1 (83-169)||(6487728-6487814)
chr1 (89-254)||(29731194-29731369)
chr1 (83-259)||(44797463-44797648)
chr1 (85-256)||(47571562-47571743)
chr1 (85-169)||(26040972-26041056)
chr1 (86-256)||(15224986-15225170)
chr1 (83-162)||(27325731-27325810)
chr1 (85-185)||(7178193-7178291)
chr1 (83-258)||(32267462-32267647)
chr1 (85-255)||(33502524-33502704)
chr1 (83-176)||(40294820-40294913)
chr1 (83-259)||(2402921-2403107)
chr1 (87-163)||(29637312-29637388)
chr1 (83-162)||(1673369-1673448)
chr1 (90-259)||(19989246-19989422)
chr1 (105-256)||(15066019-15066181)
chr1 (83-129)||(40030838-40030884)
chr1 (188-256)||(40030902-40030969)
chr1 (188-256)||(27325626-27325694)
chr1 (195-243)||(26041093-26041141)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (83-258)||(15285329-15285504)
chr5 (83-252)||(35905994-35906163)
chr5 (85-259)||(12248275-12248459)
chr5 (83-256)||(13988247-13988430)
chr5 (85-255)||(43100208-43100388)
chr5 (85-184)||(33687649-33687748)
chr5 (82-256)||(36890376-36890559)
chr5 (86-159)||(1447853-1447926)
chr5 (192-261)||(8076374-8076443)
chr5 (83-258)||(11247192-11247377)
chr5 (83-144)||(8378344-8378405)
chr5 (83-152)||(20151384-20151453)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (83-257)||(23915972-23916146)
chr6 (83-256)||(9045833-9046015)
chr6 (83-259)||(14313983-14314168)
chr6 (83-255)||(34792651-34792833)
chr6 (86-176)||(1244645-1244735)
chr6 (84-255)||(16717991-16718179)
chr6 (83-175)||(9521905-9521999)
chr6 (89-156)||(29429590-29429657)
chr6 (89-257)||(12748217-12748396)
chr6 (1-48)||(33167527-33167576)
chr6 (209-258)||(9521809-9521858)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (83-255)||(3121610-3121782)
chr2 (83-252)||(24475714-24475883)
chr2 (83-256)||(33299979-33300154)
chr2 (83-259)||(14945732-14945918)
chr2 (86-255)||(36272661-36272840)
chr2 (83-256)||(32599247-32599430)
chr2 (84-255)||(13696965-13697146)
chr2 (85-256)||(40216411-40216592)
chr2 (83-160)||(4434695-4434772)
chr2 (83-176)||(5562936-5563029)
chr2 (83-258)||(36709189-36709373)
chr2 (81-255)||(17823577-17823761)
chr2 (83-176)||(40095263-40095356)
chr2 (84-187)||(42061307-42061412)
chr2 (83-124)||(23860305-23860346)
chr2 (83-160)||(25333144-25333221)
chr2 (83-258)||(33555359-33555545)
chr2 (83-153)||(14242627-14242697)
chr2 (188-255)||(4434592-4434658)
chr2 (192-256)||(14242523-14242586)
chr2 (91-152)||(37914359-37914419)
[»] chr8 (24 HSPs)
chr8 (83-255)||(28897995-28898167)
chr8 (83-244)||(2599531-2599692)
chr8 (83-256)||(45413554-45413720)
chr8 (83-222)||(10391348-10391487)
chr8 (85-255)||(11904855-11905035)
chr8 (84-261)||(43065899-43066085)
chr8 (83-256)||(14342186-14342371)
chr8 (86-257)||(35200559-35200740)
chr8 (91-163)||(8368473-8368545)
chr8 (83-166)||(1993739-1993822)
chr8 (84-187)||(27497174-27497276)
chr8 (88-257)||(41075594-41075774)
chr8 (91-167)||(45502670-45502746)
chr8 (88-169)||(31774729-31774810)
chr8 (88-171)||(16465706-16465789)
chr8 (85-149)||(12142083-12142147)
chr8 (117-184)||(10592010-10592077)
chr8 (103-165)||(41880209-41880271)
chr8 (83-124)||(4077102-4077143)
chr8 (85-169)||(31523608-31523692)
chr8 (84-152)||(44081068-44081136)
chr8 (187-247)||(42354443-42354503)
chr8 (187-257)||(31774841-31774910)
chr8 (188-257)||(4076767-4076835)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (83-258)||(50498210-50498385)
chr4 (83-258)||(22364468-22364643)
chr4 (83-256)||(42179148-42179319)
chr4 (84-251)||(32290215-32290377)
chr4 (83-174)||(5817471-5817562)
chr4 (86-188)||(51579323-51579425)
chr4 (83-256)||(25783908-25784090)
chr4 (83-255)||(37605691-37605873)
chr4 (83-200)||(20107110-20107228)
chr4 (84-255)||(25164471-25164652)
chr4 (83-255)||(45995895-45996076)
chr4 (83-256)||(17044003-17044185)
chr4 (83-160)||(32525127-32525204)
chr4 (85-255)||(48525328-48525508)
chr4 (83-256)||(55281208-55281391)
chr4 (82-163)||(43749091-43749172)
chr4 (83-160)||(51579581-51579657)
chr4 (83-162)||(24059236-24059315)
chr4 (86-255)||(3287087-3287262)
chr4 (88-176)||(41277220-41277308)
chr4 (192-259)||(14149956-14150023)
chr4 (83-129)||(39631274-39631320)
chr4 (87-159)||(36851231-36851303)
chr4 (190-257)||(14786734-14786801)
chr4 (188-258)||(9118512-9118582)
chr4 (89-169)||(26719997-26720077)
chr4 (215-259)||(20107230-20107274)
chr4 (83-117)||(14786853-14786887)
chr4 (91-152)||(25437008-25437068)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (83-259)||(31741043-31741219)
chr7 (85-261)||(42974389-42974558)
chr7 (85-264)||(38349450-38349639)
chr7 (85-256)||(28713679-28713860)
chr7 (83-258)||(46576239-46576424)
chr7 (83-188)||(38754973-38755077)
chr7 (85-253)||(37536317-37536495)
chr7 (81-162)||(47480116-47480196)
chr7 (83-155)||(48460659-48460731)
chr7 (166-233)||(6220185-6220252)
chr7 (83-257)||(30922708-30922892)
chr7 (90-185)||(11752604-11752699)
chr7 (188-257)||(43359087-43359156)
chr7 (83-256)||(33496499-33496682)
chr7 (83-163)||(51938-52018)
chr7 (191-254)||(36675940-36676003)
chr7 (87-153)||(43068765-43068831)
chr7 (88-169)||(43970964-43971044)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (84-256)||(23004757-23004938)
chr3 (83-188)||(8330669-8330774)
chr3 (84-253)||(12224006-12224184)
chr3 (83-163)||(50989203-50989283)
chr3 (83-163)||(51092335-51092415)
chr3 (87-188)||(33288136-33288238)
chr3 (86-162)||(38247801-38247877)
chr3 (85-255)||(36674519-36674699)
chr3 (83-163)||(9271110-9271190)
chr3 (89-189)||(39947233-39947333)
chr3 (87-256)||(46135531-46135708)
chr3 (105-202)||(40725869-40725966)
chr3 (178-255)||(44092433-44092510)
chr3 (91-159)||(54713532-54713600)
chr3 (83-163)||(8496706-8496786)
chr3 (83-163)||(48034911-48034991)
chr3 (256-295)||(49584451-49584490)
chr3 (83-129)||(29915095-29915141)
chr3 (83-129)||(29964248-29964294)
chr3 (188-255)||(48034808-48034874)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (190-257)||(52929-52996)
scaffold0005 (83-117)||(52843-52877)
scaffold0005 (143-198)||(52869-52927)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (83-163)||(10333-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (192-259)||(3052-3118)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 28)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 83 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 527081 - 526907
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  527081 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 526982  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  526981 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 526907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 46845838 - 46845666
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46845838 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 46845739  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  46845738 cacattcacacactctcacatgggagtggtacataatgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 46845666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 39858347 - 39858522
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  39858347 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 39858446  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39858447 cactttcacactctctcatatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccttt 39858522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 79 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 13276650 - 13276473
Alignment:
Q  79 agaggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaaga 178  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  13276650 agagtagtagtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacactcatacacaattatgacatgtgtccatgtggtacccacacacacaaga 13276551  T
Q  179 aactcacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13276550 aactcactttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 13276473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 86 - 256
Target Start/End: Original strand, 40314095 - 40314265
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcac 185  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  40314095 tagtgatacataaaccaccttaggtagtatgtaccatttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaaaaaactcac 40314194  T
Q  186 attcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40314195 attcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggaaaaaatggtgttcatgaaacattatcct 40314265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 83 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 49430646 - 49430479
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  49430646 gagtggtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatcaatacacaattgtgacatgtgtccatctggtctccacacacacaagaaact 49430547  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttttg 260  Q
              |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  49430546 ----------cactttcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagagtgttcatgaaatattatccttttg 49430479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 1994953 - 1995137
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ctccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||  |||||| ||||||| ||| || ||||    
T  1994953 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtctttgtggtcctccacacaca-aaaaaac 1995051  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  1995052 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttt 1995137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 254
Target Start/End: Original strand, 48489455 - 48489630
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca---- 184  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||||||||||||        
T  48489455 tgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatctgtccatgtggtccctacgcacacaagaaactcatctt 48489554  T
Q  185 ------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatc 254  Q
          |  ||| ||||| ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48489555 ttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaatggtgttcatgaaacattatc 48489630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 169
Target Start/End: Original strand, 6487728 - 6487814
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  6487728 gagtagtgatacatagaccaatttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccaca 6487814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 89 - 254
Target Start/End: Original strand, 29731194 - 29731369
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca---- 184  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||        
T  29731194 tgatacataaaccaccttaggtggcatataccactagtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacacaagaaattcatctt 29731293  T
Q  185 ------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatc 254  Q
          |  ||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29731294 ttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtgatacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatc 29731369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 44797648 - 44797463
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| | |||||| ||||||| || || |||| || ||||    
T  44797648 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggtc-ccccaaacacaaaaaaac 44797550  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||||||          |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  44797549 tcacatgtattgtctctcacacactctcacat-gaagtggtacaatgtgtgtatagaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctttt 44797463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 47571743 - 47571562
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||    
T  47571743 gtagtgatatataaaccaccttaggtgacatatgccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacataagaaactca 47571644  T
Q  185 catt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
      ||          || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  47571643 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 47571562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 169
Target Start/End: Original strand, 26040972 - 26041056
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26040972 gtagtgatacacaaaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccaca 26041056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 15225170 - 15224986
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctc--cacatacacaagaaactc 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |  |||||||||||| ||||||  ||||| |  |||| |||||| ||||||    
T  15225170 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtacaacttatacacccacatgcaattgtgacatatgtccacatggtccccacacacacacaaaaaactc 15225071  T
Q  184 acat----------tcacacactctcacatggaagtgg--tacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||          |||||||||||||||| || ||||  |||   ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15225070 acattttatatctctcacacactctcacatagaggtggtatacgatgtgcgtacggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 15224986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 83 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 27325810 - 27325731
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  27325810 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggt 27325731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 7178291 - 7178193
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||||| ||  |||||| |||||||    
T  7178291 gtagtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccatttgtacacccacatacaattgtgacaagtgtctatgtggtctcgac--acacaaaaaactca 7178194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 32267647 - 32267462
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc--tccacatacacaagaaa 180  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | || |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||| || |||    
T  32267647 gagtagtgatacatagaccatcttaagtggcatgtacaatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccttccacataca-aaaaaa 32267549  T
Q  181 ctcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||||||          |||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||| ||||||||||    
T  32267548 ctcacatgtattggctctcacacactctcacatgg-agtagtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaatattatccttt 32267462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 33502704 - 33502524
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||| | | |  |||||||||||| ||| ||  ||||||||||| |||||| |||||||    
T  33502704 gtagtgatacatagaccacattagatgacatgtaccacttgtacacctacatgcaattgtgacatatgttcacatggtctccacacacacaaaaaactca 33502605  T
Q  185 ca----------ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||          ||||||||||||||||| || ||||||||  || |||| | |||||| | |||||||||||||||||||    
T  33502604 cattttatatctttcacacactctcacatagaggtggtacaatgtatgtacgaagaaaaggatgttcatgaaacattatcc 33502524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 40294913 - 40294820
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | || | ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| ||||||    
T  40294913 gagtagtgatacatagaccactttaggtggcacgtaccacttgtccacctatacacaattgtgacatgtatctatgtggtcctcacacacacaa 40294820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 2403107 - 2402921
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatac-acaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| | |||| | ||||||| || || || | || ||||    
T  2403107 gagtagtgatacatagaccatcttagatggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaaaagtgttcttgtggtccccccacacaaaaaaaaac 2403008  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||||||          || ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  2403007 tcacatgtattgtctctcgcacactctcacatggaa-tggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctttt 2402921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 87 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 29637388 - 29637312
Alignment:
Q  87 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  29637388 agtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtc 29637312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 162
Target Start/End: Original strand, 1673369 - 1673448
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 162  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  1673369 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggt 1673448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 259
Target Start/End: Original strand, 19989246 - 19989422
Alignment:
Q  90 gatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcacat-- 187  Q
    |||||||| |||||||||| || ||| |||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| || ||||| ||||      
T  19989246 gatacataaaccaccttagatgacatataccacttgtacatccacatacaagtgtgacatgtgtccatgtggtttccac--acataaaaaacttacattt 19989343  T
Q  188 --------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
            |||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  19989344 tgtgtctctcacacactctcacatgagagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaagagtgtctatgaaacattatcctttt 19989422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 15066181 - 15066019
Alignment:
Q  105 ttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa-gaaactcacatt----------cacac 193  Q
    |||||| ||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| || |||||||| |||          |||||    
T  15066181 ttaggtagcatgtatcatttgtacattcatacacaattgtgacatgtgtccatgtgatccgtacacacaaaaagaaactcatatttattgtctctcacac 15066082  T
Q  194 actctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    |||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  15066081 actctcacatgagagtggtacattgtatgtatggaaaaaagagtgttcatgaaacattatcct 15066019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 129
Target Start/End: Original strand, 40030838 - 40030884
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  40030838 gagtagtgatacatagaccaccttaggtagcatgtaccacttgtaca 40030884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 256
Target Start/End: Original strand, 40030902 - 40030969
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  40030902 tcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 40030969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 27325694 - 27325626
Alignment:
Q  188 tcacacactct-cacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  27325694 tcacacactcttcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 27325626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 195 - 243
Target Start/End: Original strand, 26041093 - 26041141
Alignment:
Q  195 ctctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcat 243  Q
    ||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  26041093 ctctcacatagaggtggtacaatgtgtgtatggagaaaagggtgttcat 26041141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 15285329 - 15285504
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15285329 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 15285428  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15285429 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatccttt 15285504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 83 - 252
Target Start/End: Original strand, 35905994 - 35906163
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||    
T  35905994 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatatacaattgtgacatgtgtccatgtagtccctacacacacaagaaact 35906093  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacatta 252  Q
    ||| || |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35906094 cacttttacacactctcacatgagagtggtacatagtatgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 35906163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 85 - 259
Target Start/End: Original strand, 12248275 - 12248459
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||    
T  12248275 gtagtgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacgcacaagaaactca 12248374  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
              |  ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12248375 tcttttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctttt 12248459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 13988247 - 13988430
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| || || |||| || |||     
T  13988247 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 13988346  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  13988347 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 13988430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43100388 - 43100208
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  43100388 gtagtgatacataaaccatcttaggtggtatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtctctacacacacaagaaattca 43100289  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
              |  ||| ||||| ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43100288 tcttttgtgtctctcaaacactatcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 43100208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 184
Target Start/End: Original strand, 33687649 - 33687748
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  33687649 gtagtgatacataaatcatcttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatgtgtccatgtgatctctacacacacaagaaactca 33687748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 256
Target Start/End: Original strand, 36890376 - 36890559
Alignment:
Q  82 ggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ctccacatacacaagaaa 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||| | ||||| ||| || |||    
T  36890376 ggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccacacaca-aaaaaa 36890474  T
Q  181 ctcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    |||||||          ||| |||||||||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  36890475 ctcacatgtattgtctctcatacactctcacatcg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 36890559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 86 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 1447926 - 1447853
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgt 159  Q
    |||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  1447926 tagttatatatagacaactttaggtggcatgtaccacttatacatccacgcacaattgtgacatatgtccatgt 1447853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 192 - 261
Target Start/End: Original strand, 8076374 - 8076443
Alignment:
Q  192 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttttgt 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8076374 acactctcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctcttgt 8076443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 11247192 - 11247377
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaa-c 181  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||||| |||||||| |||||  ||||  |||| || ||  | |||||| ||| |    
T  11247192 gagtagtgatacatagactaccttagatggcatatactacttgtacatccacacacaattttgacaaatgtctttgtgatccccctacacacaaaaaaac 11247291  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11247292 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttt 11247377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 144
Target Start/End: Original strand, 8378344 - 8378405
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgt 144  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  8378344 gagtggtgatacatagaccaccttagatgacatgtaccatttgtacatccacacacagttgt 8378405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 152
Target Start/End: Original strand, 20151384 - 20151453
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtg 152  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |||||||||    
T  20151384 gagtaatgatacatagaccactttaggtagcatataccacttgaacacccacacataattatgacatgtg 20151453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 83 - 257
Target Start/End: Original strand, 23915972 - 23916146
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23915972 gagtagtgatacatagatcaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 23916071  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23916072 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 23916146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 9045833 - 9046015
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ctccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||||| |||||| ||||    
T  9045833 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtcctccacacacacaa-aaac 9045931  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    | ||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  9045932 ttacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 9046015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 14314168 - 14313983
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||  || || |||| || |||     
T  14314168 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaag 14314069  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||||||          ||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  14314068 tcacatgtattgtctctcacacactctcacat-aaagtggtacaatgtgtgtatgga-aaaagtgtgtacatgaaacattatcctttt 14313983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 34792833 - 34792651
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtgg--tctccacatacacaagaaa 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | |||| ||||| |||||| |||||  |||| ||| |||||| |||    
T  34792833 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtccttgtggtctctctacacacacaa-aaa 34792735  T
Q  181 ctcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    |||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||||    
T  34792734 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 34792651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 86 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 1244735 - 1244645
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||| ||||||| || || ||||||    
T  1244735 tagtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttggcaagtgtccttgtggtccccccacacacaa 1244645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 84 - 255
Target Start/End: Original strand, 16717991 - 16718179
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacaca--attgtgacatg-----tgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||| |  |||||||||||     ||||||| ||||| | ||| ||||||    
T  16717991 agtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacacatataattgtgacatgacatgtgtccatttggtccctacacacacaa 16718090  T
Q  177 gaaactcacatt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||||  ||          || ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16718091 gaaactcatcttttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 16718179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9521999 - 9521905
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacac--aattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacaca 175  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||| | | |||||| || |||||||||||    
T  9521999 gagtagtaatacatagatcaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacataattgtgacatatattcatgtgatccccacatacaca 9521905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 89 - 156
Target Start/End: Original strand, 29429590 - 29429657
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtcca 156  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  29429590 tgatacacagactaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtcca 29429657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 257
Target Start/End: Original strand, 12748217 - 12748396
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ctccacatacacaagaaactcaca 186  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| | | ||||||||||| ||||||||||||  || |||| |||||| ||| |||      
T  12748217 tgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatctgtccatgtggttcctacacacacacaaaaaa-tcatc 12748315  T
Q  187 tt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||          || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12748316 ttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtataaagaaaagggtgtttatgaaacattatcctt 12748396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 33167576 - 33167527
Alignment:
Q  1 aagttgtgtgttaagccacagtcagcactc--tggtcaaagtgctgccaa 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  33167576 aagttgtgtgttaagccacagtcagcactctatggtcaaagtgctgccaa 33167527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9521858 - 9521809
Alignment:
Q  209 tggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||||||  |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  9521858 tggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatccttt 9521809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Original strand, 3121610 - 3121782
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3121610 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 3121709  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  3121710 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 3121782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 83 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 24475883 - 24475714
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  24475883 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtagtccccacacacacaagaaact 24475784  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacatta 252  Q
    ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24475783 cacttttacacactctcacgtggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 24475714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 33299979 - 33300154
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac--aagaaa 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||    
T  33299979 gagtagtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccatttatacacccatatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacacacacaagaaa 33300078  T
Q  181 ctcacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  33300079 ctcactttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgaagaatacggtgttcatgaaacattatcct 33300154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 14945918 - 14945732
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaa-- 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||| | | || |||      
T  14945918 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaaatgtaacatgtgtttatttggtccccacacaaaaaaaaaaaa 14945819  T
Q  181 --------ctcacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
            ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14945818 aaaaaaaactcacattcacgcactctcacataggagtggtacataatgtgtatgaagaaaagggtgttcatgaaacattatcctttt 14945732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36272840 - 36272661
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaactca 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||    
T  36272840 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccacacacacaaaaaaactca 36272741  T
Q  185 ca----------ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||          ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  36272740 catgtattgtctttcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 36272661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32599430 - 32599247
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ctccacatacacaagaaa 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| || |||    
T  32599430 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacaca-aaaaaa 32599332  T
Q  181 ctcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    |||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  32599331 ctcacatgtattgtctgtcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 32599247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13697146 - 13696965
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||  || || |||| || ||| |    
T  13697146 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagt 13697047  T
Q  183 cacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    |||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  13697046 cacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 13696965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 85 - 256
Target Start/End: Original strand, 40216411 - 40216592
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||  || |||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||    
T  40216411 gtagtgatatataaaccaccttagatgatatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacataagaaactca 40216510  T
Q  185 catt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
      ||          || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  40216511 tcttttatgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 40216592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4434772 - 4434695
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtg 160  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  4434772 gagtagtgatatatagaccaccttatgtggcatgtaccacttgtacttccacacactattgtgacatgtgtccatgtg 4434695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 176
Target Start/End: Original strand, 5562936 - 5563029
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5562936 gagtagtgatacatagactattttaggtggcatgtaccatttatacattcatatataattttgacatgtgtcgatgtggtctccacacacacaa 5563029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 36709373 - 36709189
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||  ||||  ||||||| || || |||||| |||||    
T  36709373 gagtactgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaaatgtcattgtggtccccccacacacaaaaaact 36709274  T
Q  183 cacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||||          ||||||| ||||| |||| |||||||||  || |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  36709273 cacatgtattgtctgtcacacattctcatatgg-agtggtacaatgtttgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatccttt 36709189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 81 - 255
Target Start/End: Original strand, 17823577 - 17823761
Alignment:
Q  81 aggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaa 179  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||| | |||||| ||| | |||||| ||||||| || || |||| || ||    
T  17823577 aggagtagtgatacataaaccaccttagatggtatgtatcacttgtacacccacatacaattttgataagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaa 17823676  T
Q  180 actcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  17823677 actcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 17823761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 176
Target Start/End: Original strand, 40095263 - 40095356
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| | |||||| ||||| |||||  ||||||| || || ||||||    
T  40095263 gagtagtgatacatagaccaccttagatgacatgtaccacttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacacaa 40095356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 42061412 - 42061307
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ctccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||| ||| | |||||| ||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||| ||||    
T  42061412 agtagtgatacatagagcactttgggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacacaaaaaac 42061313  T
Q  182 tcacat 187  Q
    ||||||    
T  42061312 tcacat 42061307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 23860346 - 23860305
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccactt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860346 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccactt 23860305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 160
Target Start/End: Original strand, 25333144 - 25333221
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtg 160  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  25333144 gagtagttatacatagaccaccttggatcgcatgtaccacttgtacatcaacacacatttgtgacatgtgttcatgtg 25333221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 33555545 - 33555359
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ctccacatacacaagaaa 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||   | |||||||| ||||| |||||  ||||||  | ||||| | | || |||    
T  33555545 gagtagtgatacatagatcaccttaagtggcatgtaccacttgtacacttacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacaaaaaaaaaa 33555446  T
Q  181 ctcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||||||          ||||||| |||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  33555445 ctcacatgtattgtctgtcacacattctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttt 33555359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 14242697 - 14242627
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgt 153  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||| ||||    
T  14242697 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacctgtacacccacacacaattttgacaagtgt 14242627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 4434658 - 4434592
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4434658 tcacacattctcacatg-aggtggtacaatgtgtgtatggaaaaaatagtgttcatgaaacattatcc 4434592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 14242586 - 14242523
Alignment:
Q  192 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  14242586 acactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14242523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 37914419 - 37914359
Alignment:
Q  91 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtg 152  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37914419 atacataaaccaccttaggtggcatacacc-cttttacatccacacacatttgtgacatgtg 37914359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 24)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Original strand, 28897995 - 28898167
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28897995 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 28898094  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    | | |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898095 ccctttcacacactctcatatgagagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 28898167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 83 - 244
Target Start/End: Original strand, 2599531 - 2599692
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2599531 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacatacacaagaaact 2599630  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatg 244  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  2599631 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgaaaaaaagggtgttcatg 2599692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 45413720 - 45413554
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||        
T  45413720 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatatggtccccacacacacaaga---- 45413625  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
        ||||| ||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45413624 ---tttcacgcaccctcacataggagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattgtcct 45413554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 83 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10391487 - 10391348
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  10391487 gagtaatgatacatagatcatcttaggtggcatgtgccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacataagaaact 10391388  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtg 222  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  10391387 cactttcacacactctcacatgggagtagtacataatgtg 10391348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Original strand, 11904855 - 11905035
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||    
T  11904855 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctactcacacaagaaactca 11904954  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
              |  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11904955 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 11905035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 84 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 43066085 - 43065899
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| | ||||| ||| || |||||    
T  43066085 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccacacaca-aaaaaact 43065987  T
Q  183 cacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttttgt 261  Q
    |||||          |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||  |||| ||| |||||||||||||||||    
T  43065986 cacatgtattgtctctcacacactctcacatggaa-tggtacaatgtatgtatggaaaaaaatgtgtacataaaacattatccttttgt 43065899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 14342371 - 14342186
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaa-ttgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac--aagaa 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||| |||||| ||||||| || |||||||  || ||    
T  14342371 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaatttttgacaagtgtccttgtggtccccccatacacaaaaaaa 14342272  T
Q  180 actcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    | ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  14342271 attcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14342186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 257
Target Start/End: Original strand, 35200559 - 35200740
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcac 185  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||| | ||| | ||||||||||||     
T  35200559 tagtgatacataaaccaccttaggtggcatatattacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtccctacacatacaagaaactcat 35200658  T
Q  186 att----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
     ||          || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  35200659 cttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatcaaacattatcctt 35200740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 91 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 8368545 - 8368473
Alignment:
Q  91 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8368545 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtc 8368473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 83 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 1993822 - 1993739
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctcc 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  1993822 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtctcc 1993739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 84 - 187
Target Start/End: Original strand, 27497174 - 27497276
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactc 183  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||||||    
T  27497174 agtagtgataca-agaccactttaggtggcatgtaccacttgtacatccacagacaattgcgacatgtgttcatgtggtttccatacacacaaaaaactc 27497272  T
Q  184 acat 187  Q
    ||||    
T  27497273 acat 27497276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 41075774 - 41075594
Alignment:
Q  88 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccac--atacacaagaaactcac 185  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | | | || ||||||||    
T  41075774 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacaaaaaaaaaaaaaactcac 41075675  T
Q  186 a----------ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    |          ||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  41075674 attttgtgtctttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaatggtgtctacgaaacattatcctt 41075594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 91 - 167
Target Start/End: Original strand, 45502670 - 45502746
Alignment:
Q  91 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctcca 167  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45502670 atacataaaccaccttaagtggtatgtaccacttgtacattcatatacaattgtgacatgtgtccatgtggtctcca 45502746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 169
Target Start/End: Original strand, 31774729 - 31774810
Alignment:
Q  88 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  31774729 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacactcacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccaca 31774810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 16465789 - 16465706
Alignment:
Q  88 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacata 171  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || | ||| | |||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  16465789 gtgatacatagaccaccttagacggcatgtaccacttgtatacccacatacaattgtgacatgtgtctacgtggtctctacata 16465706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 149
Target Start/End: Original strand, 12142083 - 12142147
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacat 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | | |||||||||||    
T  12142083 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacat 12142147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 184
Target Start/End: Original strand, 10592010 - 10592077
Alignment:
Q  117 taccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    |||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10592010 taccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtctctacacacacaagaaactca 10592077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 41880271 - 41880209
Alignment:
Q  103 ccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctc 165  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  41880271 ccttaggtggcatgtaccatttgtacatctatacacaattgtgacacgtatctatgtggtctc 41880209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 4077143 - 4077102
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccactt 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4077143 gagtagtgatatatagaccaccttaggtggcatgtaccactt 4077102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 31523692 - 31523608
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||| |||||| ||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  31523692 gtagtgatagatagaccatcttagatgacatgtatcacttgtacatctatatataattgtgataagtgtccatgtgatctccaca 31523608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 152
Target Start/End: Original strand, 44081068 - 44081136
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtg 152  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || || |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  44081068 agtagtgatacatacaccaccttagatggcatgtatcatttgtacatccacacgtaattgtgacatgtg 44081136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 42354503 - 42354443
Alignment:
Q  187 ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaa 247  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  42354503 ttcacatactctcacatggaggtggtacaatatgtgtatggagaaaaaggtgtccatgaaa 42354443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 257
Target Start/End: Original strand, 31774841 - 31774910
Alignment:
Q  187 ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||||||    
T  31774841 ttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaatagtgtctacgaaacattatcctt 31774910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 4076835 - 4076767
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||   |||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  4076835 tcacacactctcacataga-gtggtacaatatgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 4076767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 7e-71; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 50498210 - 50498385
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  50498210 gagtagtgatacatagatcaccttaggtagtatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 50498309  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50498310 cacattcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 50498385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 22364643 - 22364468
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||    
T  22364643 gagtagtgatacataaatcaacttaggtggcatataccacttatacacccatatacaattgtgatatgtgtccatgtggtcccctaacacacaagaaact 22364544  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||| || | |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22364543 cacttttatacactctcacatgggagtggtacataatatgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccttt 22364468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 42179319 - 42179148
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  42179319 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacacccatgcacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaaaaaact 42179220  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||| ||  || |||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||    
T  42179219 cacttt--cagactctcacataggagtggtacatagtgtgtatgaaaaaaaggatgttcatgaaacattatcct 42179148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 251
Target Start/End: Original strand, 32290215 - 32290377
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactc 183  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     ||||||||||  |||| |||||||||| ||    
T  32290215 agtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgaca-----ccatgtggtcctcacacacacaagaaattc 32290309  T
Q  184 acattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacatt 251  Q
    || |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  32290310 actttcatacactctcacatgggagtggtacatagtatgtatggagaaaagagtgttcatgaaacatt 32290377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 83 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5817562 - 5817471
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac 174  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5817562 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 5817471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 188
Target Start/End: Original strand, 51579323 - 51579425
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcac 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||| ||||||||    
T  51579323 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggttcccacacatacaaaaaactcac 51579422  T
Q  186 att 188  Q
    |||    
T  51579423 att 51579425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 25784090 - 25783908
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  25784090 gagtagtgatacatagatcatcttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattgtgacatgtattcatgtagtccccacatacacaaaaaact 25783991  T
Q  183 cacatt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||| ||          ||||||||||||||| | | |||||||  |||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||    
T  25783990 cacttttattgtttcacacacactctcacatagga-tggtacaacgtgtgtatagaaaaaaagatgttcatgaaacattatcct 25783908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 37605873 - 37605691
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| || || |||| || |||     
T  37605873 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 37605774  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  37605773 tcacatgtattgtccctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 37605691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 200
Target Start/End: Original strand, 20107110 - 20107228
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca-tccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||   || || ||||    
T  20107110 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacaccccgcacacaattgtgacatgtgtccatgtggttcccacgcgcataaaaaac 20107209  T
Q  182 tcacattcacacactctca 200  Q
    || ||||||||||||||||    
T  20107210 tcgcattcacacactctca 20107228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 84 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25164652 - 25164471
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ctccacatacacaagaaac 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| || ||||    
T  25164652 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcctccacacaca-aaaaaac 25164554  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||||    
T  25164553 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 25164471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 83 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 45996076 - 45995895
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtct-ccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| ||| || ||||    
T  45996076 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtctcccacacaca-aaaaaac 45995978  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  45995977 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 45995895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 17044003 - 17044185
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtgg-tctccacatacacaagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||| ||| || |||     
T  17044003 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttccccacacaca-aaaaaag 17044101  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    || |||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  17044102 tcccatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 17044185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 32525204 - 32525127
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtg 160  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  32525204 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatataccacttatacatccacacacaattgtgatatgtgtctatgtg 32525127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Original strand, 48525328 - 48525508
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| | | ||||||||||||||| |||||| || | ||| ||| |||||||| |    
T  48525328 gtagtgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgttcatgtgttccctacacacataagaaactta 48525427  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
              |  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  48525428 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcc 48525508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 55281208 - 55281391
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaac- 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| || || |||||| |||      
T  55281208 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 55281307  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||||||          ||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  55281308 tcacatgtattgtctctcacacattctcacatgga-gtggtacaatgtatgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 55281391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 163
Target Start/End: Original strand, 43749091 - 43749172
Alignment:
Q  82 ggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||    
T  43749091 ggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtc 43749172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 83 - 160
Target Start/End: Original strand, 51579581 - 51579657
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtg 160  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  51579581 gagtagtgataca-agaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccaaatacaattgtgacatgtgtccatgtg 51579657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 83 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 24059315 - 24059236
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  24059315 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtatcatttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggt 24059236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 86 - 255
Target Start/End: Original strand, 3287087 - 3287262
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcac 185  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| | |||| |||||||||  || ||| || ||||||      
T  3287087 tagtgatacataaaccaccttagatggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagagtccttgtggtctctccacacaaaaaaaactcgt 3287186  T
Q  186 at------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatg-gtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||      |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||    
T  3287187 attatctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 3287262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 176
Target Start/End: Original strand, 41277220 - 41277308
Alignment:
Q  88 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaa 176  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  41277220 gtgatacatagatcaccttaggtgacatgtaccacctgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacacacaa 41277308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 192 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 14150023 - 14149956
Alignment:
Q  192 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14150023 acactttcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctttt 14149956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 39631320 - 39631274
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39631320 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtaca 39631274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 159
Target Start/End: Original strand, 36851231 - 36851303
Alignment:
Q  87 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgt 159  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  ||  ||||||||||||||||||||    
T  36851231 agtgatgcatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacacccacgcatgattgtgacatgtgtccatgt 36851303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 14786801 - 14786734
Alignment:
Q  190 acacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  14786801 acacaatctcacatgagagtggtacataatgtgtatgaaaaaaatggtgtccatgaaacattatcctt 14786734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 188 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9118582 - 9118512
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  9118582 tcacgcactctcacatgaatgtggtacattgtatgtatggaggaaagggtgttcatgaaatattatccttt 9118512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 89 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 26720077 - 26719997
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |  ||||||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  26720077 tgatacataaaccaccttaggtggcgtgtaccacttctacacccacattcaattgtaacatgtgtctttgtggtccccaca 26719997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 259
Target Start/End: Original strand, 20107230 - 20107274
Alignment:
Q  215 atagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20107230 atagtgtgtatgaaaaaaagggtgttcatgaaacattatcctttt 20107274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 14786887 - 14786853
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14786887 gagtagtgatacatagaccaccttaggtgacatgt 14786853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 25437068 - 25437008
Alignment:
Q  91 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtg 152  Q
    |||||| |||||||||||||| |||  |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25437068 atacatggaccaccttaggtgacatacacctttta-acatccatacacaattgtgacatgtg 25437008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Original strand, 31741043 - 31741219
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||    
T  31741043 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtctatgtgctccccacacacacaagaaact 31741142  T
Q  183 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31741143 cactttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatagaaaaaaggatgttcatgaaacattatcctttt 31741219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 85 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 42974558 - 42974389
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||       
T  42974558 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattgtgacatgtgttcatatggtccccacacacacaaaaaac--- 42974462  T
Q  185 cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttttgt 261  Q
       ||||||||||| |||||| ||| |||||  ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||    
T  42974461 ---tcacacactcttacatgggagt-gtacaatgtgtgtatggaaacaaaggtgttcatgaaacattatccatttgt 42974389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 85 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 38349639 - 38349450
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||| ||| | | |||||||||||||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||    
T  38349639 gtagtgatacataaaccatcttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacacataagaaactca 38349540  T
Q  185 catt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttttgtgta 264  Q
      ||          || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38349539 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatccttatgtgta 38349450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 256
Target Start/End: Original strand, 28713679 - 28713860
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| | | |||||||||||||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||    
T  28713679 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacacataagaaactca 28713778  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
              |  ||| ||||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28713779 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatatgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 28713860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 46576424 - 46576239
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||| |||||| ||||||  || || |||| || |||     
T  46576424 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttaacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaag 46576325  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatccttt 258  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  46576324 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttt 46576239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 38755077 - 38754973
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| || |||||    
T  38755077 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgaacacccatacataattatgacatgtgtccatgtgatccccacacaca-aaaaaact 38754979  T
Q  183 cacatt 188  Q
    ||||||    
T  38754978 cacatt 38754973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 85 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 37536495 - 37536317
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||||| || ||| | |||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||    
T  37536495 gtagtgatacataaatcatcttaggtggcatatatcacatgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtccctacacacacaagaaactca 37536396  T
Q  185 catt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattat 253  Q
      ||          || ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37536395 tcttttgtatctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaatggtgttcatgaaacattat 37536317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 47480196 - 47480116
Alignment:
Q  81 aggagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 162  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  47480196 aggagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacaccca-atacaattgtgacatgtgtccatatggt 47480116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 155
Target Start/End: Original strand, 48460659 - 48460731
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  48460659 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcc 48460731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 166 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6220252 - 6220185
Alignment:
Q  166 cacatacacaagaaactcacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaa 233  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  6220252 cacatacaaaaaaaactcacattcacacactctcacatgagagtggtacatagtgtgtatggaaaaaa 6220185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 30922892 - 30922708
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||| |||| ||||| |||||| ||| ||| || || |||| || ||||    
T  30922892 gagtagtgatacatagatcaccttaggtggtatgtaccacatgtacattcacacataattttgacaagtgtccttgtagtccccccacacacaaaaaaac 30922793  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||||          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||   ||| |||||||||||||||||    
T  30922792 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatcctt 30922708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 90 - 185
Target Start/End: Original strand, 11752604 - 11752699
Alignment:
Q  90 gatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcac 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | | | ||||||||||||||| || |||||| ||||| ||| || ||||||||    
T  11752604 gatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacctacatataattgtgacatgtgttcacgtggtccccacacacataaaaaactcac 11752699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 257
Target Start/End: Original strand, 43359087 - 43359156
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  43359087 tcacacactctcacatgagggtgatacattgtgtgtatggagaaaatggtgtcaatgaaacattatcctt 43359156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 256
Target Start/End: Original strand, 33496499 - 33496682
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaac 181  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | | |||| ||||| |||||  |||| || || || |||| || ||||    
T  33496499 gagtagggatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtctttgtgatccccccacacacaaaaaaac 33496598  T
Q  182 tcacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||| ||          |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  33496599 tcatatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 33496682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 51938 - 52018
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||| |||||| | ||| || ||| |||||||    
T  51938 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggtatgtactatttgtacatctatatacaattttaacaagtatccttgtggtc 52018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 254
Target Start/End: Original strand, 36675940 - 36676003
Alignment:
Q  191 cacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatc 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||| || ||| ||||||    
T  36675940 cacactctcacatggaagtgatacatagtatatatggagaaaagggtgttgatcaaatattatc 36676003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 43068831 - 43068765
Alignment:
Q  87 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgt 153  Q
    ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||| ||||||||||    
T  43068831 agtgatacacataccaccttaggtcgcatgtaccacttaaacctccacacataattttgacatgtgt 43068765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 169
Target Start/End: Original strand, 43970964 - 43971044
Alignment:
Q  88 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccaca 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |  |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||    
T  43970964 gtgatacatagaccaccttaggtggcatacaccctttaaaactccacacacaattttga-atgtgtccacgtggtccccaca 43971044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 256
Target Start/End: Original strand, 23004757 - 23004938
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactc 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||| || ||||||    
T  23004757 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtattcatgtggtccccacacacataa-aaactc 23004855  T
Q  184 aca----------ttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    |||          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23004856 acattcacacactttcacacactctcacatggaagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 23004938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 83 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 8330774 - 8330669
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaact 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| || ||||||||||||| ||| || ||||| |||||    
T  8330774 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacattcacacacaattgtgatatatgtccatgtggtccccatatgcacaaaaaact 8330675  T
Q  183 cacatt 188  Q
    ||||||    
T  8330674 cacatt 8330669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 84 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 12224184 - 12224006
Alignment:
Q  84 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaag-aaact 182  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| || || ||||||| |||||    
T  12224184 agtagtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccctcacacacaagaaaact 12224085  T
Q  183 cacat----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattat 253  Q
    |||||          |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||    
T  12224084 cacatgtattgtctctcacacactctcacct-gaagtggtaca-agtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 12224006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 50989203 - 50989283
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  50989203 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtc 50989283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 51092335 - 51092415
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  51092335 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtc 51092415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 87 - 188
Target Start/End: Original strand, 33288136 - 33288238
Alignment:
Q  87 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac-aagaaactcac 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||| || ||||||||    
T  33288136 agtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgatatgtgtctatgtggtcctcacacacacaaaaaaactcac 33288235  T
Q  186 att 188  Q
    |||    
T  33288236 att 33288238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 162
Target Start/End: Original strand, 38247801 - 38247877
Alignment:
Q  86 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  38247801 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggt 38247877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36674699 - 36674519
Alignment:
Q  85 gtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactca 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  || | | |||||||||||||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||    
T  36674699 gtagtgatacataaaccaccttaggtgacatataccacttgtacactcacatataattgtgacatgtgtccatgtgatcactacacacataagaaactca 36674600  T
Q  185 ----------cattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
              |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  36674599 tcttttatgtctctcaaacactctcatatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaaggatgttcatgaaacataatcc 36674519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 9271110 - 9271190
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||    
T  9271110 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtc 9271190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 39947333 - 39947233
Alignment:
Q  89 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcacatt 188  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||  || |||||||||||    
T  39947333 tgatatatagaccaccttaagtgacatgtaccacttatacacccacatacaattgtgatatgtgtccatgtgatcttcacacaccaaaaaaactcacatt 39947234  T
Q  189 c 189  Q
    |    
T  39947233 c 39947233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 87 - 256
Target Start/End: Original strand, 46135531 - 46135708
Alignment:
Q  87 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcaca 186  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||| || || |||| | | | |||||||||||||||||||   ||||  ||| |||||||| |||||||      
T  46135531 agtgatacatagaccatcttaaatggcatgtatcatttgtacacctacatacaattgtgacatgtgtccgcatggttcccatatacacaaaaaactcatt 46135630  T
Q  187 tt--------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 256  Q
    ||        ||||||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46135631 ttatatctctcacacactctcacataggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaatgatgttcatgaaacattatcct 46135708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Original strand, 40725869 - 40725966
Alignment:
Q  105 ttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccacatacacaagaaactcacattcacacactctcaca 202  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||  || ||||| ||| ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||    
T  40725869 ttaggtggtatgtaccacttgtacatccatatacaattgttacatgtgtttatatggtccccaaatacaaaaaaaaatcacattcatacactctcaca 40725966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 178 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 44092510 - 44092433
Alignment:
Q  178 aaactcacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44092510 aaactctcattcacacactcttacatgagagtggtacatagtttgtagagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 44092433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 159
Target Start/End: Original strand, 54713532 - 54713600
Alignment:
Q  91 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgt 159  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  54713532 atacatagaccacgttaggtggcatgtaccacttgaacatccacacataattatgacatgtgtccatgt 54713600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 8496706 - 8496786
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| | |||||| ||||| |||||  |||||||    
T  8496706 gagtattgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtccacccacatacaattttgacaagtgtctttgtggtc 8496786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 48034991 - 48034911
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | |||||| ||||| |||||| |||||||    
T  48034991 gagtggtgatacataaaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtc 48034911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 49584490 - 49584451
Alignment:
Q  256 ttttgtgtagtgtttgctgtgccaccgaatccataccttc 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49584490 ttttgtgtagtgtttgctgtgccaccgaatccataccttc 49584451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 29915141 - 29915095
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  29915141 gagtagtgatacatagaccaccttatgtggcatataccacttgtaca 29915095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 29964294 - 29964248
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  29964294 gagtagtgatacatagaccaccttatgtggcatataccacttgtaca 29964248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 48034874 - 48034808
Alignment:
Q  188 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||  |||| ||| |||||||||||    
T  48034874 tcacacactctcacatg-aagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacataaaacattatcc 48034808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 257
Target Start/End: Original strand, 52929 - 52996
Alignment:
Q  190 acacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctt 257  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  52929 acacaatctcacatgagagtggtacataatgtgtatgaaaaaaatggtgtccatgaaacattatcctt 52996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 117
Target Start/End: Original strand, 52843 - 52877
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52843 gagtagtgatacatagaccaccttaggtgacatgt 52877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 198
Target Start/End: Original strand, 52869 - 52927
Alignment:
Q  143 gtgacatgtgtccatgtggtctccacatacac---aagaaactcacattcacacactct 198  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   || |||||||||||||||||||||    
T  52869 gtgacatgtgtccatatggactccacacacacacaaaaaaactcacattcacacactct 52927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 10413 - 10333
Alignment:
Q  83 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 163  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || || || | | |||| ||||| |||||| |||||||    
T  10413 gagtagtaatacatagaccaccttaggtgacatgtactacttgtatattcacatataattttgacaagtgtccttgtggtc 10333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 192 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3118 - 3052
Alignment:
Q  192 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcctttt 259  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  3118 acactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacattatcctttt 3052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University