View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17704_low_1 (Length: 706)

Name: NF17704_low_1
Description: NF17704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17704_low_1
NF17704_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-693)||(30393286-30393976)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 30393976 - 30393286
Alignment:
Q  16 atgacatcaaaatccgcatggcagcagttttattctctggtagcttttaaaacacggtaactcatacatacaatttaggatgtgaactttggaattctgt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30393976 atgacatcaaaatccgcatggcagcagttttattctctggtagcttttaaaacacggtaactcatacatacaatttaggatgtgaactttggaattctgt 30393877  T
Q  116 atatatatagttacacacaaatttagttaccatttgaaagctatggtaggaatg-----agacaacttttttaattagtaaatataatatatgactctaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30393876 atatatatagttacacacaaatttagttaccatttgaaagctatggtaggaatggaatgagacaacttttttaattagtaaatataatatatgactctaa 30393777  T
Q  211 caaacctgtcag----aactcaaccatagcatgttgattgaaaatgaaatgcataaaagtgcatgagcacggggaatgtacatgaatagcattttacatc 306  Q
    ||| ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  30393776 caaccctgtcagtcagaactcaaccatagcatgttgattgaaaatgaaatgcataaaagttcatgagcacggggaatgtatatgaatagcagtttacatc 30393677  T
Q  307 caaaaatgtatatgcatgtatcaaaatattggtcctgatgacaaagaaatgatgtacccgttcacatgtgtcggtagtttcattcacttaggtaaagaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30393676 caaaaatgtatatgcatgtatcaaaatattggtcctgatgacaaagaaatgatgtacccattcacatgtgtcggtagtttcattcacttaggtaaagaaa 30393577  T
Q  407 atctgtaacaagagtatgggatgcttgtcccacaaagttgatgtttaattcatcttctaaaaacgaatttgaaattatgacacaaaggtaaaaggtcaga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30393576 atctgtaacaagagtatgggatgcttgtcccacaaagttgatgtttaattcatcttctaaaaacgaatttgaaattatgacacaaaggtaaaaggtcaga 30393477  T
Q  507 gagataggggacctcaaaagccctaaaataggtaaattttagtatgggttgctcccccattcccacaccattaggtgtgagtttatggtagttacta--- 603  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30393476 gagataggggacctcaaaagccttaaaataggtcaattttagtatgggttgctcccccattcccacaccattaggtgtgagtttatggtagttactagca 30393377  T
Q  604 -gcacctagctaactcaatagtaccatggtagtgtagtacctcacctaaccaacaaattaaccccaccaaaaacttattccatacacttct 693  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30393376 tgcacctagctaactcaatagtaccatggtagggtagtacctcacctaaccaacaaattaaccccaccaaaaacttattccatacacttct 30393286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University