View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17715_low_1 (Length: 793)

Name: NF17715_low_1
Description: NF17715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17715_low_1
NF17715_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-784)||(51390544-51391328)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 784
Target Start/End: Original strand, 51390544 - 51391328
Alignment:
Q  1 aatgtgtgtgagatgtgtggtactagtagagttggtggtggtggttcttctgatgaaatgaaccgccgtgattattatgattctgatggtctttctttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51390544 aatgtgtgtgagatgtgtggtactagtagggttggtggtggtggttcttctgatgaaatgaaccgccgtgattattatgattctgatggtctttctttgg 51390643  T
Q  101 atgaattgcgtcgcaggagaattgaaaggtttggtaggtgatgaaatgtaatcatgatgatagtagaaatgaaatattaacaaataatgcaattggatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51390644 atgaattgcgtcgcaggagaattgaaaggtttggtaggtgatgaaatgtaatcatgatgatagtagaaatgaaatattaacaaataatgcaattggatgt 51390743  T
Q  201 agaaatttagttcattctattggatattagacttgtttttattttagatggatataagtttgttgtgtaactagagctgatgatactgcaacgaattatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51390744 agaaatttagttcattctattggatattagacttgtttttattttagatggatataagtttgttgtgtaactagagctgatgatactgcaacgaattatt 51390843  T
Q  301 acatcaatttagcgagttacatttacattacattttttcttggtacatagaacagtggaagcttttcttgcaagattggtttagcatttgtttccacatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51390844 acatcaatttagcgagttacatttacattacattttttcttggtacatagaacagtggaagcttttcttgcaagattggtttagcatttgtttccacatt 51390943  T
Q  401 gattttcgttaaaatg-ttgtattaatattgtcgtttgttaaattttatctgaaattttgttgcgattgagcagttgacaactgctgctgtgaatcttga 499  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51390944 gattttcgttaaaatgtttgtattaatattgtcgtttgtcaaattttatctgaaattttgttgcgattgagcagttgacaactgctactgtgaatcttga 51391043  T
Q  500 gctaccccgacgtaattttcagtagctctaatgtgtagcttctgattcatcgtgatgttcgaatccccaagcatacatgtagagtgcttgttcagatgta 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51391044 gctaccccgacgtaattttcagtagctctaatgtgtagcttctgattcatagtgatgttcgaatccccaagcatacatgtagagtgcttgttcagatgta 51391143  T
Q  600 accttgaccgtaaatatgtaatggaatggggggatgtcttggattgatttgttttgaactgcttacttcaaatacggttatttgaacaatatagttgttg 699  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51391144 accttgactgtaaatatgtaatggaatggggggatgtcttggattgatttgttttgaattgcttacttcaaatacggttatttgaacaatatagttgttg 51391243  T
Q  700 gtgtcttatcttaggtgttgctgggttctgggtttggagaagaagggtatgacgatgaagaaggattttgggtttcatctcactc 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51391244 gtgtcttatcttaggtgttgctgggttctgggtttggagaaaaagggtatgatgatgaagaaggattttgggtttcatctcactc 51391328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University