View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17716_low_8 (Length: 575)

Name: NF17716_low_8
Description: NF17716
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17716_low_8
NF17716_low_8
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (19-561)||(1868221-1868763)
chr1 (19-561)||(1842612-1843154)
chr1 (19-406)||(1856781-1857165)
chr1 (19-397)||(1815879-1816254)
chr1 (35-381)||(9161717-9162063)
chr1 (38-384)||(9229514-9229860)
chr1 (35-384)||(9170543-9170892)
chr1 (35-378)||(9155805-9156148)
chr1 (35-384)||(9218626-9218975)
chr1 (35-393)||(9118377-9118735)
chr1 (35-384)||(9200110-9200459)
chr1 (451-545)||(9162133-9162227)
chr1 (448-513)||(9219039-9219104)
chr1 (451-513)||(9156221-9156283)
chr1 (451-513)||(9170959-9171021)
chr1 (451-513)||(9178941-9179003)
chr1 (444-498)||(9229920-9229974)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (233-321)||(37572123-37572211)
chr7 (323-384)||(37567745-37567806)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (278-381)||(40568360-40568463)
chr3 (278-382)||(40591265-40591369)
chr3 (266-354)||(40597775-40597863)
chr3 (266-326)||(40573016-40573076)
chr3 (266-354)||(40579445-40579533)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (293-354)||(2015288-2015349)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 1868763 - 1868221
Alignment:
Q  19 cattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactc 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1868763 cattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactc 1868664  T
Q  119 ttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868663 ttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 1868564  T
Q  219 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868563 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 1868464  T
Q  319 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattannnnnnnnnnn 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||               
T  1868463 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgatttt 1868364  T
Q  419 nngatagcaacgattcttttatcatctagaattcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggttgcct 518  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1868363 ttgatagcaacgattcttttatcatctagaagtcctttgaaaacggtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcgaagtttttggttgcct 1868264  T
Q  519 tgtttagctgatcttgtgtgaatattttagcactttgagttga 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868263 tgtttagctgatcttgtgtgaatattttagcactttgagttga 1868221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 1843154 - 1842612
Alignment:
Q  19 cattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactc 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1843154 cattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactc 1843055  T
Q  119 ttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 218  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843054 ttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 1842955  T
Q  219 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1842954 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 1842855  T
Q  319 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattannnnnnnnnnn 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  1842854 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgatttt 1842755  T
Q  419 nngatagcaacgattcttttatcatctagaattcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggttgcct 518  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  1842754 ttgatagcaacgattcttttatcatctagaaatcctttgtaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtctttggtggcct 1842655  T
Q  519 tgtttagctgatcttgtgtgaatattttagcactttgagttga 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  1842654 tgtttagctgatcttgtgtgaatattttagtgctttcagttga 1842612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 1857165 - 1856781
Alignment:
Q  19 cattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactc 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857165 cattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactc 1857066  T
Q  119 ttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||     
T  1857065 ttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttg 1856966  T
Q  219 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 318  Q
     || |||   | | |||| || |||||| |||||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1856965 gatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaaca 1856869  T
Q  319 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctatt 406  Q
    ||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||    
T  1856868 ccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctatt 1856781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Original strand, 1815879 - 1816254
Alignment:
Q  19 cattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1815879 cattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactc 1815978  T
Q  119 ttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgttt 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| | |||||| |||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||| ||      
T  1815979 ttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagtaa 1816078  T
Q  219 cattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 318  Q
     ||  ||   | | |||| ||||||| | | |||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1816079 gatcgtt---cgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaaca 1816175  T
Q  319 ccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattgattgatttggctt 397  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||    
T  1816176 ccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctt 1816254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 35 - 381
Target Start/End: Original strand, 9161717 - 9162063
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  |||   |  ||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  9161717 gtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatgga 9161816  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatt 234  Q
    | || |||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||| | |||  |||||| |||||||| | ||| ||||||||||||  ||| ||  | ||||     
T  9161817 taataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttat- 9161915  T
Q  235 acttt-gtgtg-tgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttga 332  Q
     |||| || |  ||||| ||| |  |||| || |||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9161916 -ctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttga 9162014  T
Q  333 caacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaa 381  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  9162015 caacatttctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaa 9162063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 38 - 384
Target Start/End: Original strand, 9229514 - 9229860
Alignment:
Q  38 tgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatga 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |    
T  9229514 tgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataa 9229613  T
Q  138 tgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattact 237  Q
    | ||||  || ||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||  || || |||||| | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    
T  9229614 ttggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaat 9229713  T
Q  238 ttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaaca 337  Q
        ||||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  9229714 actagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaaca 9229813  T
Q  338 ttcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattg 384  Q
    || |||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||||||||    
T  9229814 tttctatgatttatttgggacaaaacaaccacctcatttatgaattg 9229860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 384
Target Start/End: Original strand, 9170543 - 9170892
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  9170543 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgga 9170642  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatc-ttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttat 233  Q
    | || || ||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| |||||  |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||  ||||||    ||||    
T  9170643 taattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cgggttttccatgttggattatttgttttat 9170741  T
Q  234 tacttt-gtg-tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 331  Q
      |||| ||| | ||||| ||| |  |||| || || ||| |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  9170742 --ctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttg 9170839  T
Q  332 acaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattg 384  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9170840 acaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattg 9170892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 378
Target Start/End: Original strand, 9155805 - 9156148
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  9155805 gtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatgga 9155904  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatt 234  Q
    | || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| | |||  |||||| |||||||| | ||| ||||||||||||  ||| ||    ||||     
T  9155905 taatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttat- 9156003  T
Q  235 acttt-gtg-tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttga 332  Q
     |||| ||  | ||||| ||| || |||| || |||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9156004 -ctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttga 9156102  T
Q  333 caacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaat 378  Q
    ||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  9156103 caacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcattaat 9156148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 384
Target Start/End: Original strand, 9218626 - 9218975
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  9218626 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgga 9218725  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatt 234  Q
    | || || ||||| |||  |||||||| |||||||| |||  |||||  |||||| |||||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||  | ||||     
T  9218726 taattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatc 9218825  T
Q  235 actttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaca 334  Q
      |     | ||||| ||| || |||| || || ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  9218826 tttacaattttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgaca 9218925  T
Q  335 acattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattg 384  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  9218926 acgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattg 9218975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 35 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 9118735 - 9118377
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  9118735 gtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgga 9118636  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatt 234  Q
    | || || | ||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| |||||  |||||| |||||| | ||||| |||| |||| ||  |||||| |  |||||    
T  9118635 taattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttatt 9118536  T
Q  235 actttgtgtgt-gtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgac 333  Q
     ||| || | | |||| ||| |  |||| || || | | |||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9118535 -cttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgac 9118437  T
Q  334 aacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattgattgatttg 393  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9118436 aacattcctatgatttatttgggacagaataactacctcattaatgaattgctcgatttg 9118377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 384
Target Start/End: Original strand, 9200110 - 9200459
Alignment:
Q  35 gtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatgga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| ||||    
T  9200110 gtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtgga 9200209  T
Q  135 tgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatt 234  Q
    | || || ||||| |||  |||||||| |||||||| |||| |||||  ||| || |||||| | | ||| ||||||||||||  ||||||    ||||     
T  9200210 taattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttat- 9200308  T
Q  235 acttt-gtg-tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttga 332  Q
     |||| ||| | ||||| ||| |  |||| || || ||| |||||||||| || || ||  |||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||    
T  9200309 -ctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttga 9200407  T
Q  333 caacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattg 384  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9200408 caacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattg 9200459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 545
Target Start/End: Original strand, 9162133 - 9162227
Alignment:
Q  451 tcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggttgccttgtttagctgatcttgtgtgaatattt 545  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||| || || ||| |||||||||| || || ||||| |  |||| |||||||||||    
T  9162133 tcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccgatgattaagctatcatcgtagtttttggtggctttctttagttcctcttctgtgaatattt 9162227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 448 - 513
Target Start/End: Original strand, 9219039 - 9219104
Alignment:
Q  448 aattcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggt 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||| || |||||| ||||||||||    
T  9219039 aattcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggt 9219104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 513
Target Start/End: Original strand, 9156221 - 9156283
Alignment:
Q  451 tcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggt 513  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  9156221 tcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagttttcatcgtagtttttggt 9156283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 513
Target Start/End: Original strand, 9170959 - 9171021
Alignment:
Q  451 tcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggt 513  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || || ||| ||||||||||    
T  9170959 tcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggt 9171021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 513
Target Start/End: Original strand, 9178941 - 9179003
Alignment:
Q  451 tcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctcgtcgaagtttttggt 513  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || || ||| ||||||||||    
T  9178941 tcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggt 9179003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 498
Target Start/End: Original strand, 9229920 - 9229974
Alignment:
Q  444 ctagaattcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaactctc 498  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  9229920 ctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctc 9229974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 233 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 37572211 - 37572123
Alignment:
Q  233 ttactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccc 321  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||    
T  37572211 ttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgaggaacttctgtttctagacaacaccc 37572123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37567806 - 37567745
Alignment:
Q  323 aagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaatgaattg 384  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||||||    
T  37567806 aagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattg 37567745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 40568463 - 40568360
Alignment:
Q  278 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaa 377  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||| |    
T  40568463 aattcataaacaagcaagggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgggaaagaacgaccacttcattga 40568364  T
Q  378 tgaa 381  Q
    ||||    
T  40568363 tgaa 40568360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 40591369 - 40591265
Alignment:
Q  278 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattaa 377  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |    
T  40591369 aattcataaacaagcaatggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaattcttaccacatttctatggttgatttgagaaagaacgaccacttcattga 40591270  T
Q  378 tgaat 382  Q
    |||||    
T  40591269 tgaat 40591265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 40597863 - 40597775
Alignment:
Q  266 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttg 354  Q
    ||||||| || |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || |  ||||| || ||||||||||| || |||||    
T  40597863 ccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcctatggttgatttg 40597775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 266 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 40573076 - 40573016
Alignment:
Q  266 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaaga 326  Q
    ||||||| || ||||||||| || |  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40573076 ccattgggaataaattcatacacaactaagggaacttctgtctctaaacaacagcccaaga 40573016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 266 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 40579533 - 40579445
Alignment:
Q  266 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttg 354  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| |  || || ||||| |||||||| |||||    
T  40579533 ccattgggaataaattcgtaaacaagtaacggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaatctttaccacatttctatgattgatttg 40579445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 293 - 354
Target Start/End: Original strand, 2015288 - 2015349
Alignment:
Q  293 aaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttg 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || |||||    
T  2015288 aaaggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttg 2015349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University