View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1771_low_11 (Length: 447)

Name: NF1771_low_11
Description: NF1771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1771_low_11
NF1771_low_11
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (8-437)||(36209910-36210339)
chr8 (40-383)||(36213306-36213649)
chr8 (165-437)||(36188469-36188749)
chr8 (28-437)||(36196787-36197201)
chr8 (18-382)||(36201021-36201385)
chr8 (13-437)||(36202343-36202775)
chr8 (13-380)||(36207880-36208247)
chr8 (13-384)||(36184692-36185063)
chr8 (98-384)||(36198991-36199283)
chr8 (13-120)||(36188746-36188853)
chr8 (8-95)||(36214838-36214925)
chr8 (8-117)||(36183542-36183651)
chr8 (8-61)||(36199303-36199356)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 36210339 - 36209910
Alignment:
8 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaatagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36210339 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaatagg 36210240  T
108 tctcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36210239 tctcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctt 36210140  T
208 tttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatc 307  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36210139 tgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatc 36210040  T
308 ataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgataagagacatggcatgattctcttc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
36210039 ataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgataagagacatggcatgattttcttc 36209940  T
408 caacaagagcgtttgtagcagagatgatga 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
36209939 caacaagagcgtttgtagcagagatgatga 36209910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 40 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 36213649 - 36213306
Alignment:
40 gtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctcaattttaatgataagacgtatgtagccg 139  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
36213649 gtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaatgattcaaacacaaattggtgatgcaataggtctcaattttaatgataagatgaatgtagccg 36213550  T
140 tatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcct 239  Q
     ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
36213549 aatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaacagtgacaactgcagaaagagctcatcttatttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcct 36213450  T
240 gattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctaca 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
36213449 gattgtaatgtatgatcttcatgggagactcgatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattactcacatctaca 36213350  T
340 agtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgat 383  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
36213349 agtgtggaggttttatccaatcaaatgaaggctcataaattgat 36213306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 165 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 36188749 - 36188469
Alignment:
165 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188749 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 36188650  T
265 cgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaa 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
36188649 cgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaa 36188550  T
365 tgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatga 437  Q
    ||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188549 tgaaggttcataaattgatacaattgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatga 36188469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 28 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 36197201 - 36196787
Alignment:
28 ttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctcaattttaatgataaga 127  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||      ||||| |||||||||    
36197201 ttccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacactaattggtgatgcaatag------attttgatgataaga 36197108  T
128 cgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagct 227  Q
    || ||  ||| | ||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||    
36197107 cggatccagctgaatcaacttgttgcatgttttttggtaatagaaaaagaatggcaactgcagaaagagctcatcttttgtgtgctaagatgaaagagct 36197008  T
228 gcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccc---tttggtgaagatcataatggttgcaagata 324  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
36197007 gcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcgtgggagactcgatttaggtgagattggtatccccccctttggtgaagatcataatggttgcaagata 36196908  T
325 ttgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgattctcttccaacaagag 416  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
36196907 ttgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaattgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagag 36196808  T
417 cgtttgtagcagagatgatga 437  Q
    |||||||||||||||||||||    
36196807 cgtttgtagcagagatgatga 36196787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 36201385 - 36201021
Alignment:
18 agatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctcaatttt 117  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||    
36201385 agatcaattgttccaaaagactgtcacagcaactgtgaccaagaagccagacattaataagattcaaacacagattggtgatgcaataggtctcaatttt 36201286  T
118 aatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaaga 217  Q
    ||||||| |||| | | |||   ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||    
36201285 aatgatatgacggaggcagcaaaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaagaatgacaactgcagatagagctcatcttatttgtgctaaga 36201186  T
218 tgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttg 317  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
36201185 tgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggtagatttgatttaggggagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttg 36201086  T
318 caagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattga 382  Q
    |||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||    
36201085 caaggtattgctcacacctaaaagtgtggaggttttatccgaacaaatgacagttcataaattga 36201021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 13 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 36202775 - 36202343
Alignment:
13 gagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctca 112  Q
    |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |    
36202775 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 36202676  T
113 attttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgc 212  Q
    ||||| |||||||||   || |||| | |||| |  |||||| |  ||  |||||||  |||||||| | ||||||||||||||||  ||| || | |||    
36202675 attttgatgataagattgatctagctgaatcatcctgttgcatgtcttacggtaataacaaaagaataagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgc 36202576  T
213 taagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataat 312  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||     
36202575 taagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatggtagacttgatttaagtgaaattggtatgccctttggtgaagatcataag 36202476  T
313 ggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgattctc 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||        |||||||||  |||| ||||    
36202475 ggttgcaagatattgctgacatctacaaatttggaggttttatccaaagaaatgaaggttcataaattgatacaattgtcagagacatgaaatgaatctc 36202376  T
405 ttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatga 437  Q
    |||  || |||||||||| ||||||||||||||    
36202375 ttcttactagagcgtttgaagcagagatgatga 36202343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 36208247 - 36207880
Alignment:
13 gagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctca 112  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |    
36208247 gagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctga 36208148  T
113 attttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgc 212  Q
    ||||| |||||||||   || || | | | || || |||||  | ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | |||    
36208147 attttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgtgc 36208048  T
213 taagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataat 312  Q
    |||||| ||  | ||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
36208047 taagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcatggtagacttgatttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataat 36207948  T
313 ggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| || ||||||||| |||||||    
36207947 ggttgcaagatattgctgacatctacaagctcggaggctttatccaaacatatgaaggttgataaatt 36207880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 36185063 - 36184692
Alignment:
13 gagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctca 112  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |    
36185063 gagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctga 36184964  T
113 attttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgc 212  Q
    ||||| |||||||||   || || | | | || || |||||  | ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |  ||    
36184963 attttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgc 36184864  T
213 taagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataat 312  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
36184863 taagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgatttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataat 36184764  T
313 ggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata 384  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||  |||||||| || ||||||||| ||||| |||||    
36184763 ggttgcaagatattgctcacatcaacaagctcggaggcattatccaaacatatgaaggttgataaagtgata 36184692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 98 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 36199283 - 36198991
Alignment:
98 atgcaataggtctcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagc 197  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |||  || |||| | ||| ||| |||||| | |||||| ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||    
36199283 atgcaataggtctgaattttgatgatacgacagatatagctgaatctacttgttgcatgtgttttgttaataataaaagattgacaactacagaaagagc 36199184  T
198 tgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatccccttt 297  Q
    |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||| |  |||||||||||||||||    
36199183 tcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgatttaagtaagattggtatccccttt 36199084  T
298 ggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacat------ctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
36199083 ggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaactacaagtttggagattttatccaaacaaatgaaggttcataacttgata 36198991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 36188853 - 36188746
Alignment:
13 gagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctca 112  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
36188853 gagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtctca 36188754  T
113 attttaat 120  Q
    ||||||||    
36188753 attttaat 36188746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 8 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 36214925 - 36214838
Alignment:
8 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattgg 95  Q
    |||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
36214925 gagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacacaaattgg 36214838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 8 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 36183651 - 36183542
Alignment:
8 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaatagg 107  Q
    |||| |||| |||||| | |||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||| |||| ||||||| | |||||||||    
36183651 gagctgagagagatcaattgttccaaaagatcgtcttagcaactgtgacatagaagcttgacattacatagattcgaacacaaattggtattgcaatagg 36183552  T
108 tctcaatttt 117  Q
    ||||||||||    
36183551 tctcaatttt 36183542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 36199356 - 36199303
Alignment:
8 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaaga 61  Q
    |||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36199356 gagccgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaaga 36199303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University