View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17723_low_15 (Length: 363)

Name: NF17723_low_15
Description: NF17723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17723_low_15
NF17723_low_15
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-346)||(22897926-22898271)
chr7 (1-335)||(22825912-22826246)
chr7 (39-346)||(22893645-22893952)
chr7 (40-325)||(22913367-22913652)
chr7 (42-346)||(22809336-22809652)
chr7 (40-313)||(22875615-22875891)
chr7 (48-312)||(22805019-22805283)
chr7 (40-346)||(22888985-22889300)
chr7 (1-297)||(22814681-22814986)
chr7 (50-346)||(22880294-22880599)
chr7 (42-298)||(22858154-22858422)
chr7 (48-346)||(22830732-22831039)
chr7 (48-222)||(22885326-22885500)
chr7 (48-298)||(22839753-22840012)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (48-313)||(21150739-21151013)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 22897926 - 22898271
Alignment:
Q  1 acagttaaaaacatggactcttttttctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897926 acagttaaaaacatggactcttttttctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactcc 22898025  T
Q  101 aaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898026 aaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatga 22898125  T
Q  201 caacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898126 caacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattg 22898225  T
Q  301 ccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcataat 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898226 ccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcataat 22898271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 22825912 - 22826246
Alignment:
Q  1 acagttaaaaacatggactcttttttctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactcc 100  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |    
T  22825912 acagttaaaaatttggactcttttttctcaccaaatcttcgtagtttaggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttc 22826011  T
Q  101 aaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22826012 aaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgagaatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatga 22826111  T
Q  201 caacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattg 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22826112 aaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggatag 22826211  T
Q  301 ccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccatt 335  Q
    |||  |||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  22826212 ccagagaaaagggtcaagttcttgaattggccatt 22826246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 39 - 346
Target Start/End: Original strand, 22893645 - 22893952
Alignment:
Q  39 tggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagta 138  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  22893645 tggtaactcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagta 22893744  T
Q  139 gctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggag 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893745 gctgatgaaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggag 22893844  T
Q  239 ctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaac 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | | |||||||| |||||||||| |    
T  22893845 ctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccattacc 22893944  T
Q  339 atcataat 346  Q
    ||||||||    
T  22893945 atcataat 22893952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 40 - 325
Target Start/End: Original strand, 22913367 - 22913652
Alignment:
Q  40 ggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtag 139  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| || |    
T  22913367 ggtaacttaggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttg 22913466  T
Q  140 ctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 239  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913467 aagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagc 22913566  T
Q  240 taaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttga 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||   |||||| |||||| ||||||||||||    
T  22913567 taaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttga 22913652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 42 - 346
Target Start/End: Original strand, 22809336 - 22809652
Alignment:
Q  42 tagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagct 141  Q
    ||||| |||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||  ||||| || |      
T  22809336 tagctcaggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttgaa 22809435  T
Q  142 gatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaac------------at 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||            ||    
T  22809436 gatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacat 22809535  T
Q  230 taattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttg 329  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||    
T  22809536 taattggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattg 22809635  T
Q  330 accattaacatcataat 346  Q
    |||||||  ||||||||    
T  22809636 accattactatcataat 22809652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 313
Target Start/End: Original strand, 22875615 - 22875891
Alignment:
Q  40 ggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtag 139  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||| || |    
T  22875615 ggtagtttaggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttg 22875714  T
Q  140 ctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttta--ac-aacattaattgg 236  Q
      ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  || | |||  |||||    
T  22875715 aagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattgg 22875814  T
Q  237 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaaggg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  22875815 agctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaaggg 22875891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 48 - 312
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805283
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaa 147  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || | | || || |  |||||     
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  148 aatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacataaactggagctaaagtaa 22805218  T
Q  248 catcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagg 312  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  22805219 catcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaagg 22805283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 40 - 346
Target Start/End: Original strand, 22888985 - 22889300
Alignment:
Q  40 ggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtag 139  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  | | | || || |    
T  22888985 ggtagtttaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttg 22889084  T
Q  140 ctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacatt 230  Q
      ||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||         | ||||| |    
T  22889085 aagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacact 22889184  T
Q  231 aattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttga 330  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||  |||| ||||| ||||    
T  22889185 cattggtgctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattga 22889284  T
Q  331 ccattaacatcataat 346  Q
    |||| | |||||||||    
T  22889285 ccataaccatcataat 22889300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 22814681 - 22814986
Alignment:
Q  1 acagttaaaaacatggactcttttttctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactcc 100  Q
    |||||||||||  | |||| ||||  |||| |||||  || |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  22814681 acagttaaaaatttagacttttttacctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactcc 22814780  T
Q  101 aaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatga 200  Q
    | |||||||||||||||||||  | || | | || || |  ||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22814781 acccaagaatataatgagaagctacaagtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatga 22814880  T
Q  201 caacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgc 291  Q
     |||||||||||| |||||||         | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||     
T  22814881 taacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgt 22814980  T
Q  292 atagga 297  Q
    ||||||    
T  22814981 atagga 22814986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 50 - 346
Target Start/End: Original strand, 22880294 - 22880599
Alignment:
Q  50 gaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaaaa 149  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| | | |  || |  ||||| ||    
T  22880294 gaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataa 22880393  T
Q  150 tccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggagct 240  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||         | ||||| |||| ||||||    
T  22880394 tccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagct 22880493  T
Q  241 aaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacat 340  Q
    || ||||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||  |||| ||||| | || ||| | |||    
T  22880494 aatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcat 22880593  T
Q  341 cataat 346  Q
    ||||||    
T  22880594 cataat 22880599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 298
Target Start/End: Original strand, 22858154 - 22858422
Alignment:
Q  42 tagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagct 141  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |   || || |      
T  22858154 tagctcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaattaccccggttgaa 22858253  T
Q  142 gatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaac------------at 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||            ||    
T  22858254 gatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaaccaaaat 22858353  T
Q  230 taattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggat 298  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22858354 taattggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggat 22858422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 346
Target Start/End: Original strand, 22830732 - 22831039
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaag-tgaaaactgaacca-gtagctgatg 145  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||  || |  ||||    
T  22830732 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaa--tgaaccctgttgaagatg 22830829  T
Q  146 aaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattgg 236  Q
    | |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||          ||||| ||| |||    
T  22830830 agaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactgg 22830929  T
Q  237 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccatta 336  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  |||||| ||| | ||||| ||    
T  22830930 agctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagta 22831029  T
Q  337 acatcataat 346  Q
     |||||||||    
T  22831030 tcatcataat 22831039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 222
Target Start/End: Original strand, 22885326 - 22885500
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaa 147  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || | | || || |  |||||     
T  22885326 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaaccctgttgaagatgag 22885425  T
Q  148 aatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttta 222  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  22885426 aatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 22885500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 298
Target Start/End: Original strand, 22839753 - 22840012
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaag-tgaaaactgaa-ccagtagctgatg 145  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||| || || |  ||||    
T  22839753 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaa--tgaaccctgttgaagatg 22839850  T
Q  146 aaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattgg 236  Q
    | |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||   |||||| |||||||         | ||||| ||| |||    
T  22839851 agaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatgg 22839950  T
Q  237 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggat 298  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22839951 agctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggat 22840012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 21151013 - 21150739
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaa 147  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || | | || || |  |||||     
T  21151013 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 21150914  T
Q  148 aatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  21150913 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 21150814  T
Q  239 ctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaaggg 313  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  21150813 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaaggg 21150739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University