View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17723_low_28 (Length: 286)

Name: NF17723_low_28
Description: NF17723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17723_low_28
NF17723_low_28
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (32-286)||(30243231-30243485)
chr5 (30-286)||(30059347-30059603)
chr5 (34-286)||(4380648-4380900)
chr5 (31-286)||(30339383-30339638)
chr5 (17-286)||(30678012-30678284)
chr5 (31-286)||(30434812-30435067)
chr5 (30-286)||(30399055-30399311)
chr5 (31-286)||(30748633-30748888)
chr5 (30-286)||(29871176-29871432)
chr5 (30-286)||(30482394-30482650)
chr5 (36-247)||(30714297-30714508)
chr5 (32-286)||(29852289-29852543)
chr5 (125-286)||(30205500-30205661)
chr5 (203-286)||(30474365-30474448)
chr5 (128-286)||(29709864-29710022)
chr5 (146-282)||(30203144-30203280)
chr5 (203-286)||(30429938-30430021)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (31-286)||(20297461-20297716)
chr4 (58-102)||(52351131-52351175)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (31-286)||(26706322-26706577)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (42-246)||(7582597-7582801)
chr1 (42-235)||(7098456-7098649)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 32 - 286
Target Start/End: Original strand, 30243231 - 30243485
Alignment:
Q  32 atggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctaccaa 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||| ||||||||    
T  30243231 atggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtctaccaa 30243330  T
Q  132 acatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttcc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243331 acatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttcc 30243430  T
Q  232 atctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||| ||||||||  ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243431 atctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30243485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30059603 - 30059347
Alignment:
Q  30 atatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacc 129  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| | |  ||||    
T  30059603 atatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgtattatatcagttacc 30059504  T
Q  130 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30059503 aaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtctt 30059404  T
Q  230 ccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059403 ccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30059347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4380900 - 4380648
Alignment:
Q  34 ggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctaccaaac 133  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| || ||||||||||    
T  4380900 ggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctaccaaac 4380801  T
Q  134 atagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccat 233  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4380800 ataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatccat 4380701  T
Q  234 ctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||| || |||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380700 ctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 4380648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 31 - 286
Target Start/End: Original strand, 30339383 - 30339638
Alignment:
Q  31 tatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacca 130  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||      ||||||    
T  30339383 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttacaacgcctacca 30339482  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30339483 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtcttc 30339582  T
Q  231 catctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||| ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339583 catctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30339638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 286
Target Start/End: Original strand, 30678012 - 30678284
Alignment:
Q  17 ctgagattctctcatatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctact 116  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |    
T  30678012 ctgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggagaaactcttat 30678111  T
Q  117 tatcttatctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaa---ct 213  Q
    ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |||||||||   ||    
T  30678112 tagattctctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgct 30678211  T
Q  214 tggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678212 tggactgccatgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30678284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 31 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30435067 - 30434812
Alignment:
Q  31 tatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacca 130  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||| | |||  |    |||||    
T  30435067 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgggttacca 30434968  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434967 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttc 30434868  T
Q  231 catctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||| ||||||||  ||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30434867 catctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30434812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30399311 - 30399055
Alignment:
Q  30 atatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacc 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||   |  |||||    
T  30399311 atatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactccatttactatgcctacc 30399212  T
Q  130 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||     ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30399211 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtctt 30399112  T
Q  230 ccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||| ||  ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399111 ccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30399055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30748888 - 30748633
Alignment:
Q  31 tatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacca 130  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||   |  ||||||    
T  30748888 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaacttaaaatccctacca 30748789  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttc 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  30748788 aacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtcttc 30748689  T
Q  231 catctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||| ||  ||||  | ||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748688 catctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30748633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 29871432 - 29871176
Alignment:
Q  30 atatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacc 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||| | |  ||||    
T  29871432 atatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgtattatataagttacc 29871333  T
Q  130 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29871332 aaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtctt 29871233  T
Q  230 ccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||| ||||||||  ||  |    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871232 ccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 29871176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30482650 - 30482394
Alignment:
Q  30 atatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacc 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||   ||| ||| | |||   || ||||     
T  30482650 atatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctgatggatctccatttacgatacctacg 30482551  T
Q  130 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatca-aatgccctaaacttggactgccatgtct 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||| | |||| ||||||||||||||||| |||    
T  30482550 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttggaaatc-tcatattgccataaacttggactgccatctct 30482452  T
Q  229 tccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482451 tccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 30482394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 36 - 247
Target Start/End: Original strand, 30714297 - 30714508
Alignment:
Q  36 ataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctaccaaacat 135  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| ||||||    
T  30714297 ataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtctacgaaacat 30714396  T
Q  136 agaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatct 235  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714397 agtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattgttgccctaaacttggactgccatgtcttccatct 30714496  T
Q  236 cttgaagacctc 247  Q
    ||| ||||||||    
T  30714497 cttaaagacctc 30714508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 29852543 - 29852289
Alignment:
Q  32 atggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaact-ctacttatcttatctacca 130  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||      |||| |    
T  29852543 atggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatacttcta-ttacaacgcctacga 29852445  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatca-aatgccctaaacttggactgccatgtctt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  29852444 aacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatc-tcatattgccctgaacttggactgccatgtctt 29852346  T
Q  230 ccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||  ||   |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852345 ccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 29852289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 125 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30205661 - 30205500
Alignment:
Q  125 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccat 224  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||    |||  |   ||||||||||||||||||||||    
T  30205661 ctaccaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccat 30205562  T
Q  225 gtcttccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||  ||||||| || ||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30205561 gtcttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatc 30205500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 203 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30474448 - 30474365
Alignment:
Q  203 tgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30474448 tgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactgagatcaatc 30474365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 286
Target Start/End: Original strand, 29709864 - 29710022
Alignment:
Q  128 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtc 227  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||  ||| | ||   |   | | ||||||||| |||| ||||||    
T  29709864 ccaaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtc 29709963  T
Q  228 ttccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||| ||||||  |||||||  |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29709964 ttccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatc 29710022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 146 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203144
Alignment:
Q  146 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacc 245  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||  |   | ||||||||||  |||| |||||||||||| | || || |||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  246 tcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtc 282  Q
    |   ||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtc 30203144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 203 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30430021 - 30429938
Alignment:
Q  203 tgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||| |||||||||  ||||||| ||| ||||| || |||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30430021 tgccttaaacttgggttgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatc 30429938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 286
Target Start/End: Original strand, 20297461 - 20297716
Alignment:
Q  31 tatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacca 130  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||| |    
T  20297461 tatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttgtctacaa 20297560  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20297561 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtcttc 20297660  T
Q  231 catctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    |||||||| ||  ||||  ||| |    ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20297661 catctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatc 20297716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351131
Alignment:
Q  58 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctct 102  Q
    |||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctct 52351131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 31 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26706577 - 26706322
Alignment:
Q  31 tatggataatctgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctacca 130  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||| | |  |||||    
T  26706577 tatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttatatgagttacca 26706478  T
Q  131 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcat-caaatgccctaaacttggactgccatgtctt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  ||| || |  || | | |||||||| || |||||||||||||||    
T  26706477 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttct-cgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtctt 26706379  T
Q  230 ccatctcttgaagacctcactgtagtgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 286  Q
    ||||||||| ||  ||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706378 ccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatc 26706322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 246
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582801
Alignment:
Q  42 tgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactc-tacttatcttatctaccaaacatagagg 140  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  |||||||||||||||||| |||  || ||   | |  |||||||| ||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtacttataattga-tgacttaccaaacttagagg 7582695  T
Q  141 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttga 240  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||| | |||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||| || |    
T  7582696 ggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaa 7582795  T
Q  241 agacct 246  Q
    ||||||    
T  7582796 agacct 7582801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098456
Alignment:
Q  42 tgaaatacatggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctcttgaggaactctacttatcttatctaccaaacatagaggg 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  |||||  |||       | |||||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctctagagacactcttgttacgcgggatgccaaacttagaggg 7098550  T
Q  142 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatcatcaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatct 235  Q
      | ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||  ||||| |||  ||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  7098549 actgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatct 7098456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University