View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17734_low_15 (Length: 397)

Name: NF17734_low_15
Description: NF17734
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17734_low_15
NF17734_low_15
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-386)||(25695751-25696136)
chr8 (2-382)||(25605029-25605409)
chr8 (2-386)||(25800670-25801054)
chr8 (1-358)||(25341371-25341728)
chr8 (2-386)||(25323048-25323432)
chr8 (1-386)||(25647403-25647788)
chr8 (1-358)||(25453373-25453730)
chr8 (56-358)||(25311445-25311747)
chr8 (2-351)||(25686039-25686391)
chr8 (1-379)||(25715584-25715962)
chr8 (1-308)||(24912446-24912753)
chr8 (1-358)||(25570277-25570634)
chr8 (1-358)||(24874769-24875126)
chr8 (21-386)||(25476072-25476437)
chr8 (1-373)||(23258595-23258955)
chr8 (1-348)||(22900132-22900479)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (1-386)||(16328-16713)
scaffold0070 (235-371)||(49861-49997)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (1-373)||(3827-4199)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-339)||(10324244-10324576)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-334)||(16885781-16886114)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (44-339)||(5101495-5101790)
chr2 (44-339)||(5119054-5119349)
chr2 (47-321)||(5080187-5080461)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-339)||(14412480-14412790)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 25695751 - 25696136
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25695751 caagaaacttagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 25695850  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25695851 ctgctgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 25695950  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25695951 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 25696050  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  25696051 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaacccctttcaagagtattttcattctttctccttt 25696136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 2 - 382
Target Start/End: Original strand, 25605029 - 25605409
Alignment:
Q  2 aagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaac 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25605029 aagaaatttagacaatagttatttgaatataaccatttttctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaac 25605128  T
Q  102 tgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 201  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25605129 tgctgataatctttaccagattccgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 25605228  T
Q  202 tttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgct 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25605229 tttaacggcaatcatttcaccatcaagaagcttgccctgataaacagatccaaatgctccccttccaaggaaattactctcattgaatccatttgttgct 25605328  T
Q  302 tgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctc 382  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  25605329 tgcacaagttcataatatgatattcttcttggagctcccaaagttgacaaaccccttccaagagtattttcattctttctc 25605409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 2 - 386
Target Start/End: Original strand, 25800670 - 25801054
Alignment:
Q  2 aagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaac 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25800670 aagaaatttagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaac 25800769  T
Q  102 tgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 201  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25800770 tgctgataatctttaccaaatttcgatgacgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 25800869  T
Q  202 tttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgct 301  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25800870 tttgactgcaatcatctcaccatcaggaagcttcccctgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgct 25800969  T
Q  302 tgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | || ||||||||||| ||||||    
T  25800970 tgcacaagttcataatacgatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaagagtagtttcattctttttccttt 25801054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 25341371 - 25341728
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    |||||||||||  |||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25341371 caagaaatttattcaattgttatttgaatataaccaattgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgaacaa 25341470  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25341471 ctgctgataatcttaaccatatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 25341570  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25341571 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttgccctgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 25341670  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagcccctt 358  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25341671 ttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaacccctt 25341728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 2 - 386
Target Start/End: Original strand, 25323048 - 25323432
Alignment:
Q  2 aagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaac 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25323048 aagaaatttagacaatagttatttgaatataaccatttgtcaacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaac 25323147  T
Q  102 tgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 201  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25323148 tactgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcattctacatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattac 25323247  T
Q  202 tttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgct 301  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25323248 tttaactgcaatcatctcaccatcaagaagctttccctgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcatttaatccattagttgct 25323347  T
Q  302 tgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  25323348 tgcaaaagttcataatatgatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaagagtattttcattctttctccttt 25323432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 25647403 - 25647788
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25647403 caagaaatttagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgatcaa 25647502  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25647503 cttctgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattacattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgtaaatcaatta 25647602  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25647603 ctttaactgcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagatccaaatgctccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 25647702  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | || |||||||| || ||||||    
T  25647703 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaagagtagtttcattcattttccttt 25647788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 25453373 - 25453730
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25453373 caagaaactgagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaattccattaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 25453472  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25453473 ctgctgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcattcttcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 25453572  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25453573 ctttaactgcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 25453672  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagcccctt 358  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  25453673 ttgcaaaagttcataataggatattcttcttggagttcccaaagttgacaaacccctt 25453730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 56 - 358
Target Start/End: Original strand, 25311445 - 25311747
Alignment:
Q  56 gacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcatt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25311445 gacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcatt 25311544  T
Q  156 ctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  25311545 ctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttgccctgataaacagagccaaa 25311644  T
Q  256 tcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccc 355  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25311645 tcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaaccc 25311744  T
Q  356 ctt 358  Q
    |||    
T  25311745 ctt 25311747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 2 - 351
Target Start/End: Original strand, 25686039 - 25686391
Alignment:
Q  2 aagaaatttagacaatagctatt---tgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaac 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  25686039 aagaaatttagacaatagttattatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttaaaatcaagatttgagc 25686138  T
Q  99 aactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaat 198  Q
    |||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25686139 aactaccgataatctttactagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctcattgattttgcctctgattgcaaatcaat 25686238  T
Q  199 tactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagtt 298  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25686239 tactttaactgcaatcatctcaccatcaagaagcttcccatgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagtt 25686338  T
Q  299 gcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaa 351  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25686339 gcttgaacaagttcataataggatattcttcttggagctccccaagttgacaa 25686391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 25715584 - 25715962
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25715584 caagaaacttagacaatatttatttgaatataaccatttttctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 25715683  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25715684 cttctgataatctttaccagattccgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 25715783  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||| || |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25715784 cttttactgcaatcatctcaccatcatgaagctttccttgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 25715883  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattcttt 379  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||| | || |||| ||||||    
T  25715884 ttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcctaaagttgaaaaacccctttcaagagtagtttcgttcttt 25715962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 24912753 - 24912446
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24912753 caagaaacttagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 24912654  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24912653 ctgctgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctacatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 24912554  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24912553 ctttaactgcaatcatctcaccatcaagaagcttcccatgataaacagagccaaatcccccccttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 24912454  T
Q  301 ttgcacaa 308  Q
    ||||||||    
T  24912453 ttgcacaa 24912446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 25570277 - 25570634
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25570277 caagaaacttagacaatagttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 25570376  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  25570377 ctactgataatctttaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgtaaatcaaata 25570476  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||| || ||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | ||| |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||    
T  25570477 ctttgactgcaataatctcaccatcaggaagctccccttgatacacagagccaaagctcccccttccaagtaattttctctcattgaatccatttgttgc 25570576  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagcccctt 358  Q
    || || |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||||    
T  25570577 tttcaaaagttcataatatgatattcttcttagagctcctaaagctgataaacccctt 25570634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 24875126 - 24874769
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24875126 caagaaacttagacaatagttatttgaatataaccaactgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 24875027  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  24875026 ctactgataatctttaccagatttcgatgacgtagatttctcattgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgtaaatcaaata 24874927  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||| || ||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | ||| |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||    
T  24874926 ctttgactgcaataatctcaccatcaggaagctccccttgatacacagagccaaagctcccccttccaagtaattttctctcattgaatccatttgttgc 24874827  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagcccctt 358  Q
    || || |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||||    
T  24874826 ttacaaaagttcataatatgatattcttcttagagctcctaaagctgataaacccctt 24874769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 386
Target Start/End: Original strand, 25476072 - 25476437
Alignment:
Q  21 tatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccag 120  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||    
T  25476072 tatttaaatataaccatttgtccacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcgagatttgaacaactacaaataatcttaacaag 25476171  T
Q  121 atttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattactttaacggcaatcatctca 220  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25476172 atttcgatgtcgtagatttctcgttgcattgcattctacatcaaagctctttgcttttgcctctgactgcaaatcaattactttaaccgcaatcatctca 25476271  T
Q  221 ccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataatagg 320  Q
     |||   | || |||||| |||| |||||| |||| ||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25476272 tcattgcggagattcccccgatatacagagccaaagcccccccgtccaagtaaattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataatagg 25476371  T
Q  321 atattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||| ||| | |||||| | ||||| ||||||    
T  25476372 aaattcttcttagagctcctaaagttgataaacccctttcaagagtattttgaatctttttccttt 25476437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 23258595 - 23258955
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    |||||||||||  |||| | ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  23258595 caagaaatttaagcaatggttatctgaatataaccatttgtccacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagattggaacaa 23258694  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||            || ||||||||||| ||    
T  23258695 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgccgtagatttctcattgcattgcattctgcatcaaagctctt------------tgtttgcaaatcaaata 23258782  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23258783 ctttaactgcaatcatctcaccatcaggaagcttcccttgatacacagagccaaagccccccgttccaagtaaattgctctcattgaatccatttgttgc 23258882  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttca 373  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| || |||||| ||||| ||||||||    
T  23258883 ttgcacaagttcataatatgatattcttcttggaactcctaaggttgataaacccctttcaacaatattttca 23258955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 22900479 - 22900132
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||||||| |||| |  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  22900479 caagaaatttaaacaacaattatttgaatataaccatttgtccacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgctttgaaatcaatatttgaacaa 22900380  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||  | ||||| |||| || | ||||||||| |    
T  22900379 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgccgtagatttctcaatgcattgcattctcgatcaaagctccgtaatttttcctccgagttcaaatcaatca 22900280  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||    ||||||||||| ||| |||||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  22900279 ctttaaccgcaaatatctcaccatttgaaagcttcccctcatacacagacccaaatcctccccttccaagcaaattactctcattaaatccatttgttgc 22900180  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttga 348  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||    
T  22900179 ttgcacaagctcataataagaaattcttcttggagctccaagagttga 22900132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 16713 - 16328
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  16713 caagaaacttagacaatagttatttgaatataaccaactgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgagcaa 16614  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16613 ctgctgataatctttaccaaatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 16514  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16513 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagagccaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 16414  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttcattctttctccttt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  16413 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcctagagttgacaaacccctttcaagagtattttcattctttctccttt 16328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 235 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 49997 - 49861
Alignment:
Q  235 cccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttgga 334  Q
    |||| |||| |||||| ||||  |||| | |||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  49997 cccccgatatacagagccaaaagccccccgtccaagtaaattacactcactaaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttaga 49898  T
Q  335 gctcccaaagttgacaagccccttccaacattatttt 371  Q
    ||||| |||||||| || |||||| ||| | ||||||    
T  49897 gctcctaaagttgataaacccctttcaagagtatttt 49861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4199 - 3827
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    ||||||||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4199 caagaaatttatacattatttatttgaatataaccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatcaagatttgaacaa 4100  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4099 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcattgcattgcattctacatcaaaactctttgattttgcctcagattgcaaatcaatta 4000  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||  |||| | ||| |||||||| || || ||||| | ||||||||| |||||    
T  3999 ctttaactgcaatcatctcaccattaggaagcttcccctcatacacagaaccaaagctcccccttccaagtaatttgctctcttcgaatccatttgttgc 3900  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaagccccttccaacattattttca 373  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| || |||||| ||| | ||||||||    
T  3899 ttccacaagttcataatatgatattcttcttggagctcctaatgctgataaacccctttcaaaagtattttca 3827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 10324244 - 10324576
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    |||||||||||  |||||| ||| |||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  10324244 caagaaatttaagcaatagttatctgaatataaccaatcgtccacacttccatttgacatgaactccagcaccaatgctttgaaatcatgatttgaacaa 10324343  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||      |||||||||    
T  10324344 ctactgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcattacattgcattctgcatcaaagcttgttgattttgcctctg------aatcaatta 10324437  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    |||| || |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| |||| | ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  10324438 ctttgactgcaatcatctcaccgtcaggaagcatcccctgatacacagagccaaagctcccccttccaagtaatttactctcattgaaaccatttgttgc 10324537  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcc 339  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  10324538 ttccacaagttcataatatgatattcttcttgtagctcc 10324576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 16886114 - 16885781
Alignment:
Q  1 caagaaatttagacaatagctatttgaatatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaa 100  Q
    |||||||| || ||||||| |||  || |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||    
T  16886114 caagaaatctaaacaatagttatccgagtataaccatttttcaacacttccatttgacataaactccatcaccaatgacttgaaatctttatttgaacaa 16886015  T
Q  101 ctgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaatta 200  Q
    ||  | |||| || ||| |||||||||||||| ||| | | ||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||| ||    | ||| |||| ||    
T  16886014 cttgtaataacctcaacaagatttcgatgtcgaagaatgcgcattgcattgcattctgcgtcaaaacttcttgatgttgcttccatattcaagtcaagta 16885915  T
Q  201 ctttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgc 300  Q
    ||||||  || | |||||  ||   |  |||| | |||||||| |||||| | || |||||  ||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||    
T  16885914 ctttaattgctaccatcttcccggtagaaagcattccctgatacacagagccgaagcccccctttccaagtaagttactctcgctaaatccattagttgc 16885815  T
Q  301 ttgcacaagttcataataggatattcttcttgga 334  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  16885814 ttgcacaagttcataatatgaaatccttcttgga 16885781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 44 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5101790 - 5101495
Alignment:
Q  44 acacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctca 143  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||| |||||| || || | ||    
T  5101790 acacttccatttgacataaactccatcactagagatttgaaatcaggatttgaacaactactcataatttgaactagatttctatgtcgaaggttgcgca 5101691  T
Q  144 tcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctg--attg-caaatcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctg 240  Q
    | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||  || |||||||  |||  |  |||| | || ||    
T  5101690 ttgcattgcattctgcatcaaagcttcttga---tgcttctgccattgtcaagtcaagtactttaattgctatcatcttcccactagaaagcattccttg 5101594  T
Q  241 ataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcc 339  Q
    ||| || ||  |||| || || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  5101593 atacacggatccaaagccaccccttccaagtaaattactctcactgaatccattagttgcttgcactagttcataataggaaatcctttttggaactcc 5101495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 44 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5119349 - 5119054
Alignment:
Q  44 acacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctca 143  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||| |||||| || || | ||    
T  5119349 acacttccatttgacataaactccatcactagagatttgaaatcaggatttgaacaactactcataatttgaactagatttctatgtcgaaggttgcgca 5119250  T
Q  144 tcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctg--attg-caaatcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctg 240  Q
    | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||  || |||||||  |||  |  |||| | || |     
T  5119249 ttgcattgcattctgcatcaaagcttcttga---tgcttctgccattgtcaagtcaagtactttaattgctatcatcttcccactagaaagcattccatt 5119153  T
Q  241 ataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcc 339  Q
    ||| || ||  |||| || || |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  5119152 atacacggatccaaaaccacctcttccaagtaaattactgtcactgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaatccttcttggaactcc 5119054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 321
Target Start/End: Original strand, 5080187 - 5080461
Alignment:
Q  47 cttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgatgtcgtagatttctcatcg 146  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||  | ||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| || ||||| | ||| |    
T  5080187 cttccatttgacattaactccattaccaaagacctgaaattaacatttgaacaactggtgatgatctcaacaagatttcgatgccgaagattgcgcatag 5080286  T
Q  147 cattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaatcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaagaagcttcccctgataaac 246  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| | |||| ||  ||| ||| |||| ||||||||  || | |||||  |||  |  |||| | || ||||| ||    
T  5080287 cattgcattctgcattaaagctttttgttgttgcttccaatttcaagtcaagtactttaattgctaccatcttcccactagaaagcattccttgatacac 5080386  T
Q  247 agaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataatagga 321  Q
    |||  |||| || ||  |||| || |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5080387 agatccaaagccaccctttcctagtaaattagtctcactaaatccattagttgcttgcacaagttcagaatagga 5080461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 339
Target Start/End: Original strand, 14412480 - 14412790
Alignment:
Q  29 tatacccatttgtctacacttccatttgacatgaactccatcaccaatgatttgaaatccagatttgaacaactgctgataatcttaaccagatttcgat 128  Q
    |||| |||||| || | |||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |  || ||||||| ||    
T  14412480 tataaccatttttccaaacttccgtttgacataaactccatcactagagatttgaaatcaggatttgaacaactactgataatttggacgagatttctat 14412579  T
Q  129 gtcgtagatttctcatcgcattgcattctgcatcaaagctctttgattttgcctctgattgcaaa-tcaattactttaacggcaatcatctcaccatcaa 227  Q
    | || || || | ||| |||||||||||||||||||||||  ||||  | || ||  ||||  || |||| ||||||||| || |||||||  |||  |     
T  14412580 gccggaggttgcgcattgcattgcattctgcatcaaagcttcttgaagtagcttcc-attgttaagtcaagtactttaactgctatcatcttcccaatag 14412678  T
Q  228 gaagcttcccctgataaacagaggcaaatcccccacttccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattct 327  Q
     |||| | || | ||| || ||  |||| || || |||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  14412679 aaagcattcctttatacactgatccaaaaccaccccttccaagtaaattagtctcgctgaatccattagttgcttggacgagttcataataggaaatcct 14412778  T
Q  328 tcttggagctcc 339  Q
    | ||||| ||||    
T  14412779 tattggaactcc 14412790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University