View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17738_low_15 (Length: 353)

Name: NF17738_low_15
Description: NF17738
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17738_low_15
NF17738_low_15
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (13-328)||(13388994-13389309)
chr5 (13-328)||(13385173-13385488)
chr5 (16-328)||(13419438-13419750)
chr5 (21-328)||(13413093-13413400)
chr5 (176-328)||(13393564-13393716)
chr5 (16-302)||(13426355-13426641)
chr5 (18-319)||(13453951-13454252)
chr5 (16-328)||(13446989-13447301)
chr5 (247-292)||(13379012-13379057)
chr5 (16-64)||(13393404-13393452)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-328)||(47601260-47601575)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 300; Significance: 1e-169; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 328
Target Start/End: Original strand, 13388994 - 13389309
Alignment:
Q  13 caaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13388994 caaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaa 13389093  T
Q  113 tcttgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgat 212  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13389094 tcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgcagat 13389193  T
Q  213 gagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13389194 gagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatg 13389293  T
Q  313 gactcgataaacctgg 328  Q
    ||||||||||||||||    
T  13389294 gactcgataaacctgg 13389309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 328
Target Start/End: Original strand, 13385173 - 13385488
Alignment:
Q  13 caaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  13385173 caaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacataattgattcatgtcgatcgtgtcaaaattgtgttgacaa 13385272  T
Q  113 tcttgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgat 212  Q
    |||||||||||||||  || |||  |||   |||  ||||| || | |||| |||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||  | |    
T  13385273 tcttgaaaattactgccccgcatacactactacagttggtggcatgcatcgtgatggaaccatcacacacggaggttattctgactcattggttgtggct 13385372  T
Q  213 gagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  13385373 gagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttg 13385472  T
Q  313 gactcgataaacctgg 328  Q
    ||||||| ||||||||    
T  13385473 gactcgacaaacctgg 13385488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13419750 - 13419438
Alignment:
Q  16 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaatct 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  13419750 aggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagttggtgtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatct 13419651  T
Q  116 tgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgag 215  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||   ||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |||    
T  13419650 tgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtgatggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgag 13419551  T
Q  216 aacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggac 315  Q
     |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| ||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  13419550 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaac 13419451  T
Q  316 tcgataaacctgg 328  Q
    |||| || |||||    
T  13419450 tcgacaagcctgg 13419438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13413400 - 13413093
Alignment:
Q  21 ggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaatcttgaaa 120  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||  || |||||  |||||||||||| |    
T  13413400 ggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgaga 13413301  T
Q  121 attactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgagaactt 220  Q
    |||||||  ||| ||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||||||| || |||||| ||||||| || ||| ||||    
T  13413300 attactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactt 13413201  T
Q  221 cgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgat 320  Q
     ||| ||| |||||||||     |||| ||||||  |||||  |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||| ||| || ||||||||||    
T  13413200 tgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgat 13413101  T
Q  321 aaacctgg 328  Q
    || |||||    
T  13413100 aagcctgg 13413093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 176 - 328
Target Start/End: Original strand, 13393564 - 13393716
Alignment:
Q  176 cacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgt 275  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13393564 cacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctcctttgt 13393663  T
Q  276 gctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctgg 328  Q
    || || || |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| || |||||    
T  13393664 gccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctgg 13393716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 13426641 - 13426355
Alignment:
Q  16 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaatct 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||  ||  ||||    
T  13426641 aggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagtaggagtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatct 13426542  T
Q  116 tgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgag 215  Q
    ||| ||||||||  ||  |   ||  | ||||||||||| |||||||| ||||| |    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  13426541 tgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtgatggcagcgtcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgag 13426442  T
Q  216 aacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctctt 302  Q
     |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||    
T  13426441 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctctt 13426355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 13454252 - 13453951
Alignment:
Q  18 gtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaatcttg 117  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||| || | | |||| ||||| ||||  |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13454252 gtgggaagcaaagtgaaaaagttcaaagttggagacagagtaggtgtgggatgcttggttgattcttgtcactcatgtcaaaattgtgttgataatcttg 13454153  T
Q  118 aaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgagaa 217  Q
    | ||||||||| ||  ||| ||  ||||   |||| |||| ||  | |||||||| |||||  ||||||| |  ||||||||| ||||| | || ||| |    
T  13454152 agaattactgtccccaattgacactcactgatggttccaaatacagtgatggaaccagcactcatggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagca 13454053  T
Q  218 cttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactc 317  Q
    ||| ||| ||| |||||| |||   ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||||| || ||| |||||||    
T  13454052 ctttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactc 13453953  T
Q  318 ga 319  Q
    ||    
T  13453952 ga 13453951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13447301 - 13446989
Alignment:
Q  16 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaatct 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||  |||||||||  ||| || |    
T  13447301 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgcgaaaattgtgccgacgatat 13447202  T
Q  116 tgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgatgag 215  Q
    ||| ||||||||  ||| || ||||   ||||    ||  |||| ||| ||||| || | ||| ||||||||||  || |||||| ||||||| || |||    
T  13447201 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 13447102  T
Q  216 aacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggac 315  Q
     |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  13447101 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggac 13447002  T
Q  316 tcgataaacctgg 328  Q
    |||| || |||||    
T  13447001 tcgacaagcctgg 13446989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 247 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 13379057 - 13379012
Alignment:
Q  247 cacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgta 292  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13379057 cacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgta 13379012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Original strand, 13393404 - 13393452
Alignment:
Q  16 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgt 64  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  13393404 aggtaggaagcaaagtagagaagttcaaaattggagacaaagtgggtgt 13393452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 47601575 - 47601260
Alignment:
Q  13 caaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtagattcatgtcgatcatgtaaaaattgtgttgacaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||  |||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  47601575 caaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagacaaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaa 47601476  T
Q  113 tcttgaaaattactgtgccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgctgat 212  Q
    |||||||| ||| ||| |    |||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| || | |||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||     
T  47601475 tcttgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagac 47601376  T
Q  213 gagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatg 312  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  47601375 gagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttg 47601276  T
Q  313 gactcgataaacctgg 328  Q
    ||||||||||||||||    
T  47601275 gactcgataaacctgg 47601260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University