View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1773_high_15 (Length: 596)
Name: NF1773_high_15
Description: NF1773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1773_high_15 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 40427448 - 40426887
Alignment:
| Q |
16 |
caccaactacatgcctgaatttgtaagtacacaacatagtgtatgtttggattggcagcgagataaacagaatcattatgaaaatatcatacaaacacaa |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40427448 |
caccaactacatgcctgaatttgtaagtacacaacatagtgtatgtttggattggcagcgagataaacagaatcactacgaaaatatcatacaaacacaa |
40427349 |
T |
|
| Q |
116 |
cttaaaacaagttaaa-ctaacgacaaaaatatccatagaaaaattctaaattctattacttaccattttttctttgaattaatagggattaatggagga |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
40427348 |
cttaaaacaagttaaaactaactacaaaaatatccatagaaaaattctaaattcttttaccttactctttttctttgaattaacagggattaatggagga |
40427249 |
T |
|
| Q |
215 |
cactactttgtttagtgatcatgaataccaaatggattcatatgcattccagtttgatgatatggcatacttcaagtctttctcagcatccccacaagag |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
40427248 |
cactactttgtttagtgatcatgaataccaaatggattcatatgcattccagtttgatgatatggcatacttcaagtctttctcagaatccccacaagag |
40427149 |
T |
|
| Q |
315 |
agtacttattcctctcataccaacatcaacaacaagcgaatccattccgaaagcacacagaacagttctttccctactcaaagtccagatcaatctgttg |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40427148 |
agtacttattcctctcataccaacatcaacaacaagcgaatccattccgaaagcacacagaacagttctttccctactcaaagtccagatcaatctgttg |
40427049 |
T |
|
| Q |
415 |
cctcagcaacaccaccaactaaattactcaaggcttctcccaaaatcatttcatttgattattcgaataatgattcaaaggttaagaagcctaaaaccga |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40427048 |
cctcagcaacaccaccaactaaactactcaaggcttctcccaaaatcatttcatttgattactcgaataatgattcaaaggttaagaagcctaaaaccga |
40426949 |
T |
|
| Q |
515 |
gatcgggtatggtgaaaacttgaattttggaagtgtgatttctcaaggtgactatgataaac |
576 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
40426948 |
gatcgggtatggtgaaaacttgaattttggaagtgtgatttctcaaggtgattattataaac |
40426887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 40442536 - 40441975
Alignment:
| Q |
16 |
caccaactacatgcctgaatttgtaagtacacaacatagtgtatgtttggattggcagcgagataaacagaatcattatgaaaatatcatacaaacacaa |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40442536 |
caccaactacatgcctgaatttgtaagtacacaacatagtgtatgtttggattggcagcgagataaacagaatcactacgaaaatatcatacaaacacaa |
40442437 |
T |
|
| Q |
116 |
cttaaaacaagttaaa-ctaacgacaaaaatatccatagaaaaattctaaattctattacttaccattttttctttgaattaatagggattaatggagga |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
40442436 |
cttaaaacaagttaaaactaactacaaaaatatccatagaaaaattctaaattcttttaccttactctttttctttgaattaacagggattaatggagga |
40442337 |
T |
|
| Q |
215 |
cactactttgtttagtgatcatgaataccaaatggattcatatgcattccagtttgatgatatggcatacttcaagtctttctcagcatccccacaagag |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
40442336 |
cactactttgtttagtgatcatgaataccaaatggattcatatgcattccagtttgatgatatggcatacttcaagtctttctcagaatccccacaagag |
40442237 |
T |
|
| Q |
315 |
agtacttattcctctcataccaacatcaacaacaagcgaatccattccgaaagcacacagaacagttctttccctactcaaagtccagatcaatctgttg |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40442236 |
agtacttattcctctcataccaacatcaacaacaagcgaatccattccgaaagcacacagaacagttctttccctactcaaagtccagatcaatctgttg |
40442137 |
T |
|
| Q |
415 |
cctcagcaacaccaccaactaaattactcaaggcttctcccaaaatcatttcatttgattattcgaataatgattcaaaggttaagaagcctaaaaccga |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40442136 |
cctcagcaacaccaccaactaaactactcaaggcttctcccaaaatcatttcatttgattactcgaataatgattcaaaggttaagaagcctaaaaccga |
40442037 |
T |
|
| Q |
515 |
gatcgggtatggtgaaaacttgaattttggaagtgtgatttctcaaggtgactatgataaac |
576 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
40442036 |
gatcgggtatggtgaaaacttgaattttggaagtgtgatttctcaaggtgattattataaac |
40441975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University