View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17742_low_1 (Length: 866)

Name: NF17742_low_1
Description: NF17742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17742_low_1
NF17742_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-866)||(28266825-28267689)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 28267689 - 28266825
Alignment:
Q  1 ctattcattgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267689 ctattcattgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctct 28267590  T
Q  101 ttggattgaggaatacgtgcataaacatcataatttatgattactttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggnnnnnnnn-gaaacaggaaagta 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||    
T  28267589 ttggattgaggaatacatgcataaacatcataatttatgattgctttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggaaaaaaaaagaaacaggaaagta 28267490  T
Q  200 cactaaagattaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267489 cactaaagattaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatt 28267390  T
Q  300 tcttggagtgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctactgaactaaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28267389 tcttggagtgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctcctgaactaaa 28267290  T
Q  400 gccttagatggggcagtatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgatcatgaaaatagatttcaagttgt 499  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28267289 gccttagatggggcaatatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgataatgaaaatagatttcaagttgt 28267190  T
Q  500 aagcctcaaattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcaggcttctttgtggcaaaaaagtactgggtt 599  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  28267189 aagcttcaaattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcagtcttctttatggc-aaaaagtactgggtt 28267091  T
Q  600 taccccactgacactaaaagaaagagaacccgtctaccagttttatctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaagt 699  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28267090 tacaccactgacactaaaagaaagagaacctgtctaccagttttacctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaag- 28266992  T
Q  700 tttcagagccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcct 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266991 tttcagagccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcct 28266892  T
Q  800 caaaatgcaaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttaca 866  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266891 caaaatgcaaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttaca 28266825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University