View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17742_low_11 (Length: 492)

Name: NF17742_low_11
Description: NF17742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17742_low_11
NF17742_low_11
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (6-492)||(13651394-13651883)
chr5 (56-454)||(13656680-13657078)
chr5 (56-454)||(13646354-13646752)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 13651883 - 13651394
Alignment:
Q  6 tccaagagtttgggcatacagaaataaatccagacggtactagcagcaacagtacgaaaatgtatcaactgtatcccaaattcagcggccaaatcagtag 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13651883 tccaagagtttgggcatacagaaataaatccagacggtactagcagcaacagtacgaaaatgtatcaactgtatcccaaattcagcagccaaatcagtag 13651784  T
Q  106 caaggtcaccaaaacctccatctaaaataatgcaacttattttctcagagacaacaatgtctctcaaagaaggcttaccatacatatttatggaggaaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13651783 caaggtcaccaaaacctccatctaaaataatgcaacttattttctcagagacaataatgtctctcaaagaaggcttaccatacatatttatggaggaaat 13651684  T
Q  206 tacatctacaatgttttctccaaatccaggatgcttctccttattttgaaaatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattgtgaaattgat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13651683 tacatctacaatgttttctccaaatccaggatgcttctccttattttgaaaatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattgtgaaattgat 13651584  T
Q  306 ttaacatcatc---attcaaattaatgagtctgttgtggatgtactcagtgtttaggaatgttatgtgaagattttgaattaaaagaagttcagctagct 402  Q
    |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13651583 ttaacatcatcaatattcaaactaatgagtctgttgtggatgtattcagtgtttaggaatgttatgtgaagattttgaattaaaagaagttcagctagct 13651484  T
Q  403 tgagcattgtgtttacatggccttgtgctggacatgggaagattaacacatgcggtgtttccatttttctacaatctcaattttgtgatc 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13651483 tgagcattgtgtttacatggccttgtgctggacatgggaagattaacacatgcggtgtttccatttttcaacaatctcaattttgtgatc 13651394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 56 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 13657078 - 13656680
Alignment:
Q  56 agtacgaaaatgtatcaactgtatcccaaattcagcggccaaatcagtagcaaggtcaccaaaacctccatctaaaataatgcaacttattttctcagag 155  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  13657078 agtacgaaaatgaatcaattgtatcccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaataatgcaacttattttctcggag 13656979  T
Q  156 acaacaatgtctctcaaagaaggcttaccatacatatttatggaggaaattacatctacaatgttttctccaaatccaggatgcttctccttattttgaa 255  Q
    ||||  || ||| ||||  ||||||||||||||| | | |  ||  ||||||||||  | |  |||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||    
T  13656978 acaattatatctttcaacaaaggcttaccatacaaactcagtgacaaaattacatcacctaccttttctccaaatccaggatgtttctcctcactgtgaa 13656879  T
Q  256 aatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattgtgaaattgatttaacatcatcattcaaattaatgagtctgttgtggatgtactcagtgtt 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  | || || ||||||||| || |  ||||||| ||| |||||||| |  |||||    
T  13656878 aatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcggttatggatgtatttggtgtt 13656779  T
Q  356 taggaatgttatgtgaagattttgaattaaaagaagttcagctagcttgagcattgtgtttacatggccttgtgctggacatgggaagattaacacatg 454  Q
     || || || ||||  |  |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13656778 gagaaaagtgatgtagatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattggatttacatggccttgtgctggacatgggaagattagcacatg 13656680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 56 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 13646752 - 13646354
Alignment:
Q  56 agtacgaaaatgtatcaactgtatcccaaattcagcggccaaatcagtagcaaggtcaccaaaacctccatctaaaataatgcaacttattttctcagag 155  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  13646752 agtacgaaaatgaatcaattgtattccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaataatgcaacttattttctcggag 13646653  T
Q  156 acaacaatgtctctcaaagaaggcttaccatacatatttatggaggaaattacatctacaatgttttctccaaatccaggatgcttctccttattttgaa 255  Q
    ||||  || ||| ||||  ||||||||||||||| | | |  || | |||||||||  | ||  ||||||||||||||||||||||||| | | | ||||    
T  13646652 acaattatatctttcaacaaaggcttaccatacaaactcagtgacgtaattacatcacctatcctttctccaaatccaggatgcttctcttcactatgaa 13646553  T
Q  256 aatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattgtgaaattgatttaacatcatcattcaaattaatgagtctgttgtggatgtactcagtgtt 355  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||  | || || ||||||||| || |  ||||||| ||| |||||||| |  |||||    
T  13646552 aatcagagatagtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcggttatggatgtatttggtgtt 13646453  T
Q  356 taggaatgttatgtgaagattttgaattaaaagaagttcagctagcttgagcattgtgtttacatggccttgtgctggacatgggaagattaacacatg 454  Q
     ||||| || ||||  |  |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13646452 gaggaaagtgatgtagatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattgaatttacatggccttgtgctggacatgggaagattagcacatg 13646354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University