View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17749_high_11 (Length: 267)

Name: NF17749_high_11
Description: NF17749
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17749_high_11
NF17749_high_11
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-170)||(25551577-25551746)
chr2 (1-137)||(25920566-25920702)
chr2 (89-172)||(43568082-43568164)
chr2 (85-174)||(39497662-39497750)
chr2 (85-154)||(12438264-12438332)
chr2 (224-267)||(25551512-25551555)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (1-166)||(34591712-34591876)
chr3 (1-174)||(6418915-6419087)
chr3 (5-173)||(5560429-5560595)
chr3 (1-173)||(24988160-24988329)
chr3 (1-174)||(5551726-5551895)
chr3 (51-157)||(17612163-17612267)
chr3 (5-166)||(26897701-26897859)
chr3 (71-174)||(28762521-28762622)
chr3 (85-170)||(37827071-37827156)
chr3 (69-173)||(11124906-11125010)
chr3 (85-174)||(52327646-52327734)
chr3 (71-129)||(42152888-42152947)
chr3 (71-165)||(5104179-5104272)
chr3 (112-157)||(34296769-34296813)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-173)||(23281460-23281630)
chr8 (1-143)||(23398902-23399043)
chr8 (2-157)||(22740954-22741107)
chr8 (1-129)||(43953834-43953967)
chr8 (1-164)||(16027962-16028112)
chr8 (85-167)||(8047398-8047479)
chr8 (90-157)||(4023036-4023096)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-173)||(7845641-7845811)
chr7 (5-134)||(7844312-7844440)
chr7 (1-72)||(23406470-23406541)
chr7 (83-141)||(19248420-19248478)
chr7 (85-174)||(38026224-38026312)
chr7 (1-101)||(30604001-30604100)
chr7 (13-158)||(41349885-41350023)
chr7 (1-81)||(16682564-16682643)
chr7 (1-81)||(17656800-17656879)
chr7 (112-157)||(2455879-2455923)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-166)||(685705-685872)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-174)||(22792354-22792527)
chr5 (52-170)||(9597976-9598092)
chr5 (20-137)||(35796445-35796562)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-137)||(52833679-52833814)
chr4 (85-174)||(15731166-15731254)
chr4 (52-170)||(42595586-42595698)
chr4 (98-166)||(398296-398363)
chr4 (1-45)||(46075229-46075273)
chr4 (117-174)||(49408120-49408176)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (2-165)||(34288598-34288753)
chr1 (1-173)||(30539845-30540022)
chr1 (85-174)||(44344537-44344625)
chr1 (34-131)||(40874644-40874739)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 25551746 - 25551577
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25551746 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttgggattatgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 25551647  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttcttt 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
25551646 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaagttttttaggtaattaaaaatatatttttcttt 25551577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 25920702 - 25920566
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtg-taagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaattt 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
25920702 attatgtaagaatcatatgcattatggtatgatgaatttggttgggattatgataagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatggaatatgaaattt 25920604  T
100 gaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaa 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
25920603 gaatggaatatgttatgtatggatatttaaaatttgaa 25920566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 89 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 43568164 - 43568082
Alignment:
89 atatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgt 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||| || ||||||||||| |||| |||||||||    
43568164 atatgaaatttgaatggaatatgttatctatggatgtttaaaagttg-aagtttgtaagtaattaaaaaagtatatttctttgt 43568082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 39497662 - 39497750
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
39497662 tggattatgaaattagaatggaacttgttatgtatggatgtttaaaatttg-aagtttgtaggtaattaaaaaaatatttttctttgtac 39497750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 154
Target Start/End: Original strand, 12438264 - 12438332
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaa 154  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||    
12438264 tggattatgaaattagaatggaacatgttatgtatggatgtttaaaagttg-aagtttgtaggtaattaa 12438332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 25551555 - 25551512
Alignment:
224 gatatttgcaggtagcctatttattctacggggtgggaacggat 267  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25551555 gatatttgcgggtagcctatttattctacggggtgggaatggat 25551512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 34591712 - 34591876
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||    
34591712 attatgtaataatcatatgcattatggtatgatgaatttgcttgggattatgcaagaatcatgatttttgtttagattatggtaaggattatgagatttg 34591811  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtattttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||    
34591812 aatggaatatgttatgtatggatctttaaaagttg-aagtttgtaggtaattaaaaaagtattttt 34591876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 6419087 - 6418915
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |   ||||  || |||||||||||||| |||||||||||    
6419087 attatgaaaggatcatatgcattatggtatgatgaatttgcttgggattatgtaagaatcgtaaatttttgttagattatggtatggattatgaaatttg 6418988  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
6418987 aatgaaatatgttatgtatggatctttataagttg-aagtttgtaggtaattaaaaaagtatttttctttgtac 6418915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 5560595 - 5560429
Alignment:
5 tgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatg 104  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||     
5560595 tgtaagaatcgtatgcatgatggtatgatgaatttgcttgggattatgtaagaatcatgaattttgtt-ggattatggtatagattatgaaatttgaata 5560497  T
105 gaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgta 173  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
5560496 gcatatgttatgtatggatctttaaaaggtg-aagtttgtaggtaattaaaaaggtatttttctttgta 5560429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 24988160 - 24988329
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    |||||| |||||| | ||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
24988160 attatgaaagaatgacatgcatta--gtatgatgaatttgcttgggattatgtaagaattataatttttgtt-ggattatggtatggattatgaaatttg 24988256  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaatta-aaaatgtatttttctttgta 173  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||    
24988257 aatgaaatatgttatgtatggatctttaaaagttg-aagtttgtaggtaattacaaaaagtatttttctttgta 24988329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5551895 - 5551726
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
5551895 attatgtaagaatcgtatgcatgatgatatgatgaatttgcttgggattatgtaagaatcatgatttttg-ttggattatggtatagattatgaaatttg 5551797  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||  |  ||||||||||||||| |||| ||| || || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
5551796 aat--agcatgttatgtatggatctttagaaggtg-aagtttgtatgtaattaaaaaagtatttttctttgtac 5551726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 17612267 - 17612163
Alignment:
51 tgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaa 150  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||    
17612267 tgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatgatatgaactatgaaatttgaatggagtatgttatgtatggatctttaaaggttg-aagtttttaggtaa 17612170  T
151 ttaaaaa 157  Q
    |||||||    
17612169 ttaaaaa 17612163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 166
Target Start/End: Original strand, 26897701 - 26897859
Alignment:
5 tgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatg 104  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| | | |||||||||||||    
26897701 tgtaagaatcatattcattatgatatgatggatttgcttgagattatgtaagaatcatgatttttgttag-attatggtatgaattttgaaatttgaatg 26897799  T
105 gaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtattttt 166  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| |||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||    
26897800 gaatatgttttgtacggatctttaaaggttg-aagtttgtagataattaaaaa-gtattttt 26897859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 71 - 174
Target Start/End: Original strand, 28762521 - 28762622
Alignment:
71 tttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttcttt 170  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| ||||||||||||||  || ||||||||    
28762521 tttggattatggtatggaacatgaaatttcaatggaatatgttatgtatggatgtttaaaagtcg-aagtttgtaggtaattaaaaaaata-ttttcttt 28762618  T
171 gtac 174  Q
    ||||    
28762619 gtac 28762622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 37827156 - 37827071
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttcttt 170  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||    
37827156 tggattatgaaattagaatggaacatgttatgtatggatgtttaaaagttaaaagtttgtaggtaattaaaaaaatatttttcttt 37827071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 11125010 - 11124906
Alignment:
69 tgtttggattatggtatggaatatga-aatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttc 167  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||  || |||||    
11125010 tgtttgaattatggtatgaattatgataatttgaatgaaatatgttacatatggatgtttaaaagttg-aagtttataggtaattaaaaaaatacttttc 11124912  T
168 tttgta 173  Q
    ||||||    
11124911 tttgta 11124906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 52327646 - 52327734
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
52327646 tggattatgaaattagaatggaacatattatgtatggatgtttaaaagttg-aagtttgtaggtaattaaaaaaatatttgtctttgtac 52327734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 71 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 42152947 - 42152888
Alignment:
71 tttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatg-ttatgtatggatatttaa 129  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||| || |||||    
42152947 tttggattatggtatggattatgaaatttgagtgaaatatgtttatgtatgcatgtttaa 42152888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 5104272 - 5104179
Alignment:
71 tttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttt 165  Q
    |||| ||||||||||| | |||  |||||||||  || ||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| || |||||||||||| |||||||    
5104272 tttgaattatggtatgaattatataatttgaataaaacatgttatatatggatgtttaaaagtcgaagtttatt-ggtaattaaaaaagtatttt 5104179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 112 - 157
Target Start/End: Original strand, 34296769 - 34296813
Alignment:
112 ttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaa 157  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
34296769 ttatatatggatatttaaaagttgaagtttttt-ggtaattaaaaa 34296813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 23281460 - 23281630
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||    
23281460 attatctaagaatcatatgcattatggtatgatgaattttcttggtattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatggattataaaatttg 23281558  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgta 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| || ||||| ||||| |||||||||||||||    
23281559 aatggaatatgttatgtatggatctttaaaagttg-aagtttatacgtaataaaaaaagtatttttctttgta 23281630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 23399043 - 23398902
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||    
23399043 attatctaagaatcatatgcattatggtatgatgaattttcttggtattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatgatatggattataaaatttg 23398945  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttt 143  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
23398944 aatggaatatgttatgtatggatcttttaaagttgaagttttt 23398902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 157
Target Start/End: Original strand, 22740954 - 22741107
Alignment:
2 ttatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttga 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||   ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||    
22740954 ttatgtaagaatcatatgcattatggtatgatgattttgcttatgattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggactatggtatggattataaaatatga 22741052  T
102 atggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaa 157  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||||||||    
22741053 atggaatatgttatgtatgtatctttaaaagttg-aagtttataggtaattaaaaa 22741107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 43953967 - 43953834
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttg-----gattatggtatggaatatgaa 95  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||    |||||||| |     | |||||||||||| ||||||    
43953967 attatgtaagaatcatatctattatggtattatgaatttgcttgggattatgtaagaatcccaatttttgttggattatggttatggtatggattatgaa 43953868  T
96 atttgaatggaatatgttatgtatggatatttaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
43953867 atttgaatggaatatgttatgtatgaatctttaa 43953834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 16027962 - 16028112
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||| | ||| |||||||            |||||||| ||    
16027962 attatctaaaaattatatgcattatggtatgatgaatttgcttgagattatgtaagaattatgatatttttttggat------------tatgaaatatg 16028049  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtattt 164  Q
    |||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || ||| ||||||||| |||| ||||||    
16028050 aatggaatatgttatgcatagatctttaaaagttg-aagtttgtaggtaatttaaaaagtattt 16028112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 85 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 8047479 - 8047398
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttc 167  Q
    |||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||  ||||||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
8047479 tggattatgaaatttaaatggaacattttatgtatggattcttaaaag-tcaaagtttgtaggtaattaaaaaagtatttttc 8047398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 4023096 - 4023036
Alignment:
90 tatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaa 157  Q
    |||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||    
4023096 tatgaaatttgaatgga-----ttatgtatggatatttaaaagttgaagttttt--ggtaattaaaaa 4023036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 7845811 - 7845641
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||     
7845811 attatgtaagaatcatatgcattatggtacgatgaatttgctcaggattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatgaattatgaaattta 7845713  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgta 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||||    
7845712 aatggaatatgttatgtatggatctttaaaagtt-taagtttgtagataataaaaaaagtatttttttttgta 7845641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 7844440 - 7844312
Alignment:
5 tgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatg 104  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||    
7844440 tgtaagaatcatatgcaatatggtacgatgaatttgctcaggattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatgaattatgaaatttaaatg 7844342  T
105 gaatatgttatgtatggatatttaaaagtt 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||    
7844341 gaatatgttatgtatggatctttaaaagtt 7844312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 23406470 - 23406541
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtt 72  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||    
23406470 attatgtaagaatcatatgcattatggtatgataaatttggtttgaattatgtaagaatcatgatttttgtt 23406541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 19248478 - 19248420
Alignment:
83 tatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattt 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
19248478 tatggattatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatgtttaaaagttgtaattt 19248420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 38026224 - 38026312
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
38026224 tggattatgaaattagaatggaacatgttatgtatgaatgtttaaaagttg-aagtttataggtaattaaaaaaatatttttctttgtac 38026312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 30604001 - 30604100
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||  || |||||||||| |||  ||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
30604001 attatgtaagaatcatatgtattatcctacgatgaatttgcttgagattatgcaagaatcatgatttttg-ttggattatggtatggattatgaaatttg 30604099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 158
Target Start/End: Original strand, 41349885 - 41350023
Alignment:
13 ttatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||   |||||||| |||||| |     |    
41349885 ttatatgaattatggtatgatgaatttgtatgg-attatgtaagaatcatgaatttcgtttggattatgatatgatttatgaaatgtgaatgaa-----t 41349978  T
113 tatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaat 158  Q
    | ||||||||| | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
41349979 tgtgtatggatgtctaaaaattgaagtttttta-gtaattaaaaat 41350023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 16682564 - 16682643
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatg 81  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| |  |||||| ||||||||||    
16682564 attatgtaagaatcatatctattatggtatcatgaatttgcttgggattatgtaagaatccttatttttg-ttggattatg 16682643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 17656800 - 17656879
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatg 81  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| |  |||||| ||||||||||    
17656800 attatgtaagaatcatatctattatggtatcatgaatttgcttgggattatgtaagaatccttatttttg-ttggattatg 17656879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 112 - 157
Target Start/End: Original strand, 2455879 - 2455923
Alignment:
112 ttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaa 157  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
2455879 ttatgtatggatgtttaaaagttgaagtttttt-ggtaattaaaaa 2455923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 8e-36; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 685705 - 685872
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttgg----aattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaa 96  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    |||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||||||    
685705 attatgtaagaatcatatgcattacggtatgatgaatttgcttgggattaattatgtaagaatcatgatttttatt-ggattatggtatgaattatgaaa 685803  T
97 tttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtattttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| || || ||| |||||||||||||| ||||||||    
685804 tttgaatggaatatgttatgtgtggatctctaaaagctg-aagtttgtaggtaattaaaaaagtattttt 685872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 77; Significance: 8e-36; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 22792354 - 22792527
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcat--tatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatt 98  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| || |||| ||||||| | ||| |||||    
22792354 attatgtaagaatcatatacatattatggtatgatgaatttgtttgggattgtgtaagaatcatgatatttg-ttcgattttggtatgaagtataaaatt 22792452  T
99 tgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
22792453 tgaatgaaatataatatgtatcgatctttaaaagttg-aagtttgtaggtaattaaaaaagtatttttctttgtac 22792527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 52 - 170
Target Start/End: Original strand, 9597976 - 9598092
Alignment:
52 gtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaat 151  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  || |||  |||||||    
9597976 gtaagaatcatgatttttgtt-ggtttagggtatggattatgaaatttgaatggaatatattatgtatggatctttaaaagtt-taagtttgcaggtaat 9598073  T
152 taaaaatgtatttttcttt 170  Q
    |||||| ||||||||||||    
9598074 taaaaaagtatttttcttt 9598092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 35796562 - 35796445
Alignment:
20 cattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgt--tatgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||    
35796562 cattatggtatgatgaatttgcttg-acttatgtaagaatcatgatttttgtttg-attatggtatggattatgaaatttgaatgaaatatgttatatgt 35796465  T
118 atggatatttaaaagttgaa 137  Q
     ||||| || ||||||||||    
35796464 ttggatcttcaaaagttgaa 35796445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 52833679 - 52833814
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttg 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| || |||||||||  ||||| |||  ||||||||||| | |||||||||||    
52833679 attaggtaagaatcatatgcattatggtaggatgaatttgcttgggattatgcaagaatcataatttttttttt-attatggtatgaattatgaaatttg 52833777  T
101 aatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaa 137  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
52833778 aatggaatatgttatgcatggatctttaaaagttgaa 52833814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 15731166 - 15731254
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
15731166 tggattatgaaattagaatggaacatgttatgtatggatgtttaaaagttg-aagtttgtaggtaattaaaaaaatatttttctttgtac 15731254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 170
Target Start/End: Original strand, 42595586 - 42595698
Alignment:
52 gtaagaatcatggtttttgtttggattatggtat--ggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggta 149  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||  |||||||||  | |||| ||||||||||||| ||       ||    
42595586 gtaagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatatggattatgaaatttgaatgagatatgttattaacggatctttaaaagttgaagtt-------ta 42595677  T
150 attaaaaatgtatttttcttt 170  Q
    |||||||||||||||||||||    
42595678 attaaaaatgtatttttcttt 42595698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 398363 - 398296
Alignment:
98 ttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtattttt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||||||||| ||||||||    
398363 ttgaatggaatatgttatgtatggaggtttaaaaattg-aagtttgcaggtaattaaaaaagtattttt 398296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 46075229 - 46075273
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttgg 45  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
46075229 attatgtaagaatcatatgcattatggtacgatgaatttgcttgg 46075273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 117 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 49408176 - 49408120
Alignment:
117 tatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||    
49408176 tatggatcttaaaaagttgaagtttgt-aggtaattaaaaaagtatttttctttgtac 49408120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 165
Target Start/End: Original strand, 34288598 - 34288753
Alignment:
2 ttatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttga 101  Q
    |||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
34288598 ttatgtaagaattatatgc------gtatgatgaatttgcttgggattatgtaagaatcatgatttttgtt-ggattatggtatgaactatgaaatttga 34288690  T
102 atggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttt 165  Q
    |||  |||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||||| |||||||    
34288691 atgagatatattatgtatggatctttaaaagttg-aagtttgtagataattaaaaaagtatttt 34288753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 30539845 - 30540022
Alignment:
1 attatgtaagaattatatgcattatggtatgatgaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttg-----gattatggtatggaatatgaa 95  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||  | |||||||| |     | |||||||||||| ||| ||    
30539845 attatgtaagaatcatatctattatagtatgatgaatttgcttgggatcatgtaagaatcccgatttttgttggattatggttatggtatggattattaa 30539944  T
96 atttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaa-atgtatttttctttgta 173  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||  ||||||||||||  || |||||||||||||    
30539945 atttgaatggaatttgttatgtatggatcattaaaagttg-aattttgcaggtaattaaaagttgaatttttctttgta 30540022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 44344537 - 44344625
Alignment:
85 tggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaagttgaaattttttaggtaattaaaaatgtatttttctttgtac 174  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||| || |||||||||||  |||||||||||||||    
44344537 tggattatgaaattagaatggaacatgttatgtatggatgtttaaaagttg-aagtttgtatgtaattaaaaaaatatttttctttgtac 44344625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 131
Target Start/End: Original strand, 40874644 - 40874739
Alignment:
34 gaatttgtttggaattgtgtaagaatcatggtttttgtttggattatggtatggaatatgaaatttgaatggaatatgttatgtatggatatttaaaa 131  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||  | |||||||| ||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
40874644 gaatttgtatgga-ttatgtaagaatcccgatttttgtt-ggattatagtatgaattatgaaatttaaatggaatatgttatgtatggatctttaaaa 40874739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University