View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17755_low_16 (Length: 525)

Name: NF17755_low_16
Description: NF17755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17755_low_16
NF17755_low_16
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (173-513)||(2326660-2326999)
chr2 (173-516)||(2330375-2330717)
chr2 (218-513)||(2350726-2351020)
chr2 (18-166)||(2326400-2326548)
chr2 (173-514)||(2320806-2321146)
chr2 (173-514)||(2303105-2303445)
chr2 (173-514)||(2293492-2293832)
chr2 (173-514)||(2309823-2310163)
chr2 (20-166)||(2330117-2330263)
chr2 (25-166)||(2302852-2302993)
chr2 (25-166)||(2320553-2320694)
chr2 (20-166)||(2350417-2350569)
chr2 (24-166)||(2293232-2293380)
chr2 (24-166)||(2309563-2309711)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (173-408)||(41126687-41126919)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 173 - 513
Target Start/End: Original strand, 2326660 - 2326999
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326660 attttgttgcgtaaacaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttccgctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 2326759  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2326760 ctaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacggaagttgactgaggatgaaatggt 2326859  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2326860 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcgaatttg-gtgaagtacccggacgttcaaag 2326958  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2326959 gaggcttgtgcaggagattagggagttcatgggtggtgatg 2326999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 173 - 516
Target Start/End: Original strand, 2330375 - 2330717
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    |||||||||||||||  |||||| || |||  || ||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2330375 attttgttgcgtaaacgatgggatgagttggcgaagttgcttaaagatcaagaagatgttctgcttccgctgataagagcgaggaagcatgttaaggaga 2330474  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    ||| ||||||||||  ||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||   ||| |||| ||| |||| ||||||||||||| |    
T  2330475 gtagattgaacaatattaatactgttgtttcgtatgtagatactcttatggagttggagttgcctcaggagaaacggaaattgagtgaggatgaaatgat 2330574  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  |    
T  2330575 tagtctttgttcggagtttttgaacggtggcacggatactacttccaccgctttgcaatggattatggcgaatttg-gtgaagtacccggacgttcaggg 2330673  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatgatg 516  Q
    || ||||||| |||||||||  ||||| |||||||| |||||||    
T  2330674 gaagcttgtggaggagattacagaggtgatgggtggcgatgatg 2330717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 218 - 513
Target Start/End: Original strand, 2350726 - 2351020
Alignment:
Q  218 gatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggagagtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacac 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||| || |||||||| |    
T  2350726 gatcaagaagatgttttgcttccgctgattagagcgaggaagcaagttaaagagagtagattgaacaatgttaaccctgtagtttcgtatgtggatactc 2350825  T
Q  318 ttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggttagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttc 417  Q
    |||||||||||||||||||    || |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  2350826 ttttggagttggagttgcctgatgagaaacggaaattgagtgaagatgaaatggttagtctttgttcagagtttttgaatgctgggatagatactacttc 2350925  T
Q  418 caccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaaggaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatg 513  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  2350926 cacggctttgcaatggattatggcaaatttg-gtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtcgtgatg 2351020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 166
Target Start/End: Original strand, 2326400 - 2326548
Alignment:
Q  18 ccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326400 ccaagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaattgcatcagaatctacagattatgttacagttat 2326499  T
Q  118 tccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2326500 tccacactttcattatgctatgttctgtttacttgtttttatgtgtttt 2326548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 173 - 514
Target Start/End: Original strand, 2320806 - 2321146
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2320806 attttgttgcgtaaccgatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2320905  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| || |  ||||| ||||| ||||||||||||||   ||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  2320906 gtaaattgaacaatgataatacagttgtttcgtatgcagatactcttttagagttggagttgcccgaggagaaacgaaagttgagtgagaatgaaatggt 2321005  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    || ||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||| || ||  |    
T  2321006 taatctttgttcggagtttttgaacggtgggacggatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttg-gtgaagtacccggaagtgcaggg 2321104  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatga 514  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||| |||| | |||||||    
T  2321105 gaggcttgtggaggagattcgtgaggtgatggttagtgatga 2321146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 173 - 514
Target Start/End: Original strand, 2303105 - 2303445
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||||||||||||   |||| |||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| | |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2303105 attttgttgcgtaaccgatggaaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctacttccgctgataagagcgaggaaacaagttaaggaga 2303204  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  ||||| ||| | ||||||||||||||   ||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  2303205 gtaaattgaacaatgttaatactgttgtttcgtatgcagatactcttctagagttggagttgcccgaggagaaacgaaagttgagtgagaatgaaatggt 2303304  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    || ||||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||| || || || ||    
T  2303305 taatctttgttcagagtttctgaatggtgggacggatactacttccactactttgcaatggattatggcgaatttggtt-aagtacccagaagtgcagag 2303403  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatga 514  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2303404 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatga 2303445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 173 - 514
Target Start/End: Original strand, 2293492 - 2293832
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2293492 attttgttgcgtaaccaatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2293591  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| || |  ||||| || || ||||| |||| |||   ||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||    
T  2293592 gtaaattgaacaatattaatactgttgtttcatatgcagatactctcttagagttagagtggcctgaggagaaacggaagctgagtgagaatgaaatggt 2293691  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    || ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| ||| | | |||||||||| || || ||  |    
T  2293692 taatctttgttcagagtttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttgcagtggattatggcgaatgt-agtgaagtacccagaagtgcaggg 2293790  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatga 514  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2293791 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatga 2293832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 173 - 514
Target Start/End: Original strand, 2309823 - 2310163
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||| || |||| ||| | ||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2309823 attttgtcgcgtaaccaatgggaggagtttttgaagttacttaaggatcaagaggatgttctgcttccgctgataagagcaaggaagcaagttaaggaga 2309922  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||| |||| |||   ||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||    
T  2309923 gtaaattgaacaatgttaatactgttgtttcatatgcagatactcttttagagttagagtagcctgaggagaaacggaagctgagtgagaatgaaatggt 2310022  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacagatactacttccaccgctttgcattggattatggcaaatttgattgaagtacccggacgttcaaag 472  Q
    || ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||   |||| | ||||||||||| ||| ||  |||||||||| || ||  |  |    
T  2310023 taatctttgttcagagtttttgaacggtgggacagacactacttccactagtttggagtggattatggcgaatgtg-gtgaagtacccagaagtgaaggg 2310121  T
Q  473 gaggcttgtgcaggagattagggaggtcatgggtggtgatga 514  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2310122 gaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatga 2310163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 166
Target Start/End: Original strand, 2330117 - 2330263
Alignment:
Q  20 aagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||| ||  ||     
T  2330117 aagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctgcagactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcggaatctgaggattctgttacggtcgttt 2330216  T
Q  120 cacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
    | ||||||| ||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  2330217 ctcactttcgttatgctgtattttgtttacttgtttttatgtgtttt 2330263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 166
Target Start/End: Original strand, 2302852 - 2302993
Alignment:
Q  25 caaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacac 124  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||| || ||| || | | |    
T  2302852 caaatcgttctcagaaattcggaagtgggtgttacacactctcatcaaccgtctcaaaaccgcatcggaatctgcagattctgtcacggttgtttctccc 2302951  T
Q  125 tttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
    |||| ||||||||||||  | || ||||||||||||||||||    
T  2302952 tttcgttatgctatgtttagcttacttgtttttatgtgtttt 2302993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 166
Target Start/End: Original strand, 2320553 - 2320694
Alignment:
Q  25 caaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatctacagattatgttacagttattccacac 124  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| | |||| ||  || | |||    
T  2320553 caaatcgttctcagaaattcggaagtgggtcttacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcggaatctgaggattctattacggtcgtttctcac 2320652  T
Q  125 tttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
    |||| ||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  2320653 tttcgttatgctgtattttgtttacttgtttttatgtgtttt 2320694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 166
Target Start/End: Original strand, 2350417 - 2350569
Alignment:
Q  20 aagatcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaat------ctacagattatgttacag 113  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      |  | |||||| ||| ||    
T  2350417 aagatcaaatctttctcagaaatccgtaagtgggtcctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatccgaattggaaacagctgattatattaaag 2350516  T
Q  114 ttattccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  2350517 ttatgccacacttcaactatgctatgttctgtttacttgttttcatgtgtttt 2350569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 166
Target Start/End: Original strand, 2293232 - 2293380
Alignment:
Q  24 tcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatc------tacagattatgttacagttat 117  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||       || |||| | |||  |||||    
T  2293232 tcaaatcgttctcagaaattcggaagtgggtcttacgcactctcatcaatcgtctcaaaactgcatcagaatcggaactaacggattctattaaggttat 2293331  T
Q  118 tccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
     ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2293332 gccacacttcaaatatgctatgttctctttacttgtttttatgtgtttt 2293380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 166
Target Start/End: Original strand, 2309563 - 2309711
Alignment:
Q  24 tcaaatcattctctgaaattcggaagtgggttctacacactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaat------ctacagattatgttacagttat 117  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      | || |||| | |||  |||||    
T  2309563 tcaaatcgttctcagaaattcagaagtgggtcttacgcactctcatcaaccgtctcaaaactgcatcagaatcggaaccaacggattctattaaggttat 2309662  T
Q  118 tccacactttcattatgctatgttctgtttgcttgtttttatgtgtttt 166  Q
     ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2309663 gccacacttcaaatatgctatgttctctttacttgtttttatgtgtttt 2309711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 173 - 408
Target Start/End: Original strand, 41126687 - 41126919
Alignment:
Q  173 attttgttgcgtaaaaaatgggaggaattgttgatgttgcgtagagatcaagaagatgttttgcttcagctgataagagggaggaagcaagttaaggaga 272  Q
    ||||| || ||||||  ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| | |||| ||| ||||||| ||||||| |||  ||||| |    
T  41126687 attttattccgtaaacgatgggaggaattgttgaagttgcgaaaagatcaagaagatgttctacttccgctaataagagcgaggaaggaagccaaggaaa 41126786  T
Q  273 gtaaattgaacaatgctaatactgttgtttcctacgtggatacacttttggagttggagttgccaatggaaaaacagaagttgactgaggatgaaatggt 372  Q
    | | ||||| |||    || | |||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||   ||| ||||  ||| ||| ||| |||||||||||    
T  41126787 ggagattgagcaaa---aacaatgttgtttcctatgcagatactcttttggaattggagttgcccgaggagaaacgcaagctgagtgaagatgaaatggt 41126883  T
Q  373 tagtctttgttcggagtttttgaatgctggtacaga 408  Q
     || |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  41126884 cagcctttgttcagagtttttgaatgctggcacaga 41126919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University