View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17755_low_38 (Length: 365)

Name: NF17755_low_38
Description: NF17755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17755_low_38
NF17755_low_38
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (20-354)||(2327120-2327454)
chr2 (28-344)||(2321275-2321591)
chr2 (20-311)||(2330835-2331126)
chr2 (28-333)||(2303573-2303878)
chr2 (28-331)||(2293960-2294263)
chr2 (28-354)||(2351149-2351475)
chr2 (28-331)||(2310291-2310594)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (28-348)||(41127155-41127478)
chr8 (34-147)||(26494725-26494838)
chr8 (28-147)||(26506764-26506883)
chr8 (181-297)||(26494893-26495009)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (164-211)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (175-296)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 20 - 354
Target Start/End: Original strand, 2327120 - 2327454
Alignment:
Q  20 tgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggagga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327120 tgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggagga 2327219  T
Q  120 tccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaaga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  2327220 tccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctggtaggaga 2327319  T
Q  220 atttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2327320 atttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccggagggtggccatgtcg 2327419  T
Q  320 atttgtcggaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 354  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2327420 atttgtcagaaaaatttgaattcaccgtggtgatg 2327454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 28 - 344
Target Start/End: Original strand, 2321275 - 2321591
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321275 gatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2321374  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  2321375 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcc 2321474  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 327  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2321475 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcg 2321574  T
Q  328 gaaaaatttgaattcac 344  Q
    ||||||  |||||||||    
T  2321575 gaaaaagatgaattcac 2321591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 20 - 311
Target Start/End: Original strand, 2330835 - 2331126
Alignment:
Q  20 tgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggagga 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2330835 tgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcagagatggggttggaccctcgtgtttgggagga 2330934  T
Q  120 tccaatggagtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaaga 219  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||    
T  2330935 tccaatggaatttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccatttggagctgggaggaga 2331034  T
Q  220 atttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtgg 311  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2331035 atttgtcctggatataatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcccgagggtgg 2331126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 28 - 333
Target Start/End: Original strand, 2303573 - 2303878
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303573 gatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2303672  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  2303673 agtttaagccagaaaggttttggaaggatgagaattttgacattacagggagtaaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcc 2303772  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 327  Q
     | |  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  2303773 tgcacttaatttagctttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcg 2303872  T
Q  328 gaaaaa 333  Q
    ||||||    
T  2303873 gaaaaa 2303878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 28 - 331
Target Start/End: Original strand, 2293960 - 2294263
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  2293960 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttgg 2294059  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2294060 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2294159  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 327  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2294160 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2294259  T
Q  328 gaaa 331  Q
    ||||    
T  2294260 gaaa 2294263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 28 - 354
Target Start/End: Original strand, 2351149 - 2351475
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351149 gatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 2351248  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||| ||||| |||||    
T  2351249 agtttaagccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcc 2351348  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 327  Q
     ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  2351349 cggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcg 2351448  T
Q  328 gaaaaatttgaattcaccgtgatgatg 354  Q
    ||||||   |||||||| ||| |||||    
T  2351449 gaaaaacaagaattcactgtggtgatg 2351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 28 - 331
Target Start/End: Original strand, 2310291 - 2310594
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  2310291 gatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattgg 2310390  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2310391 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcc 2310490  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggtggccatgtcgatttgtcg 327  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||    
T  2310491 cggacttaatttagctttgctccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacg 2310590  T
Q  328 gaaa 331  Q
    ||||    
T  2310591 gaaa 2310594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 28 - 348
Target Start/End: Original strand, 41127155 - 41127478
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||||||||  | ||||| ||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||| || |||  ||| ||| |||||||||| |||||| |||    
T  41127155 gatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctagtgtttgggaagatccattgg 41127254  T
Q  128 agtttaagccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtcc 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||    
T  41127255 agtttaaaccagaaaggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcc 41127354  T
Q  228 gggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaggg---tggccatgtcgatttg 324  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||   |||  |||| ||||||    
T  41127355 tggatataatttagctttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattctagagggagctggttatgttgatttg 41127454  T
Q  325 tcggaaaaatttgaattcaccgtg 348  Q
    |||||||||  |||||||||||||    
T  41127455 tcggaaaaaactgaattcaccgtg 41127478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 147
Target Start/End: Original strand, 26494725 - 26494838
Alignment:
Q  34 gttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 133  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||||    |||||||||||||| | || |||||    
T  26494725 gttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgttta 26494824  T
Q  134 agccagaaaggttt 147  Q
    ||||||| ||||||    
T  26494825 agccagagaggttt 26494838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 147
Target Start/End: Original strand, 26506764 - 26506883
Alignment:
Q  28 gatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatgg 127  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  26506764 gatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgtttgggaggatcccatgg 26506863  T
Q  128 agtttaagccagaaaggttt 147  Q
      || |||||||| ||||||    
T  26506864 cattcaagccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 297
Target Start/End: Original strand, 26494893 - 26495009
Alignment:
Q  181 aaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggttt 280  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  || || |||||||| |  ||||| || ||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  26494893 aaagagataaagatgatgccgtttggagcagggaggaggatttgtcctgcctataaattggcaatgctccatttagaatactttgttgctaatttggttt 26494992  T
Q  281 ggaatttcgattggaag 297  Q
     ||| || || ||||||    
T  26494993 tgaactttgagtggaag 26495009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 211
Target Start/End: Original strand, 55017070 - 55017117
Alignment:
Q  164 ttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctg 211  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  55017070 ttgatattacaggaactaaagagatgaagatgatgccgtttggtgctg 55017117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 15176408 - 15176287
Alignment:
Q  175 gggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctgatagaagaatttgtccgggatataatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatt 274  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||| || |||  |||||| ||  | || |||||||| ||||| || ||||    
T  15176408 gggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaatt 15176309  T
Q  275 tggtttggaatttcgattggaa 296  Q
    | |||| |||||| || |||||    
T  15176308 ttgttttgaattttgagtggaa 15176287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University