View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17756_low_1 (Length: 791)

Name: NF17756_low_1
Description: NF17756
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17756_low_1
NF17756_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-783)||(51310131-51310912)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 755; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 755; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 783
Target Start/End: Original strand, 51310131 - 51310912
Alignment:
Q  1 ttcgcttattctcacctcaacaatcttcttcgcacttcctcttcaatttacgttaaacgcagagcttctgaatctatggttagtggtttgtgtgcaatgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310131 ttcgcttattctcacctcaacaatcttcttcgcacttcctcttcaatttacgttaaacgcagagcttctgaatctatggttagtggtttgtgtgcaatgg 51310230  T
Q  101 ataagcctcgtgaggctgagaatttggttcaggaatttaaacgaacagatggtggtgggaagattcagcttcaaccttctgcttttgaattcaagtctat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310231 ataagcctcgtgaggctgagaatctggttcaggaatttaaacgaacagatggtggtgggaagattcagcttcaaccttctgcttttgaattcaagtctat 51310330  T
Q  201 tttgtatggatatggaagattgggtttgtttaatgatttgaacagagttgttgatgaaatggagaataatgggtttgttattgatactgtttgttataat 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310331 tttgtatggatatggaatattgggtttgtttaatgatt-gaacagagttgttgatgaaatggagaataatgggtttgttattgatactgtttgttataat 51310429  T
Q  301 atggttctttcaagttttggaattcatggggagtatgtggaaatggtttcttggcttacaaggatgaggaattctggtgttccgttttctgttagaactt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51310430 atggttctttcaagttttggaattcatggggagtatgtggaaatggtttcttggcttacaaggatgaggaattctggtgttcctttttctgttagaactt 51310529  T
Q  401 ataattctgtttcaaattcttgtccaacggttatgaggaaggttgtggatttgaatgatttggcattttcgattgaagagttgttgaattcgtgtttgga 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310530 ataattcggtttcaaattcttgtccaacggttatgaggaaggttgtggatttgaatgatttggcattttcgattgaagagttgttgaattcgtgtttgga 51310629  T
Q  501 aggaggggaagctatggtggttaaggagttgctttcgtgtaatgtgcttttcgatgaggtgatggtgtgggattctaaagaggtgaaattggatttgcat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310630 aggaggggaagctatggtggttaaggagttgctttcgtgtaatgtgcttttcgatgaggtgatggtgtgggattctaaagaggtgaaattggatttgcat 51310729  T
Q  601 ggatttcacttgggttcggcttatttggttatgttactttggttggaggagatgcagaagaggttgttgaatgcttcaaatcatgatattcctgctgaaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310730 ggatttcacttgggttcggcttatttggttatgttgctttggttggaggagatgcagaagaggttgttgaatgcttcaaatcatgatattcctgctgaaa 51310829  T
Q  701 tcactgtggtttgtggggttggaaagcatagcaatgtgagaggagaatcaccggtcaaagtattggttaaagagatgatgatg 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51310830 tcactgtggtttgtggggttggaaagcatagcaatgtgagaggagaatcaccggtcaaagtattggttaaagagatgatgatg 51310912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University