View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17757_low_1 (Length: 647)

Name: NF17757_low_1
Description: NF17757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17757_low_1
NF17757_low_1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (70-617)||(22990246-22990795)
chr4 (1-617)||(28948619-28949236)
chr4 (197-617)||(22714557-22714979)
chr4 (316-622)||(22696864-22697172)
chr4 (316-637)||(46956533-46956859)
chr4 (70-202)||(22703322-22703454)
chr4 (563-637)||(28949216-28949290)
chr4 (563-637)||(22714959-22715033)
chr4 (563-637)||(22990192-22990266)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (1-617)||(200235-200862)
scaffold0009 (563-637)||(200842-200916)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (233-637)||(20087585-20087992)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (316-622)||(19646298-19646606)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (316-622)||(4344211-4344518)
chr1 (233-308)||(5928144-5928219)
chr1 (209-237)||(5928350-5928378)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (316-622)||(22808084-22808392)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (316-609)||(23362369-23362651)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 22990795 - 22990246
Alignment:
Q  70 cagagccaacaaaaaccaatcaggcccttggccaaaaagctacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcccctgaagtcgcatccagacca 169  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  22990795 cagagacaacaaaaaccaaccagacccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaacca 22990696  T
Q  170 gccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaata 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990695 gccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaata 22990596  T
Q  270 tagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcg 369  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22990595 tagagtttatggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttca 22990496  T
Q  370 ttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacat 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990495 ttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacat 22990396  T
Q  470 aacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22990395 aacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatag 22990296  T
Q  570 -tac--atcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagctta 617  Q
     |||  || ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  22990295 ttactaatact-tcctagattacttcttaattcatagtacatcctatctta 22990246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 617
Target Start/End: Original strand, 28948619 - 28949236
Alignment:
Q  1 cgaaacaccagacggaagaggcagaccagttaacatnnnnnnnggcctagaaagtcgagaaagcacttccagagccaacaaaaaccaatcaggcccttgg 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||         ||||||||||| |||||||| || ||||| |||  |||||||| |||||||||||    
T  28948619 cgaaacaccagaaggaagaggcagtccagttaacataaaaaaat-cctagaaagtctagaaagcaattacagagacaaacaaaaccaaccaggcccttgg 28948717  T
Q  101 ccaaaaagctacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcccctgaagtcgcatccagaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaat 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948718 ccaaaaaactacccccaaccgtagcaggttagcaggccaggaacagcagctgaagccgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaat 28948817  T
Q  201 gtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  28948818 gtcacaaaaaacataagaaatcatggcattacaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttaaggaggataagtgaacaacaaa 28948917  T
Q  301 tccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactg 400  Q
    ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |     
T  28948918 tccgaagcaaaaaaacaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagttattt 28949017  T
Q  401 gtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttccta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949018 gtacttcataagagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttccta 28949117  T
Q  501 gattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaatt 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | |||||||||||||||||    
T  28949118 gattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactattacttcctagattacttcttaatt 28949217  T
Q  599 catagtacttcctagctta 617  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  28949218 catagtacatcctagctta 28949236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 197 - 617
Target Start/End: Original strand, 22714557 - 22714979
Alignment:
Q  197 gaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaa 296  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22714557 gaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagtgaacaa 22714656  T
Q  297 caaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagtt 396  Q
    ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22714657 caaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagtt 22714756  T
Q  397 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714757 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 22714856  T
Q  497 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag-tac--atcctagcttagattacttct 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  || ||  | ||||||||||||    
T  22714857 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactaatact-tcctagattacttct 22714955  T
Q  594 taattcatagtacttcctagctta 617  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  22714956 taattcatagtacatcctatctta 22714979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 316 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 22697172 - 22696864
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22697172 caacataagtgaaccataaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 22697073  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22697072 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 22696973  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 613  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22696972 taaagacaacagagcattacaacattaaagactaaacaaaatagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 22696873  T
Q  614 cttacttcc 622  Q
     ||| ||||    
T  22696872 gttaattcc 22696864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 316 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 46956859 - 46956533
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  46956859 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagccttcattaaggtatagaaacattacataagttactagtacttcataatagt 46956760  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  46956759 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttgatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 46956660  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagacta---aacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcc 610  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||   || |||||| | |||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46956659 taaagataatggaacattacaacattaaagactaaataatataacagtgcttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcatagtactttc 46956560  T
Q  611 tagcttacttcctagtcacacaggttc 637  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  46956559 tagcttacttcctagtcacacaggttc 46956533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 202
Target Start/End: Original strand, 22703322 - 22703454
Alignment:
Q  70 cagagccaacaaaaaccaatcaggcccttggccaaaaagctacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcccctgaagtcgcatccagacca 169  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  22703322 cagagacaacaaaaaccaaccagacccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaacca 22703421  T
Q  170 gccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703422 gccgcaaaaccataagaaacatgctttgaatgt 22703454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 563 - 637
Target Start/End: Original strand, 28949216 - 28949290
Alignment:
Q  563 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28949216 ttcatagtacatcctagcttagattgcttcttaactcatagtacttcctagcttacttcctagtcacataggttc 28949290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 563 - 637
Target Start/End: Original strand, 22714959 - 22715033
Alignment:
Q  563 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 637  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22714959 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22715033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 563 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 22990266 - 22990192
Alignment:
Q  563 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 637  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22990266 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22990192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 617
Target Start/End: Original strand, 200235 - 200862
Alignment:
Q  1 cgaaacaccagacggaagaggcagaccagttaacatnnnnnnnggcctagaaagtcgagaaagcacttccagagccaacaaaaaccaatcaggcccttgg 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||       | ||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  200235 cgaaacaccagaaggaagaggcagtccagttaacataaaaaaag-cctagaaagtctagaaagcaactacagagacaacaaaaaccaaccagacccttgg 200333  T
Q  101 ccaaaaagctacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcccctgaagtcgcatccagaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200334 ccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagctgcaaccaaaccagccgcaaaaccataagaaacatgctttgaat 200433  T
Q  201 gtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaa 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  200434 gttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatatagtttatggaggataagtgaacaacaaa 200533  T
Q  301 tccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactg 400  Q
    ||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200534 tccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagttactg 200633  T
Q  401 gtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataac----------agtacttcatagttacag 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||    
T  200634 gtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattaattcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcatagtacttcatagttacag 200733  T
Q  491 gtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagatta 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | |||||||    
T  200734 gtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactattacttcctagatta 200833  T
Q  589 cttcttaattcatagtacttcctagctta 617  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  200834 cttcttaattcatagtacatcctagctta 200862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 563 - 637
Target Start/End: Original strand, 200842 - 200916
Alignment:
Q  563 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 637  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  200842 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctaatcacagaggttc 200916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 233 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 20087992 - 20087585
Alignment:
Q  233 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnn-caacataagtgaacca 331  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||| ||||         ||||||||||||||||    
T  20087992 aaatagagcttatatataaccagttaaaactgaaatatagagcttatggaggacaggtgaacaacaaatctgaaggaaaaaaaacaacataagtgaacca 20087893  T
Q  332 aaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactag 431  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20087892 aaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataatagtacttcatagttactag 20087793  T
Q  432 cacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaaca 531  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20087792 tacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttcatagttactagtactttctagattacttcttaatttaaagataacggaaca 20087693  T
Q  532 ttacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcac 629  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   |  ||   | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  20087692 ttacaacattaaagactaaatataacagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcataagacttcctagcttacttcctagtcac 20087593  T
Q  630 acaggttc 637  Q
    ||| ||||    
T  20087592 acaagttc 20087585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 316 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 19646606 - 19646298
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646606 caacataagtgaaccaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaatattacataagttactggtacttcataagagt 19646507  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19646506 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 19646407  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 613  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646406 taaagacaacagaacattacaacattaaagattaaacataagagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 19646307  T
Q  614 cttacttcc 622  Q
    |||| ||||    
T  19646306 cttaattcc 19646298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 316 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 4344518 - 4344211
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4344518 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 4344419  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4344418 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttactggtacttcctagattacttcttaatt 4344319  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 613  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4344318 taaagacaacgaaacatta-aacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 4344220  T
Q  614 cttacttcc 622  Q
    |||| ||||    
T  4344219 cttaattcc 4344211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 5928219 - 5928144
Alignment:
Q  233 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagc 308  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||    
T  5928219 aaatagagcttatatagaaccacttaaaactgaaatatagagtttattgaggataagtgcacaacaaatctgaagc 5928144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 209 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 5928378 - 5928350
Alignment:
Q  209 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5928378 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 5928350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 316 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 22808392 - 22808084
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22808392 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaaaattacataagttactagtacttcataagagt 22808293  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22808292 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaagaaaaatataatagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 22808193  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 613  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22808192 taaagataacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagttactagtacttcatagattacttcttaatttatagtacttcctag 22808093  T
Q  614 cttacttcc 622  Q
    |||| ||||    
T  22808092 cttaattcc 22808084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 316 - 609
Target Start/End: Original strand, 23362369 - 23362651
Alignment:
Q  316 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||             |||    
T  23362369 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaacattacataagttact-------------agt 23362455  T
Q  416 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 515  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  23362456 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcatagttattagtacttcctagattacttcttaatt 23362555  T
Q  516 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362556 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttaatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttc 23362651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University