View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17758_low_14 (Length: 485)

Name: NF17758_low_14
Description: NF17758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17758_low_14
NF17758_low_14
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-478)||(18925393-18925871)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (91-465)||(4666917-4667295)
chr7 (97-447)||(4630924-4631275)
chr7 (91-478)||(4845753-4846144)
chr7 (91-449)||(4636852-4637211)
chr7 (79-447)||(4863919-4864288)
chr7 (88-465)||(4783573-4783951)
chr7 (88-465)||(4816002-4816380)
chr7 (130-457)||(4662978-4663306)
chr7 (91-478)||(4653486-4653874)
chr7 (79-436)||(4696919-4697277)
chr7 (100-465)||(4711822-4712191)
chr7 (96-311)||(4672837-4673052)
chr7 (78-304)||(4643848-4644074)
chr7 (343-465)||(4647505-4647625)
chr7 (331-449)||(4643666-4643785)
chr7 (328-447)||(4672673-4672793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Original strand, 18925393 - 18925871
Alignment:
Q  1 tattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggccttgaaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaagtgttagagacggttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925393 tattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggccttgaaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaagtgttagagacggttt 18925492  T
Q  101 atagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttggagaaacaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18925493 atagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaata 18925592  T
Q  201 tccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925593 tccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaaga 18925692  T
Q  301 agttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18925693 agttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttg 18925792  T
Q  400 attggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgatgatgt 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18925793 attggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgt 18925871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 173; Significance: 8e-93; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 91 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 4667295 - 4666917
Alignment:
Q  91 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttgg 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||   || | || || |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  4667295 gagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 4667196  T
Q  191 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 287  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| | |||||  ||   || |||  |||||| || | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  4667195 agaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgta 4667096  T
Q  288 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgga-ttttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||| || |||| |||| |||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||    
T  4667095 cttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcat 4666996  T
Q  387 ttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaac 465  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  4666995 ttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 97 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4631275 - 4630924
Alignment:
Q  97 gtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttggagaaac 196  Q
    ||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  4631275 gtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 4631176  T
Q  197 aatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgc 296  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  4631175 aatatccacttagtgtatcaagttattttggacatcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgc 4631076  T
Q  297 aagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgag 395  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  4631075 gagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgag 4630976  T
Q  396 tttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatag 447  Q
    |||||   |   ||||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4630975 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatag 4630924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 91 - 478
Target Start/End: Original strand, 4845753 - 4846144
Alignment:
Q  91 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttgg 190  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  4845753 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 4845852  T
Q  191 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 287  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |  || |  |    || |||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  4845853 agaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtata 4845952  T
Q  288 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||    
T  4845953 cttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacat 4846052  T
Q  387 ttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgatgatgt 478  Q
    ||||| |||||||||  || ||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||| | ||| ||||||    
T  4846053 ttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgt 4846144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 91 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 4637211 - 4636852
Alignment:
Q  91 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttgg 190  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  4637211 gagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctctttacttgg 4637112  T
Q  191 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatactt 290  Q
    ||||| | || |||   |||||||||| ||| ||||||||||| || |  |||  |||||||  ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  4637111 agaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtactt 4637012  T
Q  291 aactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttt 389  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||    
T  4637011 aactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttt 4636912  T
Q  390 tgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagat 449  Q
    || ||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  4636911 tgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcatagat 4636852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 79 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4864288 - 4863919
Alignment:
Q  79 gacaaagtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttc 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||||||   || |||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  4864288 gacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttc 4864189  T
Q  179 cttgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccaga 278  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  4864188 ctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccaga 4864089  T
Q  279 agttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggta 377  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||| ||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||    
T  4864088 agttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggta 4863989  T
Q  378 agattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatag 447  Q
    || || |||||||| |||||||||  | ||||||  ||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  4863988 aggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttcatag 4863919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 88 - 465
Target Start/End: Original strand, 4783573 - 4783951
Alignment:
Q  88 ttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttact 187  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||   | || ||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||    
T  4783573 ttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttact 4783672  T
Q  188 tggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 287  Q
    |||||||| | || |||   |||||||||| ||| ||||||||||| || |  |||  |||||||  ||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||    
T  4783673 tggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgttta 4783772  T
Q  288 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||    
T  4783773 cttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacat 4783872  T
Q  387 ttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaac 465  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  |  | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4783873 ttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaac 4783951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 88 - 465
Target Start/End: Original strand, 4816002 - 4816380
Alignment:
Q  88 ttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttact 187  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||   | || ||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||    
T  4816002 ttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttact 4816101  T
Q  188 tggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 287  Q
    |||||||| | || |||   |||||||||| ||| ||||||||||| || |  |||  |||||||  ||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||    
T  4816102 tggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgttta 4816201  T
Q  288 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||    
T  4816202 cttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacat 4816301  T
Q  387 ttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaac 465  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  |  | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4816302 ttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaac 4816380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 130 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4663306 - 4662978
Alignment:
Q  130 ccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac 229  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||  |     
T  4663306 ccacaaagtgatgatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttggag 4663207  T
Q  230 ataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggatta 329  Q
    || |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| |||||||    
T  4663206 atcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggatta 4663107  T
Q  330 taatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgataga 428  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||||||  | |||| |  ||| |||||||||||    
T  4663106 taatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgataga 4663007  T
Q  429 gtttttcagatttttatagatgataattt 457  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||    
T  4663006 atgtttcagatttttatagatgataattt 4662978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 91 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 4653874 - 4653486
Alignment:
Q  91 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttgg 190  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||     || || ||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||| |    
T  4653874 gagacagtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttag 4653775  T
Q  191 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatactt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | || |||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||  |||||||||| ||||||| |    
T  4653774 agaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacct 4653675  T
Q  291 aactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttt 389  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||  | ||||||||| |||| || || ||||||    
T  4653674 aactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttt 4653575  T
Q  390 tgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgatgatgt 478  Q
    || || |||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||   |||||||||| ||||| ||||||    
T  4653574 tgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgt 4653486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 79 - 436
Target Start/End: Original strand, 4696919 - 4697277
Alignment:
Q  79 gacaaagtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttc 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||| ||   | || || |||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  4696919 gacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttc 4697018  T
Q  179 cttgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccaga 278  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  4697019 ctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccaga 4697118  T
Q  279 agttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggta 377  Q
    || ||| ||||||||||||||||||  |||| |||||| |||| ||||||  |||||||||||| |||| |||||||||  ||  ||||||||| |||||    
T  4697119 agctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggta 4697218  T
Q  378 agattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttca 436  Q
    || ||||||||||| |||||||||  |||||| || |||  |||||||||||| |||||    
T  4697219 aggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttca 4697277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 100 - 465
Target Start/End: Original strand, 4711822 - 4712191
Alignment:
Q  100 tatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttggagaaacaat 199  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||   | || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  |||| |||| ||| |||    
T  4711822 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 4711921  T
Q  200 atccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgc 296  Q
    |||||| ||||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  4711922 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgc 4712021  T
Q  297 aagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttgg-attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgag 395  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  4712022 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4712121  T
Q  396 tttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaac 465  Q
    ||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||    
T  4712122 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 4712191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 96 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4673052 - 4672837
Alignment:
Q  96 ggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttccttgttacttggagaaa 195  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||   || | || || |||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  4673052 ggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaa 4672953  T
Q  196 caatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactg 295  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| | ||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||| ||||||    
T  4672952 caatatccacttagtgtatcaagtgagtatatgcatcatctcaactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactg 4672853  T
Q  296 caagaagttatggaat 311  Q
    ||||||||||||||||    
T  4672852 caagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 78 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 4644074 - 4643848
Alignment:
Q  78 tgacaaagtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgatttt 177  Q
    ||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||||   | ||||||||||| ||   | || ||||||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  4644074 tgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacaatgattat 4643975  T
Q  178 ccttgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatgtaaacaataccattccaaactacacggcaccag 277  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |  |||| |||| |||||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  4643974 cctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaacatcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccag 4643875  T
Q  278 aagttgtatacttaactgcaagaagtt 304  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||    
T  4643874 aagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 343 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647505
Alignment:
Q  343 attttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttt 442  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||| || ||    
T  4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtt 4647528  T
Q  443 tatagatgataatttggctgaac 465  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  4647527 tatagatgatattttggctgaac 4647505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 331 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643666
Alignment:
Q  331 aatgtaacttgga-ttttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagag 429  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  | ||||||  ||| ||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  430 tttttcagatttttatagat 449  Q
    | |||||||| || ||||||    
T  4643685 tctttcagatattcatagat 4643666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672673
Alignment:
Q  328 tataatgtaacttgga-ttttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgata 426  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| | || |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||  ||| ||| |  |||  ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  427 gagtttttcagatttttatag 447  Q
    |||  ||||||||||||||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttatag 4672673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University