View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17763_high_72 (Length: 340)

Name: NF17763_high_72
Description: NF17763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17763_high_72
NF17763_high_72
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (21-329)||(2591582-2591890)
chr6 (20-331)||(2623124-2623435)
chr6 (19-301)||(2596937-2597219)
chr6 (21-329)||(2672755-2673063)
chr6 (20-329)||(2569379-2569688)
chr6 (27-325)||(2641601-2641899)
chr6 (21-325)||(2439637-2439944)
chr6 (21-329)||(2450358-2450669)
chr6 (74-135)||(33786340-33786401)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2591890 - 2591582
Alignment:
Q  21 attttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataacttttc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2591890 attttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgattcaatggcatcggaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaattacttttc 2591791  T
Q  121 cagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataact 220  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2591790 cggtagttaccaaaattataaaagtcttgaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaattttcccaccataccaaaaggtcaaagcataact 2591691  T
Q  221 acaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaacatt 320  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  2591690 acacaatttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcataccaagattgtctaatactttcatgacttgggccttgttgggatttttcaagcatt 2591591  T
Q  321 ttgagaatt 329  Q
    |||||||||    
T  2591590 ttgagaatt 2591582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 20 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2623435 - 2623124
Alignment:
Q  20 gattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataactttt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2623435 gattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacgcaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcgataactttt 2623336  T
Q  120 ccagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataac 219  Q
    || ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623335 ccggtacttaccaaaattaaaaaagtcttaaataacgccttggctgagatataaccttgcaacacaagtttcccaccataccaaaagctcaaagcataac 2623236  T
Q  220 tacaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaacat 319  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| || |||||||||| |||    
T  2623235 tacataacttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcataccaagattgtctaatactttcatgacttgggccttgttgagatttttcaagcat 2623136  T
Q  320 tttgagaattat 331  Q
    ||||||||||||    
T  2623135 tttgagaattat 2623124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 2596937 - 2597219
Alignment:
Q  19 cgattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataacttt 118  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |    
T  2596937 cgatttttgtatacctatcgaggattgtgaaaaccgatccaaccgcattagagcctttagcaagatcattcgtcaagctaccggcatcagcaataactct 2597036  T
Q  119 tccagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataa 218  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||  ||    
T  2597037 tcctgtacttaccaaaatcataaaagtctcgaataacgccttagccgagatataaccttgcgacacaagttttccaccataccaaaagtccaaagcccaa 2597136  T
Q  219 ctacaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttg 301  Q
     ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  2597137 ttacaaaaattgagactttgtgaacatgcaagtccaatacctgcaaaccaggactgtctaatactttcatggcttggtccttg 2597219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 2672755 - 2673063
Alignment:
Q  21 attttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataacttttc 120  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2672755 atttttgtataccgatcgaggactgcaaaaaccgatccaacggcatcagagcctttagcaagatcatttgtcatgctacctgcatcagcaataactcttc 2672854  T
Q  121 cagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataact 220  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||  || |    
T  2672855 ctgtacttaccaaaatcataaaagtctcgaataaagccttagccgagatataaccttgcgacacaagttttccaccataccaaaagtccaaagcccaagt 2672954  T
Q  221 acaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaacatt 320  Q
    |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||  |||| |||||| || | |||||||| ||||    
T  2672955 acaaaaattgagactttgtgaacatgcaagtccaatacctgcaaaccaggactgtctaatactttcatggcttggtccttgttgtgctttttcaagcatt 2673054  T
Q  321 ttgagaatt 329  Q
    |||||||||    
T  2673055 ttgagaatt 2673063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 329
Target Start/End: Original strand, 2569379 - 2569688
Alignment:
Q  20 gattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataactttt 119  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2569379 gatttttgtatacctatcgagaattgcaaaaactgatccaatggcatcagagcctttagcaagatcactcgtcatgctaccggcatcagcaataactctt 2569478  T
Q  120 ccagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataac 219  Q
    || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||  ||     
T  2569479 cctgtacttaccaaaatcataaaagttttaaataacgccttagccgagatataaccttgcgacacaagttttccaccataccaaaagtccaaagcccaag 2569578  T
Q  220 tacaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaacat 319  Q
    || ||   |||| || ||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| |  ||||| ||||  ||||||| |||    
T  2569579 tagaataattgagacattgtgaacatgcaagcccaatacctgcaaaccaagactgtctaacactttcatgactcgggccttgttgggccttttcaagcat 2569678  T
Q  320 tttgagaatt 329  Q
    ||||||||||    
T  2569679 tttgagaatt 2569688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 325
Target Start/End: Original strand, 2641601 - 2641899
Alignment:
Q  27 gtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataacttttccagtag 126  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||     
T  2641601 gtatacctatcgaggattgcgaaaaccgatccaactgcattagagcctttagcaagatcatttgtcatgctaccggcatctgcaataactcttccggtac 2641700  T
Q  127 ttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcataactacaaac 226  Q
    ||| ||| ||||||||||||| |||||| || || || || ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||  ||||||  |  |||| |     
T  2641701 ttatcaagatcataaaagtctcaaataatgcttttgccgaaatataaccttgtgacacaagttttccaccgtaccaaaagtccaaagcccaggtacacaa 2641800  T
Q  227 tttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaacattttgag 325  Q
       ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |  |||||||| | |||| |||  ||||||||    
T  2641801 aaagaggctttgtgaacatgcaagtccaatgccagcaaaccaagactgtctaatactttcatgactagggccttgctgagcttttccaagaattttgag 2641899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 2439944 - 2439637
Alignment:
Q  21 attttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctac---cagcatcagcaataactt 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  2439944 attttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgcagcatctgcaataactt 2439845  T
Q  118 ttccagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcata 217  Q
    ||||| |  ||| | |||||||||  |||| ||| ||    ||   ||  ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||| | || ||       
T  2439844 ttccaatgcttatccaaatcataattgtctcaaaaaattgattttttgttatatatccttgtgagacaagttttccaccataccaaaagtttaaggctct 2439745  T
Q  218 actacaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaac 317  Q
    | ||||||   |||  ||||||| ||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||| || ||  ||||| |||| |||||||| |    
T  2439744 agtacaaaaaatgaggctttgtgaacatgcaagtccaatacccgcataccaagattgtctgatactttcatgacgtgggccttgttgggctttttcaagc 2439645  T
Q  318 attttgag 325  Q
    ||||||||    
T  2439644 attttgag 2439637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2450669 - 2450358
Alignment:
Q  21 attttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacccaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctac---cagcatcagcaataactt 117  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| || |||||||   ||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |     || ||| | ||||||||     
T  2450669 atttttgtatacctatcaagaattgcgaacactgacccaacaacatcaaagcctttagcaaggtcattagtcatgttgtttacaacataaacaataactc 2450570  T
Q  118 ttccagtagttaccaaaatcataaaagtcttaaataacgccttagctgagatataaccttgcgacacaaggttcccaccataccaaaagctcaaagcata 217  Q
    ||||| || ||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||  ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||   || ||       
T  2450569 ttccaatacttaaccaaatcataatagtctcaaataatgccttagttgttatatatccttgagacacaagttttccaccgtaccaaaagtggaatgccct 2450470  T
Q  218 actacaaactttgatactttgtgcacatgcaagtccaatgccagcaaatcaagattgtctaatactttcattacttgatccttgctgggatttttcaaac 317  Q
    | |||||   | || |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||  ||||| |||| ||||||||      
T  2450469 aatacaagaatggagactttgtgcacatgcaagcccaataccagcaaaccaagattgtctaatgttttcatgacttgggccttgttgggctttttcaaga 2450370  T
Q  318 attttgagaatt 329  Q
    ||||| ||||||    
T  2450369 atttttagaatt 2450358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 135
Target Start/End: Original strand, 33786340 - 33786401
Alignment:
Q  74 tttagcaagatcattcgtcatgctaccagcatcagcaataacttttccagtagttaccaaaa 135  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||    
T  33786340 tttagcaagatcagaagtcatgctaccagcttcagctataacttttccggtactcaccaaaa 33786401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University