View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17765_high_12 (Length: 216)

Name: NF17765_high_12
Description: NF17765
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17765_high_12
NF17765_high_12
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (12-202)||(5952842-5953032)
chr7 (68-202)||(38024624-38024758)
chr7 (110-197)||(33192694-33192781)
chr7 (13-136)||(13583464-13583585)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (12-202)||(7022741-7022931)
chr6 (12-202)||(34252229-34252421)
chr6 (12-202)||(26292238-26292428)
chr6 (12-202)||(10570571-10570759)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (12-202)||(5171181-5171371)
chr1 (12-202)||(6770939-6771129)
chr1 (12-174)||(33931466-33931630)
chr1 (44-190)||(39989269-39989414)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-202)||(19816296-19816485)
chr4 (48-202)||(1804489-1804645)
chr4 (113-202)||(21375056-21375145)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-202)||(15917207-15917397)
chr8 (12-190)||(8567571-8567749)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-202)||(55428912-55429096)
chr3 (12-202)||(29018562-29018754)
chr3 (16-202)||(17065120-17065307)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (54-202)||(9992878-9993025)
chr2 (64-202)||(9388825-9388963)
chr2 (12-162)||(29763209-29763359)
chr2 (123-194)||(7813031-7813105)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (39-202)||(28175232-28175395)
chr5 (12-192)||(35946722-35946897)
chr5 (39-99)||(6642291-6642351)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 5953032 - 5952842
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5953032 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 5952933  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5952932 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcagattggcttgctaagcatggtgcttct 5952842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 68 - 202
Target Start/End: Original strand, 38024624 - 38024758
Alignment:
Q  68 caatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacg 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38024624 caatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacg 38024723  T
Q  168 agtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||    
T  38024724 agtgtgcggattgacttgctaagcatgatgcttct 38024758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 110 - 197
Target Start/End: Original strand, 33192694 - 33192781
Alignment:
Q  110 caactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtg 197  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33192694 caactgcaacatcgagattgaattgttaattttcatcataccctccgtcaaggaaacgagtgtgcgaattggcttgctaagcatggtg 33192781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 136
Target Start/End: Original strand, 13583464 - 13583585
Alignment:
Q  13 cattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaa 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| | | || ||||||||| |||||| ||| ||| |||||||  ||||||| |||||| | ||||| ||||     
T  13583464 cattattcttgaatctgattctagggtggctcattatctaatcatgttggatgttcaacctcgtcatcct--tgctcctttgattactaagattatccat 13583561  T
Q  113 ctgcaacatcgagattggattgtt 136  Q
    || || |||||||||||| |||||    
T  13583562 ctccatcatcgagattgggttgtt 13583585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 7022741 - 7022931
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7022741 acattattcttgagtcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtcca 7022840  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  7022841 actgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcggattgacttgctaagcatggtgcttct 7022931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 34252229 - 34252421
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtc--ggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtc 109  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34252229 acattattcttgagtgagattctaggatggctcttgatttaatcatgtctcggatgtccaatcttatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtc 34252328  T
Q  110 caactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34252329 caactgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacgggtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttct 34252421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 26292428 - 26292238
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  26292428 acattattcttgaatcagattctaggagggctcttgatttaaacatgtcgagtgtccaatctcgtcatcctcatgctcctctgattagtcggattttcca 26292329  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||  |||||||    
T  26292328 attgcaacatcgatattggattgttaattttcaacagaccctccgtcaaggcaacaagtgtacggattggcttgctaagcataatgcttct 26292238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 10570571 - 10570759
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| || || |||| | ||||||||||| || ||    
T  10570571 acattattcttgaatcagattctaggatggctcttaatttaattatgtcggatatccaacctcgtcatcatcgtgttcctcttattagtcagatagttca 10570670  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||   | |||| ||| |  ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  10570671 actgcaacatcgagattggattgttaattttcattctaccctctattaaggcaacaa--gtgcagattggcttgcgaagcatggtgcttct 10570759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 5171181 - 5171371
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5171181 acattattcttgagtcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtcca 5171280  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5171281 actgcaacatcgagattgaattgttaattttcattataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttct 5171371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 6770939 - 6771129
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6770939 acattattcttgaatcaaattataggatggctcttgatttaatcatgtcgaatgtcgaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtcca 6771038  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  6771039 actgcaacatcgagattgaattgttcattttcagcatgccctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatgatgcttct 6771129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 12 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 33931630 - 33931466
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggccctt--gatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |||| ||    
T  33931630 acattatttttgaatcagattttaggatgactcttttgatttaatcatgtcggatgtccaacctcatcatcctcatgcttctctgattagtttgattctc 33931531  T
Q  110 caactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgc 174  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||    
T  33931530 caactgcaacatcgagattagattttttattttcatcataccctccatcaaggcaacgagtgtgc 33931466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 190
Target Start/End: Original strand, 39989269 - 39989414
Alignment:
Q  44 cttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttc 143  Q
    |||||| ||||||||| ||||  | || ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  39989269 cttgatctaatcatgttggat--caaacctcatcatccttatgcttctctgataagttagaatgtctaactgcatcatcgagattggattgttaattttc 39989366  T
Q  144 agcata-cccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaag 190  Q
    | |||| |||| || ||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  39989367 atcatacccctccgccaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaag 39989414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 4e-77; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19816485 - 19816296
Alignment:
Q  13 cattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  19816485 cattattcttgaatcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgttgaatctcatcatcctcatgctcccctgattagtcagattgtccaa 19816386  T
Q  113 ctgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19816385 ctgcaacatcaagattggattgttcattttcatcatactctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttct 19816296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 48 - 202
Target Start/End: Original strand, 1804489 - 1804645
Alignment:
Q  48 atttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagca 147  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  1804489 atttaattatgtcggatgtccaagctcatcatcttcatgctcttctgattagttagattgtccacctgcaacatcgatattggattgttaattttcatca 1804588  T
Q  148 tac--ccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  1804589 tacagcctccgtcaaggtaacgagtgtgcagattgacttgctaagcatggtgcttct 1804645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 113 - 202
Target Start/End: Original strand, 21375056 - 21375145
Alignment:
Q  113 ctgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| | | |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  21375056 ctgcaacatcgagattagattgttaattttcatcataccttccatcaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttct 21375145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 15917397 - 15917207
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  15917397 acattattcttgaatcagattttaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatccccatgctcctctaattagtcagattgtcca 15917298  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  15917297 actgcaacatcgagattgcattgttaattttcatcataccctccgtcaaggtaacgcgtgtgcggattggcttgctaagcatgatgcttct 15917207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 8567749 - 8567571
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8567749 acattattcttgaatcagattctatggtggcttttgatctaatcatgtcggatgtcgaacctcatcatcttcatgctcctttgattagtcagattgtcca 8567650  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaag 190  Q
    |||| ||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||  || |||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  8567649 actgtaacatcgagattgaattattaattttcatcataccctctgttaaggcaacgagtgtgcagattgacttgctaag 8567571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 55429096 - 55428912
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||      
T  55429096 acattattcttgaatcagattccaggatggctattgatttaatcatgtcggatgtcgaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtc-- 55428999  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  55428998 ----caacatctagattggattgttcattttcatcataccctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttct 55428912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29018754 - 29018562
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | || | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29018754 acattattcttgaattagattctaaggtgactcttgatctaatcatgtcggatgtccaacctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtcca 29018655  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacga--gtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || | |||||||| |||||  ||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  29018654 actacaacatcgagattggattgtcaattttcaacattccatccgtcaaggcaacgagtgtgtgcggattggcttgcaaagcatggtgcttct 29018562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17065307 - 17065120
Alignment:
Q  16 tattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatga-ttagtcagattgtccaact 114  Q
    |||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||  || |  | | | ||||| |||||||||| ||    
T  17065307 tattcttgaatccgattctagggtgactcttgatttaattatgtcgaatttccaacctcatcatccttttgttttttttaattagttagattgtccagct 17065208  T
Q  115 gcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
     ||   ||||||| |||||||| ||||||| ||||| || | |||||| ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  17065207 ccattgtcgagataggattgttaattttcatcatactctccatcaaggcaacgagtgtacgaattgacttgctaaacatggtgcttct 17065120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 54 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9993025 - 9992878
Alignment:
Q  54 tcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcataccct 153  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9993025 tcatgtcggatgtccaatcttatcatcctcatgctcctttgattagtcaaattgtccaactgcatcgtcgagattggattgttaattttcatcataccct 9992926  T
Q  154 tcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||    
T  9992925 tcgtcaaggcaacgagtgtgcggattggc-tactaagcatggtgcttct 9992878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 64 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9388963 - 9388825
Alignment:
Q  64 tgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggt 163  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||      
T  9388963 tgtccaatatcatcatcctgatgctcctcttattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctctgtcaagac 9388864  T
Q  164 aacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  9388863 attgagtgtgcagattggcttgctaagtatggtgcttct 9388825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 162
Target Start/End: Original strand, 29763209 - 29763359
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||      
T  29763209 acattattcttgaatttgatactagggtggctcttgatttaatcacgtcagatgtccaactttatcatccttatgctcctataatctgtcagattgtcgg 29763308  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaagg 162  Q
     || || | | ||||||  |||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  29763309 gctccatcgtagagattaaattgttaattttcatcaaaccctccgtcaagg 29763359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7813105 - 7813031
Alignment:
Q  123 gagattggattgttcattttcagcataccctt---cgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatg 194  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||   | ||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||    
T  7813105 gagattggattgttaattttcatcatacccttctccatcaaggtaatgagtgtgcagaatgatttgctaagcatg 7813031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 202
Target Start/End: Original strand, 28175232 - 28175395
Alignment:
Q  39 tggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttca 138  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |    
T  28175232 tggctcttgatctaatcttgtcggatgttcaacctcatcattttcatgctcctcttattagtaagattgtccaattacaacatcgagattggaatgttaa 28175331  T
Q  139 ttttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttct 202  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  28175332 ttttcatcataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcaaattggcttgttaagcatggtgtttct 28175395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 35946897 - 35946722
Alignment:
Q  12 acattattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  35946897 acattattcttgaatcatattcttggatgactcttgatctaatcatgttggatgcccaacatcatcatccatatgctcctttgattagtcagattgccca 35946798  T
Q  112 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttc-gtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagca 192  Q
    | |||| |||||| |||| ||||||  ||||||      ||||| ||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  35946797 attgcatcatcgaaattgaattgttatttttca------ccttctgtcaaggcaacgagtgtgcggattgacttgctaagca 35946722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 99
Target Start/End: Original strand, 6642291 - 6642351
Alignment:
Q  39 tggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattag 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||    
T  6642291 tggctcttgatttaatcatgttggatgtccaacctcattatccttattctcctgtgattag 6642351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University