View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17766_low_1 (Length: 992)

Name: NF17766_low_1
Description: NF17766
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17766_low_1
NF17766_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-978)||(41012227-41013193)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 978
Target Start/End: Complemental strand, 41013193 - 41012227
Alignment:
Q  15 catagggcatccattgagttatgtaggttacttacttaatccacaagtgcttttttataatttattgtctttattttattctcctcctcctacaatgcta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41013193 catagggcatccattgagttatgtaggttacttacttaatccacaagtgcttttttataatttattgtctttattttattctcctcctcctacaatgcta 41013094  T
Q  115 ctcgatccgcacctactttcttggtgggaatgaaacttccaatgacannnnnnnnccctttgacaaaaggctgtcaatagtactagttactttcaagttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41013093 ctcgatccgcacctactttcttggtgggaatgaaacttccaatgacattttttttccctttgacaaaaggctatcaatagtactagttactttcaagttt 41012994  T
Q  215 ctatggctatatactcatctcaacatcaacttttttagaatctgctcatttatcaaacccattatcatgccatgtccaaattttttgatcgttgtaatga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41012993 ctatggctatatactcatctcaacatcaacttttttagaatctgctcatttatcaaacccattatcatgccatgtccaaattttttgatcgttgtaatga 41012894  T
Q  315 ttctttcttacaacattttgattcgtaatggtttggtgttgtattatattactagcccaccagaataaaaggaaacaagcaatnnnnnnngtgcctatct 414  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  41012893 ttctctcttacaacattttgattcgtaatggtttggtgttgtattatattactagcccaccagaataaaaggaaacaagcaataaaaaaagtgcctatct 41012794  T
Q  415 aaagtgggaagtacttatcaaataatcaactaatctgactttttcttattcgtggtgttgctaacacaacaaataatgtactgaatttaaaataattata 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41012793 aaagtgggaagtacttatcaaataatcaactaatctgactttttcttattcgtggtgtagctaacacaacaaataatgtactgaatttaaaataattata 41012694  T
Q  515 tctcttctatttattcggtacaacaatttaattataataaagtaatccatatgtgtggtttcattttaaataaaaa--ctccatgtgtggatatatatat 612  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  41012693 tctcttctatttattcgatacaacaatttaattataataaagtaatccatatgtgtggtttcattttaaaaaaaaaaactccatgtgtggatatatatat 41012594  T
Q  613 --ttcatttcttttagaaagtaatccatgtgtatggacaaccaataattatgggtttttggtcgtataaatcatggcctctcttctctataatgttgcaa 710  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41012593 atttcatttcttttagaaagtaatccatgtgtatggacaaccaataattatgggtttttggtcgtataaatcatggcctctcttctctataatgttgcaa 41012494  T
Q  711 tggtactgtggtggattgatgacattaattcctatgccacttgaaatggtcaaaacagttccagagaagcattcacctatgaaaaaagctagaaaatctc 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  41012493 tggtactgtggtggattgatgacattaattcctatgccacttgaaatggtcaaaacagttccagagaagcactcacctatgaaaaaagctaggaaatctc 41012394  T
Q  811 agacactgaaaaatcactagccagctttgcctgtcaagtgtcaggggcacatggtttgcactgtttttaaatt--tgtaattctcatctcatggtaggtg 908  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||   |    
T  41012393 agacactaaaaaatcactagccagctttgcctgtcaagtgtcaggggcacatggtttgcactgtttttaaatttgtgtaattctcatctcatggta---g 41012297  T
Q  909 gtggtgcatatgatagtccaaaagagaaattactctgcaaattatgatatagggctatgtcagtggtttt 978  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41012296 gtggtgcatatgatagtccaaaagagaaattactctgcaaattatgatatagggctatgtcagtggtttt 41012227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University