View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17778_low_2 (Length: 651)
Name: NF17778_low_2
Description: NF17778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17778_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 2798415 - 2797802
Alignment:
| Q |
20 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
119 |
Q |
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| T |
2798415 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
2798316 |
T |
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| Q |
120 |
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219 |
Q |
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|
| T |
2798315 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
2798216 |
T |
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| Q |
220 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacct |
319 |
Q |
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| T |
2798215 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacct |
2798116 |
T |
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| Q |
320 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagc |
419 |
Q |
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| T |
2798115 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgattctcatcaatatattgttttttcagc |
2798016 |
T |
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| Q |
420 |
ataaaatactcgtgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaat |
519 |
Q |
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| T |
2798015 |
ataaaatactcgtgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacacatccatgtactctgtcatcccatgagaaat |
2797916 |
T |
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| Q |
520 |
ctggatttattgtgagctcaacccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaag |
619 |
Q |
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| T |
2797915 |
ctggagttattgtgagctcaacccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaag |
2797816 |
T |
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| Q |
620 |
gatcctccccatct |
633 |
Q |
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| T |
2797815 |
gatcctccccatct |
2797802 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 524
Target Start/End: Original strand, 1673310 - 1673816
Alignment:
| Q |
20 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
119 |
Q |
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| T |
1673310 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactccctgtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
1673409 |
T |
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| Q |
120 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
219 |
Q |
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| T |
1673410 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
1673509 |
T |
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| Q |
220 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacct |
319 |
Q |
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| T |
1673510 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaatcagtttgggatccaagccacct |
1673609 |
T |
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| Q |
320 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagc |
419 |
Q |
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| T |
1673610 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagc |
1673709 |
T |
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| Q |
420 |
ataaaatactcgtgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
517 |
Q |
| |
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| T |
1673710 |
ataaaatactcgtgatgaagaatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
1673809 |
T |
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| Q |
518 |
atctgga |
524 |
Q |
| |
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||||||| |
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| T |
1673810 |
atctgga |
1673816 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 524
Target Start/End: Original strand, 1675785 - 1676291
Alignment:
| Q |
20 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
119 |
Q |
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| T |
1675785 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactccctgtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
1675884 |
T |
|
| Q |
120 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
219 |
Q |
| |
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|
| T |
1675885 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
1675984 |
T |
|
| Q |
220 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacct |
319 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1675985 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaatcagtttgggatccaagccacct |
1676084 |
T |
|
| Q |
320 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagc |
419 |
Q |
| |
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|
| T |
1676085 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagc |
1676184 |
T |
|
| Q |
420 |
ataaaatactcgtgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
517 |
Q |
| |
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|
| T |
1676185 |
ataaaatactcgtgatgaagaatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
1676284 |
T |
|
| Q |
518 |
atctgga |
524 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
1676285 |
atctgga |
1676291 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 524
Target Start/End: Original strand, 1682313 - 1682819
Alignment:
| Q |
20 |
actatcagacccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682313 |
actatcagaccctttttgatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccggtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaa |
1682412 |
T |
|
| Q |
120 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682413 |
ttatacagagctgtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggca |
1682512 |
T |
|
| Q |
220 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacct |
319 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1682513 |
gtggctgcagatccaacagctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaccagtttgggatccaagccacct |
1682612 |
T |
|
| Q |
320 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagc |
419 |
Q |
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|
| T |
1682613 |
atcagaaacaacacggataaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagc |
1682712 |
T |
|
| Q |
420 |
ataaaatactcgtgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
517 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1682713 |
ataaaatactcgtgatgaagaatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaa |
1682812 |
T |
|
| Q |
518 |
atctgga |
524 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
1682813 |
atctgga |
1682819 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 29267576 - 29266975
Alignment:
| Q |
32 |
ttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaattatacagagct |
131 |
Q |
| |
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||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || || |
|
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| T |
29267576 |
tttttgatggttcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttgccactcccagttggagcagcaactaggacattgtcatcagaattatatagcact |
29267477 |
T |
|
| Q |
132 |
gtgaagacttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagat |
231 |
Q |
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| T |
29267476 |
gtgaagacttgtgtctgtactgggttgaaatgcttaaaatcctgataaagagcttcatatgatggatttcttaaggcagtaactggaagtggttgcagat |
29267377 |
T |
|
| Q |
232 |
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331 |
Q |
| |
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| T |
29267376 |
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29267277 |
T |
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| Q |
332 |
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431 |
Q |
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| T |
29267276 |
acggatgaagtattgaggaggaagaggctcgtatatcggcactgtaaaattcaaagtgtggtcctcctcaatgtactgttttttcagcaaaaaatactca |
29267177 |
T |
|
| Q |
432 |
tgatgaaggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggatttattg |
531 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29267176 |
tgatgaaggatatattcaccatcattatcctccacaatcacccagaacggctcaacatatccatgcattctgtcatcccatgcaaaatctggagttattg |
29267077 |
T |
|
| Q |
532 |
tgagctcaacccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaaggatcctccccat |
631 |
Q |
| |
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| T |
29267076 |
tgagctcaacccccaaaactgtgcgagtaattggctgcacatgtgctgcaaggttcagttttggaaattgatggataaatctatgaagggtcctccccat |
29266977 |
T |
|
| Q |
632 |
ct |
633 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
29266976 |
ct |
29266975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 38 - 619
Target Start/End: Original strand, 29185776 - 29186354
Alignment:
| Q |
38 |
atgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaactaaggcattgtcatcagaattatacagagctgtgaag |
137 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
29185776 |
atgattcctcaaaattgcaaactctgcacatatagtcttgccactcccagttggagtggcaactaggacattgtcatcagaattatacagtactgtgaag |
29185875 |
T |
|
| Q |
138 |
acttgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaaca |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || |||||| || || || ||||| |||||||||| | |
|
|
| T |
29185876 |
acttgtgtctgtactggattgaaatgcttaaaatcctgataaagagcttcatatgatggatttcttaaggcagtaaccggaagtggttgcagatccagta |
29185975 |
T |
|
| Q |
238 |
gctcagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggat |
337 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||| |||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
29185976 |
gttcagta---ggaggatagttttcaggtaaaatgagatgactgcaagaaacaggtaaaactgtttgggatccaagccatttatcagaaacaacacggat |
29186072 |
T |
|
| Q |
338 |
aaagtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatga |
437 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| | | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29186073 |
agagtattgaggaggaagacacttgtctattgacactgtgaaattcaaagtgtgatcctccttaatgtgctgttttttcagcaaaaaatactcatgatga |
29186172 |
T |
|
| Q |
438 |
aggatattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggatttattgtgagct |
537 |
Q |
| |
|
||||| | | | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29186173 |
aggatctgtgcaccatctttatcctccataatcacccagaacggctcaacatatccatgcattatgtcatcccatgcaaaatctggagttattgtgagct |
29186272 |
T |
|
| Q |
538 |
caacccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaag |
619 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | |||| ||||| ||||||| || ||||||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||| |
|
|
| T |
29186273 |
caacccctaaaactgcactagtagttggccgcacatgtgcgacaaggttcagttttggaaattgacggataagtttatgaag |
29186354 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 11698286 - 11698216
Alignment:
| Q |
29 |
cccttttttatgattcctcaaaattgcaaattctgcacatatagtcttaccactcccagtcggagcagcaa |
99 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
11698286 |
ccctttttgatgatttctcaaaattgcaatttctgcacatgtggtctttccacttccagtcggagcagcaa |
11698216 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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