View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1777_high_1 (Length: 886)

Name: NF1777_high_1
Description: NF1777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1777_high_1
NF1777_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-878)||(32851803-32852659)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 764; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 764; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 878
Target Start/End: Original strand, 32851803 - 32852659
Alignment:
Q  19 acataggtatcatgttccaagttctactaatacacacacagtcattcaaaccagctttgttttccttctagacatgttcctttcaccaaaggtttttacc 118  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851803 acataggtatcatg----aagttctactaatacacacacagtcattcaaaccagctttattttccttctagacatgttcctttcaccaaaggtttttacc 32851898  T
Q  119 atcgtgcgaaaattccaaaaataggcatttatattgatagaagagaaacaaaaaaggtcaatattttggcgatcatgtaatagttggtttatctacattc 218  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851899 gtcgtgcgaaaattccaaaaataggcatttatattgatagaagagaaacaaaaaaggtcaatattttggcgatcatgtaatagttggtttatctacattc 32851998  T
Q  219 atataagaagaaatatgactccnnnnnnnnnnnngattaactaaaacatggtctaaacacaagaatgaaaatgatatctcgataacaataacaattttaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32851999 atataagaagaaatatgactccaaaaaagaaaaggattaactaaaacatggtctaaacacaagaatgaaaatgatatctcgataacaataacaattttaa 32852098  T
Q  319 aacaaaggaatgtttatgtcagctgacacaaagtaaaaatatacctgtttgaatagtgagcaaataaagttattggcttcacttccctaggtacatcatt 418  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852099 aacgaaggaatgtttatgtcagctgacacaatgtaaaagtatacctgtttgaatagtgagcaaataaagttattggcttcacttccctaggtacatcatt 32852198  T
Q  419 tactgaaggcataaacctaagaattaaacaatttggtaacaatatata-catagatgcaatgcgacatttgagaccatgactagatgtagcacaaccaca 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852199 tactgaaggcataaacctaagaattaaacaatttggtaacaatatataacatagatgcaatgcgacatttgagaccatgactagatgtagcacaaccaca 32852298  T
Q  518 gtgtaacactgcactatgctattattctttttcaacagctgcaagttcaaagtatgttattactcgggtgattttgaatttgaagcatgcgtcaaacttg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32852299 gtgtaacactgcactatgctattattctttttcaacagctgcaagttcaaagtatgttattactcgggtgattttgaatttgaagcatgcgtcaaacttc 32852398  T
Q  618 tgtcaataacatagaaacattaggctagtttgcattgtcgtcatttaagctcatgaattcaattccttaacaatgtgaacatgattaatgcagaacatga 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852399 tgtcaataacatagaaacattaggctagtttgcaatgtcgtcatttaagctcatgaattcaattccttaacaatgtgaacatgattaatgcagaacatga 32852498  T
Q  718 ctaccatattttctggattatttgcagtattatcaaatcatgatgaaagcaagttttaggcaacaatatgaatatattaaataacacaggccaaaataag 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32852499 ctaccatattttctggattatttgcagtattatcaaatcatgatgaatgcaagttttaggcaacaatatgaatatattaaataacacaagccaaaataag 32852598  T
Q  818 cattgtattgtatgttaccaaactaaactatcttgaattttaattttagtcactgatgatg 878  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852599 cattgtattgtatgttaccaaactaaactatcttgaattttaattttagtcactgatgatg 32852659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University