View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1777_high_14 (Length: 421)

Name: NF1777_high_14
Description: NF1777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1777_high_14
NF1777_high_14
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-396)||(29098242-29098648)
chr7 (62-395)||(28956732-28957065)
chr7 (62-398)||(3617388-3617724)
chr7 (62-350)||(29071309-29071597)
chr7 (62-398)||(29058081-29058417)
chr7 (62-389)||(3618936-3619263)
chr7 (62-392)||(29073007-29073337)
chr7 (62-395)||(29110793-29111126)
chr7 (62-392)||(29116115-29116445)
chr7 (62-395)||(29068847-29069180)
chr7 (63-395)||(29078043-29078375)
chr7 (62-392)||(29101970-29102300)
chr7 (62-311)||(29066760-29067009)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (62-350)||(11851575-11851863)
chr4 (62-392)||(11849831-11850161)
chr4 (62-395)||(11854244-11854577)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (72-248)||(24241017-24241187)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 5 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 29098648 - 29098242
Alignment:
Q  5 atgaactaattacaa-tatagaaacaaaaccagaaattaaattcccaacttcagcaacatcaagcatctgaccatgtaat---atcaaggccaccccatt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||    
T  29098648 atgaactaattacaaatatagaaacaaaaccagaaataaaattcccaacttcagcaacatcaagcatctgaccatgtgatgatatcaaggccaccccatt 29098549  T
Q  101 gattttgaggca-caccc----------aatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcgataaggaggttggtaatcatgatcttta 189  Q
    |||||||||||| |||||          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29098548 gattttgaggcatcaccccattgatatcaatgcttcccatacaaccttggaggcatcaactatgttgttgcgacaaggaggttggtaatcatgatcttta 29098449  T
Q  190 tcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgtaatgttgtgaagacatctactcttgttat 289  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29098448 tcacatctcattgtagagtcacgctcatcgactaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgtaatgttgtgaagacatctactcttgttat 29098349  T
Q  290 cgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggaccatcaccatcaccacctttttgaaaact 389  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29098348 cgaaccatcagatggaaagtgcaacaactgaagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggaccaccaccatcaccacctttttgaaaact 29098249  T
Q  390 attaagt 396  Q
    |||||||    
T  29098248 attaagt 29098242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 62 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 28957065 - 28956732
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |    
T  28957065 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgatcttgaggcacacctaaagcttcccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttgg 28956966  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||| | | ||||    
T  28956965 acaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatccctttgtggagtcacactcatcaacaaccatggccaccacacttttcccattcgcactaattgta 28956866  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    ||||| |  ||||| || |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  ||||| |    
T  28956865 atgtttttgagacacctgctctcgtggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatggtattgattatcacattctgaagggc 28956766  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaag 395  Q
    || | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28956765 cacctccatcaccaccattttgaaaactattaag 28956732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 62 - 398
Target Start/End: Original strand, 3617388 - 3617724
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || |||||||| ||||||||  |    
T  3617388 atcaagcatctgaccatgtaatatctaggccaccccattgatcttgaggcacacccaaggctttccacacagccttagaagcatcaacaatgttgtttgg 3617487  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| | |  |||    
T  3617488 acaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccattgtagagtcacactcatcaaccaccgtggccactacactttttccattggcacttatggta 3617587  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  |||||||| |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    ||||| |    
T  3617588 atcttgttcagacatctgctcttgtcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacgactggtgtatcatcagaatgatactgattatcacatgctgaagggc 3617687  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaagtgt 398  Q
    || | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3617688 cacctccatctccacctttctgaaaactattaagtgt 3617724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 62 - 350
Target Start/End: Original strand, 29071309 - 29071597
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |    
T  29071309 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgatcttgaggcacacccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttgg 29071408  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||| ||| | |  |||    
T  29071409 acaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccatcgtagagtcacactcatcaaccacagtggccactacacttcttccattggcacttatggta 29071508  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcaca 350  Q
    || ||||  |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  29071509 atcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattgattatcaca 29071597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 62 - 398
Target Start/End: Original strand, 29058081 - 29058417
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |    
T  29058081 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgatcttgaggcacacccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttgg 29058180  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
      |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| | |  |||    
T  29058181 gcaaggaggttgataatcatgttcttcatcacatcccattgttgagtcacactcatcaaccaccgtggccactacactttttccattggcacttatggta 29058280  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  |||||||| ||||| |  | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||    ||||| |    
T  29058281 attttgttgagacatctgctcttatcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacgactggagtgtcatcagaatgatactgattatcacatgctgaagggc 29058380  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaagtgt 398  Q
    || | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  29058381 cacctccatctccacctttttgaaaactgttaagtgt 29058417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 62 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 3619263 - 3618936
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||| ||| |||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||      
T  3619263 atcaagcatcagaccatgtaatatccaatccaccccattgatcatgaggaacatccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgtt 3619164  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||  | |  |||    
T  3619163 acaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggta 3619064  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||   |||||| |    
T  3619063 attttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggc 3618964  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaact 389  Q
    |  | ||||| |||||||||||||||||    
T  3618963 cgcctccatctccacctttttgaaaact 3618936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 62 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29073337 - 29073007
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||      
T  29073337 atcaagcatcggaccatgtaatgtccaatccaccccattgatcatgaggcacacccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgtt 29073238  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||   | | || ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||| || ||| | |   ||    
T  29073237 acaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactcatcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatctta 29073138  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  ||||||||||||||||| | |||||||||  | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  29073137 attttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccactagaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggac 29073038  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactatt 392  Q
    || | ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29073037 cacctccatctccaccttcttgaaaactatt 29073007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 62 - 395
Target Start/End: Original strand, 29110793 - 29111126
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| || |||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||  |    
T  29110793 atcaagcatctgaccatgtaatatcaagaccaccccattgttctttaggcacacctaaagctttccacacagctttggaagcatcaacaatgttgtttgg 29110892  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | | || |||||||| ||||| | || |||||||||| || |||| || || || || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||| | | ||||    
T  29110893 acacggtggttggtagtcatgctgttcatcacatccctttctagaatcgcactcgtcaacaaccatggccacgacatttcttccattagcactgattgta 29110992  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    |||||||  ||||| || || || |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || ||||| |  |||||||    
T  29110993 atgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatgatactgcttgtcacattctgaaggac 29111092  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaag 395  Q
    || | ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  29111093 cacctccatctccacccttttgaaaactattaag 29111126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29116445 - 29116115
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||      
T  29116445 atcaagcatcagaccatgtaatgtccaatccaccccattgatcatgaggcacacccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgtt 29116346  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||   | | || ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||| || ||| | |   ||    
T  29116345 acaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactcatcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatctta 29116246  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||    
T  29116245 attttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaaccggggtgtcgtcggaatgatattgattatcacacgctgaaggac 29116146  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactatt 392  Q
    || | ||||| ||||||| || |||||||||    
T  29116145 cacctccatctccaccttcttcaaaactatt 29116115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 395
Target Start/End: Original strand, 29068847 - 29069180
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||   || |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||  |    
T  29068847 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgctctttaggcacatttaaagctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttatttgg 29068946  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| | || |||||||||| || | |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  |||    
T  29068947 acaaggaggttggtaatcatgttgttcatcacatccctttctggagtcacactcatcaacaaccatggccaccacactttttccattcgcacttatggta 29069046  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    |||||||  || || || ||||||   | |||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||| |  |||||||    
T  29069047 atgttgttgaggcacctgctcttgcggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacgggagtgtcatcggaatgatactgcttgtcacattctgaaggac 29069146  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaag 395  Q
    || | ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  29069147 cacctccatctccacccttttcaaaactattaag 29069180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 63 - 395
Target Start/End: Original strand, 29078043 - 29078375
Alignment:
Q  63 tcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcga 162  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||| || |||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||   |    
T  29078043 tcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgttctttaggcacacctaaagctttccacacagctttggaagcatcaacaatgttgtttgta 29078142  T
Q  163 taaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgtaa 262  Q
     |||| |||||||| ||||| | || |||||||||| || |||| || || || ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| | | |||||    
T  29078143 caaggtggttggtagtcatgctgttcatcacatccctttctagaatcgcactcgtcgacaaccatggccacgacatttcttccattagcactgattgtaa 29078242  T
Q  263 tgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggacc 362  Q
    ||||||  ||||| || || || |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| |  ||||||||    
T  29078243 tgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatctgaatgatattgcttgtcacattctgaaggacc 29078342  T
Q  363 atcaccatcaccacctttttgaaaactattaag 395  Q
      | ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  29078343 gcctccatctccacccttttcaaaactattaag 29078375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 62 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 29102300 - 29101970
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||      
T  29102300 atcaagcatcagaccatgtaatgtccaatccaccccattgatcatgaggcacacccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgtt 29102201  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||   | | || ||||| ||||| || ||  |||||||||| |||||||| || ||| | |   ||    
T  29102200 acaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactcatcaacaactttggccaccacgcttcttccgttcgcactaatctta 29102101  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||    ||||| |    
T  29102100 attttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaaccggggtgtcatcggaatgatattgattatcacacgctgaaggtc 29102001  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactatt 392  Q
    || | ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29102000 cacctccatctccaccttcttgaaaactatt 29101970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 29067009 - 29066760
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||    || ||||| || |||| ||| |||||| | || |||||||| ||||| |||      
T  29067009 atcaagcatcagaccatgtaatatccaacccaccccattgattccttgggacacctaaggctttccacacagccattgaagcatcaacaatgttattggc 29066910  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | | |||||||| || ||||| |||  |||||| ||| |||  |||||||||||||| || ||||| || |||||||||   |||||| || | |  ||     
T  29066909 acatggaggttgatactcatgttctgcatcacacccctttgatgagtcacattcatcaactaccattgcaaccacactttgaccatttccacttatggtg 29066810  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgc 311  Q
    |||||||||||||| || |||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  29066809 atgttgtgaagacaccttctcttagtattgaaccatccagtggaaagtgc 29066760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 62 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 11851863 - 11851575
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |    
T  11851863 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgatcttgaggcacacccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttgg 11851764  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||| | |  |||    
T  11851763 acaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccatcgtagagtcacactcatcaaccacagtggccaccacacttcttccattggcacttatggta 11851664  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcaca 350  Q
    || ||||  |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11851663 atcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattgattatcaca 11851575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 62 - 392
Target Start/End: Original strand, 11849831 - 11850161
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||      
T  11849831 atcaagcatcagaccatgtaatgtccaatccaccccattgatcatgaggcacacccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgtt 11849930  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||   | | || ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||| || ||| | |   ||    
T  11849931 acaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactcatcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatctta 11850030  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    || ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  11850031 attttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaactggggtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggac 11850130  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactatt 392  Q
    || | ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  11850131 cacctccatctccaccttcttgaaaactatt 11850161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 62 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 11854577 - 11854244
Alignment:
Q  62 atcaagcatctgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcg 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||   || |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||  |    
T  11854577 atcaagcatctgaccatgtaatgtcaaggccaccccattgctctttaggcacatttaaagctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttatttgg 11854478  T
Q  162 ataaggaggttggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatttgcattcactgta 261  Q
    | ||||||||||||||||||| | || |||||||||| || | |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  |||    
T  11854477 acaaggaggttggtaatcatgttgttcatcacatccctttctggagtcacactcatcaacaaccatggccaccacactttttccattcgcacttatggta 11854378  T
Q  262 atgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggac 361  Q
    |||||||  || || || |||||||  | |||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||| |  |||||||    
T  11854377 atgttgttgaggcacctgctcttgtggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacgggagtgtcatcggaatgatactgcttgtcacattctgaaggac 11854278  T
Q  362 catcaccatcaccacctttttgaaaactattaag 395  Q
    || | ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  11854277 cacctccatctccacccttttcaaaactattaag 11854244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 248
Target Start/End: Original strand, 24241017 - 24241187
Alignment:
Q  72 tgaccatgtaatatcaaggccaccccattgattttgaggcacacccaatgcttcccatacagccttggaggcatcaactatgttgttgcgataaggaggt 171  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||  |  ||||||||||| || |||| ||||||| ||||||| || ||||| |||||      | |||||||     
T  24241017 tgaccatgtaatttcaagttcaccccatttgtcatgaggcacacctaaggctttccatacaaccttggaagcctcaacaatgtt------acaaggaggc 24241110  T
Q  172 tggtaatcatgatctttatcacatcccattgtagagtcacattcatcgaccaccatggccaccacacttcttccatt 248  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||| ||||| || | |||||||||||||||||| |||||    
T  24241111 tggtaatcatgctcttcatcacatcccattgtgaagtcacactcatcaacaaacatggccaccacacttctaccatt 24241187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University