View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17782_high_1 (Length: 459)

Name: NF17782_high_1
Description: NF17782
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17782_high_1
NF17782_high_1
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (110-443)||(733633-733968)
chr7 (110-231)||(22901223-22901346)
chr7 (110-286)||(47419545-47419722)
chr7 (111-286)||(27761410-27761586)
chr7 (111-286)||(27756859-27757035)
chr7 (110-215)||(7466490-7466597)
chr7 (150-301)||(8674962-8675113)
chr7 (127-286)||(35705647-35705805)
chr7 (127-286)||(13828088-13828247)
chr7 (145-231)||(7940083-7940171)
chr7 (145-231)||(7944636-7944724)
chr7 (189-231)||(37355628-37355670)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (110-286)||(28644575-28644752)
chr8 (110-286)||(33071931-33072108)
chr8 (127-286)||(42234680-42234838)
chr8 (111-286)||(30410297-30410473)
chr8 (111-231)||(30405788-30405910)
chr8 (110-215)||(38757074-38757181)
chr8 (145-286)||(43807485-43807627)
chr8 (145-286)||(43812044-43812186)
chr8 (145-231)||(197684-197772)
chr8 (145-231)||(202202-202290)
chr8 (145-231)||(312521-312609)
chr8 (145-231)||(317039-317127)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (110-286)||(16588445-16588622)
chr1 (111-286)||(39793844-39794020)
chr1 (110-231)||(43591788-43591911)
chr1 (110-215)||(26311593-26311700)
chr1 (110-215)||(26316084-26316191)
chr1 (145-286)||(10504449-10504588)
chr1 (142-174)||(41879945-41879977)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (111-286)||(17096242-17096418)
chr6 (110-247)||(17895690-17895829)
chr6 (111-286)||(27552078-27552254)
chr6 (111-231)||(8315471-8315593)
chr6 (111-286)||(8320010-8320186)
chr6 (127-252)||(14531773-14531898)
chr6 (111-285)||(17779929-17780104)
chr6 (110-207)||(17886815-17886914)
chr6 (113-207)||(27574708-27574804)
chr6 (195-299)||(7888212-7888317)
chr6 (145-250)||(6440865-6440969)
chr6 (196-302)||(17163624-17163730)
chr6 (196-301)||(17159595-17159700)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (111-286)||(30695306-30695482)
chr5 (114-252)||(32485956-32486096)
chr5 (115-279)||(43384972-43385138)
chr5 (110-215)||(36632385-36632492)
chr5 (110-231)||(26336772-26336895)
chr5 (114-245)||(19502362-19502495)
chr5 (127-265)||(20830314-20830452)
chr5 (145-231)||(7099374-7099462)
chr5 (145-231)||(7103943-7104031)
chr5 (145-231)||(12018800-12018888)
chr5 (145-231)||(12023358-12023446)
chr5 (145-231)||(16794177-16794265)
chr5 (145-231)||(16798738-16798826)
chr5 (111-215)||(40367579-40367686)
chr5 (156-286)||(40371750-40371879)
chr5 (145-286)||(10274559-10274698)
chr5 (176-265)||(20808675-20808764)
chr5 (145-207)||(37658814-37658878)
chr5 (145-207)||(37682118-37682182)
chr5 (189-286)||(10277217-10277313)
chr5 (142-174)||(5733082-5733114)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (110-230)||(10317030-10317152)
chr4 (110-250)||(31670139-31670281)
chr4 (111-286)||(53722020-53722196)
chr4 (110-247)||(8892587-8892726)
chr4 (110-227)||(27186217-27186336)
chr4 (114-215)||(50627913-50628016)
chr4 (110-207)||(43683641-43683740)
chr4 (110-202)||(35842843-35842937)
chr4 (145-231)||(3770911-3770999)
chr4 (145-231)||(44147092-44147180)
chr4 (145-231)||(44151627-44151715)
chr4 (145-286)||(41884938-41885076)
chr4 (145-286)||(49274517-49274655)
chr4 (149-286)||(45976176-45976313)
chr4 (145-286)||(31359164-31359303)
chr4 (239-301)||(33334309-33334371)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (110-286)||(9105288-9105465)
chr3 (111-250)||(21847159-21847300)
chr3 (111-250)||(21850249-21850390)
chr3 (110-231)||(9697655-9697778)
chr3 (110-231)||(43547792-43547915)
chr3 (110-246)||(11004370-11004508)
chr3 (110-222)||(43554645-43554759)
chr3 (145-231)||(54171924-54172012)
chr3 (145-231)||(54167344-54167432)
chr3 (145-286)||(39399127-39399266)
chr3 (145-250)||(38175790-38175894)
chr3 (148-231)||(755897-755981)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (110-250)||(12999431-12999573)
chr2 (111-286)||(8055405-8055581)
chr2 (111-286)||(8050852-8051028)
chr2 (111-215)||(6463406-6463512)
chr2 (145-231)||(36670572-36670660)
chr2 (145-231)||(36675120-36675208)
chr2 (136-215)||(13270980-13271059)
chr2 (145-286)||(35950443-35950582)
chr2 (198-301)||(29767938-29768041)
chr2 (145-231)||(34590282-34590366)
chr2 (145-286)||(41093837-41093976)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (145-231)||(3049-3137)
scaffold0440 (145-231)||(7574-7662)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (145-231)||(44865-44953)
scaffold0044 (145-231)||(49445-49533)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 110 - 443
Target Start/End: Original strand, 733633 - 733968
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  733633 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaaatt 733732  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaactaacataaata 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733733 gtaacaaatttcataacaaactaactgaatatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaactaacataaata 733832  T
Q  308 tttgtattaacttttacctataagactatgatgtgacattttaactgaatatccggcccctcttcaaccacgtagatctcacatcaatgccaacacaccc 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733833 tttgtattaacttctacctataagactatgatgtgccattttaactgaatattcggcccctcttcaaccacgtagatctcacatcaatgccaacacaccc 733932  T
Q  408 taaactaattttcctatgaaatttaggccactcatt 443  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  733933 taaactaattttcctttgaaatttaggccactcatt 733968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 110 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22901346 - 22901223
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22901346 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaactt 22901247  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  22901246 gtaacaaacttcataacaaactaa 22901223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Original strand, 47419545 - 47419722
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  47419545 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaagaaactt 47419644  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47419645 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 47419722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 27761586 - 27761410
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  27761586 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttg 27761487  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27761486 taacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 27761410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 27757035 - 27756859
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  27757035 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttg 27756936  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | |||| |||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27756935 taacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 27756859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Original strand, 7466490 - 7466597
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466490 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 7466589  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  7466590 gtaacaaa 7466597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 150 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 8675113 - 8674962
Alignment:
Q  150 ttgaagcacaagcaat-gtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaac 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||    ||||| ||||  ||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  8675113 ttgaagcacaagcaattgtaacaaactctaacaattattagctacactctaacaacctagtaacaaacttcaaaacaaactaactgaag-tgtgattaac 8675015  T
Q  249 catttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaactaaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8675014 catttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattagtaacaaaactaaca 8674962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 127 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 35705805 - 35705647
Alignment:
Q  127 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcat-aaca 225  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  35705805 tatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaaca 35705707  T
Q  226 aactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||   ||||||||||||| ||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35705706 aactaaaacaaaatgtgattaatca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 35705647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 127 - 286
Target Start/End: Original strand, 13828088 - 13828247
Alignment:
Q  127 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaa 226  Q
    |||||| | ||||| || || |||||||||||||||||||||||| || |||  | ||||| | ||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13828088 tatacactatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaa 13828187  T
Q  227 actaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    || || ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  13828188 acaaaatgaaaatgtgattaaccaactaaacatgattatcactaaggtaaacttgaatta 13828247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940171
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 7940171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944724
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 7944724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37355670 - 37355628
Alignment:
Q  189 gctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37355670 gctaatctctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaa 37355628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28644752 - 28644575
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28644752 atacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaactt 28644653  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28644652 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 28644575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 33072108 - 33071931
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33072108 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctccaacaaactt 33072009  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||| ||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33072008 gtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 33071931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 127 - 286
Target Start/End: Original strand, 42234680 - 42234838
Alignment:
Q  127 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaa 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42234680 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaa 42234779  T
Q  227 actaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||   ||| ||||||||| ||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42234780 actaaaacaaagtgtgattaatca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 42234838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Original strand, 30410297 - 30410473
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30410297 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 30410396  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| ||||||||||| |||   | ||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30410397 taacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 30410473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 111 - 231
Target Start/End: Original strand, 30405788 - 30405910
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30405788 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 30405887  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  30405888 taacaaacttcataacaaactaa 30405910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 38757181 - 38757074
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38757181 atacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaactt 38757082  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  38757081 gtaacaaa 38757074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807627
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   | ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  243 attaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43807585 attaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 43807627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812186
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   | ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  243 attaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43812144 attaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 43812186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197772
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 197772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202290
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 202290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312609
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 312609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317127
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 317127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Original strand, 16588445 - 16588622
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16588445 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaacaaactt 16588544  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||| || |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16588545 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactt-attgtgattatcactaaactaaacttgaatta 16588622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 39794020 - 39793844
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39794020 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 39793921  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | |||| |||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39793920 taacaaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 39793844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 110 - 231
Target Start/End: Original strand, 43591788 - 43591911
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  43591788 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctctaacaatatt 43591887  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  43591888 gtaacaaacttcataacaaactaa 43591911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26311700 - 26311593
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  26311700 atacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaactt 26311601  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  26311600 gtaacaaa 26311593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26316191 - 26316084
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  26316191 atacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaactt 26316092  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  26316091 gtaacaaa 26316084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10504588 - 10504449
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  10504588 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10504490  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||| ||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10504489 taatca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 10504449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 142 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 41879977 - 41879945
Alignment:
Q  142 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 174  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41879977 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaac 41879945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Original strand, 17096242 - 17096418
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17096242 tacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaacaaacttg 17096341  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||| ||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17096342 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 17096418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 17895690 - 17895829
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895690 atacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 17895789  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaa 247  Q
    |||||||| |||| ||||||||||   |||||||||||||    
T  17895790 gtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaa 17895829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Original strand, 27552078 - 27552254
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||    
T  27552078 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctg 27552177  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27552178 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 27552254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 111 - 231
Target Start/End: Original strand, 8315471 - 8315593
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8315471 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 8315570  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  8315571 taacaaacttcataacaaactaa 8315593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Original strand, 8320010 - 8320186
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8320010 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 8320109  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | | ||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8320110 taacaaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 8320186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 127 - 252
Target Start/End: Original strand, 14531773 - 14531898
Alignment:
Q  127 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaa 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  14531773 tatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacga 14531872  T
Q  227 actaactgaaaatgtgattaaccatt 252  Q
    |||||   ||||||||||||| ||||    
T  14531873 actaaaacaaaatgtgattaatcatt 14531898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 17780104 - 17779929
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    |||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||     
T  17780104 tacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaacaaacttt 17780005  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatt 285  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||| | | | |   ||||||||||||| |||||||||||||    
T  17780004 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatc-tctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatt 17779929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 110 - 207
Target Start/End: Original strand, 17886815 - 17886914
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886815 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 17886914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 113 - 207
Target Start/End: Original strand, 27574708 - 27574804
Alignment:
Q  113 caaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27574708 caaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaactt 27574804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 195 - 299
Target Start/End: Original strand, 7888212 - 7888317
Alignment:
Q  195 ctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaac-tgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaa 293  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||  | ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |    
T  7888212 ctctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaattaacaacta 7888311  T
Q  294 aactaa 299  Q
    ||||||    
T  7888312 aactaa 7888317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 250
Target Start/End: Original strand, 6440865 - 6440969
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  6440865 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 6440963  T
Q  245 taacca 250  Q
    ||||||    
T  6440964 taacca 6440969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 196 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 17163730 - 17163624
Alignment:
Q  196 tctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaa 295  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||   ||| |||||| || ||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  17163730 tctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaactaatcacgatcatcactaatctaaacttgaattatcaactaaa 17163631  T
Q  296 ctaacat 302  Q
    |||||||    
T  17163630 ctaacat 17163624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17159700 - 17159595
Alignment:
Q  196 tctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaa 295  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||   ||| | |||| || ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  17159700 tctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatcaactaatcatgattatcactaatctaaacttgaattatcaactaaa 17159601  T
Q  296 ctaaca 301  Q
    ||||||    
T  17159600 ctaaca 17159595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30695482 - 30695306
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30695482 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttg 30695383  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30695382 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 30695306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 114 - 252
Target Start/End: Original strand, 32485956 - 32486096
Alignment:
Q  114 aaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 211  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32485956 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 32486055  T
Q  212 caaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatt 252  Q
    |||| |||||||||||||||   ||||||||||||| ||||    
T  32486056 caaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcatt 32486096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 43385138 - 43384972
Alignment:
Q  115 aaggaggtagctt---atacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 211  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43385138 aaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 43385039  T
Q  212 caaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaact 279  Q
    |||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||  |||  |||||||||||||| |||||||    
T  43385038 caaacttcataacaaactaaaagcaaatgtgattaacca-ctaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 36632492 - 36632385
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632492 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 36632393  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  36632392 gtaacaaa 36632385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 110 - 231
Target Start/End: Original strand, 26336772 - 26336895
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26336772 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacat 26336871  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
T  26336872 gtaacaaacatcataacaaactaa 26336895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 114 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19502495 - 19502362
Alignment:
Q  114 aaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 211  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19502495 aaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttattttctaacctctaacaaacttgtaa 19502396  T
Q  212 caaatttcataacaaactaactgaaaatgtgatt 245  Q
    |||| |||||||||||||||   |||||||||||    
T  19502395 caaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatt 19502362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Original strand, 20830314 - 20830452
Alignment:
Q  127 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaa 226  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20830314 tatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaa 20830413  T
Q  227 actaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattat 265  Q
    ||| |    |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20830414 actgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattat 20830452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099462
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 7099462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104031
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 7104031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018800
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 12018800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023358
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 12023358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794177
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 16794177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798738
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 16798738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 215
Target Start/End: Original strand, 40367579 - 40367686
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagtt-gcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  40367579 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaacaaactt 40367678  T
Q  208 gtaacaaa 215  Q
    ||||||||    
T  40367679 gtaacaaa 40367686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 156 - 286
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371879
Alignment:
Q  156 cacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaa 255  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||||| | | | |    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatc-tctga 40371848  T
Q  256 acatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
       ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40371849 ttgtgattatcactaaactaaacttgaatta 40371879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10274698 - 10274559
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  10274698 gttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10274600  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10274599 taacca-ttaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 10274559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 176 - 265
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808764
Alignment:
Q  176 ctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattat 265  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |    |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattat 20808764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658814
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta--gatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt 37658814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682118
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta--gatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt 37682118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10277313 - 10277217
Alignment:
Q  189 gctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||||||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10277313 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaacca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 10277217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 142 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5733114 - 5733082
Alignment:
Q  142 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 174  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5733114 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaac 5733082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 230
Target Start/End: Original strand, 10317030 - 10317152
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317030 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 10317129  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaacta 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  10317130 gtaacaaacttcataacaaacta 10317152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31670281 - 31670139
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31670281 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaactt 31670182  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaacca 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  31670181 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 31670139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 53722196 - 53722020
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  53722196 tacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaacaaacttg 53722097  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53722096 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 53722020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 8892587 - 8892726
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  8892587 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaacaaattt 8892686  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaa 247  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||    
T  8892687 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 8892726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 110 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27186336 - 27186217
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186336 atacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 27186237  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaa 227  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  27186236 gtaacaaacttcataacaaa 27186217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 114 - 215
Target Start/End: Original strand, 50627913 - 50628016
Alignment:
Q  114 aaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 211  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50627913 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 50628012  T
Q  212 caaa 215  Q
    ||||    
T  50628013 caaa 50628016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 110 - 207
Target Start/End: Original strand, 43683641 - 43683740
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43683641 atacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatttgctaacctctaacaaactt 43683740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 110 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35842937 - 35842843
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 202  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35842937 atacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770911
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 3770911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147092
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 44147092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151627
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 44151627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 41885076 - 41884938
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  41885076 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 41884979  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41884978 taacca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 41884938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Original strand, 49274517 - 49274655
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  49274517 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 49274614  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||  |||  ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  49274615 taacca-ctaattatgatcatcactaaactaaacttgaatta 49274655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 286
Target Start/End: Original strand, 45976176 - 45976313
Alignment:
Q  149 cttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaac-ctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaa 247  Q
    ||||||||||||| || ||||||| | |||  |||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||   || ||||||||||    
T  45976176 cttgaagcacaagtaaagtaacaacc-ctaactcttattttctaaaactctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaa 45976274  T
Q  248 ccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
     ||  ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  45976275 tcaactaagcatgattaccactaatgtaaacttgaatta 45976313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 31359303 - 31359164
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| | |  |||||||||    
T  31359303 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgtgat 31359205  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||  |||   ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  31359204 taacca-ctaattgtgattatcattaaactaaacttgaatta 31359164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 301
Target Start/End: Original strand, 33334309 - 33334371
Alignment:
Q  239 tgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaactaaca 301  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||    
T  33334309 tgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaattaacaactaaactaaca 33334371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 9105465 - 9105288
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagct--tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9105465 atacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 9105366  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    |||||| | |||||||||||||||   ||||||||||||| || || |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9105365 gtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatca-ttgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 9105288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21847300 - 21847159
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21847300 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttg 21847201  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaacca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  21847200 taacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 21847159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21850390 - 21850249
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21850390 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttg 21850291  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaacca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  21850290 taacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 21850249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 110 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 9697778 - 9697655
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697778 atacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 9697679  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  9697678 gtaacaaacttcataacaaactaa 9697655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 110 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43547915 - 43547792
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43547915 atacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 43547816  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  43547815 gtaacaaacttcataacaaactaa 43547792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 110 - 246
Target Start/End: Original strand, 11004370 - 11004508
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004370 atacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 11004469  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgatta 246  Q
    |||||||  |||||||||| ||||   ||||||||||||    
T  11004470 gtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgatta 11004508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 110 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 43554759 - 43554645
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagct--tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43554759 atacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 43554660  T
Q  208 gtaacaaatttcata 222  Q
    |||||||| ||||||    
T  43554659 gtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172012
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 54172012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167432
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc--ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 54167432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Original strand, 39399127 - 39399266
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||    
T  39399127 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 39399225  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39399226 taacca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 39399266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 250
Target Start/End: Original strand, 38175790 - 38175894
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    |||||||||    
T  38175790 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgtgat 38175888  T
Q  245 taacca 250  Q
    ||||||    
T  38175889 taacca 38175894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 755981 - 755897
Alignment:
Q  148 gcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaga-tcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| | ||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  755981 gcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttattagttacactctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaa 755897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 250
Target Start/End: Original strand, 12999431 - 12999573
Alignment:
Q  110 atacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt 207  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12999431 atacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaactt 12999530  T
Q  208 gtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaacca 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  12999531 gtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 12999573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8055581 - 8055405
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8055581 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 8055482  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
     |||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8055481 caacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 8055405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8051028 - 8050852
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8051028 tacaaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 8050929  T
Q  209 taacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||  | |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8050928 taacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaacca-ctgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 8050852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 111 - 215
Target Start/End: Original strand, 6463406 - 6463512
Alignment:
Q  111 tacaaaggaggtagcttata--caatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  6463406 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 6463505  T
Q  209 taacaaa 215  Q
    |||||||    
T  6463506 taacaaa 6463512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670572
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 36670572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675120
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 36675120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 136 - 215
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271059
Alignment:
Q  136 tctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaacttataacaaa 13271059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Original strand, 35950443 - 35950582
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||   ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    |||||||||    
T  35950443 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgtgat 35950541  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35950542 taacca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 35950582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 198 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 29768041 - 29767938
Alignment:
Q  198 taacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaattactaacaaaact 297  Q
    |||| ||||||||||||| || | ||||||||||   ||| |||||| || || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||    
T  29768041 taaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaattatcaactaaact 29767942  T
Q  298 aaca 301  Q
    ||||    
T  29767941 aaca 29767938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34590366 - 34590282
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||| |||  ||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34590366 gttgcttaaagcacaagctatataacaaaccctaactct-atatgctaatctctaacaaacttgtaacaaa-ttcataacaaactaa 34590282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 41093976 - 41093837
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaactgaaaatgtgat 244  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| | |  |||| ||||    
T  41093976 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatatgat 41093878  T
Q  245 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 286  Q
    ||| ||  |||   ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  41093877 taatca-ctaattgtgattatcactaaactaaatttgaatta 41093837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 3049
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 3049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7574
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 7574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 44865 - 44953
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 44953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 231
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49533
Alignment:
Q  145 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaatttcataacaaactaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 49533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University