View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17798_low_1 (Length: 746)

Name: NF17798_low_1
Description: NF17798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17798_low_1
NF17798_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-746)||(32223699-32224435)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 32224435 - 32223699
Alignment:
Q  17 catccttttcttcctatgaacagttccaaatgcagcagcaacaaaaccatgatcatgatggatccgttgacccgacccgttgttgttgtctcctttcacg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224435 catccttttcttcctatgaacagttccaaatgcagcagcaacaaaaccatgatcatgatggatccgttgacccgacccgttgttgttgtctcctttcacg 32224336  T
Q  117 ttgacaaaccctagctcatcttcaacacctgccatgaaaccacacgcctcggttttctgaaccacaactttcttcttaccttctccctcatccatcatca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224335 ttgacaaaccctagctcatcttcaacacctgccatgaaaccacacgcctcggttttctgaaccacaactttcttcttaccttctccctcatccatcatca 32224236  T
Q  217 ttgctatctatctactttctctttctctctctttggttctgagtgtttgtgcagataatatgaacgacgctcggcaatcacgaaatgggttttgggtttg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224235 ttgctatctatctactttctctttctctctctttggttctgagtgtttgtgcagataatatgaacgacgctcggcaatcacgaaatgggttttgggtttg 32224136  T
Q  317 gtgttaataaaacagatcaatggtgtaactagttgagtggaagaagtgaaagttgagtagtggatggatgattctgttttttgttctatttttagcaaca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224135 gtgttaataaaacagatcaatggtgtaactagttgagtggaagaagtgaaagttgagtagtggatggatgattctgttttttgttctatttttagcaaca 32224036  T
Q  417 acaaggatttttgtgaaaacagtgaaacatttttatgacatttgtgcaatctgtattcaatcctctccctttacttttaccatcatgatannnnnnncat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  32224035 acaaggatttttgtgaaaacagtgaaacatttttatgacatttgtgcaatctgtattcaatcctctccctttacttttaccatcatgatatttttttcat 32223936  T
Q  517 gacaagttcttagctgtaaatgggttatgggtaatgggtaagttaagttattagtctctcaactatag-------tacatacatacatatacttgtgaat 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  32223935 gacaagttcttagctgtaaatgggttatgggtaatgggtaagttaagttattagtctctcaactatagtagtacatacatacatacatatacttgtgaat 32223836  T
Q  610 atgaaccaaatgttatgaccggattcattggttgttttaattttgttttggctttttctttgaataatgataatgtagcttaattgctaggtatagttag 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223835 atgaaccaaatgttatgaccggattcattggttgttttaattttgttttggctttttctttgaataatgataatgtagcttaattgctaggtatagttag 32223736  T
Q  710 tgatgtgtatgactatgaatgtggctgtatgtgaatg 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223735 tgatgtgtatgactatgaatgtggctgtatgtgaatg 32223699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University