View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17802_low_1 (Length: 962)

Name: NF17802_low_1
Description: NF17802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17802_low_1
NF17802_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-950)||(43482618-43483535)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 821; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 821; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 43483535 - 43482618
Alignment:
Q  18 cttagttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgtttcatgcatattagttagtgataatgtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43483535 cttagttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgttccatgcatattagttagtgataatgtt 43483436  T
Q  118 tgtctctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttgtgattct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43483435 tgtctctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttatgattct 43483336  T
Q  218 attaattgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483335 attaattgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatg 43483236  T
Q  318 atattcctctcaaaaaataatcaggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaatt 417  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43483235 atattcctctcaaaaaataatctggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaact 43483136  T
Q  418 gtatgattggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagtaaaaactacattttagatcgaacttcaacaaattcacagcatc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||    
T  43483135 gtatgattggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagcaaaaactacatttta----aaacttcaacaaattcacagcatc 43483040  T
Q  518 accgtaattttatcgaatacattattcatcaaacacacactaaatccatgcaactttcaataactaaaaccgggtgaaaatgtcacgtaccttctggcac 617  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483039 cccgtaattttatcgaatacattattcatc-----------aaatccatgcaactttcaataactaaaaccgggtgaaaatgtcacgtaccttctggcac 43482951  T
Q  618 aagataatgacatccacgattcatgtctgatgtattgccaaaactttgagnnnnnnntgtatcaaattttgagttgggccattggatatgtgccgcaatt 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43482950 aagataatgacatccacgattcatgtctgatgtatttccaaaactttgagaaaaaaatgtatcaaattttgagttgggccattggatatgtgccgcaatt 43482851  T
Q  718 tgcagacaaggtaataccttcaagccctgcaacataggtgcggggccatatgtcaggtctgtaaccagtttaccctgccatcacttcttagctacctcat 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43482850 tgcagacaaggtaataccttcaagccctgcaacataggtgcggggccatatgtcaggtctgtaaccagtttaccctgccatcacttcttagctacctcat 43482751  T
Q  818 ccacttgtcaatgtctaccttttcacctggaaatatataaaacatttgtagtttgatttgtttaactttgggttgagggtgaatttggcgaaaattgcaa 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43482750 ccacttgtcaatgtctaccttttcacctggaaatatataaaacatttgtagtttgatttgtttaagtttgggttgagggtgaatttggcgaaaattgcaa 43482651  T
Q  918 tgccaccatgatttcgttgaagttctaaagtat 950  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43482650 tgccaccatgatttcgttgaagttctaaagtat 43482618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University