View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17804_high_10 (Length: 353)

Name: NF17804_high_10
Description: NF17804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17804_high_10
NF17804_high_10
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (29-353)||(4698257-4698581)
chr7 (29-353)||(4862614-4862938)
chr7 (29-353)||(4784902-4785226)
chr7 (29-353)||(4817331-4817655)
chr7 (29-353)||(4713133-4713457)
chr7 (116-353)||(4854590-4854827)
chr7 (29-259)||(4629728-4629958)
chr7 (50-259)||(4665754-4665963)
chr7 (50-259)||(4652339-4652548)
chr7 (53-259)||(4660620-4660826)
chr7 (134-259)||(4635676-4635801)
chr7 (50-259)||(4671459-4671668)
chr7 (29-259)||(4642523-4642753)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (50-258)||(18926827-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Original strand, 4698257 - 4698581
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698257 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 4698356  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698357 agtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 4698456  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698457 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 4698556  T
Q  329 caaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  4698557 caaatggtgttgagttgtttgcatg 4698581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4862938 - 4862614
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||   ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4862938 ggaccaacaggaatgtctatcactcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaa 4862839  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  4862838 aatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgt 4862739  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 328  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||   ||| ||| | ||| |||||||     
T  4862738 ttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgt 4862639  T
Q  329 caaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
    |||||||  || |||||||||||||    
T  4862638 caaatggttttaagttgtttgcatg 4862614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Original strand, 4784902 - 4785226
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||    
T  4784902 ggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaa 4785001  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   |    
T  4785002 agtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgt 4785101  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 328  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| || | || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||   ||| ||| | ||| |||||||     
T  4785102 ttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgt 4785201  T
Q  329 caaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||    
T  4785202 caaatggtgttaaattgtttgcatg 4785226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Original strand, 4817331 - 4817655
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||| ||||    
T  4817331 ggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaa 4817430  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |   |    
T  4817431 agtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgt 4817530  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 328  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| || | || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||   ||| ||| | ||| |||||||     
T  4817531 ttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgt 4817630  T
Q  329 caaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||    
T  4817631 caaatggtgttaaattgtttgcatg 4817655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Original strand, 4713133 - 4713457
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||||||||| || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| || | |||||| ||  | | |||||| || |    
T  4713133 ggaccaacagggatatcaatgactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactctta 4713232  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||   | ||       
T  4713233 agtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgc 4713332  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgc 328  Q
    || |||| ||| |||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||| | ||| |||||||     
T  4713333 tttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgt 4713432  T
Q  329 caaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
     |||||| |||||||||||||||||    
T  4713433 gaaatggtgttgagttgtttgcatg 4713457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 353
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854827
Alignment:
Q  116 aggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaag 215  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  216 cgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtct 315  Q
     ||   | ||   || |||| ||| ||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   ||| ||| |    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  316 aaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatg 353  Q
     |||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatg 4854827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4629958 - 4629728
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||| ||||||||  |||  ||||| |||||||| | ||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||  | |  |||||| | || ||||    
T  4629958 ggacctacaggaataacgactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaa 4629859  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    | || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| | ||| ||| |||| |     
T  4629858 aatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttg 4629759  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 259  Q
    |||||| |||| |||  | ||||||||||||    
T  4629758 ttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtg 4629728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 50 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4665963 - 4665754
Alignment:
Q  50 acccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcg 149  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||  | |  |||||| | || ||||| || || |||||||| ||||    
T  4665963 acccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcg 4665864  T
Q  150 gtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaa 249  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  || ||| |||| | ||||||  ||| ||||||| |    
T  4665863 gtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacga 4665764  T
Q  250 tgaaggtgtg 259  Q
    ||||||||||    
T  4665763 tgaaggtgtg 4665754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 50 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4652548 - 4652339
Alignment:
Q  50 acccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcg 149  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||  | |  |||||| | || ||||| || || |||||||| ||||    
T  4652548 acccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcg 4652449  T
Q  150 gtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaa 249  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| | ||| ||| |||| | ||||||  ||| ||| ||| |    
T  4652448 gtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacga 4652349  T
Q  250 tgaaggtgtg 259  Q
    ||||||||||    
T  4652348 tgaaggtgtg 4652339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 53 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4660826 - 4660620
Alignment:
Q  53 cacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtg 152  Q
    ||||||||||| | ||||||||| || || |||||||| |||||| |||||||  | |  |||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||    
T  4660826 cacgtcagcacaatggtgaaggggagccttgggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtg 4660727  T
Q  153 ttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatga 252  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||| | | | ||| |||| | ||||||  ||||||| ||  ||||    
T  4660726 tggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatga 4660627  T
Q  253 aggtgtg 259  Q
    |||||||    
T  4660626 aggtgtg 4660620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4635801 - 4635676
Alignment:
Q  134 gacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggt 233  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||   |||||| ||||| | ||| ||| |||| | |||||    
T  4635801 gacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggt 4635702  T
Q  234 tccaaagatgttacaatgaaggtgtg 259  Q
    || ||||||| ||| | |||||||||    
T  4635701 tcaaaagatgctacgaagaaggtgtg 4635676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4671668 - 4671459
Alignment:
Q  50 acccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcg 149  Q
    |||||||||||||| | |||||| || || || |||||||||||||| || |||||  |    |||||| | || ||||| || || |||||||| ||||    
T  4671668 acccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcg 4671569  T
Q  150 gtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaa 249  Q
    |||| || |||||||| || |||||||| || ||||||||||||||   |||||| ||||| | ||| ||| |||| | ||||||  ||||||| ||| |    
T  4671568 gtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacga 4671469  T
Q  250 tgaaggtgtg 259  Q
    ||||||||||    
T  4671468 tgaaggtgtg 4671459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4642753 - 4642523
Alignment:
Q  29 ggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaa 128  Q
    ||||| ||||| || ||||  |||||| ||||||| | |||||| || || || |||||||||||||| || |||||  |    |||||| | || ||||    
T  4642753 ggacctacagggatatcgactacccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaa 4642654  T
Q  129 agtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtctt 228  Q
    | || || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||||| |  || ||| |||| |     
T  4642653 aatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttg 4642554  T
Q  229 ttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 259  Q
    ||||||| ||||||| ||| | |||||||||    
T  4642553 ttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtg 4642523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Original strand, 18926827 - 18927035
Alignment:
Q  50 acccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcg 149  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||  | |  |||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  18926827 acccatgtcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcg 18926926  T
Q  150 gtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaa 249  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| || ||||| |  || ||| |||| | |||||| |||||||||||| |    
T  18926927 gtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacga 18927026  T
Q  250 tgaaggtgt 258  Q
    |||||||||    
T  18927027 tgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University