View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17811_high_3 (Length: 719)

Name: NF17811_high_3
Description: NF17811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17811_high_3
NF17811_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-699)||(33716934-33717632)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 699
Target Start/End: Original strand, 33716934 - 33717632
Alignment:
Q  1 agcaaaatatgcttcatgacagaacacgcatattatatggtacaaattcttcaagcgtaagctttgaatcctcagatgcaaaatattccaatcctgtgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33716934 agcaaaatatgcttcatgacagaacacgcatattatatggtacaaattcttcaagcgtaagctttgaatcctcagatgcaaaatattccaatcctgtgaa 33717033  T
Q  101 tgccgatttggaagatgaccacttatggaatgatctgtctgagttttatgcctgtgaacaatatgccgtaccttcatttgatggggttctcattccattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717034 tgccgatttggaagatgaccacttatggaatgatctgtctgagttttatgcctgtgaacaatatgccgtaccttcatttgatggggttctcattccattg 33717133  T
Q  201 actgttgtttttgcacgtgacaataagcaaaaagatgaaaaacctggaatattgcatgggcatggagcttatggtgagctactcgacaaacggtggcgca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717134 actgttgtttttgcacgtgacaataagcaaaaagatgaaaaacctggaatattgcatgggcatggagcttatggtgagctactcgacaaacggtggcgca 33717233  T
Q  301 gtgaatttaaaagccttctggaccgtggttgggtcatagcttatgcagatgttaggtaggcttcacagtatttggtgtccatgtactcgatgcacattcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717234 gtgaatttaaaagccttctggaccgtggttgggtcatagcttatgcagatgttaggtaggcttcacagtatttggtgtccatgtactcgatgcacattcc 33717333  T
Q  401 tatggatattttttctttgttgtatttatgtatataatttcttatttgtttctaagttgcaacacactttccaaataaatttgtaactttctaaagtttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717334 tatggatattttttctttgttgtatttatgtatataatttcttatttgtttctaagttgcaacacactttccaaataaatttgtaactttctaaagtttg 33717433  T
Q  501 atctcttatctacaatatttttgggtgtcctgattcaggggtggtggtggttatggcaagaaatggcatcatgatgggagacgaacaaagaaaaataatt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717434 atctcttatctacaatatttttgggtgtcctgattcaggggtggtggtggttatggcaagaaatggcatcatgatgggagacgaacaaagaaaaataatt 33717533  T
Q  601 caatcaatgactatatctcctgtgccaagttcctcatagaaaaagatattgtaaatgaaaacaaattggccgcttggggatatagtgctggagggcttt 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717534 caatcaatgactatatctcctgtgccaagttcatcatagaaaaagatattgtaaatgaaaacaaattggccgcttggggatatagtgctggagggcttt 33717632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University