View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17814_high_3 (Length: 652)

Name: NF17814_high_3
Description: NF17814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17814_high_3
NF17814_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-641)||(46574244-46574869)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 46574869 - 46574244
Alignment:
Q  16 aatttgaaccatttttacagattgttctatcctatgtgcatt-tgggtggatgtcttctttattttactgctacaaactatgatccaaaaagcaaatggg 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||    
T  46574869 aatttgaaccatttttacatattcttctatccattgtgcattgtgggtggatgtcttctttattttactgctacaaactatgatccgaaaagcgcatggg 46574770  T
Q  115 tggaggaagcaatggatcaaagtttatcgacaagatatgttgcttccagctaccggtttaggtctactatatttagaacagttcaccttagagatttaca 214  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46574769 tgggggaagcaatggatcaaagtttatgaacaagatatgtggcttccagctaccggtttaggtctactatatttagaacagttcaccttagagatttaca 46574670  T
Q  215 tgctaatgtggtggaaatggcctttatcattttgtttaagttaatgaagatgggacttgcaggatatgtgcttggtagtgtgctcgggtgtattcgcagt 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46574669 tgctaatgtggtggaaatggcatttatcattttgtttaagttaatgaagatgggacttgcaggatatgtgcttggtagtgtgctcgggtgtattcgcagt 46574570  T
Q  315 ttataactatgacataggttcgaatgtgaagcttcaagctatatgttagtgctattttttgaaccggatatgtttcacactcaaggaaatgttttgtatt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46574569 ttataactatgacataggttcgaatgtgaagcttcaagctatatgttagtgctattttttgaaccggatatgtttcacactaaaggaaatgttttgtatt 46574470  T
Q  415 attagatatatttcaccaaattctcttgtagcaagaacaaaatttagaatgaatgttgaaggagaatataactatttgcttgacttgtattagtttgagt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46574469 attagatatatttcaccaaattctcttgtagcaagaacaaaatttcgaatgaatgttgaagaagaatataactatttgcttgacttgtattagtttgagt 46574370  T
Q  515 tatttggtaacttaatgatgcatgcttctattatgcattacattgaatagtagagagaacccttataattcatattttccaccaaaaatacacgcatatt 614  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46574369 tatttggtaac-taatgatgcatgcttctattatgcattacattgaatagtagagggaactcttataattcatattttccaccaaacatacacgcatatt 46574271  T
Q  615 ttcactataactaatttgttcttgatg 641  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  46574270 ttcactataactaatttgttcttgatg 46574244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University