View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17817_low_4 (Length: 565)

Name: NF17817_low_4
Description: NF17817
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17817_low_4
NF17817_low_4
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-549)||(46926495-46927043)
chr1 (3-549)||(11107015-11107561)
chr1 (3-549)||(46933362-46933908)
chr1 (225-529)||(11112142-11112448)
[»] scaffold0608 (2 HSPs)
scaffold0608 (3-529)||(2473-3000)
scaffold0608 (225-549)||(7578-7904)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Original strand, 46926495 - 46927043
Alignment:
Q  1 taaccaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtggcagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46926495 taaccaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtgtcagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccact 46926594  T
Q  101 ttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtnnnnnnnttcaacagcttctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  46926595 ttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtaaaaaaattcaacagcttctc 46926694  T
Q  201 aatgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctcta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46926695 aatgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctcta 46926794  T
Q  301 tggatttgattcactcaaatggtgcagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgannnnnnncc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  46926795 tggatttgattcactcaaatggtgcagcaggagaatttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgatttttttcc 46926894  T
Q  401 tgtattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46926895 tgtattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttg 46926994  T
Q  501 gaaatgagggaaggcacaagtgtagacaccaataaagacatgttagatg 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46926995 gaaatgagggaaggcacaagtgtagacaccaataaagacatgttagatg 46927043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 3 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 11107561 - 11107015
Alignment:
Q  3 accaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtggcagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccacttt 102  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |   | || ||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||    
T  11107561 accaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccacaatctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctcttt 11107462  T
Q  103 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtnnnnnnnttcaacagcttctcaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||        ||| ||| ||||| |     
T  11107461 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcataagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgcatgaaaattcgacaacttcttag 11107362  T
Q  203 tgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatg 302  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |     
T  11107361 tgatattcatcaaagcagtcaaattggtgaagcaatagacattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgta 11107262  T
Q  303 gatttgattcactcaaatggtgcagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgannnnnnncctg 402  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||    
T  11107261 gatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagatttttttcctg 11107162  T
Q  403 tattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttgga 502  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  11107161 tattgaatatgcttgatccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgtaagaaaagtgttagacatctttgaagacttgattaatcaacgtttgaa 11107062  T
Q  503 aatgagggaaggcacaagtgtagacaccaataaagacatgttagatg 549  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||    
T  11107061 gatgagggaaggcacatgtgtagacacatgcaaagacatgttagatg 11107015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 3 - 549
Target Start/End: Original strand, 46933362 - 46933908
Alignment:
Q  3 accaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtggcagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccacttt 102  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||| ||| || ||| ||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  || |||| ||||    
T  46933362 accaatgaccagttcttgtctaatagaaccattccacaatctgtgtcggttctcaaccacgagcattatagtcttgctttcataccagttgcacctcttt 46933461  T
Q  103 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtnnnnnnnttcaacagcttctcaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||        | ||||||||||||||    
T  46933462 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattattttctcacaagactcttgatgctagtcaagatgttagacgcaagaaaatgcaacagcttctcaa 46933561  T
Q  203 tgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatg 302  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||||| || || || ||||||  ||| |||||||| ||||||||| |  | |||||||| ||||||||| ||    
T  46933562 tgatatcaatcaaagcagtcaaatcggtgaagcaatagatatcggaacagcagttttcaagaccaccataaatctgttgtcaaacacaattttctctgtg 46933661  T
Q  303 gatttgattcactcaaatggtgcagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgannnnnnncctg 402  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||  ||||||| ||||| || ||||| | |||  | ||||||||||| ||       |||     
T  46933662 gatttgattcagtctaatggtgaagcaggagagttcaaggacttggtgactaatattacaaaactcgttggctcgccaaatgtggcagatttttttccta 46933761  T
Q  403 tattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttgga 502  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46933762 tattgaagatgcttgacccacaaggcgtaaaaagaaaacaagcaaagaatgtaaggaaagtgttagatatctttgaagacttggttaaccaacgtttgaa 46933861  T
Q  503 aatgagggaaggcacaagtgtagacaccaataaagacatgttagatg 549  Q
      ||||||||| ||   ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46933862 ggtgagggaagccaacggtgtagacaccaacaaagacatgttagatg 46933908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 225 - 529
Target Start/End: Original strand, 11112142 - 11112448
Alignment:
Q  225 attggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatggatttgattcactcaaatggtg 324  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  11112142 attggtgaagcaatagatattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg 11112241  T
Q  325 cagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgannnnnnncc-tgtattgaagttgcttgacccac 423  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| |||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||       || |||||||||| ||||||| ||||    
T  11112242 cagctggagagtttaaggatttggcgacggatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagatttttttccttgtattgaagatgcttgatccac 11112341  T
Q  424 aaggcctaaaaagaagac-aaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttggaaatgagggaaggcacaagtg 522  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||    ||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| ||||||| |    
T  11112342 aaggcctaaaaagaagacaaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaaggg 11112441  T
Q  523 tagacac 529  Q
    |||||||    
T  11112442 tagacac 11112448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0608 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: scaffold0608
Description:

Target: scaffold0608; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 3 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 3000 - 2473
Alignment:
Q  3 accaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtggcagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccacttt 102  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |   | || ||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||    
T  3000 accaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccacaatctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctcttt 2901  T
Q  103 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtnnnnnnnttcaacagcttctcaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||        ||| ||| ||||| |     
T  2900 ggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcataagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgcatgaaaattcgacaacttcttag 2801  T
Q  203 tgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatg 302  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |     
T  2800 tgatattcatcaaagcagtcaaattggtgaagcaatagacattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgta 2701  T
Q  303 gatttgattcactcaaatggtgcagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctga-nnnnnnncct 401  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||        |||    
T  2700 gatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaaggatttggcgacggatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagattttttttcct 2601  T
Q  402 gtattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttgg 501  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  2600 gtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttgg 2501  T
Q  502 aaatgagggaaggcacaagtgtagacac 529  Q
    | | ||||||| ||||||| ||||||||    
T  2500 agaagagggaatgcacaagggtagacac 2473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0608; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 225 - 549
Target Start/End: Original strand, 7578 - 7904
Alignment:
Q  225 attggtgaagctattgacattggaacaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatggatttgattcactcaaatggtg 324  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  7578 attggtgaagcaatagatattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg 7677  T
Q  325 cagcaggagagtttaaggatgtggtgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctga-nnnnnnncctgtattgaagttgcttgacccac 423  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||        |||||||||||  ||||||| ||||    
T  7678 cagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattaccaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagattttttttcctgtattgaatatgcttgatccac 7777  T
Q  424 aaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaat-gttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttggaaatgagggaaggcacaagtg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  7778 aaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatagtaagaaaagtgttagacatctttgaagacttgattaatcaacgtttgaagatgagggaaggcacatgtg 7877  T
Q  523 tagacaccaataaagacatgttagatg 549  Q
    |||||||    ||||||||||||||||    
T  7878 tagacacatgcaaagacatgttagatg 7904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University