View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17828_high_3 (Length: 640)
Name: NF17828_high_3
Description: NF17828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17828_high_3 |
 | |
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| [»] scaffold0274 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0271 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0274 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: scaffold0274
Description:
Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 283 - 623
Target Start/End: Original strand, 5898 - 6238
Alignment:
| Q |
283 |
taatatttttagtcttatatttatgttcaaactatgtacttctactatcatacttatttttgtaattggttgctaattagtgattagtatttgatacaat |
382 |
Q |
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| T |
5898 |
taatatttttagtcttatatttatgttcaaactatgtacttctactatcatacttatttttgtaattggttgctaattagtgattagtatttaatacaat |
5997 |
T |
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| Q |
383 |
aacaataaattagtgataccatgccatgagtctccaatacaaactccccgctaagcaaagtatgaacaacaccgcatagacctcaacaaagagtgcatgt |
482 |
Q |
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| T |
5998 |
aacaatacattagtgataccatgccatgagtctccaatacaaactccccgctaagcaaagtatgaacaacaccgcatagacctcaacaaagagtgcatgt |
6097 |
T |
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| Q |
483 |
ttggtctcgattatcatggtgggtttgataggattacaaagaggtatagtgagtttgcaaaagctatattttgtgacttttacaaaataatggtggctta |
582 |
Q |
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| T |
6098 |
ttggtctcgattatcatggtgggtttgataggattacaaagaggtatagtgagtttgcaaaagctatattttgtgacctttacaaaataacgatggctta |
6197 |
T |
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| Q |
583 |
atatgatttgcgtgtttatgtcgtattcaccttgataccaa |
623 |
Q |
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| T |
6198 |
ctatgatttgcgtgtttatgttgtattcaccttgataccaa |
6238 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 277
Target Start/End: Original strand, 5598 - 5857
Alignment:
| Q |
19 |
gatcaagtgggtttcattacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaacattgattatgaaacttacaagcgcatcaact |
118 |
Q |
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| T |
5598 |
gatcaagtgggtttcattacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaacattgattatgaaacttacaagcgcatcaact |
5697 |
T |
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| Q |
119 |
ttgaagttcgaatcctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacgtaatggtcgaactcgggatccttttccatggaaaccagagagttaag-act |
217 |
Q |
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| T |
5698 |
ttgaagttcaaatcctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacgtattggttgaactcgggatccttttccatggaaaccagagagttaagaact |
5797 |
T |
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| Q |
218 |
nnnnnnncgttaaaatactagcactaatatccatatttgaaaatagagaatatttctgct |
277 |
Q |
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| T |
5798 |
aaaaaaacgttaaaatactaacactaatatccatatttgaaaatagagaatatttctgct |
5857 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0271 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: scaffold0271
Description:
Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 283 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 3393 - 3053
Alignment:
| Q |
283 |
taatatttttagtcttatatttatgttcaaactatgtacttctactatcatacttatttttgtaattggttgctaattagtgattagtatttgatacaat |
382 |
Q |
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| T |
3393 |
taatatttttagtcttatatttatgttcaaactatgtacttctactatcatacttatttttgtaattggttgctaattagtgattagtatttaatacaat |
3294 |
T |
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| Q |
383 |
aacaataaattagtgataccatgccatgagtctccaatacaaactccccgctaagcaaagtatgaacaacaccgcatagacctcaacaaagagtgcatgt |
482 |
Q |
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| T |
3293 |
aacaatacattagtgataccatgccatgagtctccaatacaaactccccgctaagcaaagtatgaacaacaccgcatagacctcaacaaagagtgcatgt |
3194 |
T |
|
| Q |
483 |
ttggtctcgattatcatggtgggtttgataggattacaaagaggtatagtgagtttgcaaaagctatattttgtgacttttacaaaataatggtggctta |
582 |
Q |
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| T |
3193 |
ttggtctcgattatcatggtgggtttgataggattacaaagaggtatagtgagtttgcaaaagctatattttgtgacctttacaaaataacgatggctta |
3094 |
T |
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| Q |
583 |
atatgatttgcgtgtttatgtcgtattcaccttgataccaa |
623 |
Q |
| |
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|
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| T |
3093 |
ctatgatttgcgtgtttatgttgtattcaccttgataccaa |
3053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0271; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 3692 - 3434
Alignment:
| Q |
19 |
gatcaagtgggtttcattacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaacattgattatgaaacttacaagcgcatcaact |
118 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3692 |
gatcaagtgggtttcattacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaacattgattatgaaacttacaagcgcatcaact |
3593 |
T |
|
| Q |
119 |
ttgaagttcgaatcctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacgtaatggtcgaactcgggatccttttccatggaaaccagagagttaagactn |
218 |
Q |
| |
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|
| T |
3592 |
ttgaagttcaaatcctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacgtattggttgaactcgggatccttttccatggaaaccagagagttaagacta |
3493 |
T |
|
| Q |
219 |
nnnnnncgttaaaatactagcactaatatccatatttgaaaatagagaatatttctgct |
277 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3492 |
aaaaaacgttaaaatactaacactaatatccatatttgaaaatagagaatatttctgct |
3434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 406 - 620
Target Start/End: Original strand, 41418230 - 41418444
Alignment:
| Q |
406 |
ccatgagtctccaatacaaactccccgctaagcaaagtatgaacaacaccgcatagacctcaacaaagagtgcatgtttggtctcgattatcatggtggg |
505 |
Q |
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| T |
41418230 |
ccatgagtctccaatccaaattacccgctaagcaaagtataaacagcaccacatacacctcaacaaagagtgcatgtttggtctcgagtatcacggtggg |
41418329 |
T |
|
| Q |
506 |
tttgataggattacaaagaggtatagtgagtttgcaaaagctatattttgtgacttttacaaaataatggtggcttaatatgatttgcgtgtttatgtcg |
605 |
Q |
| |
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| T |
41418330 |
tttgataggattacaaagaggtgtagtgagtttgcaaaagctacattctgtgacttttacaaaacaacggtggcttaccgtgatttgcgtgtttctcttg |
41418429 |
T |
|
| Q |
606 |
tattcaccttgatac |
620 |
Q |
| |
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| T |
41418430 |
tattcaccttgatac |
41418444 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 277
Target Start/End: Original strand, 41417625 - 41417894
Alignment:
| Q |
19 |
gatcaagtgggtttcattacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaacattgattatgaaacttacaagcgcatcaact |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |
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|
| T |
41417625 |
gatcaagtggttttcatcacagagaatatagttcttaatcaatgttttacaagtcttttaaggtgtaatattgattatgaaactaacaagcgcataaact |
41417724 |
T |
|
| Q |
119 |
ttgaagttcgaatcctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacgtaatggtcgaactc----------gggatccttttccatggaaaccagaga |
208 |
Q |
| |
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|||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41417725 |
ttgaagtttggaccctagcaaaatgatcattgattagaatttacttacctaatggtcaaactcaggattactggggatccttttccatggaaaccagaga |
41417824 |
T |
|
| Q |
209 |
gttaagact-nnnnnnncgttaaaatactagcactaatatccatatttgaaaatagagaatatttctgct |
277 |
Q |
| |
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| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
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|
| T |
41417825 |
atcaagactaaaaaaaatgttgaaatactaacactaatatccatatttgagaccagagaatatttctgct |
41417894 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 286 - 386
Target Start/End: Original strand, 41417938 - 41418038
Alignment:
| Q |
286 |
tatttttagtcttatatttatgttcaaactatgtacttctactatcatacttatttttgtaattggttgctaattagtgattagtatttgatacaataac |
385 |
Q |
| |
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|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
41417938 |
tattgttagtcctatatttatgttcaaactatgtactactagtatcttacttatttttgtaactgaccgctaattagtgattaatatttgatacaataac |
41418037 |
T |
|
| Q |
386 |
a |
386 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
41418038 |
a |
41418038 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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