View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17828_low_19 (Length: 354)

Name: NF17828_low_19
Description: NF17828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17828_low_19
NF17828_low_19
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (19-342)||(2854376-2854699)
chr3 (19-334)||(2837174-2837489)
chr3 (19-342)||(2808519-2808842)
chr3 (19-334)||(2798613-2798928)
chr3 (19-334)||(2760466-2760781)
chr3 (19-317)||(2819812-2820110)
chr3 (19-342)||(2750247-2750570)
chr3 (19-334)||(5414138-5414452)
chr3 (19-337)||(2791566-2791884)
chr3 (19-334)||(2770315-2770627)
chr3 (89-166)||(3197107-3197184)
chr3 (45-166)||(3309372-3309493)
chr3 (44-100)||(3356171-3356227)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (19-334)||(4723-5038)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (33-334)||(11116323-11116625)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 2854699 - 2854376
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854699 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 2854600  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854599 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 2854500  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854499 aagctacggcaccttcttgctttccataataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 2854400  T
Q  319 tgacttcccttcaaaacctatatt 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  2854399 tgacttcccttcaaaacctatatt 2854376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 2837489 - 2837174
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837489 aggtacttgacattcagggtacgtctttgaatcatattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 2837390  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  2837389 ggttcttcctaaatctattggtgaattacagaacttagagacattggacttaagagaaacacatgttcatgagatgccaggtgaaataaacaagctcaca 2837290  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||  | ||   ||||||||||||||||    
T  2837289 aagctacgacaccttcttgctttccatcgtaactatgatgcaaagtattctgttttgggctttacaactggtgtgcggatggttaaaggtattaaaaact 2837190  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    ||||||||||||||||    
T  2837189 tgacttcccttcaaaa 2837174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 342
Target Start/End: Original strand, 2808519 - 2808842
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    ||||| |||||||||||||||| || ||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  2808519 aggtatttgacattcaaggtacatccttgcatcatattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaaataca 2808618  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| | |||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  2808619 ggctcttcctaaatctgttggtgaactgcagaacttagagacattggatttaagggacacacttgtgcgtgagataccaagtgaaataaacaagctcaaa 2808718  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2808719 aagctaaggcaccttcttgctttccaccgtaactacgaagaaaagtattctcttttaggctttacaacgggtgtgttcgtggaaaaaggtattaaaaact 2808818  T
Q  319 tgacttcccttcaaaacctatatt 342  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  2808819 tgacttcccttcaaaacctttatt 2808842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Original strand, 2798613 - 2798928
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||| | || ||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||| || ||| |    
T  2798613 aggtgcttgacattcaaggtacatcattgaaaaatattcctaaaaatttggtgagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtaca 2798712  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    |  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  2798713 gactcttccgaaatctgttggtgaactacagaacttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcaca 2798812  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2798813 aagctacggcaccttcttgctttccatcgtaactatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaact 2798912  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    ||| |||||| |||||    
T  2798913 tgatttccctacaaaa 2798928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Original strand, 2760466 - 2760781
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  2760466 aggtacttgacattgaaggtacatcgttgaatcatattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaagagtacaaaaataaa 2760565  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||  ||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  2760566 ggttcttcctaaatcagttggtgagctacagaacttagagatattggatataacatacacacttgtgcatgagataccaagagagataaacaagctcaca 2760665  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||||| || |||||| | || || || | ||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||| | ||||||  | || |||||||||||||||||     
T  2760666 aagcttcgtcaccttttcgcattacaccgtaactatgaagaaaagtattcactgtttggatttacatctggtgtgaagatggaaaaaggtattaaaaaca 2760765  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    || ||||||| |||||    
T  2760766 tggcttccctacaaaa 2760781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 317
Target Start/End: Original strand, 2819812 - 2820110
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| || | ||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  2819812 aggtacttgacattcaaggtacatcattgaatcatgtacctaaaaatttggggagtcttttccacttaaggtacttaaacctaaagaatacaaaaataca 2819911  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||| |||||  ||| | |||||| |||||| | ||||||||||| |||    
T  2819912 tgctcttcctaaatctgttggtgaactacagaacttagagacactcgatataagatacacacttgtgcgtgagataccaagtcagataaacaagctcaca 2820011  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaac 317  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| | ||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||  | || |||||||||||||||||    
T  2820012 aagctacgtcaccttcttgcattacatcgtaactatgaagaaaattattctctgttgggctttacatctggtgtgaagatggaaaaaggtattaaaaac 2820110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 342
Target Start/End: Original strand, 2750247 - 2750570
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  2750247 aggtccttgacattcaagggacgtcgttgaatcatatccctaaaaatttggggaatctttttcacttgcggtacattaacctaaggaatacaaatgtaaa 2750346  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    || |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||   || |||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  2750347 ggctcttcctaaatctattggtgagttacataacttagagacattggatttaagagaaacactagtgcatgagatacctagtgaaataaacaagctgaca 2750446  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||| ||||||| || |||||||| ||||  || |||||   ||| ||||||  |||||| | |||||| || ||| || |  |||||||||||||||||     
T  2750447 aagttacggcatctgcttgcttttcatcgcaactatgaacaaaaatattctgctttgggctctacaactggcgtgctgattgaaaaaggtattaaaaaca 2750546  T
Q  319 tgacttcccttcaaaacctatatt 342  Q
    ||| ||||||  ||||||| ||||    
T  2750547 tgatttccctaaaaaacctttatt 2750570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Original strand, 5414138 - 5414452
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  |||||| |||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  5414138 aggttcttgacattcaaggtacattgttgaatcatatccctaaaaacttggggaatctttttcacttgaggtacattaacctaaggaatacgaaagtaaa 5414237  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    ||||||||||||||||  | |||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  5414238 ggttcttcctaaatct-gtagtgagctgtataacttagagacattggatttaagagaaacacttgtgcatgagataccaagtgaaataaacaagctgaaa 5414336  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| | ||| ||||||  | | || |  ||||| |||||| || || |||||||||||||||||     
T  5414337 aatttacggcatcttcttgctttccatcgtaactttgaagaaaaatattctgctctaggctcgacaactggtgtgctgatggaaaaaggtattaaaaaca 5414436  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    |||||||||| |||||    
T  5414437 tgacttccctacaaaa 5414452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 337
Target Start/End: Original strand, 2791566 - 2791884
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||| | || | |||||||||||| |||||| ||||||||||  |||| || ||| |    
T  2791566 aggtacttgacattcaaggtacatcattgaatcatattcctaaaaatctgggaagtctttttcacttgaggtacataaacctaagctatactaatgtaca 2791665  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
       ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||| |||||  | |||  ||||||||||||| |   |    
T  2791666 aactcttcctaaatctgttggtgagctacagaatttagagacattagatttaagagaaacacttgtgcatgaactaccacatgaaataaacaagttggaa 2791765  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||||||||| ||||||||| |  ||||  ||| ||  | | ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||  | || ||||||||||||||| ||    
T  2791766 aagctacggaaccttcttgttcgccatagtaactacaaaggaaattattctcttttgggctatacaactggtgtgaggatgcaaaaaggtattaaaatct 2791865  T
Q  319 tgacttcccttcaaaacct 337  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2791866 tgacttcccttcaaaacct 2791884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Original strand, 2770315 - 2770627
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| || ||| |    
T  2770315 aggtacttgacattcaaggtacatcgttgaatcatattcctaaaaatttgggaagtctttttcacttaaggtacataaacctaagttatactaatgtaca 2770414  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    |  ||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||| |||||  | |||  ||||||||||||  |   |    
T  2770415 gactcttcctaaatctgttggtgagctaaagaatttagagacattagatttaagagaaacacttgtgcatgaactaccacatgaaataaacaaattggaa 2770514  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    ||||||||  ||||||||| || ||||  ||| || || | ||| ||||||||||||||    ||||| |||| |  | || |||||||||||||||||     
T  2770515 aagctacgaaaccttcttgtttgccatagtaactacgaaggaaattattctcttttggg---cacaactggtgggaggatgcaaaaaggtattaaaaaca 2770611  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    |||||||||| |||||    
T  2770612 tgacttccctacaaaa 2770627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 3197184 - 3197107
Alignment:
Q  89 gtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaaggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattgga 166  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| | |||| ||||||||| ||||||||    
T  3197184 gtacttgaacctaagtcatacaaaagttatggttcttcctagatctatcggtaacctaccgaacttagaaacattgga 3197107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 3309493 - 3309372
Alignment:
Q  45 ttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaaggttcttcctaaatctattggtgaac 144  Q
    ||||||||||||||| |||| || || |||||||| | | |||||||||| ||||| ||  |||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||| | |    
T  3309493 ttgaattatattcctgataacttgggaaatcttttcctcctaaggtacttgaacctgagtcatacaaaagttacggtacttccgaaatccattggtaatc 3309394  T
Q  145 tacagaacttagagacattgga 166  Q
    ||   |||||||| ||||||||    
T  3309393 tagtcaacttagaaacattgga 3309372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 3356227 - 3356171
Alignment:
Q  44 tttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacct 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||| |||||| ||| |||||||||| |||||    
T  3356227 tttgaattatattcctgataacttggggagtcttttccacctaaggtacttgaacct 3356171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5038 - 4723
Alignment:
Q  19 aggtacttgacattcaaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| |    
T  5038 aggtacttgacattcaaggtacatcattgaatcatattcccaaaaatttggggaatctttttcacttgaggtacataaacctacggaacacaaaagtaga 4939  T
Q  119 ggttcttcctaaatctattggtgaactacagaacttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttaca 218  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||  ||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||    
T  4938 ggctcttcctaaatctgttggtgagctacaaaacttagagacgttggatttaagagaaacacttgtgcatgagttgccaattgaaataaacaagctgaca 4839  T
Q  219 aagctacggcaccttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaact 318  Q
    | | |||| || || ||||||||||||| ||| ||||| |  || |||||| |||| || |||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||    
T  4838 aggttacgacatctacttgctttccatcgtaactatgaagataaatattctattttaggctttacaactggtgtgctgatggaaaaaggtattaaaaact 4739  T
Q  319 tgacttcccttcaaaa 334  Q
    |||||||||| |||||    
T  4738 tgacttccctacaaaa 4723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 11116625 - 11116323
Alignment:
Q  33 caaggtacgtctttgaattatattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaaggttcttcctaaat 132  Q
    |||||||| || ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  11116625 caaggtacatcgttgaatcgtattcctgaaaatttggggaatctttttcacttgaagtacgtaaacctgaggaatgcaaaagtacaggttcttcgtaaat 11116526  T
Q  133 ctattggtgaactacagaactt-agagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttacaaagctacggcacc 231  Q
    || ||||||| ||||||||||| |||| || |||| |||||||| |||  ||| ||||| || |||| ||  ||||||||||| |||||| ||||  |      
T  11116525 ctgttggtgagctacagaacttaagaggcaatggatttaagagaaacacttgtgcatgaaataccaaatgttataaacaagctgacaaagttacgaaatt 11116426  T
Q  232 ttcttgctttccatcataattatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaacttgacttcccttca 331  Q
    ||||||||||||||| | | ||||| | ||| |||||| ||||||| |||| ||| |||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11116425 ttcttgctttccatcgttactatgaagaaaaatattctgttttgggctttataactggtgtgcttatggaaaaaggtattaaaaacttgacttcccttca 11116326  T
Q  332 aaa 334  Q
    |||    
T  11116325 aaa 11116323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University