View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17828_low_23 (Length: 317)

Name: NF17828_low_23
Description: NF17828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17828_low_23
NF17828_low_23
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (15-300)||(24509632-24509920)
chr6 (13-300)||(21936670-21936957)
chr6 (15-286)||(21275702-21275979)
chr6 (15-204)||(24508914-24509103)
chr6 (15-300)||(21937499-21937786)
chr6 (15-300)||(20752122-20752393)
chr6 (15-193)||(11183263-11183441)
chr6 (15-192)||(2887419-2887596)
chr6 (15-192)||(2889141-2889318)
chr6 (230-300)||(24508844-24508914)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (15-290)||(30283444-30283716)
chr2 (15-300)||(42780113-42780393)
chr2 (15-289)||(14917377-14917657)
chr2 (15-286)||(17720524-17720801)
chr2 (15-286)||(45120315-45120593)
chr2 (15-194)||(16284365-16284546)
chr2 (49-289)||(716230-716463)
chr2 (212-298)||(20892335-20892421)
chr2 (262-296)||(16286003-16286037)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (15-300)||(32429277-32429558)
chr4 (15-300)||(30019831-30020125)
chr4 (15-286)||(35095957-35096234)
chr4 (15-286)||(35090844-35091121)
chr4 (20-300)||(18670776-18671050)
chr4 (18-300)||(34279497-34279763)
chr4 (15-192)||(47071337-47071514)
chr4 (15-196)||(18737089-18737272)
chr4 (16-300)||(34128244-34128511)
chr4 (19-290)||(54859172-54859428)
chr4 (15-196)||(18716416-18716599)
chr4 (15-290)||(3424704-3424975)
chr4 (80-300)||(14643729-14643940)
chr4 (15-108)||(3415334-3415427)
chr4 (225-300)||(3409592-3409667)
chr4 (220-287)||(22118845-22118912)
chr4 (226-280)||(47071531-47071585)
chr4 (15-75)||(14646483-14646543)
chr4 (226-269)||(25618315-25618358)
chr4 (116-175)||(34602060-34602119)
chr4 (261-300)||(34602022-34602061)
chr4 (144-192)||(25618387-25618435)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-286)||(2022893-2023160)
chr5 (15-286)||(9877537-9877814)
chr5 (15-286)||(39908887-39909164)
chr5 (15-286)||(9872422-9872699)
chr5 (15-286)||(39903774-39904051)
chr5 (15-300)||(13556288-13556580)
chr5 (15-300)||(35368885-35369166)
chr5 (23-201)||(4555590-4555768)
chr5 (15-180)||(25184027-25184186)
chr5 (15-137)||(43378366-43378488)
chr5 (121-192)||(43540857-43540928)
chr5 (230-300)||(43540766-43540834)
chr5 (232-290)||(4555772-4555830)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (15-290)||(14314905-14315186)
chr8 (15-290)||(14318609-14318890)
chr8 (15-286)||(26986987-26987264)
chr8 (15-286)||(34108158-34108437)
chr8 (15-286)||(26981873-26982151)
chr8 (15-300)||(43956834-43957124)
chr8 (15-282)||(10340969-10341232)
chr8 (15-300)||(25953159-25953434)
chr8 (16-194)||(18608724-18608902)
chr8 (72-286)||(18494174-18494394)
chr8 (19-158)||(18884997-18885136)
chr8 (115-186)||(1781868-1781939)
chr8 (230-300)||(1781968-1782038)
chr8 (230-290)||(18608644-18608703)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (15-286)||(8464679-8464956)
chr3 (15-290)||(4049736-4050018)
chr3 (15-286)||(5481486-5481763)
chr3 (16-286)||(6858053-6858329)
chr3 (15-290)||(8458240-8458522)
chr3 (15-286)||(10672936-10673213)
chr3 (15-286)||(31081505-31081782)
chr3 (15-286)||(5458009-5458287)
chr3 (15-286)||(6852950-6853227)
chr3 (15-286)||(10591293-10591570)
chr3 (15-286)||(31076400-31076677)
chr3 (15-286)||(1302242-1302520)
chr3 (15-286)||(33702597-33702875)
chr3 (15-286)||(10678049-10678328)
chr3 (15-300)||(49784423-49784706)
chr3 (15-286)||(4054870-4055148)
chr3 (23-286)||(33703236-33703506)
chr3 (15-187)||(20890989-20891160)
chr3 (15-300)||(29827358-29827623)
chr3 (82-290)||(10584852-10585066)
chr3 (15-193)||(3187551-3187728)
chr3 (21-192)||(18024246-18024416)
chr3 (15-88)||(10586384-10586457)
chr3 (236-290)||(18024174-18024228)
chr3 (235-290)||(20891182-20891237)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (15-290)||(28574226-28574507)
chr1 (15-290)||(28598238-28598519)
chr1 (28-300)||(10186565-10186845)
chr1 (15-300)||(43358680-43358963)
chr1 (29-286)||(3468010-3468274)
chr1 (15-300)||(44524015-44524294)
chr1 (15-216)||(3465402-3465602)
chr1 (33-300)||(19310771-19311033)
chr1 (15-208)||(13654264-13654459)
chr1 (15-194)||(1187757-1187935)
chr1 (54-195)||(35626140-35626281)
chr1 (15-161)||(16051135-16051281)
chr1 (97-286)||(21431680-21431865)
chr1 (84-193)||(17414633-17414742)
chr1 (15-128)||(48366213-48366326)
chr1 (28-128)||(29681532-29681632)
chr1 (230-300)||(16051335-16051405)
chr1 (232-297)||(17414555-17414620)
chr1 (224-290)||(3701492-3701558)
chr1 (225-298)||(35653239-35653312)
chr1 (244-300)||(13654473-13654529)
chr1 (16-193)||(3696403-3696578)
chr1 (216-300)||(1187947-1188031)
chr1 (244-286)||(10185832-10185874)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (15-290)||(2013-2294)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (15-286)||(12856718-12856995)
chr7 (15-286)||(26050950-26051227)
chr7 (15-286)||(26056063-26056340)
chr7 (15-286)||(26060309-26060586)
chr7 (15-286)||(26065422-26065699)
chr7 (15-286)||(12851603-12851882)
chr7 (15-216)||(14610293-14610493)
chr7 (11-290)||(4181397-4181660)
chr7 (15-181)||(11056554-11056720)
chr7 (15-193)||(37459938-37460116)
chr7 (15-159)||(35352422-35352566)
chr7 (84-300)||(5440284-5440494)
chr7 (84-300)||(5449294-5449504)
chr7 (15-128)||(5436692-5436805)
chr7 (230-298)||(37459849-37459917)
chr7 (230-287)||(35352317-35352375)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (15-208)||(144025-144220)
scaffold0006 (244-300)||(144234-144290)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (80-300)||(173352-173563)
scaffold0005 (15-75)||(170747-170807)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (15-49)||(16536-16570)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 24509632 - 24509920
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  24509632 gaatccccttcataatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccatgcgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaatt 24509731  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtata--- 211  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||       
T  24509732 cactaatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattttgtacaaaattatgtataatt 24509831  T
Q  212 gttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24509832 gttgttgtcgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgaaccttcacatgagagaaaacacccatttgact 24509920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 13 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 21936957 - 21936670
Alignment:
Q  13 gagaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaa 112  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||| |||    
T  21936957 gagaatccccttcagaatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacatcgagtgtatctcctaataatattttacagatttatggttccagcaa 21936858  T
Q  113 ttaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatag 212  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||| | |    
T  21936857 ttcactcatgcattagagaattgatagatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaagttcagtccaaaattgtgtgttg 21936758  T
Q  213 ttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  21936757 ttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgttaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgact 21936670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 21275702 - 21275979
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  21275702 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 21275801  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  21275802 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 21275900  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21275901 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 21275979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24509103 - 24508914
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  24509103 gaatccccttcataatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacaaatttatgattccaacaatt 24509004  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaatt 204  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24509003 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattttgtacaaaatt 24508914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 21937499 - 21937786
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| || | ||||||||||||| |||||    
T  21937499 gaatcccctttaggatactatgagttccttgttgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcgtaacaatattatacaaatttatggttccagcaatt 21937598  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtg---tata 211  Q
     ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||   | |     
T  21937599 cactcatgcatttgagaattgatggatgttttagaataagagagtgatggaaaattatgttgttaatgt-acaaaattatgtccaaaattgtgtgttgtt 21937697  T
Q  212 gttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  21937698 gttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcgttatatgacccttcacatgagagaaaatacccctttgact 21937786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 20752393 - 20752122
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20752393 gaatccccttcaggatactacgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaatt 20752294  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||             
T  20752293 cactcatgcatcagagaattgatggatgacttatagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctttccaaaactg--------- 20752203  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
         ||||| ||  ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20752202 -----tgtgtcaagttaatgcctaaatgccaagtatttatagtgcattagatgacctttcacatgagagaaaacactcatttgact 20752122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 11183441 - 11183263
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| || |||||    
T  11183441 gaatcccattcaagatattatgagttccttgatgtgtattacacaaccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaggtttatggtttcagcaatt 11183342  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc 193  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  11183341 tactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgagagagaattatgttattattgtaacaaaattc 11183263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 2887419 - 2887596
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  2887419 gaatcctcttcacgatactatgaattccttcacgtgtattgcacaaccacaccaaatatatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaatt 2887518  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
     |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  2887519 cactcatgcattagagagttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaatggaacaaaatt 2887596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 2889141 - 2889318
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  2889141 gaatcctcttcacgatactatgaattccttcacgtgtattgcacaaccacaccaaatatatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaatt 2889240  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
     |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  2889241 cactcatgcattagagagttgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaatggaacaaaatt 2889318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 230 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 24508914 - 24508844
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  24508914 taatgcccaaatgccaaacatttacagtacataatatgacccttctcatgagagaaaacacccctttgact 24508844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 30283716 - 30283444
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  30283716 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttctagcaatt 30283617  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  30283616 cactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaaggatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtttagtt 30283518  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    ||   ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  30283517 gt--gtgttttcaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgactcttcacatgaaagaaaacac 30283444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 42780113 - 42780393
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  42780113 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaatt 42780212  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||   |||    
T  42780213 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgtag-taatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgt---gtt 42780308  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| |||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  42780309 gttg-tgtgtccaactaatgcccaactgtcaatcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacccctttgact 42780393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14917657 - 14917377
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14917657 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 14917558  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| |||||    
T  14917557 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaagttgtgtgtagtt 14917459  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaaca 289  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14917458 gtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaaca 14917377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 17720801 - 17720524
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17720801 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 17720702  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  17720701 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 17720603  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17720602 gtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 17720524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 45120315 - 45120593
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  45120315 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 45120414  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  45120415 cactcatgcattggagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 45120513  T
Q  215 gt----tgttgtgt-ta---aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    ||    | || ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45120514 gtgtggttttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 45120593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 194
Target Start/End: Original strand, 16284365 - 16284546
Alignment:
Q  15 gaatcccctt-catgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaat 113  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||  ||||||||||| || ||||    
T  16284365 gaatcccctttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgtacaaccacaccaagcgtatctcctaatggtattttactgatttatggtttcagcaat 16284464  T
Q  114 taactcatgcattagagaattgattgatga-tttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattct 194  Q
    | |||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  16284465 tcactcatgcattagagagttgatgaatgattttagagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgcaacaaaattct 16284546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Original strand, 716230 - 716463
Alignment:
Q  49 tgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttag 148  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  716230 tgtattgtacaaccacaccaaacgtatctcctaactgtattttacagatttagggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttag 716329  T
Q  149 agtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgt--gttaaactaatgcccaaatgtcaa 246  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | | || |||||         |||| |||  ||  ||||||  || | ||||||||||||||| |||    
T  716330 agtaagagaatgaaggagaattatgttgttaaagaagcaaaattc---------ttgtttatgttttctgttgtcagtcacactaatgcccaaatgccaa 716420  T
Q  247 gcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaaca 289  Q
     |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  716421 acatttatagtgcattatatgacctttcatatgagagaaaaca 716463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 212 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 20892421 - 20892335
Alignment:
Q  212 gttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttga 298  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20892421 gttgttgttctttcaaactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactcttcacacgagagaaaacactcatttga 20892335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 296
Target Start/End: Original strand, 16286003 - 16286037
Alignment:
Q  262 tatatgacccttcacatgagagaaaacactcattt 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16286003 tatatgacccttcacatgagagaaaacacccattt 16286037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 32429558 - 32429277
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32429558 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacaaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaatt 32429459  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||   |||    
T  32429458 cactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatccaacaaaattctgtccaaaattgtgt---gtt 32429362  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| |||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  32429361 gttg-tgtgtccaactaatgcacaaatgccaagcatttatagtgcattatatgactcttcaaatgagagaaaacacccctttgact 32429277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 30020125 - 30019831
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  30020125 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcataaccacaccaaacgtatctcctaacagtatttcacatatttatggttccaacaatt 30020026  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagt- 213  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||     
T  30020025 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgtt 30019926  T
Q  214 -tgttgttgtgtt-------aaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
     ||||||| ||||       ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  30019925 gtgttgttctgttctctgtcaaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgact 30019831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 35095957 - 35096234
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35095957 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 35096056  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  35096057 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 35096155  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35096156 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 35096234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 35090844 - 35091121
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35090844 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 35090943  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  35090944 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaattttgatgaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 35091042  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35091043 gtatggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 35091121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Original strand, 18670776 - 18671050
Alignment:
Q  20 cccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactc 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  18670776 cccttcaggatactatgagttccttca--tgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccaacaagtcactc 18670873  T
Q  120 atgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgt 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||      ||||| |    ||||||     
T  18670874 atgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacataattctggtttctattgtct----ttgttg- 18670968  T
Q  220 tgtgt-taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||  ||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  18670969 tgtgtccaaattaattcccaaatgccaagcatttatagtccattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgact 18671050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 34279763 - 34279497
Alignment:
Q  18 tccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaac 117  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||  |||| ||    
T  34279763 tccccttcaaaatactatgagtttcttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcaggaattcac 34279664  T
Q  118 tcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc-tgtacaaaattgtgtatagttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |     ||||             
T  34279663 tcatgcattagagaattgatggttgatttagagtaagagaacgaggaagaattatgttgttaatgtaacaaaattcatgttc-----tgtg--------- 34279578  T
Q  217 tgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
       ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34279577 ---tgtgtcaaattaatgctcaaatgtcgagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 34279497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 47071337 - 47071514
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  47071337 gaatccccttcatgatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaatcatatctcatatcagtattttacaaatttatggttcaaacaatt 47071436  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
     |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47071437 cactcattcattagagaattgatagataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 47071514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 196
Target Start/End: Original strand, 18737089 - 18737272
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacac--caagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18737089 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacaccaagcgaatcttctaaaagtattttacagatttatggttccagcaa 18737188  T
Q  113 ttaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgt 196  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  18737189 ttcactcatgaattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgt 18737272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 34128511 - 34128244
Alignment:
Q  16 aatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatta 115  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||   |||||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  34128511 aatctccttcaggatactatgagtttcatgaggtgtattgcacaaccacaccaaacatatctcctaaccatattttacagatttatggtttcaacaattc 34128412  T
Q  116 actcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttg 215  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||         |||| | |         
T  34128411 actcatgcattagaaaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgatgttaatgcaacaaaattc---------ttgtttct----- 34128326  T
Q  216 ttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
       | |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34128325 ---tagtgtcaaattaatggccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacattagagaaaacactcatttgact 34128244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 54859428 - 54859172
Alignment:
Q  19 ccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaact 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  54859428 ccccttcatgataatatgagttccttgatgtgtattacacaactacaccaaacgtatctcctaacagtattttacggatttatggttccagcaattcact 54859329  T
Q  119 catgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttg 218  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||                 | || | |    
T  54859328 cgtgcattagagaattgatggatgatttagagcaagagaatgagggagaatcatgttgttaatgtgacaaaattc----------------catttttgg 54859245  T
Q  219 ttgtgt-taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54859244 ttgtgtccaaattaatgcccaaatatcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 54859172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 196
Target Start/End: Original strand, 18716416 - 18716599
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacac--caagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18716416 gaatccccttcaggatactaagagttctttgacgtgtattgcacaaccacacaccaagcgtatcttctaatagtattttacagatttatggttccagcaa 18716515  T
Q  113 ttaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgt 196  Q
    || |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  18716516 ttcactcttgtattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgggggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgt 18716599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 3424975 - 3424704
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  || |    
T  3424975 gaatctcctttaggatactatgagttcattgatgtgtattgcacaaccacaccaaccgtatctcctaacagtattttacagatttatgtttccagtaact 3424876  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggaga-attatgttgttaatgtaac-ataattctgtacaaaattgtgtatag 212  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||    ||| | | |    
T  3424875 cactcatgcattagagaattaatggatgatttagagtaagagaatgagggagatcttatgttgttaaagtaacaaaaattttgttca----tgt-tgttg 3424781  T
Q  213 ttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    || |  ||||  |||| |||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3424780 ttctgtttgt-ctaaattaatgcccaaatatcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 3424704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 80 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 14643940 - 14643729
Alignment:
Q  80 taacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgtta 179  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||     
T  14643940 taacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaattatgttgttg 14643841  T
Q  180 atgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatg 279  Q
    |||||||| |||||| |      || ||||    | ||||| ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  14643840 atgtaacaaaattcttt-----tttctgta----ttttgttatgttaaattaatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatg 14643750  T
Q  280 agagaaaacactcatttgact 300  Q
    | ||||||||| |||||||||    
T  14643749 atagaaaacacccatttgact 14643729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 3415427 - 3415334
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttcca 108  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  3415427 gaatctccttcaggatactatgagttcattgatgtgtattgcacaaccacaccaaccgtatctcctaatagtattttacagatttatggttcca 3415334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 225 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 3409667 - 3409592
Alignment:
Q  225 taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3409667 taaattaatgcccaaatgtcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcctttgact 3409592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 220 - 287
Target Start/End: Original strand, 22118845 - 22118912
Alignment:
Q  220 tgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaa 287  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22118845 tgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaagcatttatagtatattatatgacccttcacatgagagaaaa 22118912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 226 - 280
Target Start/End: Original strand, 47071531 - 47071585
Alignment:
Q  226 aaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatga 280  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47071531 aaattaatgcccaaatgttaaacatttatagtacattatatgacccttcacatga 47071585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 14646543 - 14646483
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtat 75  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  14646543 gaatcccctttaggatactatgagttccttaatgtgtattgcagaaccacaccaagcgtat 14646483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 25618358 - 25618315
Alignment:
Q  226 aaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgac 269  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  25618358 aaactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgac 25618315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 34602119 - 34602060
Alignment:
Q  116 actcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgtt 175  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  34602119 actcatgcataagaaaattgatggatgatttagagtaaaagaatgagggagaattgtgtt 34602060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 261 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 34602061 - 34602022
Alignment:
Q  261 ttatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34602061 ttatatgaccattcacatgagaaaaaacactcatttgact 34602022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25618435 - 25618387
Alignment:
Q  144 tttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  25618435 tttagaataagagaatgagggagaattattttgttaatgcaacaaaatt 25618387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 2022893 - 2023160
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2022893 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccaaaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 2022992  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||   |||    
T  2022993 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgt---gtt 2023089  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2023090 gttg-tgtgtccaactaatgcccatatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 2023160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 9877814 - 9877537
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  9877814 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 9877715  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  9877714 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 9877616  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9877615 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 9877537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 39908887 - 39909164
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  39908887 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 39908986  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  39908987 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 39909085  T
Q  215 g-----ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |     || |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39909086 gtgtgatttttgttttttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 39909164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 9872699 - 9872422
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  9872699 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 9872600  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  9872599 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaattgtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 9872501  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9872500 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 9872422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 39903774 - 39904051
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  39903774 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 39903873  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  39903874 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 39903972  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39903973 gtgtggtttttgttttttcaactaatgccaaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 39904051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13556580 - 13556288
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  13556580 gaatcccctttaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaaccgtattttacatatttatggttccagcaatt 13556481  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||||    
T  13556480 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaacttctgt-ccaaattgtgtgtagtt 13556382  T
Q  215 gt----tgt----tgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||    | |    | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  13556381 gtgtccttttctgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacccatttgact 13556288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 35369166 - 35368885
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  35369166 gaatccccctcaggatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttacaacaatt 35369067  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||| |||| ||||||        ||||||   |||    
T  35369066 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgaggaagaattatgtttttgatgcaacaaaattcttgtttttgttgtgt---gtt 35368970  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368969 gttg-tgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacttttcacatgagagaaaacactcatttgact 35368885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 201
Target Start/End: Original strand, 4555590 - 4555768
Alignment:
Q  23 ttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatg 122  Q
    |||| |||| || |||||| |||| |||||||||| || ||||||||   ||| || ||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  4555590 ttcaagatattacgagttcattgatgtgtattgcaaaatcacaccaaacatatttcttaacattattttacagatttatggtaccaataattcactcatg 4555689  T
Q  123 cattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaa 201  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  4555690 cattagagaattaatggatgatttagagtaatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattgtgtccaaa 4555768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 25184027 - 25184186
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||| ||||||| ||||      ||| | |||||    
T  25184027 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtttattgcacaaccataccaagcgtatctccaaacaatattttacagat------ttctagcaatt 25184120  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaa 180  Q
     ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  25184121 cactaatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaaatatgttgttaa 25184186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 137
Target Start/End: Original strand, 43378366 - 43378488
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  43378366 gaatccccttcaggatattattagttccttgacgtgtattgcacaatcacattaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 43378465  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgat 137  Q
     ||| |||||||| |||||||||    
T  43378466 cactaatgcattaaagaattgat 43378488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 121 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43540928 - 43540857
Alignment:
Q  121 tgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  43540928 tgcattagagaattgatagatgatttagagtaagagaatgatggagaactatgttgttaatgtaacaaaatt 43540857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 230 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 43540834 - 43540766
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  43540834 taatgcccagatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagag--aacactcatttgact 43540766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 290
Target Start/End: Original strand, 4555772 - 4555830
Alignment:
Q  232 atgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  4555772 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactattaacatgagagaaaacac 4555830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14315186 - 14314905
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14315186 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 14315087  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  14315086 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 14314988  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14314987 gtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 14314905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14318890 - 14318609
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14318890 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 14318791  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  14318790 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 14318692  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14318691 gtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 14318609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26987264 - 26986987
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26987264 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26987165  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26987164 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26987066  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26987065 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26986987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 34108158 - 34108437
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  34108158 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 34108257  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| |||||    
T  34108258 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaagttgtgtgtagtt 34108356  T
Q  215 g--------ttgt-tgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |        |||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34108357 gtgtggtttttgtatatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 34108437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26982151 - 26981873
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26982151 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26982052  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26982051 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26981953  T
Q  215 g------ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |      || |||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26981952 gtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26981873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 43957124 - 43956834
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||| || |||||    
T  43957124 gaatccccttcaggattctatgagttctttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtgttttacaaatttatggtttcagcaatt 43957025  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||||||| |||||    
T  43957024 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgcaacaaaattatgt-ccaaattgtgtgtagtt 43956926  T
Q  215 gt-tgt-----tgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    || |||     | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43956925 gtgtgtttttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcactcatttgact 43956834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 10341232 - 10340969
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  10341232 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaactacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatgattccagcaatt 10341133  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |   |||    
T  10341132 cactcatgcattagagaatttatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaattgtat---gtt 10341036  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgaga 282  Q
     ||  | |||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  10341035 -tttatatgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatggtgcattatatgactcttcacatgaga 10340969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 25953434 - 25953159
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| || | ||||||||||| | |||||    
T  25953434 gaatccccttcagggtactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacctagcgtatctcctaacagtattgtacatatttatggttcaagcaatt 25953335  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | |||    
T  25953334 cactcatgcattagacaattgatggatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgtg--ttgtt 25953237  T
Q  215 gttgttgtgt-taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
     ||||| |||  ||| ||||||        ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25953236 attgtt-tgtccaaattaatgc--------caaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaacacccatttgact 25953159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 18608902 - 18608724
Alignment:
Q  16 aatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatta 115  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||    
T  18608902 aatccccttcaggataatatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatcgttccgtcaatta 18608803  T
Q  116 actcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattct 194  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18608802 actcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattct 18608724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 72 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18494394 - 18494174
Alignment:
Q  72 gtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaatta 171  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || |||||||    
T  18494394 gtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaatta 18494295  T
Q  172 tgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt-----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattat 264  Q
    |||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| |||||     ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18494294 tgttgttaatgtaacaaaattctat-ccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattat 18494196  T
Q  265 atgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  18494195 atgactcttcacatgagagaaa 18494174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 158
Target Start/End: Original strand, 18884997 - 18885136
Alignment:
Q  19 ccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaact 118  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  18884997 ccccttcaggatactttaagttccttgatgtgtattgcacaatcacaccaagcatatctcttaacaggattttacagatttatggttccagcaattcact 18885096  T
Q  119 catgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18885097 catgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaa 18885136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 186
Target Start/End: Original strand, 1781868 - 1781939
Alignment:
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaac 186  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  1781868 aactcatgaattagagaattggtggatgattttgagtaagagaatgagggataattatgttgttaatgtaac 1781939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 230 - 300
Target Start/End: Original strand, 1781968 - 1782038
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||| |||  |||||||    
T  1781968 taatgtccaaatgtcaaacatttatagtgcagtatacgacctttcacatgagagaaaatactattttgact 1782038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 18608703 - 18608644
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18608703 taatgcctaaatgccaaacatttgtagtgcattatatgacc-ttcacatgagagaaaacac 18608644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 8464679 - 8464956
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8464679 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 8464778  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  8464779 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 8464877  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8464878 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 8464956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 4049736 - 4050018
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4049736 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 4049835  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  4049836 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 4049934  T
Q  215 g------ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    |      || |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4049935 gtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 4050018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5481763 - 5481486
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5481763 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 5481664  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| |||||    
T  5481663 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaagttgtgtgtagtt 5481565  T
Q  215 g-------ttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |       || || | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5481564 gtgtggtttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 5481486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 6858329 - 6858053
Alignment:
Q  16 aatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatta 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  6858329 aatccccttcaagatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattc 6858230  T
Q  116 actcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttg 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  6858229 actcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagttg 6858131  T
Q  216 t-tg--ttgtgt-ta---aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    | ||  || ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6858130 tgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 6858053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 8458240 - 8458522
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8458240 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 8458339  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  8458340 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 8458438  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgccc-aaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8458439 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 8458522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10673213 - 10672936
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10673213 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 10673114  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  10673113 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 10673015  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10673014 gtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 10672936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 31081782 - 31081505
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31081782 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaatt 31081683  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  31081682 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 31081584  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31081583 gtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttataatgcattatatgactcttcacatgagagaaa 31081505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5458287 - 5458009
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5458287 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 5458188  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| |||||    
T  5458187 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaagttgtgtgtagtt 5458089  T
Q  215 g--------ttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |        || || | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5458088 gtgtggttttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 5458009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 6853227 - 6852950
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6853227 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 6853128  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  6853127 cactcgtgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 6853029  T
Q  215 gt-tg--ttgtgt-ta---aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    || ||  || ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6853028 gtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 6852950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10591570 - 10591293
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10591570 gaatccccttcaggatactatgagttcattgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 10591471  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  10591470 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 10591372  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10591371 gtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 10591293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 31076677 - 31076400
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  31076677 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 31076578  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  31076577 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 31076479  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31076478 gtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttataatgcattatatgactcttcacatgagagaaa 31076400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 1302520 - 1302242
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  1302520 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 1302421  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||    
T  1302420 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgt-ccaaattgtgtgtagtt 1302322  T
Q  215 g------ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |      || |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1302321 gtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 1302242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 33702875 - 33702597
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  33702875 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacatatttatggttccagcaatt 33702776  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  33702775 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 33702677  T
Q  215 g------ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |      || |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33702676 gtgtggttttttgtctattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 33702597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 10678328 - 10678049
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10678328 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 10678229  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  10678228 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 10678130  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattata--tgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||| |||||    
T  10678129 gtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgtgactcttcacatgaaagaaa 10678049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 49784423 - 49784706
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatac--tatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaa 112  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||    
T  49784423 gaatccccttcaagatacactatgagttctttgacgtgtattgcacaaccataccaaacatatctcctaacaatattttccagatttatggttccagcaa 49784522  T
Q  113 ttaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatag 212  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||   |    
T  49784523 ttcactcatgaattagagaattgatagatgatttaaagtaaaagaatgagggggaattatgttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaattgtgt---g 49784619  T
Q  213 ttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49784620 ttgttg-tatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacactcatttgact 49784706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 4054870 - 4055148
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4054870 gaatccccttcaggatactatgagttccttaacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 4054969  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| |||||    
T  4054970 cactcatgcattaaagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctat-ccaaattgtgtgtagtt 4055068  T
Q  215 g------ttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |      || |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4055069 gtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 4055148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 286
Target Start/End: Original strand, 33703236 - 33703506
Alignment:
Q  23 ttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatg 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33703236 ttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatg 33703335  T
Q  123 cattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttg------t 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||      |    
T  33703336 cattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattatgt-ccaaattgtgtgtagttgtgtggtt 33703434  T
Q  217 tgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    | |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33703435 ttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 33703506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 187
Target Start/End: Original strand, 20890989 - 20891160
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20890989 gaatccccttca-gatactatgagttccttgatgtgtattacacaatcacacaaagcgtatctcttaacagtattttatagatttatggttccagcaatt 20891087  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaaca 187  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  20891088 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagcgaatgagggagaattatgttgtttatgtaaca 20891160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 29827358 - 29827623
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||     || |||||    
T  29827358 gaatccccttcaagatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagggtatctcctaacagtattttacagatttat-----cagcaatt 29827452  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||| |||||         |||| ||| |||    
T  29827453 cactcatgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattaggttattaatgcaacaaaattc---------ttgtttat-gtt 29827542  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
        || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  29827543 ----ttttgtcaaactaatgcccaaatgccaagcatttataatgcattatatga-ctttcacatgatagaaaacacccctttgact 29827623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 82 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10585066 - 10584852
Alignment:
Q  82 acagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaat 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  10585066 acagtattttacagatttatggttctagctattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaat 10584967  T
Q  182 gtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt-----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttc 274  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||| |||||     ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10584966 gtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 10584868  T
Q  275 acatgagagaaaacac 290  Q
    ||||||||||||||||    
T  10584867 acatgagagaaaacac 10584852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 3187728 - 3187551
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  3187728 gaatccccttaaggatac-atgagtttcttgatgtgtattgcacaattacacaaagtgtatctcttaacaatattttacagatttatggttcgagcaatt 3187630  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc 193  Q
     |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3187629 cactcatgcattaaagaattgatagatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtcacaaaattc 3187551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 18024416 - 18024246
Alignment:
Q  21 ccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactca 120  Q
    |||||| |||||||||||||  || | ||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||    
T  18024416 ccttcaggatactatgagtttttt-atgtgtattgcacaatcacaccaagcgtatctgttaacaatattttacagatttattgttctaacaattcattca 18024318  T
Q  121 tgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 192  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18024317 tgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 18024246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 10586457 - 10586384
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtat 88  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  10586457 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacgccaagcgtatctcctaacagtat 10586384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 236 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 18024228 - 18024174
Alignment:
Q  236 ccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18024228 ccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 18024174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 235 - 290
Target Start/End: Original strand, 20891182 - 20891237
Alignment:
Q  235 cccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20891182 cccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 20891237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 28574226 - 28574507
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  28574226 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 28574325  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  28574326 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 28574424  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28574425 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 28574507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 28598238 - 28598519
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  28598238 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 28598337  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  28598338 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 28598436  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28598437 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 28598519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10186845 - 10186565
Alignment:
Q  28 gatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataaca----gtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||     ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10186845 gatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacaatatttattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 10186746  T
Q  124 attagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtg-tatagttgttgt--t 220  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | |  ||||| |  |    
T  10186745 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgttgttattgttcttct 10186646  T
Q  221 gtgtt-aaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  10186645 gtgttcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgact 10186565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 43358680 - 43358963
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactat--gagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaa 112  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| |||    
T  43358680 gaatccccttcagaatactatatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacatatctcctaacaattttttacagatttatggttccagcaa 43358779  T
Q  113 ttaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatag 212  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||   |    
T  43358780 ttcactcatgcattagagaattgatggataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattcagtccaaaattgtgt---g 43358876  T
Q  213 ttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| | |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43358877 ttgtag-tgtgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattataggactcttcacatgagagaaagcactcatttgact 43358963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 29 - 286
Target Start/End: Original strand, 3468010 - 3468274
Alignment:
Q  29 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattag 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  3468010 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 3468109  T
Q  129 agaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttg------ttgttg- 221  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||      || |||     
T  3468110 agaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgt 3468208  T
Q  222 -tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
     | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3468209 atcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 3468274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 44524294 - 44524015
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  44524294 gaatccccttcggaatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccaca---agcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 44524198  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| | |||||||||   |||    
T  44524197 cactcatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgcaacaatattctgttc-aaattgtgt---gtt 44524102  T
Q  215 gttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcac--atgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||    
T  44524101 gttgttgt-tcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgacccttcacatatgagggaaaacacccatttgact 44524015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 216
Target Start/End: Original strand, 3465402 - 3465602
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  3465402 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 3465501  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  3465502 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 3465600  T
Q  215 gt 216  Q
    ||    
T  3465601 gt 3465602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 300
Target Start/End: Original strand, 19310771 - 19311033
Alignment:
Q  33 tatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaa 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  19310771 tatgagttccttgacgtgtattgcacaaccgcaccaagcatatctcctaatagtgttttacagatttatggttccagcaattcattcatgcattagagaa 19310870  T
Q  133 ttgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgtgttaaactaa 232  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||| |     |||| | |||||| ||| |||    
T  19310871 ttgatggatgatttatagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgtaacaaaactctgtccaaaattat-----gttgcttttgtgtcaaattaa 19310965  T
Q  233 tgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  19310966 tgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattacatgacccttcacatgagagaaagcacccctttgact 19311033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 208
Target Start/End: Original strand, 13654264 - 13654459
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  13654264 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaatt 13654363  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgattt--agagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgt 208  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  13654364 cactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaaattgtgt 13654459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 194
Target Start/End: Original strand, 1187757 - 1187935
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  1187757 gaatctccttcatgatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttctaccaatt 1187856  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattct 194  Q
     |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  1187857 cactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatga-ggagatttatgttgttaatgtaacaaaattct 1187935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 54 - 195
Target Start/End: Original strand, 35626140 - 35626281
Alignment:
Q  54 tgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaa 153  Q
    |||||||||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35626140 tgcacaaccacatcgaacgtatctcctaatagtattttatagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaa 35626239  T
Q  154 gagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctg 195  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35626240 gagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctg 35626281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 161
Target Start/End: Original strand, 16051135 - 16051281
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  16051135 gaatacccttcaagatactatgagttccttgatgtgtattgcacagccacaccaagcgtatttcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaatt 16051234  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatga 161  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  16051235 cactcatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaagaaaatga 16051281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 97 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 21431865 - 21431680
Alignment:
Q  97 tttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc-tg 195  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||    
T  21431865 tttatggttccatcaattcactgatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattcttg 21431766  T
Q  196 tacaaaattgtgtatagttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    | |    |||| |   ||||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21431765 ttc----ttgttttctgttgtt-ctctgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaa 21431680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 84 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 17414742 - 17414633
Alignment:
Q  84 agtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgt 183  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17414742 agtattttccagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgt 17414643  T
Q  184 aacataattc 193  Q
    |||| |||||    
T  17414642 aacaaaattc 17414633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 48366326 - 48366213
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  48366326 gaatccccttgaggatactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctccaaacaatattttacagatttatggttccagcaatt 48366227  T
Q  115 aactcatgcattag 128  Q
     ||| |||||||||    
T  48366226 cactaatgcattag 48366213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 128
Target Start/End: Original strand, 29681532 - 29681632
Alignment:
Q  28 gatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcatta 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  29681532 gatactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcatta 29681631  T
Q  128 g 128  Q
    |    
T  29681632 g 29681632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 230 - 300
Target Start/End: Original strand, 16051335 - 16051405
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||    
T  16051335 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgagtgaaaacacccttttgact 16051405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 17414620 - 17414555
Alignment:
Q  232 atgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttg 297  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17414620 atgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaccacccatttg 17414555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 3701558 - 3701492
Alignment:
Q  224 ttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  3701558 ttaaactcaggcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatgtgactcttcacatgagagaaaacac 3701492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 225 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 35653312 - 35653239
Alignment:
Q  225 taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttga 298  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35653312 taaattaatgcccaaatgtcaagtgtttataaggctatatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttga 35653239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 300
Target Start/End: Original strand, 13654473 - 13654529
Alignment:
Q  244 caagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13654473 caagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgact 13654529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 3696578 - 3696403
Alignment:
Q  16 aatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatta 115  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||| |||| |  ||||| |||| |||  ||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||| |||||     
T  3696578 aatctccttcaagatactatgaattccttgatgtgttt--cacaatcacagcaaaagtatctcttaaccgtattttacaaatt-atggttccatcaattc 3696482  T
Q  116 actcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaa-tgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc 193  Q
    | |||| |   ||||||||||| ||||||||| || | ||||| ||   ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  3696481 attcattctgcagagaattgatggatgatttatagaatgagaaatggaagagaattgtgttgttaatgtaacaaaattc 3696403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 300
Target Start/End: Original strand, 1187947 - 1188031
Alignment:
Q  216 ttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||  |  |||||||||| || |||||||||| |||||| | |||||||    
T  1187947 ttgttgtgtcaaattaatgcccaaatggcaagcacttattatggattatatgactctacacatgagagtaaacacccctttgact 1188031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 286
Target Start/End: Original strand, 10185832 - 10185874
Alignment:
Q  244 caagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  10185832 caagcatttatagtgcattatatgaccattcatatgagagaaa 10185874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 2294 - 2013
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2294 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 2195  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| | || |||||| |||||    
T  2194 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaataaaattctgt-ccaagttgtgtgtagtt 2096  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2095 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacac 2013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 12856718 - 12856995
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  12856718 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 12856817  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  12856818 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 12856916  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12856917 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 12856995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 26050950 - 26051227
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26050950 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26051049  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26051050 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26051148  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26051149 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26051227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 26056063 - 26056340
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26056063 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26056162  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26056163 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26056261  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26056262 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26056340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 26060309 - 26060586
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26060309 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26060408  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26060409 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26060507  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26060508 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26060586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 26065422 - 26065699
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26065422 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 26065521  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  26065522 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 26065620  T
Q  215 -----gttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
         ||| |||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26065621 gtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 26065699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 12851603 - 12851882
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  12851603 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 12851702  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| |||||    
T  12851703 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgt-ccaaattgtgtgtagtt 12851801  T
Q  215 g--------ttgt-tgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaa 286  Q
    |        |||| | | || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12851802 gtatggtttttgtatatcttcaactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 12851882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 216
Target Start/End: Original strand, 14610293 - 14610493
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14610293 gaatccccttcaggatactatgagtttcttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaatt 14610392  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagtt 214  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  14610393 cactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagtt 14610491  T
Q  215 gt 216  Q
    ||    
T  14610492 gt 14610493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 11 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 4181660 - 4181397
Alignment:
Q  11 cagagaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||  | |||||||||| | |    
T  4181660 cagagaatccccttcatgatactatgagttccttgacatgtattgcacaaccacatcaagcgtatctactaacagtattttacgggtttatggttcgagc 4181561  T
Q  111 aattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgtat 210  Q
    || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||            || |    
T  4181560 aa-tcactcatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattct-----------cgttt 4181473  T
Q  211 agttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacac 290  Q
    |  ||    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4181472 atgtg----tgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactcttcatatgagagaaaacac 4181397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 11056554 - 11056720
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11056554 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtgttgcacaatcacaccaaacgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccaacaatt 11056653  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaat 181  Q
     |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11056654 cactcatgcattaaagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgataaagaattatgttgttaat 11056720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 37460116 - 37459938
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| || |||||    
T  37460116 gaatccacttcatgatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacatcaagcgtatctcttaacaatattttacagatatatggtttcagcaatt 37460017  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattc 193  Q
      || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37460016 cgctaatgcatcagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgtgggagaattatgttgttcatgtaacataattc 37459938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 15 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 35352566 - 35352422
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35352566 gaatcctcttcaggatactatgagttccatgatgtgtattgcacaaccacatcaagagtaactcctaacagtattttatagatttatggttccagcaatt 35352467  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaat 159  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  35352466 cactcatgcattagagaattgatggatggtttatagtaagagaat 35352422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 84 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 5440494 - 5440284
Alignment:
Q  84 agtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgt 183  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5440494 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5440395  T
Q  184 aa-cataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgtgt---taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatg 279  Q
    ||  | |||||         |||| | | |||||| ||||||    ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5440394 aataaaaattc---------ttgt-tcttgttgtttttgtgtgtccaaattaaagcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatg 5440305  T
Q  280 agagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  5440304 agagaaaacacccatttgact 5440284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 84 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 5449504 - 5449294
Alignment:
Q  84 agtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgt 183  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5449504 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5449405  T
Q  184 aa-cataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgtgt---taaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatg 279  Q
    ||  | |||||         |||| | | |||||| ||||||    ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5449404 aataaaaattc---------ttgt-tcttgttgtttttgtgtgtccaaattaaagcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatg 5449315  T
Q  280 agagaaaacactcatttgact 300  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  5449314 agagaaaacacccatttgact 5449294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 5436805 - 5436692
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  5436805 gaattcccttgaggatactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttcaagcaatt 5436706  T
Q  115 aactcatgcattag 128  Q
     ||| |||||||||    
T  5436705 cactaatgcattag 5436692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 37459917 - 37459849
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttga 298  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  37459917 taatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgtccattcacatgagagaaaacacgcatttga 37459849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 230 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 35352375 - 35352317
Alignment:
Q  230 taatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttc-acatgagagaaaa 287  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  35352375 taatgcccaaatgtcaagcatatatggtgcattatatgacccttcaaaatgagagaaaa 35352317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 208
Target Start/End: Original strand, 144025 - 144220
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtatctcataacagtattttatagatttatggttccaacaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  144025 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaatt 144124  T
Q  115 aactcatgcattagagaattgattgatgattt--agagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataattctgtacaaaattgtgt 208  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  144125 cactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaaattgtgt 144220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 300
Target Start/End: Original strand, 144234 - 144290
Alignment:
Q  244 caagcatttatagttcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgact 300  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  144234 caagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgact 144290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 80 - 300
Target Start/End: Original strand, 173352 - 173563
Alignment:
Q  80 taacagtattttatagatttatggttccaacaattaactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgtta 179  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||     
T  173352 taacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaattatgttgttg 173451  T
Q  180 atgtaacataattctgtacaaaattgtgtatagttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagttcattatatgacccttcacatg 279  Q
    |||||||| |||||| |      || ||||    | ||||| ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  173452 atgtaacaaaattcttt-----tttctgta----ttttgttatgttaaattaatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatg 173542  T
Q  280 agagaaaacactcatttgact 300  Q
    | ||||||||| |||||||||    
T  173543 atagaaaacacccatttgact 173563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 75
Target Start/End: Original strand, 170747 - 170807
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagtgtat 75  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  170747 gaatcccctttaggatactatgagttccttaatgtgtattgcagaaccacaccaagcgtat 170807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 49
Target Start/End: Original strand, 16536 - 16570
Alignment:
Q  15 gaatccccttcatgatactatgagttccttgacgt 49  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16536 gaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 16570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University