View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17829_low_1 (Length: 710)

Name: NF17829_low_1
Description: NF17829
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17829_low_1
NF17829_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-692)||(32603882-32604563)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (10-692)||(21023215-21023896)
chr2 (241-546)||(7229838-7230143)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (162-692)||(24955934-24956460)
chr8 (323-690)||(18176653-18177019)
chr8 (242-679)||(44505930-44506364)
chr8 (241-537)||(29563956-29564252)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (242-679)||(9787839-9788273)
chr3 (242-679)||(3589522-3589956)
chr3 (541-690)||(19607495-19607643)
chr3 (252-537)||(4577043-4577326)
chr3 (162-332)||(19607658-19607828)
chr3 (43-127)||(41647521-41647601)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (241-537)||(176333-176629)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (241-537)||(14640663-14640959)
chr4 (242-679)||(10012708-10013138)
chr4 (242-679)||(10019849-10020279)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (301-448)||(6790073-6790220)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (252-350)||(131001-131099)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 692
Target Start/End: Original strand, 32603882 - 32604563
Alignment:
Q  10 attattctaatggatttagttggctgtcaggtcctagtttcatcaatagcatattgaattttgtgtgaagtatattggtttcaaattctatcggaaatcg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32603882 attattctaatggatttagttggctgtcaggtcctagtttcatcaatagcatattgaattttgtgtgaagtatattggtttcaaattctatcggaaatcg 32603981  T
Q  110 tcaatattttgaaatagattgatcataattatttataactttattaaggtttattgcagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32603982 tcaatattttgaaatagattgatcataattatttataactttattaaggtttattgcagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaat 32604081  T
Q  210 tcagtaaaagcaacttggaaagttccatcggataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgctttta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32604082 tcagtaaaagcaacttggaaagttccatcggataccaaaattttacttgacttatgtatggttgagatccgtaaatatggaaagccaggtcttgctttta 32604181  T
Q  310 ggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaag 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32604182 ggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaag 32604281  T
Q  410 tgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgct 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32604282 tgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgct 32604381  T
Q  510 aagataagggtgagtattataaatatttaacttttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  32604382 aagataagggtgagtattataaatatttaacttttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttttcttgtta-ttggttatg 32604480  T
Q  610 caggagaatgtaaaatatttaaaatttcgctatcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatatatggggatgcagt 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32604481 caggagaatgtaaaatatttaaaatttcgttatcaaggtttggagtttcttgatgaattggaattcatatatagggatgcagt 32604563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 21023896 - 21023215
Alignment:
Q  10 attattctaatggatttagttggctgtcaggtcctagtttcatcaatagcatattgaattttgtgtgaagtatattggtttcaaattctatcggaaatcg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21023896 attattctaatggatttagttggctgtcagggcctagtttcatcaatagcatattgaattttgtgtgaagtatattggtttcaaattctatcggaaatcg 21023797  T
Q  110 tcaatattttgaaatagattgatcataattatttataactttattaaggtttattgcagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaat 209  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21023796 tcaattttttgaaatagattgatcataattatttataactttattaaggtttattgaagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaat 21023697  T
Q  210 tcagtaaaagcaacttggaaagttccatcggataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgctttta 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21023696 tcagtaaaagcaacttggaaagtttcatcggataccaaaattttacttgacttatgtatggttgagatccataaatgtgaaaagccaggtcttgctttta 21023597  T
Q  310 ggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaag 409  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21023596 ggaataggagatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcaattgaaaaatagaatggatattttgagaag 21023497  T
Q  410 tgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgct 509  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  21023496 tgattggacgacatagaaacagttaattggtaaagaaacatgtttaggatggaattctcagataggaaatattgatgctgatgtttcatcgtgggatgct 21023397  T
Q  510 aagataagggtgagtattataaatatttaacttttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatg 609  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  21023396 aagataaggctgagtattataaatatttaatttttattctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttttcttgtta-ttggttatg 21023298  T
Q  610 caggagaatgtaaaatatttaaaatttcgctatcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatatatggggatgcagt 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21023297 caggagaatgtaaaatatttaaaatttcgttatcaaggtttggagtttcttgatgaattggaattcatatatagggatgcagt 21023215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 241 - 546
Target Start/End: Original strand, 7229838 - 7230143
Alignment:
Q  241 ataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaaga 340  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||| || ||  |  ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  7229838 ataccaaagtattacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatgtgggaaaccgagaattgcttttaagaataagaaatgggaagaaatacgtgacga 7229937  T
Q  341 attcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggt 440  Q
    ||||||||||  ||||  |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7229938 attcaataaaaatgctagtaaaaactatactaaaaaacaattgaaaaatagaatggataatttgagaacatattggactacctggaaacaattaattggt 7230037  T
Q  441 aaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaac 540  Q
    ||||||| |||  | ||||||||| |  | ||||||||||||||||||||| || | |||||||| || || || | |||||||||||| ||||||| |     
T  7230038 aaagaaatagggctaggatggaataccgaaataggaaatattgatgctgatcctgcttggtgggacgcaaaaattaaggtgagtattatgaatattttaa 7230137  T
Q  541 ttttat 546  Q
    ||||||    
T  7230138 ttttat 7230143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 162 - 692
Target Start/End: Original strand, 24955934 - 24956460
Alignment:
Q  162 attgcagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaattcagtaaaagcaacttggaaagttccatcggataccaaaattttacttgaca 261  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  24955934 attgcagctatggctact---gaaattcctccatgtaaaactgaaaatttagtaaaagcaacatggaaaatttcatcggataccaaaatgttacttgaca 24956030  T
Q  262 tatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataa 361  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24956031 tttgtatgagtgagatccgtaaatgtggaaaacccggtattgcttttaagaataagaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataa 24956130  T
Q  362 aaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatgg 461  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24956131 aaactataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggaaactttgagaactgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatgg 24956230  T
Q  462 aatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaacttttatcctgtgaaaattgaa 561  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||||    
T  24956231 aatcaccagataggaaatattgatgttgatgcttcatggtgggatgctaagataagagtgagtgttacaaatattgattttttatcccgtgaaaattgaa 24956330  T
Q  562 tagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgctatcaaggtttggagtttcgtg 661  Q
    ||  ||||||| ||||   | || ||| | |||||||| || |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  24956331 taagagaatttggtttgtctgaacattatttcttgtta-ttcgttatgcaggggaatgtaaaatatgcaaaatttcgctatcaaggtttagaatttcgtg 24956429  T
Q  662 atgaattggaattcatatatggggatgcagt 692  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  24956430 atgaactggaattcatatttggggatgcagt 24956460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 323 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 18177019 - 18176653
Alignment:
Q  323 ggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgaca 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18177019 ggaggatatacgtgaagaattcaataaacgtgccgataaaaactataaccagaagtagttgaaaaatagaatggaaactttgagaactgattggacgaca 18176920  T
Q  423 tggaaacaattaattggtaaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtga 522  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||    
T  18176919 tggaaacaattaatcggtaaagaaacaggtttgagatggaatcaccagataggaaatattgatgttgatgcttcatggtaggatgctaagataagactga 18176820  T
Q  523 gtattataaatatttaacttttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaa 622  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||   | |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  18176819 gtattataaatattgaatttttatccagtgaaaattgaataagataatttggtttgtctgaatattatttcttgtta-ttggttatgcaggagaatgtca 18176721  T
Q  623 aatatttaaaatttcgctatcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatatatggggatgca 690  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| || || |||||| ||| ||||||    
T  18176720 aatatgcaaaatttcgctatcaaggtttagaatttcatgatgaactgaaaatcatatttggagatgca 18176653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 242 - 679
Target Start/End: Original strand, 44505930 - 44506364
Alignment:
Q  242 taccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaa 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| | |||  |||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| ||     
T  44505930 taccaaaatgttacttgacatttgtatggttgagattcataaatgcggaaaactaggaattgcttttagaaataaaaaatgggaagaaatacgtgacgag 44506029  T
Q  342 ttcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggta 441  Q
    | ||| || |||||| ||||||| ||||  ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||||| | || |    
T  44506030 tacaacaagcgtgctaataaaaactatactcaaaagcagctgaagaataggatggacactttaagaggtgagtggactatatggaaacaattactaggaa 44506129  T
Q  442 aagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaact 541  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| |    
T  44506130 aagaaactggtttaggatggaatcatcatataggaaatattgatgctgattctgcttggtgggatgctaagataagggttagtactatgaa-ctttaatt 44506228  T
Q  542 tttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgcta 641  Q
    ||||| |  || ||| | ||||| ||||||| | |  | ||||| || ||| || ||| |||||||  || |||||||| ||||||   |||||||| |     
T  44506229 tttattcattg-aaagtaaataggagaatttagatagcctaaattttatctattttta-ttggttacacatgagaatgtgaaatatgcgaaatttcgatt 44506326  T
Q  642 tcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatat 679  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  44506327 tcaaggtttggaattttgtgatgaattggaattcatat 44506364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 241 - 537
Target Start/End: Original strand, 29563956 - 29564252
Alignment:
Q  241 ataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaaga 340  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||| ||| || ||     ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  29563956 ataccaaagtattacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatatgggaaaccgaaaattgcttttaagaataagaaatgggaagaaatacgtgacga 29564055  T
Q  341 attcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggt 440  Q
    ||||||||||  ||||  |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  29564056 attcaataaaaatgctagtaaaaactatactaaaaaacaattgaaaaatagaatggataatttgagaacggattggactaactggaaacaattaattggt 29564155  T
Q  441 aaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatattt 537  Q
    |||||||||||  | ||||||||| |  | |||||||||||||||| |||| || | |||||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||    
T  29564156 aaagaaacagggataggatggaataccgaaataggaaatattgatgatgatcctgcttggtgggaggctaaaattaaggtgagtattatgaatattt 29564252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 242 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 9788273 - 9787839
Alignment:
Q  242 taccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaa 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| ||     
T  9788273 taccaaaatgttacttgacatttgtatggttgagattcgtaaatgcggaaaaccaggtattgcttttagaaataaaaaatgggaagaaatacgtgacgag 9788174  T
Q  342 ttcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggta 441  Q
    | ||| || |||||| ||||||| ||||  ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||||| | || |    
T  9788173 tacaacaagcgtgctaataaaaactatactcaaaaacagctgaagaataggatggacactttaagaggtgagtggactatatggaaacaattactaggaa 9788074  T
Q  442 aagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaact 541  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||  ||||| |    
T  9788073 aagaaactggtttaggatggaatcatcagataggaaatattgatgctgattctgcttggtgggatgctaagataagggttagtactacgaa-ctttaaat 9787975  T
Q  542 tttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgcta 641  Q
    ||||| |  |||||| | ||||| ||||||| | |  | ||||| || | | || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||||| |     
T  9787974 tttattcattgaaaa-taaataggagaatttagatagcctaaattttatttattttta-ttggttacacaggagaatgtgaaatatgcaaaatttcgatt 9787877  T
Q  642 tcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatat 679  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9787876 tcaaggtttggaatttcgtgatgaattggaattcatat 9787839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 242 - 679
Target Start/End: Original strand, 3589522 - 3589956
Alignment:
Q  242 taccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaa 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  ||| |||||| ||||  |||||||| ||||||||||| ||     
T  3589522 taccaaaatgttacttgacatttgtatggttgagattcgtaaatgcggaaaaccaggaattggttttagaaataaaaaatgggaagaaatacgtgatgag 3589621  T
Q  342 ttcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggta 441  Q
    | ||| || |||||| ||||||  ||||  ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||||| | ||||    
T  3589622 tacaacaagcgtgctaataaaatctatactcaaaagcagctgaagaataggatggacactttaagaggtgagtggactatatggaaacaattactaggta 3589721  T
Q  442 aagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaact 541  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| |    
T  3589722 aagaaactggtttaggatggaatcatcagataggaaatattgatgttgattctgcttggtgggatgctaagataagggttagtactatgaa-ctttaatt 3589820  T
Q  542 tttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgcta 641  Q
    ||||| |  || ||| | | ||| ||||||| | |  | ||||| || |||  | ||| |||||||  ||||||||||| ||||||   |||||||| |     
T  3589821 tttattcattg-aaagtaagtaggagaatttagatagcctaaattttatctaatttta-ttggttacacaggagaatgtgaaatatgcgaaatttcgatt 3589918  T
Q  642 tcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatat 679  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  3589919 tcaaggtttgaaatttcgagatgaattggaattcatat 3589956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 541 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 19607643 - 19607495
Alignment:
Q  541 ttttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgct 640  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  19607643 ttttatcccgtgaaaattgaatagaagaatttggttttcctaaatattatctctcgttatt-ggttatgcacgagaatgtaaaatattcaaaatttcgtt 19607545  T
Q  641 atcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatatatggggatgca 690  Q
     |||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  19607544 ttcaaggattagaatttcgtgatgaattagaattcatgtatgggaatgca 19607495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 252 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 4577326 - 4577043
Alignment:
Q  252 ttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaac 351  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| || || ||  |  ||| ||||| ||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||     
T  4577326 ttacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatgcgggaaaccgagaattgtttttaagaataagaaatgggaagagatacgtgatgaattcaataaaa 4577227  T
Q  352 gtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaacagg 451  Q
     ||||  |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||||||||  || |||||| ||| ||     
T  4577226 atgctagtaaaaactatactaaaaaacaattgaaaaatagaatggataatttgagaacggattggactacctggaaacaat--atgggtaaaaaaatagt 4577129  T
Q  452 tttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatattt 537  Q
     || ||||||||||   | |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  4577128 gttaggatggaatcacgaaataggaaatattgatgttgatccttcctggtgggaggctaaaattacagtgagtattataaatattt 4577043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 162 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 19607828 - 19607658
Alignment:
Q  162 attgcagctatggctactaaagaaatcccttcaggtaaaaatgaaaattcagtaaaagcaacttggaaagttccatcggataccaaaattttacttgaca 261  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| |||||||| |||||| |||   |||||| || |||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  19607828 attgcagctatgactactaaagaaatccttccatgtaaaactgaaaatttagtaaatgcatagtggaaaatttcatcggataccaaaatgttatttgtca 19607729  T
Q  262 tatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaata 332  Q
    | | ||||  |||||||||||| ||||||||||| | | || |||||| ||||| ||||| |||| |||||    
T  19607728 tttatatgagtgagatccgtaattgtggaaagcccgatattacttttaagaataagaaattggagaaaata 19607658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 41647601 - 41647521
Alignment:
Q  43 ctagtttcatcaatagcatattgaattttgtgtgaagtatattggtttcaaattctatcggaaatcgtcaatat-tttgaaataga 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||   ||||||||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  41647601 ctagtttcatcaatagtatattgaattttgtgtgtag--tattggttt---attctatcgaaaattgtcaatttctttgaaataga 41647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 241 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 176629 - 176333
Alignment:
Q  241 ataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaaga 340  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||| || || ||  ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  176629 ataccaaagtattacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatgtgggaaaccgggaattgcttttaagaataagaaatgggaagaaatacgtgacga 176530  T
Q  341 attcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggt 440  Q
    ||||||||||  ||||  |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||    
T  176529 attcaataaaaatgctagtaaaaactatactaaaaaacaattgaaaaatagaatggataatttgagaacggattggactacctggaaacaattaataggt 176430  T
Q  441 aaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatattt 537  Q
    |||||||||||  | ||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||| || | |||||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||    
T  176429 aaagaaacagggctaggatggaataccgaaataggaaatgttgatgctgatcctgcttggtgggaggctaaaattaaggtgagtattatgaatattt 176333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 241 - 537
Target Start/End: Original strand, 14640663 - 14640959
Alignment:
Q  241 ataccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaaga 340  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||| || || ||  ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  14640663 ataccaaagtattacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatgtgggaaaccgggaattgcttttaagaataagaaatgggaagaaatacgtgacga 14640762  T
Q  341 attcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggt 440  Q
    ||||||||||  ||||  |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||    
T  14640763 attcaataaaaatgctagtaaaaactatactaaaaaacaattgaaaaatagaatggataatttgagaacggattggactacctggaaacaattaataggt 14640862  T
Q  441 aaagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatattt 537  Q
    |||||||||||  | ||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||| || | |||||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||    
T  14640863 aaagaaacagggctaggatggaataccgaaataggaaatgttgatgctgatcctgcttggtgggaggctaaaattaaggtgagtattatgaatattt 14640959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 242 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 10013138 - 10012708
Alignment:
Q  242 taccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaa 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||  |||||||||| ||||  |||||||| |||||| | || ||     
T  10013138 taccaaaatgttacttgacatttgtatggttgagattcgtatatgcggaaaaccaggaattgcttttagaaataa-aaatgggatgaaatatgcgacgag 10013040  T
Q  342 ttcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggta 441  Q
    | ||| || ||| || ||||||| ||||  |||||||||   || ||||| ||||| ||||| ||| ||||  |||| | ||||||||||||| | ||||    
T  10013039 tacaacaagcgttctaataaaaactatactcaaaagcag---aagaataggatggacactttaagaggtgagcggactatatggaaacaattactaggta 10012943  T
Q  442 aagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaact 541  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || | ||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| ||  ||||| |    
T  10012942 aagaaactggtttaggatggaatcatcagataggaaatattgatgttgattctgcttggtgcgatgataagataagggttggtactatgaa-ctttaatt 10012844  T
Q  542 tttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgcta 641  Q
    ||||| |  || ||| | ||||| ||||||| | |  | ||||| || ||| || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||   |||||||| |     
T  10012843 tttattcattg-aaagtaaataggagaatttagatagcctaaattttatctattttta-ttggttacacaggagaatgtgaaatatgagaaatttcgatt 10012746  T
Q  642 tcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatat 679  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  10012745 tcaaggtttgaaatttcgtgatgaattgaaattcatat 10012708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 242 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 10020279 - 10019849
Alignment:
Q  242 taccaaaattttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaa 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||  |||||||||| ||||  |||||||| |||||| | || ||     
T  10020279 taccaaaatgttacttgacatttgtatggttgagattcgtatatgcggaaaaccaggaattgcttttagaaataa-aaatgggatgaaatatgcgacgag 10020181  T
Q  342 ttcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatactttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggta 441  Q
    | ||| || ||| || ||||||| ||||  |||||||||   || ||||| ||||| ||||| ||| ||||  |||| | ||||||||||||| | ||||    
T  10020180 tacaacaagcgttctaataaaaactatactcaaaagcag---aagaataggatggacactttaagaggtgagcggactatatggaaacaattactaggta 10020084  T
Q  442 aagaaacaggtttgggatggaatcctcagataggaaatattgatgctgatgcttcatggtgggatgctaagataagggtgagtattataaatatttaact 541  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || | ||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| ||  ||||| |    
T  10020083 aagaaactggtttaggatggaatcatcagataggaaatattgatgttgattctgcttggtgcgatgataagataagggttggtactatgaa-ctttaatt 10019985  T
Q  542 tttatcctgtgaaaattgaatagtagaatttcgttttcataaatattttctcttgttatttggttatgcaggagaatgtaaaatatttaaaatttcgcta 641  Q
    ||||| |  || ||| | ||||| ||||||| | |  | ||||| || ||| || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||   |||||||| |     
T  10019984 tttattcattg-aaagtaaataggagaatttagatagcctaaattttatctattttta-ttggttacacaggagaatgtgaaatatgagaaatttcgatt 10019887  T
Q  642 tcaaggtttggagtttcgtgatgaattggaattcatat 679  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  10019886 tcaaggtttgaaatttcgtgatgaattgaaattcatat 10019849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 301 - 448
Target Start/End: Original strand, 6790073 - 6790220
Alignment:
Q  301 ttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaacgtgctgataaaaattataaccaaaagcagttgaaaaatagaatggatac 400  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || || |||||| | | |||  |||  |||||||| ||||| |||||||||||||     
T  6790073 ttgcatttaagaataagaaatgggaagaaatacgggtagaatttaacaaccgtgctaaaagaaaccatacacaaaagcaattgaagaatagaatggatag 6790172  T
Q  401 tttgagaagtgattggacgacatggaaacaattaattggtaaagaaac 448  Q
    ||||||   ||||||||    |||||||||||| || |||||||||||    
T  6790173 tttgagggctgattggattctatggaaacaattgatgggtaaagaaac 6790220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 350
Target Start/End: Original strand, 131001 - 131099
Alignment:
Q  252 ttacttgacatatgtatggttgagatccgtaaatgtggaaagccaggtcttgcttttaggaataggaaatgggaggaaatacgtgaagaattcaataaa 350  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||  || |  |   ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  131001 ttacttgacatttgtatggatgagattcgaaaatgtgagaaacgggaaattgcttttaagaataagaaatgggaagaaatacgtgacaaattcaataaa 131099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University