View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17833_low_2 (Length: 904)

Name: NF17833_low_2
Description: NF17833
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17833_low_2
NF17833_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-893)||(39350544-39351415)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 796; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 39351415 - 39350544
Alignment:
Q  19 ggtgtcaaggcagctacagctgcaaaaacgaaggtagtcgccgtaccgtctcgaggcgaatcggattgttgtaaactggcaaatattactcttaattcac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39351415 ggtgtcaaggcagctacagctgcaaaaacgaaggtagtcgctgtaccgtctcgaggcgaatcggattgttgtaaactggcaaatattactcttaattcac 39351316  T
Q  119 ttttagagtttcaacctgaactctggggccttccaccttttgatgattgtaatgaacctattagttcttaagtatgttgatcaatttctataaataatgt 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39351315 ttttagagtttcaacctgaactatggggccttccaccttttgatgattgtaatgaacctattagttcttaagtatgttgatcaatttctataaataatgt 39351216  T
Q  219 gctctcttatcatgatattttcaaattaatgctggcaggggtcaataacacattgcctattgagccaattcatctgagtggtctgtatgctactggatct 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39351215 gctctcttatcatgatattttcaaattaatgctggcaggggtaaataacacattgcctattgagccaattcatctgagtggtctgtattctactggatct 39351116  T
Q  319 ctctttggaaccacaggtttttgaaactcccaactttcccatgtcattcataaatttagtagcatgaacaaaagaatttaagcctttattgattaatttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39351115 ctctttggaaccacaggtttttgaaactcccaactttcccatgtcattcataaatttagtagcatgaacaaaagaatttaagcctttattgattaatttt 39351016  T
Q  419 aacatattcaaagtggccgacacaacctttgatcaatgttttaaatcgaaccaacgagacctctaggtcatgatggttcagctgccttaaactgttcgta 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39351015 aacatattcaaagtggccgacacaacctttgatcaatgttttaaatcgaatcaacgagatctctaggtcatgatggttcagctgccttaaactgttcgta 39350916  T
Q  519 ctggacgaaactgcgatagaaccatcaaaataactgaactgtaataaattctggttcaaggtttaacccattgaaccatcctgtttggtttttaaaacac 618  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39350915 ctggacgaaactgcgacagaaccatcaaaataactgaactgtaataaattctggttcaaggtttaaccggttgaaccgtcctgtttggtttttaaaacac 39350816  T
Q  619 tgtgtttgatctctttaaatttcattttttaaaagtttaacatggtactatcaatctgacaaaattgaatttctgaatctagagaatgcaacatttgcta 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350815 tgtgtttgatctctttaaatttcattttttaaaagtttaacatggtattatcaatctgacaaaattgaatttctgaatctagagaatgcaacatttgcta 39350716  T
Q  719 ttcctgatcaagttgttgggatttactttggttgggccaaagttgattcagataggaagtttaagatattggttagcattaatttggacttctccagtgt 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350715 ttcctgatcaagttgttgggatttactttggttgggccaaagttgattcagataggaagtttaagatattggttagcattaatttggacttctccagtgt 39350616  T
Q  819 tacctacnnnnnnntagtgagtactagtcaattactatataactcaacaattccttcatttattctttgatgatg 893  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350615 tacctacaaaaaaatagtgagtactagtcaat---tatataactcaacaattccttcatttattctttgatgatg 39350544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University