View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17833_low_68 (Length: 352)

Name: NF17833_low_68
Description: NF17833
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17833_low_68
NF17833_low_68
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (12-333)||(11048942-11049263)
chr5 (16-333)||(10217034-10217353)
chr5 (22-330)||(10763421-10763729)
chr5 (37-330)||(10717228-10717521)
chr5 (45-329)||(10604388-10604672)
chr5 (22-330)||(10740987-10741295)
chr5 (56-330)||(10564674-10564948)
chr5 (16-330)||(10611317-10611631)
chr5 (33-330)||(10747303-10747600)
chr5 (35-296)||(10580617-10580878)
chr5 (128-299)||(19606184-19606355)
chr5 (136-302)||(10558629-10558795)
chr5 (141-248)||(10588800-10588907)
chr5 (173-297)||(9836649-9836773)
chr5 (168-330)||(7192764-7192926)
chr5 (178-296)||(10652524-10652642)
chr5 (177-274)||(10660429-10660526)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-330)||(17923691-17924005)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (16-330)||(12948251-12948565)
chr6 (16-330)||(12957685-12957999)
chr6 (16-319)||(12906797-12907100)
chr6 (16-330)||(12931886-12932200)
chr6 (16-296)||(12899177-12899457)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (41-93)||(31467687-31467739)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 12 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 11049263 - 11048942
Alignment:
Q  12 caaaggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatc 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11049263 caaaggtagaaaacatgcaacaaaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcatttattataattatc 11049164  T
Q  112 acctggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatg 211  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11049163 acctggatgaaaaaaagaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagataaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatg 11049064  T
Q  212 gattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11049063 gattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaa 11048964  T
Q  312 cctccaaaacaatggagctagc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  11048963 cctccaaaacaatggagctagc 11048942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 10217353 - 10217034
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtga--tagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcac 113  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10217353 ggtaggaaacatgcaacaaactataattccaggttgatatcagtgagatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcatttattataattatcac 10217254  T
Q  114 ctggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatgga 213  Q
     ||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  10217253 ttggatgaaaaaaagaaaccaaaatccatcttttgattcaccaacaatcgatcaactagctaaagtttcataccaagacttacatcaaggaactgatggg 10217154  T
Q  214 ttctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacc 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  10217153 ttctcggataaaaacttgattggatcaggaagttttggttgtgtgtatagcgggaatcttgtgtcagaagttaatgttgttgctgtgaaggtcctaaacc 10217054  T
Q  314 tccaaaacaatggagctagc 333  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  10217053 tccaaaagaatggagctagc 10217034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10763729 - 10763421
Alignment:
Q  22 aaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgn 121  Q
    |||||||||| ||  || || ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||  ||| ||      
T  10763729 aaacatgcaaaacgacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagcgtggtttcttttcttctcatactttcatttatcataactatctactgcataa 10763630  T
Q  122 nnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcaga 221  Q
          |||| | ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| ||||| ||    
T  10763629 ggaaaagaaatccaaagcgatcttttgattcaccaacaattgagcaactagataaggtttcataccaagagttactccaaggaacagatgggttctcgga 10763530  T
Q  222 taaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaac 321  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||  |||  |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10763529 taaaaacctgatcggatcaggaagttctggtgatgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagacaatattgttgctataaaagtcttcaacctccaaaac 10763430  T
Q  322 aatggagct 330  Q
    |||||||||    
T  10763429 aatggagct 10763421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10717521 - 10717228
Alignment:
Q  37 cataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgnnnnnnngaaaccaaa 136  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| |||| |  |||||||||||||  ||||   ||||  |||||||       |||||||||    
T  10717521 cataatttcaagttgatagcagtgatatttagtgtgattttttttttgctcatactttcatttgttatttctatctgctggatgaggaagagaaaccaaa 10717422  T
Q  137 aaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattgg 236  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  10717421 aaccatcctttgattcaccaactattgatcaactagctaaggtttcatatcaagacttacaccgaggaaccgatgggttctcagaaagaaacttgattgg 10717322  T
Q  237 atcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagct 330  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||| || || ||||| |||||| |||| || ||||||    
T  10717321 atcaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaagaagggagct 10717228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 329
Target Start/End: Original strand, 10604388 - 10604672
Alignment:
Q  45 caggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatct 144  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || |||  ||||   ||| ||       |||||||||| ||||||    
T  10604388 caggttgatagcagtgatagttggtgtggtgtcttttcttttcatactttcagttatcatagctatctattgggtgaggaaaagaaaccaaaacccatct 10604487  T
Q  145 tttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggag 244  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||     
T  10604488 tttgattcaccagcaattcatcaactagataaggtttcataccatgacttacaccaaggaaccgatgggttctcggatagaaacttgattggattaggaa 10604587  T
Q  245 gtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagc 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| || ||| | ||||||||||| || |||||    
T  10604588 gttttggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagataatgtagttgctgtaaaggtcctgaacctccaaaagaagggagc 10604672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10741295 - 10740987
Alignment:
Q  22 aaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgn 121  Q
    |||||||||| | | |||||||||| |||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||   ||||  |||||||     
T  10741295 aaacatgcaaaaaaacataatttcaagttgatagcagtgatagttagcgtgatttcttttctgctcatactttcatttgttatttctatctgctggatga 10741196  T
Q  122 nnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcaga 221  Q
          |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  10741195 ggaagagaaaccaaaacccatcctttgattcaccaactattgatcaactagctaaggtttcatatcaagacttacaccgaggaaccgatgggttctcaga 10741096  T
Q  222 taaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaac 321  Q
     | ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||  ||||||||||| || || ||||| |||||| ||||     
T  10741095 aagaaacttgatcggatcaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgtgacagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaag 10740996  T
Q  322 aatggagct 330  Q
    || ||||||    
T  10740995 aagggagct 10740987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 56 - 330
Target Start/End: Original strand, 10564674 - 10564948
Alignment:
Q  56 cagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcacc 155  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||  |||||||       |||| | ||| | ||||| |||||||||    
T  10564674 cagtgataattagtgtggtttcttttcttctcatactttcatttatcataactatctactggatgaggaaaagaaatccaaagcgatcttgtgattcacc 10564773  T
Q  156 aacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttct 255  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||| ||||||||| |||| |||  |    
T  10564774 aacagttgatcaactatctaaggtttcgtaccaagaattacatcaaggaaccgatgggttctcaactagaaacttgataggatcaggaagttttggtctt 10564873  T
Q  256 gtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagct 330  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| || || ||| | ||||||||||| || ||||||    
T  10564874 gtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagataatgttgttgccgtaaaggtcctgaacctccaaaagaagggagct 10564948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 10611317 - 10611631
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||  |||||| || || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| ||||  ||    
T  10611317 ggtaggaaacacccaaaacaccatatattcaggctgatagcagtgatagttagcatggtttcttttcttctcatatttttatttattataactatctact 10611416  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
    || |         ||| ||||||  |||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||| || ||| ||| | |||||||||||||| ||    
T  10611417 gggtaaggaaaataaatcaaaaaagatctttcgattcaccaccaaatgatcaagaagctaaggtttcattccgagacttataccaaggaaccgatgggtt 10611516  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| | || ||||||||||||    
T  10611517 ctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggtgatgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagacaatgttgttgctataaaggtcttcaacctc 10611616  T
Q  316 caaaacaatggagct 330  Q
    |||||||||||||||    
T  10611617 caaaacaatggagct 10611631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10747600 - 10747303
Alignment:
Q  33 acaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgnnnnnnngaaac 132  Q
    ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||   ||| |        ||||     
T  10747600 acaccataaattcatgttggtcgcagtgatagttagtgttgttttttttcttctcatactttcatttattataactatctattgggtaagaaaaagaaat 10747501  T
Q  133 caaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttga 232  Q
     | |||  |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  | || ||||||  || ||||||||    
T  10747500 aacaaaagatctatcgattcacctacaattgatcaactagctacagtttcataccaagacttacatcatggaacaaacggtttctcaagtagaaacttga 10747401  T
Q  233 ttggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagct 330  Q
    | ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||| || |||||| | ||||| ||||| || ||||||    
T  10747400 tcggatcaggaagttttggttcagtgtacaaaggaaatcttgtgtccgaaaataatgctgttgccgtaaaagtcctaaaccttcaaaagaagggagct 10747303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 35 - 296
Target Start/End: Original strand, 10580617 - 10580878
Alignment:
Q  35 accataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacctggatgnnnnnnngaaacca 134  Q
    |||||||||||| |||| || |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||   |||||        | ||| |    
T  10580617 accataatttcaagttgatagctatgatagtcagtgtggtttcttttcttctcatactttcatttattatagctatctattggataagtaaaaggaacaa 10580716  T
Q  135 aaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgatt 234  Q
    |||| |||| || |||||  ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||     
T  10580717 aaaatcatcattagattcttcaataatagatcaactagataaggtttcatacaaagacttacacaaaggaactgatgggttctcggatagaaacatgatc 10580816  T
Q  235 ggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgc 296  Q
    || |||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10580817 gggtcaggaagttttggttccgtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagataatgttgttgc 10580878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 128 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 19606355 - 19606184
Alignment:
Q  128 gaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaa 227  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| || |||  ||||| |||||||| ||| |||| | ||||||||| ||||| |||| |||    
T  19606355 gaaacaaaaaaccatcttcagattcaccaacaattgaccaattacctatggtttcctaccaagacttatatcaggcaaccgatgggttctcggatagaaa 19606256  T
Q  228 cttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgt 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||| |||| |||| ||| ||| |||||||    
T  19606255 cttgattggatcaggaggcttcggttccgtgtataaaggaaatcttatgtcagaagataaagttattgctgt 19606184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 302
Target Start/End: Original strand, 10558629 - 10558795
Alignment:
Q  136 aaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattg 235  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||  || |||||||||||    
T  10558629 aaaccatcttcagattcaccaataattgaccaacttgctatggtttcttaccaagacttgtatcaggcaactgatggcttctcatctagaaacttgattg 10558728  T
Q  236 gatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaa 302  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| | |||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||    
T  10558729 gatcaggaggctttggttcggtgtataaaggaaatcttatgtcagaagataaagttattgctgtgaa 10558795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 141 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10588907 - 10588800
Alignment:
Q  141 atcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatca 240  Q
    ||||| |||| |||| |||| ||| || |||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  10588907 atcttctgatacacctacaactgaccagctagttaaggtttcataccaagaactacatcaaggaactgatggattctcagatggaaacttgattggatca 10588808  T
Q  241 ggaggttt 248  Q
    ||| ||||    
T  10588807 ggaagttt 10588800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 9836773 - 9836649
Alignment:
Q  173 ctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatct 272  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||| | || |||| ||||||| |    
T  9836773 ctaaggtttcataccaagaactacatcatggaactgatgagttctcagatagaaatttgattggatcaggaagttttggtaccgtatacaaaggaaatat 9836674  T
Q  273 tgtgtcggaaggtaatgttgttgct 297  Q
    ||| ||  ||| ||| |||||||||    
T  9836673 tgtatcacaagataaagttgttgct 9836649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 168 - 330
Target Start/End: Original strand, 7192764 - 7192926
Alignment:
Q  168 actagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagagga 267  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  | || || ||||| || || || || | || ||||||  ||||||||||| | || ||||||||||||| ||||    
T  7192764 actagctaaagtttcataccaggaccttcaccagggaactgacgggttttctgctagaaacttagttggatcaggaagctttggttctgtgtacaaagga 7192863  T
Q  268 aatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagct 330  Q
    |||||||  || |||| ||| |||||||| ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||    
T  7192864 aatcttgaatcagaagataaagttgttgccgtgaaggtcatgaaccttcaaaagaagggagct 7192926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 10652642 - 10652524
Alignment:
Q  178 gtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgt 277  Q
    ||||||||| ||||  | || |||||||| |||||||| || | || |||| || |||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||  |    
T  10652642 gtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttggattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcat 10652543  T
Q  278 cggaaggtaatgttgttgc 296  Q
    | |||| ||| ||||||||    
T  10652542 cagaagataaagttgttgc 10652524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 10660526 - 10660429
Alignment:
Q  177 agtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttg 274  Q
    ||||||||| |||||  | || |||||||| |||||||| || | || |||| |  |||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  10660526 agtttcatatcaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaaccttgttggattaggaggttttggttctgtctacaaaggaaatcttg 10660429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 17924005 - 17923691
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || || | ||||  |     
T  17924005 ggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgtggtttcttttattctcatactttcatttatcatcactatctaca 17923906  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||       |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||||||    
T  17923905 tgatgaggaagagaaatcaaaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacacgtaggaaccgatggatt 17923806  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  17923805 ctcagatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcagttaaagtcttgaacctc 17923706  T
Q  316 caaaacaatggagct 330  Q
    || || || ||||||    
T  17923705 cataaaaagggagct 17923691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 12948251 - 12948565
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| ||||||||||  || || || ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||  |     
T  12948251 ggtaggaaacatgcaaagcaacaaaagttcaggttgatagcagggatagttagtgtggtttcttttattctcatactttcatttatcataactatctaca 12948350  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||       |||| |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||    
T  12948351 tgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcacctacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacatgttggaacccatggatt 12948450  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  12948451 ctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcagtaaaagtcttgaacctc 12948550  T
Q  316 caaaacaatggagct 330  Q
    || || || ||||||    
T  12948551 cagaaaaagggagct 12948565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 12957685 - 12957999
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| ||||||||||  || || || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||  |     
T  12957685 ggtaggaaacatgcaaagcaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgcggtttcttttattctcatactttcatttatcataactatctaca 12957784  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||       |||| |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||    
T  12957785 tgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcacctacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacatgttggaaccaatggatt 12957884  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||  | |||||||| ||||||    
T  12957885 ctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcaataaaagtcttgaacctc 12957984  T
Q  316 caaaacaatggagct 330  Q
    || || || ||||||    
T  12957985 cagaaaaagggagct 12957999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 319
Target Start/End: Original strand, 12906797 - 12907100
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||  |     
T  12906797 ggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtcatagttagtgtggtttcttttattctcatactttcatttatcataactatctaca 12906896  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||       |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||   ||||||||||| |||    
T  12906897 tgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacacgtaggaaccgatgaatt 12906996  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    ||| |||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||| || |||| ||||||| |||| || |||| |||||||||||| || || ||||| ||||||    
T  12906997 ctcggatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtatacaaaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcagtaaaggtcttgaacctc 12907096  T
Q  316 caaa 319  Q
    ||||    
T  12907097 caaa 12907100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 12931886 - 12932200
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||  |     
T  12931886 ggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtgctagttagtgtggtttcttttattctcatactttcatttatcataactatctaca 12931985  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||       |||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  12931986 tgatgaggaaaagaaatcagaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacatgttggaaccgatggatt 12932085  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctc 315  Q
    |||| ||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||| || |||| ||||||| | ||||| |||| |||||||||||| || || ||||| || ||     
T  12932086 ctcaaatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtttacaaaggaaatatagtgtcagaagataatgttgttgcagtaaaggtcttgaatctg 12932185  T
Q  316 caaaacaatggagct 330  Q
    ||||| || ||||||    
T  12932186 caaaaaaagggagct 12932200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 296
Target Start/End: Original strand, 12899177 - 12899457
Alignment:
Q  16 ggtagaaaacatgcaacacaccataatttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactttcattcattataattatcacct 115  Q
    ||||| ||||||| || ||| || || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||  |     
T  12899177 ggtaggaaacatgtaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgtggtttcttttattctcatactttcatttatcataactatctaca 12899276  T
Q  116 ggatgnnnnnnngaaaccaaaaaccatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggatt 215  Q
     ||||        ||| |||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||    
T  12899277 tgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggatt 12899376  T
Q  216 ctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgc 296  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||||||| | || || |||| ||||||||||||    
T  12899377 ctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgttgttgc 12899457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 31467739 - 31467687
Alignment:
Q  41 atttcaggttggtatcagtgatagttagtgtggtttcttttcttatcatactt 93  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  31467739 atttcaagttgatagcagtgatagttagtgtggtttcttttcttcttatactt 31467687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University