View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17835_low_4 (Length: 453)

Name: NF17835_low_4
Description: NF17835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17835_low_4
NF17835_low_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-441)||(7623085-7623525)
chr1 (29-441)||(7636205-7636617)
chr1 (28-441)||(7629421-7629834)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 441
Target Start/End: Original strand, 7623085 - 7623525
Alignment:
Q  1 taataaagcatcaaaagtttcattcatcataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623085 taataaagcatcaaaagtttcattcatcataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgca 7623184  T
Q  101 aaaatatatcgatgatatctgcaacttcttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaa 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623185 aaaatatatcaatgatatctgcaacttcttgctccttggttttaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaa 7623284  T
Q  201 ctccttgaactttttatcaagcctcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623285 ctccttgaactttttatcaagcctcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaacaatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaa 7623384  T
Q  301 gcctgtgcttcattaagcaaaacttgcaatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623385 gcctgtgcttcattaagcaaaacttgcaatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaag 7623484  T
Q  401 ctatcttacatataattgcatttgtgaaagatatcaatatt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623485 ctatcttacatataattgcatttgtgaaagatatcaatatt 7623525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 29 - 441
Target Start/End: Original strand, 7636205 - 7636617
Alignment:
Q  29 ataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgcaaaaatatatcgatgatatctgcaacttc 128  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || |||||  | |||||    
T  7636205 ataccataagcacagctttgatgtggtcaagagtgagatcaaaagagagtgagtgatcattcatcatctgcaataagatatcaataatatcatctacttc 7636304  T
Q  129 ttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcctccca 228  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  7636305 ttgttccttagttttaggccttgctgaattatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaatgttttatcaagcctccca 7636404  T
Q  229 agagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaacttgca 328  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  7636405 agagttcctttgactctatcaatccaacccaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgca 7636504  T
Q  329 atctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcatttgtgaa 428  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  7636505 atctacttctcttttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgtttttccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgag 7636604  T
Q  429 agatatcaatatt 441  Q
    ||| |||||||||    
T  7636605 agacatcaatatt 7636617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 28 - 441
Target Start/End: Original strand, 7629421 - 7629834
Alignment:
Q  28 cataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgcaaaaatatatcgatgatatctgcaactt 127  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || ||||| || |||||  | ||||    
T  7629421 cataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctactt 7629520  T
Q  128 cttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcctccc 227  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7629521 cttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctccc 7629620  T
Q  228 aagagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaacttgc 327  Q
    ||| |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7629621 aagtgttcctttgactctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgc 7629720  T
Q  328 aatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcatttgtga 427  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7629721 aatctacttctcctttgtccacttcccaattcaactccttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtga 7629820  T
Q  428 aagatatcaatatt 441  Q
     ||| |||||||||    
T  7629821 gagacatcaatatt 7629834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University