View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17845_high_1 (Length: 846)

Name: NF17845_high_1
Description: NF17845
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17845_high_1
NF17845_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-831)||(7947775-7948594)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 7948594 - 7947775
Alignment:
Q  15 cacagatcaaagcaaccacagcctgcaatccaacctcgacaacattatcttcgggaacaagataaacaaacaaaggacctaaaagaagcaaaacaaagct 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7948594 cacagatcaaagcaaccacagcctgcaatccaacctcgacaacattatcttcgggaacaagataaacaaacaaaggacctaaaagaagcaaaacaaagct 7948495  T
Q  115 gagtgtgaagagtgatcctggagttgatggatcagtagcagctgataagacaccaagttcttctgcttttgaaaggagaccaagtttctctattgttgag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7948494 gagtgtgaagagtgatcctggagttgatggatcagtagcagctgataaaacaccaagttcttctgcttttgaaaggagaccaagtttctctattgttgag 7948395  T
Q  215 agagataatcctgctttctcggctgccgataataaacctgctttctctgccttggttaacagtctcagttgctccattcttgtgaggagtttaacggatt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7948394 agagataatcctgctttctcggctgccgataataaacctgctttctctgccttggttaacagtctcagttgctccattcttgtgaggagtttaacggatt 7948295  T
Q  315 gtgtcgatgttacagcactcctaggtttttccccaagtgggaatacagttgaattctgcaattgagctagtgacttagttactgtaagaaataaaacttt 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7948294 gtgtcgatgttacagcactcctaggtttttccccaagtgggaatacagttgaattctgcaattgtgctagtgacttagttactgtaagaaataaaacttt 7948195  T
Q  415 tctccccaaaaaacaggctggttctacggtagaccacttgaaaattatcgtagagataccaatgacaaccgatgttgctcttggaagtagaaaatcgcag 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  7948194 tctccccaaaaaacaggctggttctacggtagaccacttgaaaattatcgtagagataccaatgacaaccgatgttgatcttggaagtagaaaatcacag 7948095  T
Q  515 tcatcgttgctgtcataggtgatatggtgacttgattggtgcgtgttctaccaaaacatagaaaaacgaatatgagttgagttttgttgactcattcgtt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7948094 tcatcgttgctgtcataggtgatatggtgacttgattggtgcgtgttctaccaaaacatagaaaaacgaatatgagttgagttttgttggctcattcgtt 7947995  T
Q  615 ttcccatatgnnnnnnncgaactagtaccaatcaagtcaccatctcactcatgaagacaaagaggattgtg---ttctgcttccgacaagtactatgagt 711  Q
    ||||||||||       |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||   |||| |||||||||||||| ||||||    
T  7947994 ttcccatatgtttttttcgaactagtatcaatcaagtcaccgtctcactcatgaagacaaagaggatcatgagtttctacttccgacaagtaccatgagt 7947895  T
Q  712 catagtttcgggttattttcaagtgttaatccaccttggacacctatctaactggaccaccatagaattttctcaaaaaacatgttttacataatgccat 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7947894 catagtttcgggttattttcaagtgttaatccaccttggacacctatctaactggaccaccatagaattttctcaaaaaacatgttttacataatgccat 7947795  T
Q  812 atttagaaatgctttgttta 831  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7947794 atttagaaatgctttgttta 7947775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University