View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17859_low_2 (Length: 541)

Name: NF17859_low_2
Description: NF17859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17859_low_2
NF17859_low_2
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (18-527)||(32658906-32659415)
chr1 (18-527)||(32583345-32583857)
chr1 (18-527)||(32633186-32633698)
chr1 (18-527)||(32601013-32601527)
chr1 (25-157)||(30252410-30252542)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (18-480)||(41149308-41149776)
chr8 (18-480)||(41175762-41176227)
chr8 (481-527)||(41165412-41165458)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (278-479)||(26399879-26400083)
chr6 (28-92)||(3733938-3734002)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (278-479)||(21014469-21014676)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 32659415 - 32658906
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32659415 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcagtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 32659316  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggttgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgctcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32659315 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggttgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgctcaa 32659216  T
218 atctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttattgga 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32659215 atctgaaggacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttattgga 32659116  T
318 cactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggatgtt 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32659115 cactaaaaaccaaaataacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaacagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggatgtt 32659016  T
418 ataaccgcctcttgtgttgaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaagggga 517  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32659015 atgaccgcctcttgtgttgaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaagggga 32658916  T
518 aggagtataa 527  Q
    ||||||||||    
32658915 aggagtataa 32658906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 32583857 - 32583345
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32583857 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtgttctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 32583758  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggt---tgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32583757 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggtatttgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 32583658  T
215 caaatctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 314  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32583657 caaatctaaaggacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 32583558  T
315 ggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggat 414  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
32583557 agacactaaaaatcaaaataacaaatgcgatggtctccaaaatgttaacagtgatggtcatggcggcgacgatgaaaaattgggcactggtgttaaggat 32583458  T
415 gttataaccgcctcttgtgttgaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaagg 514  Q
    | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
32583457 gatataaccgcctcttgtgcggaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgcagctcaaccattaacagaaccatcaaagg 32583358  T
515 ggaaggagtataa 527  Q
    |||||||||||||    
32583357 ggaaggagtataa 32583345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 32633698 - 32633186
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32633698 gtggaagtctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtgttctaccttcggtgaaattattttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 32633599  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggt---tgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 214  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
32633598 aggaaatctctcgaagagaatagtttaaaaaatgggaatgatgggtatttgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaattttttttgct 32633499  T
215 caaatctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 314  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
32633498 caaatctaaaggacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccataagagtgatggttatttatt 32633399  T
315 ggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggat 414  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
32633398 ggacactaaaaatcaaaataacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaacagtgatggtaatggcggctacgatgaaaaattgggcactggtgttaaggat 32633299  T
415 gttataaccgcctcttgtgttgaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaagg 514  Q
    | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
32633298 gatataaccgcctcttgtgcggaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaaactagaatcgcctatagctcaaccattaacagaaccatcaaagg 32633199  T
515 ggaaggagtataa 527  Q
    |||||||||||||    
32633198 ggaaggagtataa 32633186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 32601527 - 32601013
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
32601527 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtgttctagcttcggtgaaattaggttttgacaaatatctaaatgatttcgaaggttggctc 32601428  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggt---tgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 214  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    
32601427 aggaaatcttacgaagagaagagttcaaaaaatgggaatgatgggtatttgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaaattttatgct 32601328  T
215 caaatctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 314  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
32601327 caaatctaaaggacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccacaagagtgatggttatttatc 32601228  T
315 ggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaagg-- 412  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
32601227 ggacactaaaatccaaaataacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaacggtgatggtaatggcggcgacgatgaaaaattgggcactggtgttaaggat 32601128  T
413 atgttataaccgcctcttgtgttgaaactgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcgcctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaa 512  Q
    ||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
32601127 atgatataaccgcctcttgtgcggaaactgagaaagaattttattttcgcaaacgtaaacgggaatcgcctgtagcacaaccattaacagaaccatcaaa 32601028  T
513 ggggaaggagtataa 527  Q
    |||||||||||||||    
32601027 ggggaaggagtataa 32601013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 157
Target Start/End: Original strand, 30252410 - 30252542
Alignment:
25 tctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctcaggaaat 124  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  | || | ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||     
30252410 tctgtgatagttgatctgggtttggaccttaatgttttggcttcagtgaaattagtttatgaaaaatatctgagtgatttcgaaggttggctcagcaaaa 30252509  T
125 ctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatg 157  Q
    ||| |||||| |||||||| |||||| ||||||    
30252510 cttccgaagaaaagagtttcaaaaattggaatg 30252542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 41149776 - 41149308
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
41149776 gtgggattccgtgatagatgaactgggtttggaccttcgtattttggcttcggtgaaattagtatatgaaaaatatctgagtgatttcgaaggttggctt 41149677  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggt---tgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 214  Q
    || ||| |||| |||||||||||||  ||| |||||| | ||||||   |||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||    
41149676 agaaaaacttttgaagagaagagttgcaaagatgggagtcatgggtatttgaattcatttccgatagatctagaagaagagtttcgaagccttttatgct 41149577  T
215 caaatctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 314  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
41149576 caaatctaaaggacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgaataacatcataaagcgcattgattttgttaacaacaagagtgatggttatttatt 41149477  T
315 ggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggat 414  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||  | | ||| || |||||||| ||| |||||||||  |  || ||||||||||| || |||||||||||| ||    
41149476 ggacactaattaccaaaataacaaatgcaaagctgttcacaatgttaacagtgatggtaatgcggatgatgatgaaaaattcggtactggtgttaagaat 41149377  T
415 gttataaccgcctcttgtgttgaaa---ctgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcg 480  Q
    |   ||||| |||||||||  | ||   |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||    
41149376 gagctaaccacctcttgtgcgggaacttctgagaaggagttttattctcgcaaacgtaaacgggaatcg 41149308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 41176227 - 41175762
Alignment:
18 gtggaattctgtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaatatctgaatgatttcgaaggttggctc 117  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||||| | || | || || ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||    
41176227 gtgggattctgtgataattgaaatgggttttaaccttcatgttttggcatccgtgaaattagtttatgaaaaatatctgagtgattttgaaggttggctc 41176128  T
118 aggaaatctttcgaagagaagagtttaaaaaatgggaatgatgggt---tgaactcattgccaatagatctagaaaaagagtttcaaaaccttttttgct 214  Q
    || ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||    
41176127 agcaaaacatttgaagagaggagtttaaaaaatgggaatcatgggtatttgaattcattgccgatagatctagaaaaagaatttcgaagccttttatgct 41176028  T
215 caaatctgaagaacaaagatgatgattttgtcccgttagaatcgagtaacatcataaagcacattgatttggttaaccagaagagtgatggttatttatt 314  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
41176027 caaatctaaaggacaacgatgatgattttgtcccattagaatcgagtaacatcataaagcgcattgaatttgttaaccacaagagtgatggttatttatt 41175928  T
315 ggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggat 414  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |  || ||| || |   |  || || |||||||| |||| ||||||| |||||    
41175927 ggacactaattaccaaaataacaaatgggagggtgtccaaaatgttgacggtgatgatatt---gatgatgacgaaaaattcggcaatggtgttgaggat 41175831  T
415 gttataaccgcctcttgtgttgaaa---ctgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgggaatcg 480  Q
      | || | || |||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
41175830 tatctagctgcgtcttgtgtggaaatctctgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaaacgggaatcg 41175762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 481 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 41165458 - 41165412
Alignment:
481 cctgtagctcaaccattaacagaaccatcaaaggggaaggagtataa 527  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
41165458 cctgttgctcaaacattaccagaaccatcaaagtggaaggagtataa 41165412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 26400083 - 26399879
Alignment:
278 ttgatttggttaaccagaagagtgatggttatttattggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacggtgtccaaaatgttaatagttatggtaatgg 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||  || |||||||||     
26400083 ttgatttggttaaccacaagagtgatggtaatttattggacgctaaaagccaaaacaacaaatgtgagggtgtccaaaattttaacggtgatggtaatga 26399984  T
378 cggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggatgttataaccgcctcttgtgttgaaa---ctgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaatcgg 474  Q
     |  | | ||||||||||  ||||||||||  |||| | | || || |||||| ||| ||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||    
26399983 ggatggcaatgaaaaattcagcactggtgtcgaggacgatctagccacctcttctgtggaaacttctgagaatgaatttcattctcgcaaacgtaaaagg 26399884  T
475 gaatc 479  Q
    |||||    
26399883 gaatc 26399879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 92
Target Start/End: Original strand, 3733938 - 3734002
Alignment:
28 gtgatagttgaactgggtttggaccttcgtattctagcttcggtgaaattagtttttgacaaata 92  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||| ||| |||||    
3733938 gtgatagatgaactgggtttggacattcgtattttggctttggtgaaattagtttatgaaaaata 3734002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 21014469 - 21014676
Alignment:
278 ttgatttggttaaccagaagagtgatggttatttattggacactaaaaaccaaaagaacaaatgtgacgg---tgtccaaaatgttaatagttatggtaa 374  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||| ||   |||||||||| ||||  || |||||||    
21014469 ttgatttggttaaccactagagtgatggtaatttattggacgctaaaagctaaaacaacaaatgtgagggtactgtccaaaattttaacggtgatggtaa 21014568  T
375 tggcggcgacgatgaaaaattaggcactggtgttaaggatgttataaccgcctcttgtgttgaaa---ctgagaaggaatttaattctcgcaaacgtaat 471  Q
    ||  |  ||| ||||||||||  ||||||||||  |||| | | ||  | ||| || ||| ||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||     
21014569 tgaggatgacaatgaaaaattcagcactggtgtcgaggacgatctaggcacctgttttgtggaaacttctgagaatgaatttcattctcgcaaacgtaaa 21014668  T
472 cgggaatc 479  Q
     |||||||    
21014669 agggaatc 21014676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University