View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17861_high_35 (Length: 343)

Name: NF17861_high_35
Description: NF17861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17861_high_35
NF17861_high_35
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (17-331)||(3300170-3300484)
chr1 (17-329)||(43083280-43083592)
chr1 (17-329)||(43044436-43044748)
chr1 (17-329)||(43067243-43067555)
chr1 (18-276)||(43077173-43077431)
chr1 (19-331)||(45984226-45984535)
chr1 (54-331)||(7891482-7891759)
chr1 (17-331)||(38138390-38138704)
chr1 (169-327)||(40035227-40035385)
chr1 (199-308)||(50912035-50912144)
chr1 (17-122)||(50911877-50911982)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-329)||(4230902-4231213)
chr4 (87-289)||(19965127-19965329)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-329)||(7529791-7530103)
chr6 (17-329)||(7520254-7520566)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (18-303)||(4619126-4619411)
chr8 (72-288)||(4296931-4297144)
chr8 (182-331)||(1846090-1846239)
chr8 (72-242)||(4788079-4788249)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-337)||(16348583-16348903)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (25-260)||(33860278-33860513)
chr2 (67-227)||(34690326-34690486)
chr2 (67-227)||(34712738-34712898)
chr2 (172-241)||(16231772-16231841)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Original strand, 3300170 - 3300484
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300170 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 3300269  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300270 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcataatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 3300369  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300370 gaggcaacataaccacgcttgagatccttaacagcaacgttcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 3300469  T
Q  317 tctccacagacttca 331  Q
    |||||||||||||||    
T  3300470 tctccacagacttca 3300484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Original strand, 43083280 - 43083592
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083280 agaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 43083379  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  43083380 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcttccttggctgggtcatccttggagttt 43083479  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  43083480 gaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgca 43083579  T
Q  317 tctccacagactt 329  Q
    |||||||||||||    
T  43083580 tctccacagactt 43083592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Original strand, 43044436 - 43044748
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044436 agaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 43044535  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43044536 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagttt 43044635  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  43044636 gaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgca 43044735  T
Q  317 tctccacagactt 329  Q
    ||||||| |||||    
T  43044736 tctccacggactt 43044748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 43067555 - 43067243
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43067555 agaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 43067456  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43067455 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagttt 43067356  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  43067355 gaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgca 43067256  T
Q  317 tctccacagactt 329  Q
    ||||||| |||||    
T  43067255 tctccacggactt 43067243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 43077431 - 43077173
Alignment:
Q  18 gaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaaga 117  Q
    ||||||||||| | |||||||| || | ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||||||| ||||    
T  43077431 gaatttgggcttcgtctcaatcaccataccagaacgcctatcaatcttggtaacaagctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtggcagtgaaga 43077332  T
Q  118 acaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttg 217  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  43077331 acaggtgcatagccattttcaatcttgccagggtgattcatgacgacgacttgagatgtaaagttagcggcctccttggctgggtcatccatggagttag 43077232  T
Q  218 aggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccaca 276  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||    
T  43077231 aggcaacatagccactcttgagatccttaacatcaacgttctcaacattaaatctcaca 43077173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 45984535 - 45984226
Alignment:
Q  19 aatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45984535 aatttgggctccctctcaatttcctcaccagaacacctgtcaaccttggaaataagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaa 45984436  T
Q  119 caggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttga 218  Q
    |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||||| ||| |||||    || |||||| ||| |||||||||    
T  45984435 caggtgtgtagccatttcgaatctggccagggtgattcgtaatgataacaagagatgtaaagtgagcggcctctaccgctgggtcaccctcggagtttga 45984336  T
Q  219 ggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatc 318  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  || |||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||||||| ||||||    
T  45984335 ggcaacataaccttgcttgagatccctagcagcaac---gttaacattaaatcccacaatgtcaccaggaagggcctcaccgatagcttcatggtgcatc 45984239  T
Q  319 tccacagacttca 331  Q
    |||||||||||||    
T  45984238 tccacagacttca 45984226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 54 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7891759 - 7891482
Alignment:
Q  54 cctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtga 153  Q
    |||||||| |||  |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  7891759 cctgtcaaacttgctaacaagcttggcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcgagaataggtgtatagccatttctaatctggccaggatga 7891660  T
Q  154 ttcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaa 253  Q
    |||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||| | || ||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||  |    
T  7891659 ttcaagatgataacatgagatgtaaattcagcagcctccatagctgggccacgcttggagtttgaggcaacatagcctcgcctgagatccttagcagaca 7891560  T
Q  254 cattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 331  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7891559 cattcgtaacgttaaatcccacaatgtcaccaggaagagcccgagtgagagcttcatggtgcatctccacagacttca 7891482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 38138704 - 38138390
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    ||||||||||||||||||| || |||   ||||||  |||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||    
T  38138704 agaatttgggctccttctcgatttccaaaccagaaaacctgtcaaacttggtaacaagcttagcaaacttgacaggaacgtgggaggtgtggcagtccag 38138605  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    || ||| | ||||||||||  |||| ||||||  |||||| ||||||| ||  | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  38138604 aataggtgtatagccattttgaatccggccagtttgattcgtgatgataacacgggatgtaaatttagcagcctccgtggctgggtcatgcttggagtct 38138505  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    ||||||||||| || |||  |||||| |||||||   ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||   |||||| ||||    
T  38138504 gaggcaacatagcctcgccggagatccttaacagacccatgctgaacattaaatcccacaatgtcaccaggaagggcctcattgagcttttcatggtgca 38138405  T
Q  317 tctccacagacttca 331  Q
    |||||| ||| ||||    
T  38138404 tctccatagaattca 38138390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 40035385 - 40035227
Alignment:
Q  169 tgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaa 268  Q
    ||||| ||||| ||| | || ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||  |  |||||||||||||    
T  40035385 tgagaagtaaatttaacggcttccatggctggatcatcgttggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatccttaacagacatgttcttaacattaa 40035286  T
Q  269 atcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagac 327  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  40035285 atcccacaatgtcaccaggaagggcctcgatgagaccttcgtggtgcatctccacagac 40035227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 199 - 308
Target Start/End: Original strand, 50912035 - 50912144
Alignment:
Q  199 gggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcag 298  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||  |||||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||     
T  50912035 gggtcatcgttggagtttgaggcaatatagcctcgccggagatccttagaagacacattcttaacattaaatcccacaatgtcaccaggaatggcctcaa 50912134  T
Q  299 tgagagcttc 308  Q
    ||||||||||    
T  50912135 tgagagcttc 50912144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 122
Target Start/End: Original strand, 50911877 - 50911982
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||     | || ||||  || |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||    
T  50911877 agaatttgggctccttctcaatttccacaaaataatgcctaacattcttggtaacaagcttagcaaacttgacagcaatgttggacgtgtggcaatgaag 50911976  T
Q  117 aacagg 122  Q
    ||||||    
T  50911977 aacagg 50911982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Original strand, 4230902 - 4231213
Alignment:
Q  18 gaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaaga 117  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4230902 gaatttaggctccttctcgatctccttaccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgactgcaatgtgggaggtgtggcagtcaaga 4231001  T
Q  118 acaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttg 217  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4231002 acaggggcataaccatttccaatctggccagggtgattcatgataatcacctgagatgtgaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggtgtttg 4231101  T
Q  218 aggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4231102 aggcaacataaccacgcttgagatccttgacagaaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccgggaagtgcctcagtgagagattcatgatgcat 4231201  T
Q  318 ctccacagactt 329  Q
    ||||||||||||    
T  4231202 ctccacagactt 4231213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 87 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 19965329 - 19965127
Alignment:
Q  87 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagca 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| |  | ||||||||||| |||     
T  19965329 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtatagccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataagataagatgtaaagtcagcg 19965230  T
Q  187 gcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccag 286  Q
    ||| || |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| ||  ||||  |||||||||  ||||||||    
T  19965229 gcccccatggctgggtcattgttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccacaaagtcaccag 19965130  T
Q  287 gaa 289  Q
    |||    
T  19965129 gaa 19965127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 8e-86; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 7530103 - 7529791
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  7530103 agaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgag 7530004  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
     || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  7530003 cactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatgatgatgacttgggaagtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagttg 7529904  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    || |||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||    
T  7529903 gatgcaacgaaaccacgcttgagatccttcacagcaacattcttaacattgaatccgacattgtctcctggaagagcttcagtgagagcctcgtggtgca 7529804  T
Q  317 tctccacagactt 329  Q
    |||| ||||||||    
T  7529803 tctcaacagactt 7529791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 7520566 - 7520254
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  7520566 agaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgag 7520467  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
     || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  7520466 cactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatgatgatgacttgggaagtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagttg 7520367  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    || |||||  |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||    
T  7520366 gatgcaacgaaaccacgcttgagatccttcacggcaacattcttaacattgaatccaacattgtctcctggaagagcttcagtgagagcctcgtggtgca 7520267  T
Q  317 tctccacagactt 329  Q
    |||| ||||||||    
T  7520266 tctcaacagactt 7520254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Original strand, 4619126 - 4619411
Alignment:
Q  18 gaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaaga 117  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||| |  | ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  4619126 gaatttgggctcattctcaattaccttaccagaacacctgtcaatcttggctagaagcttatcaaacttgacagcagtgtgggaggtgtggcaatgaaga 4619225  T
Q  118 acaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgat--cacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtt 215  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4619226 acaggtgtatagccatttccaatctggccagggtgattcctgatgataacacatgagatg--aagttatctgcctccttggctgggtcatgcttggagtt 4619323  T
Q  216 tgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgaga 303  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||  | | |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4619324 tgagacaacatagcctcgcttgagatgctcagcagacacattctcaacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctcagtgaga 4619411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 72 - 288
Target Start/End: Original strand, 4296931 - 4297144
Alignment:
Q  72 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 171  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| | | ||||||||| |||||||||  ||||||| || |||    
T  4296931 aagctcagcaaatttgacaggaatgtgggaggtgtggcagtgaagaataggtgtatagccttcttcaatctggctagggtgatttgtgatgataacatga 4297030  T
Q  172 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatc 271  Q
    |||||||||| ||   |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||  ||||||||||  || ||| ||||   || ||||||||||    
T  4297031 gatgtaaagtgagtgacctccttggctgggtcatcctcggggtttgaggcaacatagccttgcttgagatccgtagcagaaaca---ttgacattaaatc 4297127  T
Q  272 ccacattgtcaccagga 288  Q
     |||| |||||||||||    
T  4297128 tcacaatgtcaccagga 4297144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 182 - 331
Target Start/End: Original strand, 1846090 - 1846239
Alignment:
Q  182 tagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtc 281  Q
    ||||||||||| | || ||| ||  || ||||| |||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||  |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  1846090 tagcagcctccatagctgggccacgctgggagtgtgaggcaacatagcctcgcctgagatccttagcagacacattcgtaacattaaatcccacaatgtc 1846189  T
Q  282 accaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 331  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1846190 accaggaagagcccgggtgagagcttcatggtgcatctccacagacttca 1846239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4788249 - 4788079
Alignment:
Q  72 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 171  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||||| || |||    
T  4788249 aagctcatcaaattcgacagcaatttgggaggtgtggcagtgaagaataggcgtatagcctttttcaatctgtccagggtgatttgtgatgataacatga 4788150  T
Q  172 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatc 242  Q
    |||||||||| | | |||||||||||    |||||| ||| |||| || ||||||| ||  ||||||||||    
T  4788149 gatgtaaagtaatcggcctccttggccacatcatccatggtgttttagacaacatagccttgcttgagatc 4788079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 337
Target Start/End: Original strand, 16348583 - 16348903
Alignment:
Q  17 agaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaag 116  Q
    ||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||  |||||| | ||| | || ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  16348583 agaatttgggctccttcacaattatcttgccagaaaacctgtctaccttggcaagaagcttagcaaacttgacagcaatgtaggaggtgtggcagttaag 16348682  T
Q  117 aacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagttt 216  Q
    |||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  16348683 aacaggtgtataacccttttcaatttggccagggtgattcgtgatgataacttgagatgtaaagttaatggcctccttggctgggtgatgcttggagttt 16348782  T
Q  217 gaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgca 316  Q
    ||||||||||| || ||  |||||| |  | |||  ||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||||| | ||    
T  16348783 gaggcaacatagcctcggctgagatgtgcatcagacacattctcaacagcaaatctcacattatcaccaggaagggcctcggaaagatcttcatggtcca 16348882  T
Q  317 tctccacagacttcatctcac 337  Q
    ||| ||||||| ||| |||||    
T  16348883 tcttcacagacgtcacctcac 16348903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 25 - 260
Target Start/End: Original strand, 33860278 - 33860513
Alignment:
Q  25 ggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacagggg 124  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||  || ||||| ||| | || ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  33860278 ggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtg 33860377  T
Q  125 catagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaac 224  Q
     | |||| |||| |||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| ||| || ||| |||| |||| |||  |||||| |||||||||    
T  33860378 taaagccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcggcttccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaac 33860477  T
Q  225 ataaccacgcttgagatctttaacagcaacattctt 260  Q
    ||| ||  ||||||||||   | |||||||||||||    
T  33860478 atagcccggcttgagatcaccagcagcaacattctt 33860513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 227
Target Start/End: Original strand, 34690326 - 34690486
Alignment:
Q  67 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatca 166  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| || ||   |||||    |||||| || | || ||| |    
T  34690326 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacaggagtatatcctttggtaatctttgaagggtggttaaagacgataa 34690425  T
Q  167 cttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacata 227  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||| ||||||||    
T  34690426 cacgagatgtaaatttagcagcctccatggccggttcatacttggagtctgacgcaacata 34690486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 227
Target Start/End: Original strand, 34712738 - 34712898
Alignment:
Q  67 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatca 166  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| || ||   |||||    |||||| || | || ||| |    
T  34712738 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacaggagtatatcctttggtaatctttgaagggtggttaaagacgataa 34712837  T
Q  167 cttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacata 227  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||| ||||||||    
T  34712838 cacgagatgtaaatttagcagcctccatggccggttcatacttggagtctgacgcaacata 34712898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 241
Target Start/End: Original strand, 16231772 - 16231841
Alignment:
Q  172 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagat 241  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  16231772 gatgtaaatttagcagcctccatggctggttcatcctcggagtttgaggctacatagcctcgcatgagat 16231841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University