View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17861_low_4 (Length: 609)

Name: NF17861_low_4
Description: NF17861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17861_low_4
NF17861_low_4
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (25-590)||(33860033-33860598)
chr2 (129-237)||(16231484-16231592)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (128-499)||(45984300-45984671)
chr1 (128-506)||(43067311-43067689)
chr1 (110-506)||(43044284-43044680)
chr1 (128-475)||(38138491-38138838)
chr1 (128-506)||(43083146-43083524)
chr1 (110-487)||(3300018-3300395)
chr1 (116-475)||(43077219-43077578)
chr1 (128-475)||(7891583-7891930)
chr1 (128-287)||(50911743-50911902)
chr1 (331-373)||(40035429-40035471)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (135-475)||(16348456-16348796)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (135-487)||(4230774-4231126)
chr4 (332-538)||(19965123-19965329)
chr4 (129-299)||(19965332-19965504)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (129-486)||(4618992-4619349)
chr8 (166-487)||(4296780-4297101)
chr8 (166-442)||(4788124-4788400)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (110-355)||(7530010-7530255)
chr6 (110-355)||(7520473-7520718)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 590
Target Start/End: Original strand, 33860033 - 33860598
Alignment:
Q  25 tcttcctcttctgatattgtttttccacaaatacatccatatcatcatcctgcacgattcaattcatcaatgctgactcagtgatcttcctctccacaga 124  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860033 tcttcctcttctgatgttgtttttccacaaatacatccatatcatcatcctgcacgattccattcatcaatgctgactcagtgatcttcctctccacaga 33860132  T
Q  125 cgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860133 cgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcctgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtg 33860232  T
Q  225 ggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaa 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860233 ggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaa 33860332  T
Q  325 caaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaa 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860333 caaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtaaagccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaa 33860432  T
Q  425 gtgagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttgcaatctaatcccacaaag 524  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860433 gtgagcggcttccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttgcaatctaatcccacaaag 33860532  T
Q  525 tcaccgggaaaggcgatagggacagcttcaccgtccatctgcacagactcgactacgtcttgcagc 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33860533 tcaccgggaaaggcgatagggacagcttcaccatccatctgcacagactcgactacatcttgcagc 33860598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 129 - 237
Target Start/End: Original strand, 16231484 - 16231592
Alignment:
Q  129 atgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaa 228  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||||| || || | |||||| | |  || | |||| ||||||||||||||  | ||||    
T  16231484 atgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacgaccaagggaaggatattcattgataccctccaccaccataggcttcataggaa 16231583  T
Q  229 tcatcttaa 237  Q
    |||||||||    
T  16231584 tcatcttaa 16231592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 128 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 45984671 - 45984300
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||   || ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  45984671 gatgactccaacagccacagtttgatgccagtctctgacaacaaaacggccgagtggaggatatagagagaaaggctctaccaccataggcttggtggga 45984572  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 327  Q
    ||||||||||||  | ||| |||||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  45984571 atcatcttaataataccagtatcaccactcatcaaaaatttgggctccctctcaatttcctcaccagaacacctgtcaaccttggaaataagctcagcaa 45984472  T
Q  328 acatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtg 427  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||| ||||||||| ||| || ||||||||  |||||||||||||    
T  45984471 acttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtgtagccatttcgaatctggccagggtgattcgtaatgataacaagagatgtaaagtg 45984372  T
Q  428 agcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaac 499  Q
    |||||||||    ||||||| | |   ||||| |||||||||||| ||  |||||||||| | |||||||||    
T  45984371 agcggcctctaccgctgggtcaccctcggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatccctagcagcaac 45984300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 128 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 43067689 - 43067311
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| | || ||||  ||| |||||||| ||||||||||||    
T  43067689 gatgacgccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacggccgagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtggga 43067590  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 327  Q
    ||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||| | || ||||||| |||    
T  43067589 atcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaa 43067490  T
Q  328 acatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtg 427  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||| |||| ||||||||| |||  | ||||| ||||||||||||||||     
T  43067489 acttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttgagatgtaaagtt 43067390  T
Q  428 agcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttg 506  Q
    ||| |||||| ||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||   | ||||||||||||||    
T  43067389 agcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttg 43067311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 110 - 506
Target Start/End: Original strand, 43044284 - 43044680
Alignment:
Q  110 cttcctctccacagacgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctacc 209  Q
    |||| ||||||||| |  |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| | || ||||  ||| |||    
T  43044284 cttcttctccacagccttgatgaccccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacggccgagtggaggatattcagagaaagtctcaacc 43044383  T
Q  210 accataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaacct 309  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||    
T  43044384 accatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatct 43044483  T
Q  310 tggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgat 409  Q
    | | || ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||| |||| ||||||||| |||  | |||||    
T  43044484 tagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgat 43044583  T
Q  410 aacttgagatgtaaagtgagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttg 506  Q
     |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||   | ||||||||||||||    
T  43044584 cacttgagatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttg 43044680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 128 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 38138838 - 38138491
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  38138838 gatgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccaagtggaggataagtagaaaaatcctctaccaccatggacttggtggga 38138739  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 327  Q
    |||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||  |||| |||||| ||||| ||||| || ||||| | |||    
T  38138738 atcatcttaacaacaccagcatcaccattcttcaagaatttgggctccttctcgatttccaaaccagaaaacctgtcaaacttggtaacaagcttagcaa 38138639  T
Q  328 acatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtg 427  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  |||| ||||||  | ||| |||||||||||  | |||||||| |     
T  38138638 acttgacaggaacgtgggaggtgtggcagtccagaataggtgtatagccattttgaatccggccagtttgattcgtgatgataacacgggatgtaaattt 38138539  T
Q  428 agcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcc 475  Q
    ||| |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||    
T  38138538 agcagcctccgtggctgggtcatgcttggagtctgaggcaacatagcc 38138491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 128 - 506
Target Start/End: Original strand, 43083146 - 43083524
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||||| |||||||||||||| | || ||||  ||| |||||||| ||||||||||||    
T  43083146 gatgacgccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacgaccgagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtggga 43083245  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 327  Q
    ||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||| | || ||||||| |||    
T  43083246 atcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaa 43083345  T
Q  328 acatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtg 427  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||| |||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||     
T  43083346 acttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagtt 43083445  T
Q  428 agcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttg 506  Q
    ||| || ||| ||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||   | ||||||||||||||    
T  43083446 agcagcttccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattcttg 43083524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 110 - 487
Target Start/End: Original strand, 3300018 - 3300395
Alignment:
Q  110 cttcctctccacagacgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctacc 209  Q
    |||| ||||||||| |  |||||| |||| ||||||||| |||||| | || ||  || | |||||||| ||||||||||| | || ||||  ||| |||    
T  3300018 cttcttctccacagccttgatgacaccaacagccacagtctgacgcatatccctgacagcgaaacggccaagtggaggatactcagagaaagtctcaacc 3300117  T
Q  210 accataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaacct 309  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||  || ||||| ||    
T  3300118 accatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatct 3300217  T
Q  310 tggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgat 409  Q
    | | || ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||| |||| ||||||||| |||  | |||||    
T  3300218 tagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcataatgat 3300317  T
Q  410 aacttgagatgtaaagtgagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatc 487  Q
     |||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||  |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  3300318 cacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatc 3300395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 116 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 43077578 - 43077219
Alignment:
Q  116 ctccacagacgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccata 215  Q
    |||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||   |  ||||||||| ||||||||||| | || ||||  ||| ||||||||     
T  43077578 ctccacagccgtgatgacaccaacagccacagtttgacgcttgtccctgatagtaaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatg 43077479  T
Q  216 ggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||| |||||  |||| | |||||||  || ||||| ||  ||  |||| ||||| ||    
T  43077478 ggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcatcaggaatttgggcttcgtctcaatcaccataccagaacgcctatcaatcttggtaa 43077379  T
Q  316 taagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttg 415  Q
     ||||||| ||||| |||||  || |||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| || |||  ||||  |||||||| |||  ||| ||  |||||    
T  43077378 caagctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtggcagtgaagaacaggtgcatagccattttcaatcttgccagggtgattcatgacgacgacttg 43077279  T
Q  416 agatgtaaagtgagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcc 475  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||    
T  43077278 agatgtaaagttagcggcctccttggctgggtcatccatggagttagaggcaacatagcc 43077219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 128 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 7891930 - 7891583
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||||| || |||| ||||||   ||  |||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  7891930 gatgactccaatagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacgaccaagtgaaggatatgcagtaaaagtctctaccaccatgggcttggtggga 7891831  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 327  Q
    ||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||   |  |  |  || ||||| ||||  || |||||   |||    
T  7891830 atcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaaattcaacattagtattcctgtcaaacttgctaacaagcttggcaa 7891731  T
Q  328 acatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | |||   ||||||||| ||||||||||| |     
T  7891730 acttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcgagaataggtgtatagccatttctaatctggccaggatgattcaagatgataacatgagatgtaaattc 7891631  T
Q  428 agcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcc 475  Q
    ||| |||||| | ||||||  |    |||||| |||||||||||||||    
T  7891630 agcagcctccatagctgggccacgcttggagtttgaggcaacatagcc 7891583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 128 - 287
Target Start/End: Original strand, 50911743 - 50911902
Alignment:
Q  128 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 227  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||| | |  |  |||  |||||||| ||| ||||||||||||    
T  50911743 gatgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccgagtgaaggaaatttggaaaaagtctctaccaacatgggcttggtggga 50911842  T
Q  228 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttcc 287  Q
    ||||||| |||| || |||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  50911843 atcatctcaataacaccagcgtcaccattcttcaagaatttgggctccttctcaatttcc 50911902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 331 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 40035471 - 40035429
Alignment:
Q  331 tgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtata 373  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40035471 tgacaggaatgtgggaggtgtggcagtcaacaataggtgtata 40035429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 135 - 475
Target Start/End: Original strand, 16348456 - 16348796
Alignment:
Q  135 ccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaatcatct 234  Q
    |||| ||||||||||||| || | |||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||  |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16348456 ccaatagccacagtttgatgcgtatctctgacaataaaacggccgagtgaaggatattcagaaaaagtctctaccaccatgggcttggtgggaatcatct 16348555  T
Q  235 taatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaacatgac 334  Q
     ||||    || |||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||  ||| ||| |||||| ||| |||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  16348556 gaataatgccaccatcacctttcttcaagaatttgggctccttcacaattatcttgccagaaaacctgtctaccttggcaagaagcttagcaaacttgac 16348655  T
Q  335 agcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcggcc 434  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||  |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  16348656 agcaatgtaggaggtgtggcagttaagaacaggtgtataacccttttcaatttggccagggtgattcgtgatgataacttgagatgtaaagttaatggcc 16348755  T
Q  435 tccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcc 475  Q
    ||| ||||||||||||   |||||| |||||||||||||||    
T  16348756 tccttggctgggtgatgcttggagtttgaggcaacatagcc 16348796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 135 - 487
Target Start/End: Original strand, 4230774 - 4231126
Alignment:
Q  135 ccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaatcatct 234  Q
    |||| |||||||||||| ||| | |||||  || |||||||||| ||||||||||| | || ||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4230774 ccaacagccacagtttgccgcatatctctgacagcaaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatct 4230873  T
Q  235 taatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaacatgac 334  Q
    |||||  | ||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||| ||  || ||||| ||| | || ||||||| ||||| ||||    
T  4230874 taataataccagcatctccattcttcaggaatttaggctccttctcgatctccttaccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgac 4230973  T
Q  335 agcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcggcc 434  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||| ||||||||| |||  |||| || || |||||||| |||| ||| |||    
T  4230974 tgcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcataaccatttccaatctggccagggtgattcatgataatcacctgagatgtgaagttagcagcc 4231073  T
Q  435 tccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatc 487  Q
    ||| ||||||||| |||  ||| || |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  4231074 tccttggctgggtcatccttggtgtttgaggcaacataaccacgcttgagatc 4231126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 332 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 19965329 - 19965123
Alignment:
Q  332 gacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcg 431  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||  ||||| ||||||||| ||||| |||||||  | ||||||||||| ||||    
T  19965329 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtatagccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataagataagatgtaaagtcagcg 19965230  T
Q  432 gcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattcttgcaatctaatcccacaaagtcaccgg 531  Q
    ||| || ||||||||| || | |||||| |||||||||||| || |||| ||||||   ||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||| |    
T  19965229 gcccccatggctgggtcattgttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccacaaagtcaccag 19965130  T
Q  532 gaaaggc 538  Q
    |||||||    
T  19965129 gaaaggc 19965123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 129 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 19965504 - 19965332
Alignment:
Q  129 atgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaa 228  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  19965504 atgactccaaaagccacagtttgacgcatgtctctagcaacaaaacagccgagtggaggatattgagagaaagcctctaccaccataggcttggcgggaa 19965405  T
Q  229 tcatcttaatagcagcagcat--caccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaac 299  Q
    ||||||||| | |||||||||  ||||| || |||||||| | |||  |||  |||||||||||||| |||||    
T  19965404 tcatcttaacaacagcagcatcacaccattcatcaagaatccgggcatctttgcaatttccttaccagaaaac 19965332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 6e-48; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 129 - 486
Target Start/End: Original strand, 4618992 - 4619349
Alignment:
Q  129 atgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaa 228  Q
    ||||| |||| |||||| ||| ||||  |||||||  || ||||||||||||||| |||||||| ||  |||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  4618992 atgactccaacagccactgttcgacgtatgtctctgacagcaaaacggccgagtgaaggataattagaaaaagtctctaccaccatgggcttggtgggaa 4619091  T
Q  229 tcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaa 328  Q
    |||||||||||    ||||||||||| |||||| |||||  ||||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||| |||||| | ||||| | ||||    
T  4619092 tcatcttaataatgccagcatcaccattcttcaggaatttgggctcattctcaattaccttaccagaacacctgtcaatcttggctagaagcttatcaaa 4619191  T
Q  329 catgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgata--acttgagatgtaaagt 426  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||| | ||||| ||||||||| || |||| |||| ||||||||| |||  ||||||||  || |||||||  ||||    
T  4619192 cttgacagcagtgtgggaggtgtggcaatgaagaacaggtgtatagccatttccaatctggccagggtgattcctgatgataacacatgagatg--aagt 4619289  T
Q  427 gagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagat 486  Q
     | | |||||| ||||||||| ||   |||||| |||| ||||||||||  |||||||||    
T  4619290 tatctgcctccttggctgggtcatgcttggagtttgagacaacatagcctcgcttgagat 4619349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 166 - 487
Target Start/End: Original strand, 4296780 - 4297101
Alignment:
Q  166 caacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaa 265  Q
    |||||||||||| |||||||||| |   || ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |  |   |||||| ||||||||||    
T  4296780 caacaaaacggctgagtggaggagatagagagaaaggctctaccaccatagactcggtgggaatcatcttaataagacaattgtcaccattcttcaagaa 4296879  T
Q  266 ttcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaata 365  Q
    |   ||   ||||||||||  ||||  | || |  |||||||||||  |||||||||| ||||  |||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4296880 tggtgggcgcttctcaattatcttatgagaacaatagtcaaccttgtaaataagctcagcaaatttgacaggaatgtgggaggtgtggcagtgaagaata 4296979  T
Q  366 ggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcggcctccgtggctgggtgatcgatggagtctgagg 465  Q
    |||||||| |||| |  |||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||   || || |||||    
T  4296980 ggtgtatagccttcttcaatctggctagggtgatttgtgatgataacatgagatgtaaagtgagtgacctccttggctgggtcatcctcggggtttgagg 4297079  T
Q  466 caacatagcccggcttgagatc 487  Q
    ||||||||||  ||||||||||    
T  4297080 caacatagccttgcttgagatc 4297101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 166 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 4788400 - 4788124
Alignment:
Q  166 caacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaa 265  Q
    |||||||| |||| |||||||||||   |  ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  | || |||||||| ||||||||||    
T  4788400 caacaaaatggccaagtggaggatatagatagaaaggctctaccaccataggcttggtgggaaccatctcaataagaccatcatcaccattcttcaagaa 4788301  T
Q  266 ttcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaata 365  Q
    | |||||  || ||||||| ||| |||| ||     ||||||||||  |||||||||| ||||   ||||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  4788300 tgcaggcctctcctcaattacctaaccagaatgattgtcaaccttgcaaataagctcatcaaattcgacagcaatttgggaggtgtggcagtgaagaata 4788201  T
Q  366 ggtgtataaccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgagatgtaaagtgagcggcctccgtggc 442  Q
    || ||||| ||||||  |||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  4788200 ggcgtatagcctttttcaatctgtccagggtgatttgtgatgataacatgagatgtaaagtaatcggcctccttggc 4788124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 7530255 - 7530010
Alignment:
Q  110 cttcctctccacagacgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctacc 209  Q
    |||| ||||||||| |  |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||  || ||||||| || || |||||||| | ||| ||   ||| |||    
T  7530255 cttcttctccacagccttgatgacaccaacagcaacagtttgacgcatgtccctgacagcaaaacgtccaagaggaggatattcagcaaaggtctcaacc 7530156  T
Q  210 accataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaacct 309  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||| |   || ||||| ||    
T  7530155 accatgggcttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccattcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatct 7530056  T
Q  310 tggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggca 355  Q
    ||| || ||| ||| ||||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  7530055 tggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggca 7530010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 7520718 - 7520473
Alignment:
Q  110 cttcctctccacagacgcgatgacgccaaaagccacagtttgacgcttgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctacc 209  Q
    |||| ||||||||| |  |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||  |  ||||||| || || |||||||| | ||||||   ||| |||    
T  7520718 cttcttctccacagccttgatgacaccaacagcaacagtttgacgcatgtccctgacggcaaaacgtccaagaggaggatattcagcgaaggtctcaacc 7520619  T
Q  210 accataggcttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaacct 309  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||||||||||  |||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||| |   || ||||| ||    
T  7520618 accatgggcttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccgttcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatct 7520519  T
Q  310 tggcaataagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggca 355  Q
    ||| || ||| ||| ||||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  7520518 tggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggca 7520473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University