View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17866_high_1 (Length: 771)

Name: NF17866_high_1
Description: NF17866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17866_high_1
NF17866_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-753)||(27355629-27356383)
chr2 (1-751)||(45410782-45411531)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (65-209)||(7552123-7552267)
chr6 (73-165)||(8849934-8850027)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-199)||(14806232-14806416)
chr8 (70-149)||(10280970-10281049)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (75-197)||(55212258-55212377)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (27-211)||(2060165-2060339)
chr5 (14-95)||(31608527-31608605)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 753
Target Start/End: Original strand, 27355629 - 27356383
Alignment:
Q  1 cattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27355629 cattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttgg 27355728  T
Q  101 ataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagttttgatttgtgtatataagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27355729 ataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagaaaccatggttagttagaagttttgatttgtgtatataagt 27355828  T
Q  201 tatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttcaagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacataa-ttgcctat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27355829 tatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacataaattgcctat 27355928  T
Q  300 taatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagtagagaatttat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27355929 taatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagtaaagaatttat 27356028  T
Q  400 gagtaagtaataggcaaaaccgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaataatcatgttagg 499  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356029 gagtcagtaataggcaaaaacgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaataatcatgttagg 27356128  T
Q  500 aacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatagaattacacaca 599  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356129 aacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatagaattacacaca 27356228  T
Q  600 ctttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcactg-caccgccttagaatcc 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |   ||||||||    
T  27356229 ctttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcaccgccttagaaatagaatcc 27356328  T
Q  699 ctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagc 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356329 ctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagc 27356383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 45411531 - 45410782
Alignment:
Q  1 cattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttgg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411531 cattaatgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttgg 45411432  T
Q  101 ataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagttttgatttgtgtatataagt 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45411431 ataaggatgagatagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttagttagaagttttgatttgtgtatataaat 45411332  T
Q  201 tatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttcaagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacat-aattgcctat 299  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45411331 tatgtattgcactgagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccacaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacataaattgcctat 45411232  T
Q  300 taatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagtagagaatttat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||             |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411231 taatcttgtaaattgatgattatttatca-------------tattcgcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagtagagaatttat 45411145  T
Q  400 gagt------aagtaataggcaaaaccgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaataatcat 493  Q
    ||||      ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411144 gagttaagtaaagtaataggcaaagacgacacattctaactgtattgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaataatcat 45411045  T
Q  494 gttaggaacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatagaatta 593  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411044 gttaggaacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatagaatta 45410945  T
Q  594 cacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacattta----attgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcactg-caccgc 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |     
T  45410944 cacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcaccgccttaga 45410845  T
Q  689 cttagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcaga 751  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45410844 aatagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcaga 45410782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 65 - 209
Target Start/End: Original strand, 7552123 - 7552267
Alignment:
Q  65 ttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaacc 164  Q
    |||||||||  |||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||||||   |||||||||||    
T  7552123 ttattattaaattgttattggctagaagttggtcggataaggatgagttagttagttaaaaattaactcaccatagaatttacttgcgagtcaagtaacc 7552222  T
Q  165 atggttagttagaagttttgatttgtgtatataagttatgtattg 209  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7552223 atagttagttagaagttttgatttgtgtatataagtgatgtattg 7552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 8850027 - 8849934
Alignment:
Q  73 agtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaac-tcaccatatggtttacttggtggtcaagtaacca 165  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||| | | ||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  8850027 agttagttactagctaaaagttagttggataagattgagttagttagtttaagattaacttgatcatatggtttacttgatagtcaattaacca 8849934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 14806416 - 14806232
Alignment:
Q  12 taatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgag 111  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||  | ||| ||||||  |   |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||     
T  14806416 taatctaatgtatagttgttatgatgtacatactttagattaaaacaagtttgttaaaa---gtttgttacaggctagaagttagttggataaggacgaa 14806320  T
Q  112 ttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagttttgatttgtgtatataag 199  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||   || | ||||||| |||  |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  14806319 ttagttagttagagattaactcactatagatttaatttggtggacaaacaaccatagttagtcagaagttttaatttgtgtatataag 14806232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 10281049 - 10280970
Alignment:
Q  70 attagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttactt 149  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  10281049 attagtttgtgactatctagaagttagttagagaaggatgagttagttggttagagattaactcaccttagggtttactt 10280970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 197
Target Start/End: Original strand, 55212258 - 55212377
Alignment:
Q  75 tttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagtt 174  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||     |||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  55212258 tttgttactagatagaagttggtttgataaggatgagttagttag----agattagcaaatcatatggtttacttggtagtcaagtaaccatgattaatt 55212353  T
Q  175 agaagtttt-gatttgtgtatata 197  Q
    | ||||||| ||||||||||||||    
T  55212354 ataagttttcgatttgtgtatata 55212377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2060339 - 2060165
Alignment:
Q  27 ttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagt-tagttggataaggatgagttagttacttaaag 125  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||  |   ||| |||||||| || |||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||    
T  2060339 ttgttatgatgtatatactttagattagtacaagtttgttagaa---gttcgttactagttataaggatagttagataaggatgagttagttagttagag 2060243  T
Q  126 attaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagtttt-gatttgtgtatataagttatgtattgca 211  Q
    ||||||||         |||||| ||||||  |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||    
T  2060242 attaactc---------tttactcggtggtttagtaaccataattagttagaagttttggatttgtgtatacaagtggtgtattgca 2060165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 31608605 - 31608527
Alignment:
Q  14 atctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagtta 95  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||| ||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31608605 atctagtgtatagttgttttgatgtatatatattagattagcacaaatttg---ttattagtttgttcctagctagaagtta 31608527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University