View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17872_high_1 (Length: 757)

Name: NF17872_high_1
Description: NF17872
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17872_high_1
NF17872_high_1
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-750)||(3400397-3401115)
chr8 (284-725)||(31173688-31174126)
chr8 (389-644)||(3288338-3288590)
chr8 (468-657)||(3264399-3264585)
chr8 (328-543)||(7166648-7166863)
chr8 (390-644)||(3269070-3269321)
chr8 (482-543)||(13785673-13785734)
chr8 (310-380)||(3264715-3264785)
chr8 (29-74)||(3269997-3270042)
chr8 (27-73)||(31173442-31173488)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (258-684)||(20836263-20836696)
chr5 (266-676)||(20809916-20810333)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (286-750)||(8373504-8373968)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (326-537)||(14768908-14769119)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (444-544)||(32412946-32413046)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (562-714)||(31060637-31060789)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 3401115 - 3400397
Alignment:
Q  19 gcagccatacttatgggcaggtggttatgcccgtattttaccatgttgacccatcgcatgtccgtaaactggaaggtaattttggaacaatttttgaact 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3401115 gcagccatacttatgggcaggtggttatgcccgtattttaccatgttgacccatcgcatgtccgtaagctggaaggtaattttggaacaatttttgaact 3401016  T
Q  119 ccatgcaattcatagagagcatgaactgttgtccaagtggaagaccgtactcaatgaagtttcaaatctgtctggctgggatctcaacaatatcaggtaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3401015 ccatgcaattcatagagagcatgaactgttgtccaagtggaagaccgtactcactgaagtttcaaatctgtctggctgggatctcaacaatatcaggtaa 3400916  T
Q  219 ggtaatcaatacttatatttgatagtaaagcgtactttcttttgagattatttcatgattgattaatgctcattctttgtctttgtaactgttattatta 318  Q
    |||||||||||||             |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3400915 ggtaatcaatact-------------aaagcgtaatttcttttgagattatgtcatgattgattaatgctcattctttgtctttgtaactgttattatta 3400829  T
Q  319 cccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattaccgaatatccggttggattg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3400828 cccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgttgaggacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattactgaatatccggttggattg 3400729  T
Q  419 gattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaacca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3400728 gattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaacca 3400629  T
Q  519 cggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggt 618  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3400628 cggccaaagctatctacaatcaaatccgttctagatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggt 3400529  T
Q  619 tattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaaataaaacaagagattcatagcattgcctcagggataactaagattgagaaaagacttcga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3400528 tattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaaataaaacaagagattcatagcattgcctcagggataactaagattgagaaaagacttcga 3400429  T
Q  719 ggacaaacagtttttgtcatacttgatgatgt 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3400428 ggacaaacagtttttgtcatacttgatgatgt 3400397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 284 - 725
Target Start/End: Original strand, 31173688 - 31174126
Alignment:
Q  284 atgctcattctttgtctttgtaactgttattattacccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagatatct 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||| || ||||  || |||||||||||    
T  31173688 atgctcattctttgtctttgtaact---attattacccaaggaataaaggggaactagcgaagcaaattgttgaggccattttgaaaatactagatatct 31173784  T
Q  384 cattgttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagg 483  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||    
T  31173785 cattgttgtctattactaaatatccgattggattggaatcccgtgtgcaaaaaattaccaagtttattgataatcaatcaaacaaagtctgcatgatagg 31173884  T
Q  484 gatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagt 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |  ||| ||| | |||||| |||||||| | ||||||    
T  31173885 gatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacagccaaagctatctacaataaaatccatcgtaggtttgaaggtagaacaagtttctttgaaagt 31173984  T
Q  584 attcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaaataaaacaagagattcatagcattg 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  31173985 attcgagaagtttgtgataataattctagaggggttattcatttacaacaacaacttcttttagatctcctgcaaataaaacaagagattcatagcattg 31174084  T
Q  684 cctcagggataactaagattgagaaaagacttcgaggacaaa 725  Q
    | |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31174085 cattggggatgactaagatagagaaaagacttcgaggacaaa 31174126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 389 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 3288590 - 3288338
Alignment:
Q  389 ttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatat 488  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |   |||||||| |  |||||||||   |||| ||| ||| |||||| |    
T  3288590 ttgtctattaccaaatttccagttggattggagtcccgggtgcaacaagtgattcagtttattcaaaatcaatcaagcaaagtttgtttgacagggatct 3288491  T
Q  489 ggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagtattcg 588  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||   ||  | ||||| |  |   ||||||||||| |||| |||| |    
T  3288490 ggggaatgggtgggtcggggaaaacaacaacagccaaagctatcttcaatcaaattaatttgaaatttatgcat---gcaagtttcattgaaaatattag 3288394  T
Q  589 agaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttt 644  Q
    ||||||||||   || ||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  3288393 agaagtttgtataaaaaatgatagagggattatacatttacaacaacaacttcttt 3288338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 468 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 3264585 - 3264399
Alignment:
Q  468 aagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagc 567  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |   | |||| ||| ||        
T  3264585 aagtttgtatgatgggaatatggggaatgggtgggttgggtaaaacaaccacagccaaagccgtctacaaccaaatccatcgcaaatttgaggata---a 3264489  T
Q  568 aagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaa 657  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||  ||| ||  ||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  3264488 aagtttcatcgaaaatattagagaagtttatgaaaaatatagtactgggattattcatttacaacagcaacttctttcagatatcttgaa 3264399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 7166863 - 7166648
Alignment:
Q  328 tgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgt 427  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||||||| | | |||  |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||     
T  7166863 tgaagctgaactagtgcagcaaattgttgaggatcttttggcaaaactagacaacgcatccttgtctattatcgaatttccagttggattggaatctcgc 7166764  T
Q  428 gtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaag 527  Q
     ||||  || |||   | |||||||    |||  |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||| |||||||    
T  7166763 atgcacaaagttattgaatttattgcaactcagccaagcaaagtttgtatgatagggatatggggaatgggcaggtcgggtaaaacaaccacagccaaag 7166664  T
Q  528 ctatctacaaccaaat 543  Q
    | ||||| || |||||    
T  7166663 ccatctataatcaaat 7166648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 390 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 3269321 - 3269070
Alignment:
Q  390 tgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatg 489  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||| |  | |||||||||||| | |   ||||||||||  | |||||||   |||| || ||||||||||| ||    
T  3269321 tgtctattactgaatttccagttggattgcacacacgtgtgcaacaagtgattcagtttattgaaaaacaatcaagcaaagtttgcatgatagggatctg 3269222  T
Q  490 gggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagca-agtttcatcgaaagtattcg 588  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||| || |||| || |||||||||| |||| | |   | ||||    ||||| || |||||||| |||| |||| |    
T  3269221 gggtatgggtggatcaggtaaaacaacaacagccagagatatctacaacaaaattcatcgcaaattt----gtagatcacagtttcattgaaaatattag 3269126  T
Q  589 agaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttt 644  Q
    |||||||| ||| ||  | ||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||    
T  3269125 agaagtttatgaaaaggaaaatagagggattactcatttacaagaacaacttcttt 3269070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 482 - 543
Target Start/End: Original strand, 13785673 - 13785734
Alignment:
Q  482 gggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaat 543  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  13785673 gggatctggggtatgggtggatcggggaaaacaaccacagccaaagccatctacaatcaaat 13785734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 310 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 3264785 - 3264715
Alignment:
Q  310 ttattattacccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagata 380  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| | ||||  ||||| |||||||||||    
T  3264785 ttattatcacccaaggaatgaaggtgaactaatgcagcaaattgtggcggacgttttggaaaaactagata 3264715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 3270042 - 3269997
Alignment:
Q  29 ttatgggcaggtggttatgcccgtattttaccatgttgacccatcg 74  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3270042 ttatggacaggtggttatgcccatattttaccacgttgacccatcg 3269997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 73
Target Start/End: Original strand, 31173442 - 31173488
Alignment:
Q  27 acttatgggcaggtggttatgcccgtattttaccatgttgacccatc 73  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  31173442 acttatggccaggtggtcatgccagtattttatcatgttgacccatc 31173488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 258 - 684
Target Start/End: Original strand, 20836263 - 20836696
Alignment:
Q  258 ttttgagattatttcatgattgattaatgctcattctttgtctttgtaactgtt-------attattacccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaa 350  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||    
T  20836263 ttttgagattatgtcatgattgattaatgctcattctttgtctttgtaactgtttattattattattaccctaggaatgaaggtgaactagtggagctaa 20836362  T
Q  351 ttgtcgaggacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttat 450  Q
    |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  20836363 ttgttgaggacattttgagaaaactagatatctcattgttgtctattactgaatttccgattggattggaatcccatgtgcaacaaattaccaagattat 20836462  T
Q  451 tgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttct 550  Q
    |||| ||||||||    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  |    
T  20836463 tgatgatcaatcatgcaaagtctgtatcatagggatatggggaatgggtggattaggcaaaacaaccacggccaaagctctctacaatcaaatccatcgt 20836562  T
Q  551 agatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatc 650  Q
    |||||  |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  20836563 agattccagggtagaacaagtttccttgaaagtattagagaagtttgtgataataatagtggaggggttattactttacaagaacaacttcttttagatc 20836662  T
Q  651 tcttgaaaataaaacaagagattcatagcattgc 684  Q
    || |  ||||||||||  ||||||| || |||||    
T  20836663 tccttgaaataaaacagaagattcacagtattgc 20836696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 266 - 676
Target Start/End: Original strand, 20809916 - 20810333
Alignment:
Q  266 ttatttcatgattgattaatgctcattctttgtctttgtaactgtt-------attattacccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgag 358  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||  || |||||||||||||||||||||   ||||| |||    
T  20809916 ttatgtcatgattgattaatgctcattttttgtctttgtaactgtttattattattattaccgtaggaatgaaggtgaactagtgaagggtattgttgag 20810015  T
Q  359 gacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatc 458  Q
     ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  20810016 tacattttgacaaaactaaatatctcattgttgtctattactgaatatccaattggattggaatcccgtgtgcaacaaattaccaagattattgatgatc 20810115  T
Q  459 aatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaa 558  Q
    |||||    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||  |    
T  20810116 aatcatggaaagtctgtatcatagggatatggggaatgggtggatcaggcaaaacaaccacggccaaagctctctacaatcaaatccatcgtagattcca 20810215  T
Q  559 gggtagagcaagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaa 658  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  20810216 gggtagaacaagtttcgttgaaagtattagagaagtttgtgataataatagtagaggggctattactttacaaaaacaacttcttttagatctctttgaa 20810315  T
Q  659 ataaaacaagagattcat 676  Q
    ||||| ||  ||||||||    
T  20810316 ataaagcagaagattcat 20810333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 125; Significance: 6e-64; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 286 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 8373968 - 8373504
Alignment:
Q  286 gctcattctttgtctttgtaactgttattattacccaagtaatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagatatctca 385  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  | ||  || || |||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||    
T  8373968 gctcattttttttctttataactattcctattacccaaggaatgaaggtgatttggtacagaaacttgttgaggacattttgacaaaactagatatgtca 8373869  T
Q  386 ttgttgtctattaccgaatatccggttggattggattcccgtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgataggga 485  Q
     ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||  | || || |||   ||||||||| || || || || ||||||   ||| ||||||||||||      
T  8373868 gtgttgtctattactgaatttccagttggattggaacctcgcgtacaaagcattaccaagattctttatgatgaatcaaggaaagcctgtatgataggat 8373769  T
Q  486 tatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaatccgttctagatttaagggtagagcaagtttcatcgaaagtat 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | ||||| |  |  |||  |||||| | |||||||||| ||||||||    
T  8373768 tatggggaatgggtggatccgggaaaactaccttggccaaagctatctacaatcgaatccatcgtgaattccagggtaaaacaagtttcattgaaagtat 8373669  T
Q  586 tcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaaataaaacaagagattcatagcattgcc 685  Q
    |||||||||||||||| ||||||  | |||| |||||| ||||||  |||||||||||| ||||||| | |||| |||| |  |||| |||||||||||     
T  8373668 tcgagaagtttgtgattataatagaaaagggattattcatttacaggaacaacttctttcagatctcctaaaaacaaaagataagatacatagcattgca 8373569  T
Q  686 tcagggataactaagattgagaaaagacttcgaggacaaacagtttttgtcatacttgatgatgt 750  Q
       ||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||  |||||  || |||||||||||||    
T  8373568 gtggggataaataagatcgagaaaagacttcagggacaaaaggttttaatcgtacttgatgatgt 8373504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14769119 - 14768908
Alignment:
Q  326 aatgaaggtgaactagtgaagcaaattgtcgaggacactttggcaaaactagatatctcattgttgtctattaccgaatatccggttggattggattccc 425  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||  |||  |||||||||| |  |||||  |||||||| |||| |  || ||||| |||||  | |    
T  14769119 aatgaaggtgaactagtaaagcaaattgtcggtgacgttttcacaaaactagacagttcatttctgtctatttccgagttcccagttgggttggaacctc 14769020  T
Q  426 gtgtgcaacaaattaccaagtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaa 525  Q
    |||||||| || |  || ||||||||||  | || ||||   | || |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  14769019 gtgtgcaaaaagtggccgagtttattgaaaaacattcaagcaatgtttgtatgatagggatctagggaatgggtggatctggtaaaacaaccacagccaa 14768920  T
Q  526 agctatctacaa 537  Q
    | | ||||||||    
T  14768919 atccatctacaa 14768908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 32413046 - 32412946
Alignment:
Q  444 agtttattgatcatcaatcaacagaagtctgtatgatagggatatggggaatgggtggatccgggaaaacaaccacggccaaagctatctacaaccaaat 543  Q
    ||||||||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  32413046 agtttattgatgatcaatcaaataaagtttgcatgatagggatttggggaatggggggatcaggtaaaacaaccacagcaaaagccatctataatcaaat 32412947  T
Q  544 c 544  Q
    |    
T  32412946 c 32412946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 562 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 31060789 - 31060637
Alignment:
Q  562 tagagcaagtttcatcgaaagtattcgagaagtttgtgataataataatagaggggttattcctttacaacaacaacttcttttagatctcttgaaaata 661  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||   || |||| ||||||  ||||||| |||| |||||| |||||   | ||||||    
T  31060789 tagaacaagtttcattgaaagtattcgataagtttttgataataactgtaaagggattattcaattacaactacaaattctttcagatccactaaaaata 31060690  T
Q  662 aaacaagagattcatagcattgcctcagggataactaagattgagaaaagact 714  Q
    ||  |  |||| ||||||||||  |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  31060689 aaggacaagatacatagcattggatggggtataactaagatcgagaaaagact 31060637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University