View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1787_high_1 (Length: 973)

Name: NF1787_high_1
Description: NF1787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1787_high_1
NF1787_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-956)||(53838368-53839304)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 53839304 - 53838368
Alignment:
Q  13 aatatattggttgcatatttcagaaactttatcaacaggactcaaatacaacttcaatatccacactcatgtttaaagtgtgtgtaattcccacatgcct 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53839304 aatatataggttgcatatttcagaaactttaacaacatgactcaaatacaacttcaatatccacactcatgtttaaagtgtgtgtaattcccacatgcct 53839205  T
Q  113 taagaaaattgttttgataatgttgaacggactcaaattgtccatactagatgtataggtggttattgatatcgtgaaaataatgtcaaaattgtcaatc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53839204 taagaaaattgttttgataatgttgaacggactcaaattgtccata-----tgtataggtggttattgatatcgtgaaaataatgtcaaaattgtcaatc 53839110  T
Q  213 cctaattttcttagcaaattgtatttgtatcgcacattgtaaaagcatctgagttgtgcaaggtatgtttaggcttaatttcaaacacaatcaaacatga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53839109 cctaattttcttagcaaattgtatttgtatcgcacattgtaaaagcttctgagtagtgcaaggtatgtttaggcttaatttcaaacacaatcaaacatga 53839010  T
Q  313 gaaaatcgtgattatatcacttaatttcaaacacaatcaatcaatcaattgtaaaggtacagtccatatatcaatgcaacatatgacaaaattctatgtt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53839009 gaaaatcgtgattatatcacttaatttcaaacacaatcaatcaatcaattgtaaaggtacagtccatatatcaatgcaacatatgacaaaattctatgtt 53838910  T
Q  413 gccaacgtgcccaatataggattggttcatacattgacatatgtaaatcagagaagcagttttaatttgtctaataatacaacaatctataggctatcat 512  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53838909 gccaacgtgcccagtataggattggttcatacattgacatatgtaaatcagggaagcagttttaatttgtctaataatacaacaatctataggctatcat 53838810  T
Q  513 tatcaaattgagtcaagttgattcacaaaactcaaatatgaaattaataatatttctaagggagaatcaaatttcttgacactgcaactaacaagtggag 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  53838809 tatcaaattgagtcaagttgattcacaaaactcaaatatgaaattaataatatttctaagggagaatcaaatttcttg-cactgcaactaccaagtggag 53838711  T
Q  613 gaagcatacaaagatgcactgaagtgtgaaaatggttatcaaacaattattttttgcaattagtactannnnnnnncttctggctatgtacataatgtga 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  53838710 gaagcatacaaagatgcactgaagtgtgaaaatggttatcaaacaattattttttgcaattagtactatttttttt-ttctggctatgtacataatgtga 53838612  T
Q  713 aaaagttattgtctcttagacccagaagtctataaccaaagttaaagcttaataattaagaagatacaatgcaggacaaagagtgattaccaatccaact 812  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53838611 aaaagttattgccttttagacccagaagtctataaccaaagttaaagcttaataaataagaagatacaatgcatgacaaagagtgattaccaatccaact 53838512  T
Q  813 cattcatttaagacgaatctgataattacacgttaattggaattggatcagtgaacaacttttatccatgttttcttacatgtttctatccatgcaagtt 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53838511 cattcatttaagacgaatctgataattacacgttaattggaattggatcagtgaacaacttttatccacgttttcttacatgtttctatccatgcaagtt 53838412  T
Q  913 tcctaatatagtaccgcaagttttctaatgctagatacggaatt 956  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53838411 tcctaatatagtaccgcaagttttctaattctagatacggaatt 53838368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University