View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1787_low_19 (Length: 425)

Name: NF1787_low_19
Description: NF1787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1787_low_19
NF1787_low_19
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-425)||(16992954-16993364)
chr1 (15-425)||(31355668-31356078)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (15-425)||(464381-464791)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-425)||(35898129-35898539)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (15-425)||(52053790-52054200)
chr3 (15-425)||(53573400-53573810)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-425)||(30198545-30198955)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Original strand, 16992954 - 16993364
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  16992954 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaaccat 16993053  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993054 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 16993153  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993154 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 16993253  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16993254 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccaaagacttgaat 16993353  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  16993354 tgaggcccata 16993364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Original strand, 31355668 - 31356078
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  31355668 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccat 31355767  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355768 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 31355867  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355868 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 31355967  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355968 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 31356067  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  31356068 tgaggcccata 31356078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 464791 - 464381
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  464791 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccat 464692  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464691 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 464592  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464591 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 464492  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464491 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 464392  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  464391 tgaggcccata 464381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Original strand, 35898129 - 35898539
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  35898129 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacagccat 35898228  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898229 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 35898328  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898329 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 35898428  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898429 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 35898528  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  35898529 tgaggcccata 35898539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 52054200 - 52053790
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  52054200 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgttccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccat 52054101  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52054100 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 52054001  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52054000 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 52053901  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053900 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 52053801  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  52053800 tgaggcccata 52053790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 53573810 - 53573400
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  53573810 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacagccat 53573711  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573710 ttgcatcgtcaattacaagcgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 53573611  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573610 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 53573511  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53573510 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaatttgatgatggtaccagagacttgaat 53573411  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  53573410 tgaggcccata 53573400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30198955 - 30198545
Alignment:
Q  15 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  30198955 aatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtgtccaacactagtgatttacaacgtcaacagccat 30198856  T
Q  115 ttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198855 ttgcatcgtcaattacaagcgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggttagctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaa 30198756  T
Q  215 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggaggcgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198755 ctatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcggtgttgctagttttactagcttattgatggtaaa 30198656  T
Q  315 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaacttgcattttttaaattataggagcaacttgatgatggtaccagagacttgaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30198655 tttcaaattatacgattcactttcaaatctatatatataatattaatttgcattttttaaattataggagcaatttgatgatggtaccagagacttgaat 30198556  T
Q  415 tgaggctcata 425  Q
    |||||| ||||    
T  30198555 tgaggcccata 30198545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University