View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17888_high_7 (Length: 400)

Name: NF17888_high_7
Description: NF17888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17888_high_7
NF17888_high_7
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (15-386)||(38299824-38300195)
chr8 (15-383)||(38305743-38306111)
chr8 (21-345)||(38320575-38320899)
chr8 (11-338)||(38313058-38313388)
chr8 (19-383)||(38316475-38316842)
chr8 (37-386)||(38325338-38325690)
chr8 (24-384)||(38308485-38308840)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-340)||(38850546-38850870)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 386
Target Start/End: Original strand, 38299824 - 38300195
Alignment:
Q  15 actgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299824 actgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtat 38299923  T
Q  115 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299924 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 38300023  T
Q  215 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgatt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38300024 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcattttaaaactgatt 38300123  T
Q  315 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcat 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300124 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcat 38300195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 383
Target Start/End: Original strand, 38305743 - 38306111
Alignment:
Q  15 actgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||     
T  38305743 actgctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtag 38305842  T
Q  115 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| | || |||||    
T  38305843 ccgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaaggacaacatttt 38305942  T
Q  215 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgatt 314  Q
    ||||||| | ||  ||  ||| |||| |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38305943 gcaagaacagttgaaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgatt 38306042  T
Q  315 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgagg 383  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | || | ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  38306043 gttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagg 38306111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 345
Target Start/End: Original strand, 38320575 - 38320899
Alignment:
Q  21 gagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgaga 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||   ||||||| | ||||||    
T  38320575 gagacttatatttgtttgaccgctcattttgctgacgcgaattggaaattaaagagtaaggttctcaccttctgtactgttgatcccactggagctgaga 38320674  T
Q  121 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  38320675 tgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaaga 38320774  T
Q  221 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 320  Q
    |  |||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  38320775 actattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttatgcacgtgttttaaaattgattgttgaa 38320874  T
Q  321 gaggggttgaaactagttagggatg 345  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  38320875 gaggggttgaaactagttagtgatg 38320899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 11 - 338
Target Start/End: Original strand, 38313058 - 38313388
Alignment:
Q  11 taatactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc--- 107  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||       
T  38313058 taatactactgagacttatatttgtttgactgctcatttcgttgatgcgaattggaagttaaatagtaaagttctcaacttctgtcttgttt-accctcc 38313156  T
Q  108 -actgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaat 206  Q
     |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||    
T  38313157 tactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatctgagaat 38313256  T
Q  207 aaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaa 306  Q
     | |||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  38313257 gacattttgcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgtgcattgttttgcccgcgttttaa 38313356  T
Q  307 aactgattgttgaagaggggttgaaactagtt 338  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  38313357 acctgattgttgatgaagggttaaaactagtt 38313388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 38316475 - 38316842
Alignment:
Q  19 ctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccac----tgtat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| |||| |    || |     
T  38316475 ctgagacttatatttgtttgacagctcattttgttgacgcgaattggaagttgaatagtaaggttctcaactttcgtcttgttt-accctcctattgcag 38316573  T
Q  115 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 214  Q
    | ||||| |  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  || |    
T  38316574 cggagatttcggagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttat 38316673  T
Q  215 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgatt 314  Q
    || |||| ||||  |||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38316674 gctagaacaattgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcatgcgttttaaaactgatt 38316773  T
Q  315 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgagg 383  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| | || | ||| |  |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  38316774 gctgaagaggggttaaaactagttagtggtgccgtgtatggaattcgagacagcatcatgtttgtgagg 38316842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 37 - 386
Target Start/End: Original strand, 38325338 - 38325690
Alignment:
Q  37 tgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacc---cactgtatctgagatgtgtgagagaat 133  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |  ||   |||||    |||||||||||| |||||    
T  38325338 tgaccgctcattttgttgacgcgaattggaaggtaaatagtaaggttctcaatttctgtagtgtctaccctgacactggtggtgagatgtgtgaaagaat 38325437  T
Q  134 ggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaat 233  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |||||||  || | |||||| ||||  ||  |    
T  38325438 gattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttctacaagaacaattgaaatct 38325537  T
Q  234 caacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaac 333  Q
    || |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  38325538 catcttggtttgcaaaatgggttgttgtgtgatggagagttctttcacgggcactgttttgcacgtgttttaaatctgattgttgaagacgggttgaaac 38325637  T
Q  334 tagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcat 386  Q
    ||||||| |||| | |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38325638 tagttagtgatgccgtgtcaaaaattagagagagcatcatgtttgtgaggcat 38325690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 384
Target Start/End: Original strand, 38308485 - 38308840
Alignment:
Q  24 acttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc---actgtatctgaga 120  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||    |||| | |  | |    
T  38308485 acttatatttgtttatccgctcattttgttggcgcggattggaagttaaatagtaagcttttcaatttctgtcttgttttccctcctactggagcctata 38308584  T
Q  121 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 220  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||||  || ||||| |    
T  38308585 tgtgtgagagaatggttga--------atgattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaaca 38308676  T
Q  221 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 320  Q
    | ||||  | | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38308677 acaattgaagactcaacttggtttggaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcacatgttttaaaactgattgttgaa 38308776  T
Q  321 gaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggc 384  Q
    |||||||  ||||||||||| | || | ||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  38308777 gaggggtgtaaactagttagtggtgccgtgtataagattagaaagagcatcatgtttgtgaggc 38308840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 38850870 - 38850546
Alignment:
Q  19 ctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctg- 117  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||  ||  ||     ||     
T  38850870 ctgagacttatatttgtttgactgctcattttgttgacgcgaattggaagttaaatagtaaggttatcaatttccgtcttgtttatcctcctactagtgg 38850771  T
Q  118 --agatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttg 215  Q
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| | ||||||    
T  38850770 ggagatttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttg 38850671  T
Q  216 caagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattg 315  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  38850670 caagaacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcatgtgaattgttttgcacgcgttttaaatcagatag 38850571  T
Q  316 ttgaagaggggttgaaactagttag 340  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||    
T  38850570 ttgaagaagcgttaaaactagttag 38850546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University